BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086L23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 33,505,986 - 33,644,811
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpon2, Ctbp1
Upstream genePlb1, EG665350, LOC545743, Ppp1cb, LOC634553, LOC675983, Yes1, LOC100039775, Pisd, C330019G07Rik, LOC100040141, Depdc5, Ywhah, LOC100040169, Slc5a1
Downstream geneMaea, 4933407H18Rik, LOC672284, 2410018C17Rik, Slbp, Tmem129, Tacc3, Fgfr3, Letm1, LOC100040332, Whsc1, Whsc2, Gm1673, LOC100040427, Nat8l, Poln, BC023882, Mxd4, Zfyve28
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086L23.bB6Ng01-086L23.g
ACCDH900063DH900064
length9881,058
definitionDH900063|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086L23, 5' end.DH900064|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086L23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,643,824 - 33,644,811)(33,505,986 - 33,507,046)
sequence
gaattcataaaccttactcattaaacatatatttttgggttggagagatg
gcgcagcagttaagagcactgactgctcttccagaggttctgagttcaat
tctcagcaaccacatggtggtggctcacaaccatctgtaatgcctgatgt
aatgtaatgctctgtaatgctctgatgccctcttctggtgtgtctgaaga
cagcaacagtgtattcacatacataaaattaatacataaatctttaagaa
aaagaaaagaaagaggaaacatatattgtactgatctagaaaaaaatttt
tttttagaaacctggtgttgaacacagttaagcaagttaagcaaagacat
aagtcgttaggcataaatctctaagtcagcttttgttagcctgagtagac
cattataactaggaatttataaactgtaatcatcaaacgtatgccctttt
cagtcctattttccataaatattgttaatggctttgtcttcatcttttat
ttcacactctcaggagaaaaatcatacaacgcccctcctaatcaatatct
aggatgtctgcggcagcctccttaacctaaaaaagggagatacggtgatc
aacagagggctcagtagtcccagttttatggatgccacaatagtcagttt
atataaccatgatggtggtgaagtcacatggtataccctctctttaaact
ttgtaaaaatgtctgttagccacagggctgctgctatttaccccaaggtg
agaccactgggcacacaccctttaaaggaaatccactttcctatacaaga
gttgaagtcaaatccagcatcttcagacccatgctaaggcatccctcccc
gctgaggtatcagccatagtatagtatggtgtatatatagtacagaatag
agtttatttagggcatgagaatgggagttgagggagtagagtcagagaaa
ggtagagcctggccatggtgtgtgtgtgtggggggggg
gaattcactgagacttggtaccccagccggagcaccctcagaggccagca
agtacagggagatttcagccccacactagcagttgcccacagaggtcagg
gagtgagcagagactctggcccctacctgtctttattccctaaaacaatt
ggttcttcaggagtgactgtgttgtagtcagctgctgctctatttccaca
gtgagtttattgctgaattgggacgattgttgcaggcagtaatcaactct
ctgaaaataccatctccacacaattacaacttagtctcttctgagcatca
ggaactcttccacagaaacaaggtgaacttaatcaatgattaaattctgt
gctagtagatcccaatttaaaaaaaaaaaatcccattctatccctcaatg
agagtaacttaagtgaaactcgaaaacaaaaccaagagaatgactataga
gatgttcaaagaagtcaaagaaggcacaagcagactcctgagtgaattcc
aagagaacacaaagcttgggtgagatgaagtcgattgaggatgtgggagc
catagagctcaattacgtttacaggcgtagagctgggctgttcacaacct
tggtaaagaagcttctttttcctaatggacaacagaaagtacggagactc
gcaactggtcaaaatgctctgaatccaagactgagctcaacaaagctggc
catccttatcacccaccccacttcccaagacttagagaacaccacacaaa
agaaactgggaaggatgtgaggtccagagcagagaggagtgctatgaaat
gcagtctctaggacatgacatggctattcttcaacccacagcaaggggtg
ggcacctgacctggacaagagcaagtcagccgaaacttcacatagatcgg
acagacgatctccagggcctcactccttactgagagctattggcatttta
taactgctgagaaggggatcacacatagacacacacacagcacacacaga
catacacacacataggcacacacacagccacacagaactacacacacgta
ggcacgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_33643824_33644811
seq2: B6Ng01-086L23.b_46_1033 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCACACACACACACCAT-GCCCTGCTCTACCTTTCTCTGACTC  49
      |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCACACACACACACCATGGCCAGGCTCTACCTTTCTCTGACTC  50

seq1  TACTCCCTCAACTCCCCTTCTCATGCCCTAAATAAACTCTATTCTGTACT  99
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCCTCAACTCCCATTCTCATGCCCTAAATAAACTCTATTCTGTACT  100

seq1  ATATATACACCATACTATACTATGGCTGATACCTCAGCGGGGAGGGATGC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATACACCATACTATACTATGGCTGATACCTCAGCGGGGAGGGATGC  150

seq1  CTTAGCATGGGTCTGAAGATGCTGGATTTTGACTTCAACTCTTGTATAGG  199
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCATGGGTCTGAAGATGCTGGA-TTTGACTTCAACTCTTGTATAGG  199

seq1  AAAGTGGATTTCCTTTAAAGGGTGTGTGCCCAGTGGTCTCACCTTGGGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGATTTCCTTTAAAGGGTGTGTGCCCAGTGGTCTCACCTTGGGGT  249

seq1  AAATAGCAGCAGCCCTGTGGCTAACAGACATTTTTACAAAGTTTAAAGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCAGCAGCCCTGTGGCTAACAGACATTTTTACAAAGTTTAAAGAG  299

seq1  AGGGTATACCATGTGACTTCACCACCATCATGGTTATATAAACTGACTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTATACCATGTGACTTCACCACCATCATGGTTATATAAACTGACTAT  349

seq1  TGTGGCATCCATAAAACTGGGACTACTGAGCCCTCTGTTGATCACCGTAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCATCCATAAAACTGGGACTACTGAGCCCTCTGTTGATCACCGTAT  399

seq1  CTCCCTTTTTTAGGTTAAGGAGGCTGCCGCAGACATCCTAGATATTGATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTTTTTAGGTTAAGGAGGCTGCCGCAGACATCCTAGATATTGATT  449

seq1  AGGAGGGGCGTTGTATGATTTTTCTCCTGAGAGTGTGAAATAAAAGATGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGGCGTTGTATGATTTTTCTCCTGAGAGTGTGAAATAAAAGATGA  499

seq1  AGACAAAGCCATTAACAATATTTATGGAAAATAGGACTGAAAAGGGCATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAGCCATTAACAATATTTATGGAAAATAGGACTGAAAAGGGCATA  549

seq1  CGTTTGATGATTACAGTTTATAAATTCCTAGTTATAATGGTCTACTCAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGATGATTACAGTTTATAAATTCCTAGTTATAATGGTCTACTCAGG  599

seq1  CTAACAAAAGCTGACTTAGAGATTTATGCCTAACGACTTATGTCTTTGCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAAAGCTGACTTAGAGATTTATGCCTAACGACTTATGTCTTTGCT  649

seq1  TAACTTGCTTAACTGTGTTCAACACCAGGTTTCTAAAAAAAAATTTTTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGCTTAACTGTGTTCAACACCAGGTTTCTAAAAAAAAATTTTTTT  699

seq1  CTAGATCAGTACAATATATGTTTCCTCTTTCTTTTCTTTTTCTTAAAGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATCAGTACAATATATGTTTCCTCTTTCTTTTCTTTTTCTTAAAGAT  749

seq1  TTATGTATTAATTTTATGTATGTGAATACACTGTTGCTGTCTTCAGACAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATTAATTTTATGTATGTGAATACACTGTTGCTGTCTTCAGACAC  799

seq1  ACCAGAAGAGGGCATCAGAGCATTACAGAGCATTACATTACATCAGGCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAAGAGGGCATCAGAGCATTACAGAGCATTACATTACATCAGGCAT  849

seq1  TACAGATGGTTGTGAGCCACCACCATGTGGTTGCTGAGAATTGAACTCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATGGTTGTGAGCCACCACCATGTGGTTGCTGAGAATTGAACTCAG  899

seq1  AACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGCGCCATCTCTCCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGCGCCATCTCTCCAA  949

seq1  CCCAAAAATATATGTTTAATGAGTAAGGTTTATGAATTC  988
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAAATATATGTTTAATGAGTAAGGTTTATGAATTC  988

seq1: chr5_33505986_33507046
seq2: B6Ng01-086L23.g_67_1124

seq1  GAATTCACTGAGACTTGGTACCCCAGCCGGAGCACCCTCAGAGGCCAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAGACTTGGTACCCCAGCCGGAGCACCCTCAGAGGCCAGCA  50

seq1  AGTACAGGGAGATTTCAGCCCCACACTAGCAGTTGCCCACAGAGGTCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAGGGAGATTTCAGCCCCACACTAGCAGTTGCCCACAGAGGTCAGG  100

seq1  GAGTGAGCAGAGACTCTGGCCCCTACCTGTCTTTATTCCCTAAAACAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGCAGAGACTCTGGCCCCTACCTGTCTTTATTCCCTAAAACAATT  150

seq1  GGTTCTTCAGGAGTGACTGTGTTGTAGTCAGCTGCTGCTCTATTTCCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTCAGGAGTGACTGTGTTGTAGTCAGCTGCTGCTCTATTTCCACA  200

seq1  GTGAGTTTATTGCTGAATTGGGACGATTGTTGCAGGCAGTAATCAACTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTATTGCTGAATTGGGACGATTGTTGCAGGCAGTAATCAACTCT  250

seq1  CTGAAAATACCATCTCCACACAATTACAACTTAGTCTCTTCTGAGCATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAATACCATCTCCACACAATTACAACTTAGTCTCTTCTGAGCATCA  300

seq1  GGAACTCTTCCACAGAAACAAGGTGAACTTAATCAATGATTAAATTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCTTCCACAGAAACAAGGTGAACTTAATCAATGATTAAATTCTGT  350

seq1  GCTAGTAGATCCCAATTTAAAAAAAAAAAATCCCATTCTATCCCTCAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTAGATCCCAATTTAAAAAAAAAAAATCCCATTCTATCCCTCAATG  400

seq1  AGAGTAACTTAAGTGAAACTCGAAAACAAAACCAAGAGAATGACTATAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAACTTAAGTGAAACTCGAAAACAAAACCAAGAGAATGACTATAGA  450

seq1  GATGTTCAAAGAAGTCAAAGAAGGCACAAGCAGACTCCTGAGTGAATTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCAAAGAAGTCAAAGAAGGCACAAGCAGACTCCTGAGTGAATTCC  500

seq1  AAGAGAACACAAAGCTTGGGTGAGATGAAGTCGATTGAGGATGTGGGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAACACAAAGCTTGGGTGAGATGAAGTCGATTGAGGATGTGGGAGC  550

seq1  CATAGAGCTCAATTACGTTTACAGGCGTAGAGCTGGGCTGTTCACAACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAGCTCAATTACGTTTACAGGCGTAGAGCTGGGCTGTTCACAACCT  600

seq1  TGGTAAAGAAGCTTCTTTTTCCTAATGGACAACAGAAAGTACGGAGACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAAGAAGCTTCTTTTTCCTAATGGACAACAGAAAGTACGGAGACTC  650

seq1  GCAACTGGTCAAAATGCTCTGAATCCAAGACTGAGCTCAACAAAGCTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGGTCAAAATGCTCTGAATCCAAGACTGAGCTCAACAAAGCTGGC  700

seq1  CATCCTTATCACCCACCCCACTTCCCAAGACTTAGAGAACACCACACAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTATCACCCACCCCACTTCCCAAGACTTAGAGAACACCACACAAA  750

seq1  AGAAACTGGGAAGGATGTGAGGTCCAGAGCAGAGAGGAGTGCTATGAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTGGGAAGGATGTGAGGTCCAGAGCAGAGAGGAGTGCTATGAAAT  800

seq1  GCAGTCTCTAGGACATGACATGGCTATTCTTCAACCCACAGC-AGGGGTG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCAGTCTCTAGGACATGACATGGCTATTCTTCAACCCACAGCAAGGGGTG  850

seq1  GGCACCTGACCTGGACAAGAGCAAGTCAGCCGAAACTTCACATAGATCGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCTGACCTGGACAAGAGCAAGTCAGCCGAAACTTCACATAGATCGG  900

seq1  ACAGACGATCTCCA-GGCCTCACTCCTTACTGAAGAGCTATTGGCATTTT  948
      |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACAGACGATCTCCAGGGCCTCACTCCTTACTG-AGAGCTATTGGCATTTT  949

seq1  ATAACTGCTTGAGAAGGGGATCACACATAGACACACACACAAGCACACAC  998
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATAACTGC-TGAGAAGGGGATCACACATAGACACACACAC-AGCACACAC  997

seq1  AGACATACACACACATAGGCACACACACAAGCACACACAGACATACACAC  1048
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||
seq2  AGACATACACACACATAGGCACACACAC-AGC-CACACAGAACTACACAC  1045

seq1  ACATAGGCACGCA  1061
      || ||||||||||
seq2  ACGTAGGCACGCA  1058