BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087P07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 10,602,514 - 10,754,307
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041395
Upstream geneGrm3, LOC100042768, LOC625446, LOC435832, LOC381612, EG625586, LOC242809
Downstream geneLOC623849, LOC100041408, LOC667880, EG667888, EG667901, EG667907, LOC667916, LOC100041472, EG545728, LOC100042819, LOC667942, LOC667948, EG667949, Speer1-ps1, EG667956, LOC667961, EG667967, LOC100042858, LOC667974, EG667986, EG623898, EG668001, LOC668008, EG668011
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087P07.bB6Ng01-087P07.g
ACCDH900940DH900941
length1,1871,035
definitionDH900940|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087P07, 5' end.DH900941|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087P07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,602,514 - 10,603,692)(10,753,651 - 10,754,307)
sequence
gaattcaagcaggtcaggaagcaggagctgatgcagaggccatggaggga
tgttctttactggattgcttcccctggcttgctcagcctgctctcttaga
gaaccaagactaccagcccagagatggcccctcccacaaggggcctttcc
tcttgatcactaattgagaaaatgccccacagttggatctcatgaaggca
tttccccaactgaagctcctttttctgtgataactccaccttgtgtcatg
ttgacatgcaaaactagccagtacagtgatatttcctgaattagttgtag
taattctttatactatgtatcttgtatcttaccatctttacaagaggttt
cccagggggaaaatgcttgtagaaaaaaatacagataagttaaataggat
tgaacatgcacacattcaaggaagtaactgagcatagcagaattcagccc
attatctgaagttggcagggatatttcatttcatacatcatttagaggct
aattcaccacagtgattctataaatgtagttgctcttaaaatgttaattg
aatgagggacaaaaaagatttgttttcaataatgtctgtgccaaggtgca
cggagctcatgaaccttttaggcctcccaggaacaaaatcacatgtgact
gagttaatatccccaaatcactaactattttatagttttttaaaaagtag
taaaaagacatgctatttttaaacaatagagatccatttcacttgagggt
tctgtaatatatgtagtagaaaataaatgacatgtaaaacatgaaacagt
taattgccttgtttctcaggccaaattttaactttttgaaaaaaaatata
tatgtacatatatatatatattcagcacatattcaacacacacaaagccc
atattcaacacattcaaacatatgtttcacatatatttaatttttgaaat
gataataaaagttcatctttccctttatttctccttctacactctgctct
atatgccagcttttgcatggtgtatcggtgtgtgtggtttatgtgaatgc
atgtcacatggtgtgggtgctccctgcagggctttggggtgggatccctg
gattagagttcagaacagcttttgaacccacctaaatgtgggttgcttgg
aacgtgaactccaatcttttggaagagaaagaaaaac
gaattcacctccactgaactgatctaactgcaatggctccccattgactg
aatggattccactgcactgagtagaactgactaaatagaactgaactgca
ccaaactgtactaaactgaattcaactgaactccattgttctgtatgaac
taaactgaactgcccttcttaattagatatcactgttaaatatgtctgct
tccttctaccaactagcattacctacatagtcttactaaagttgtatact
acaaatgcctatatctaagtcatatcatatcataactgtcttagtcaggg
ttttactcctagggacagataccatgaccaaggcaacagttataaggaca
aaatttaattgggactggcttacaggttcagagcttcagtccatgttcat
catgctggaagcatggcagtgcataggcagtcatggtaaaagaggagctg
agagttctacatcttcaccttaaggctgctaagaagattggcttctgggc
agctaggacaagggtcttatagcctgtgaccataatgatacacctagtcc
aataaggccatacctactgcaacaagattacatgtccaaatagtgccact
ctatgggccaaatatgtacaaaccatcacagtaatccagggcacatttac
attccatctggatcacatagacattaaaaggcctttggatattattttat
gacagagcaaccatattgctccactataattcctttatactctctgttac
agtgtctgtatccagggacaatgttaagtagatataatgcaaaaagatta
ttgtacacttaacaacaagaacaacaaacaacacaatacttatacctatg
aagtcctcaatccaagaagatagactcctttgagttgtggagaggatgtg
ttcctgttgcttgatgcttctgtcaggacatcactatctttccttcatag
catgatatagataagttctgaagctctgagccagtgcctcctccgtaacc
ctccattgctatcaacacaaacaaagctgcagaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_10602514_10603692
seq2: B6Ng01-087P07.b_49_1235

seq1  GAATTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGA  50

seq1  TGTTCTTTACTGGATTGCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTACTGGATTGCTTCCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTAGA  100

seq1  GAACCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGCCCCTCCCACAAGGGGCCTTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGCCCCTCCCACAAGGGGCCTTTCC  150

seq1  TCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCCCACAGTTGGATCTCATGAAGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCCCACAGTTGGATCTCATGAAGGCA  200

seq1  TTTCCCCAACTGAAGCTCCTTTTTCTGTGATAACTCCACCTTGTGTCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCAACTGAAGCTCCTTTTTCTGTGATAACTCCACCTTGTGTCATG  250

seq1  TTGACATGCAAAACTAGCCAGTACAGTGATATTTCCTGAATTAGTTGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATGCAAAACTAGCCAGTACAGTGATATTTCCTGAATTAGTTGTAG  300

seq1  TAATTCTTTATACTATGTATCTTGTATCTTACCATCTTTACAAGAGGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTTTATACTATGTATCTTGTATCTTACCATCTTTACAAGAGGTTT  350

seq1  CCCAGGGGGAAAATGCTTGTAGAAAAAAATACAGATAAGTTAAATAGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGGGAAAATGCTTGTAGAAAAAAATACAGATAAGTTAAATAGGAT  400

seq1  TGAACATGCACACATTCAAGGAAGTAACTGAGCATAGCAGAATTCAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATGCACACATTCAAGGAAGTAACTGAGCATAGCAGAATTCAGCCC  450

seq1  ATTATCTGAAGTTGGCAGGGATATTTCATTTCATACATCATTTAGAGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTGAAGTTGGCAGGGATATTTCATTTCATACATCATTTAGAGGCT  500

seq1  AATTCACCACAGTGATTCTATAAATGTAGTTGCTCTTAAAATGTTAATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACCACAGTGATTCTATAAATGTAGTTGCTCTTAAAATGTTAATTG  550

seq1  AATGAGGGACAAAAAAGATTTGTTTTCAATAATGTCTGTGCCAAGGTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGGACAAAAAAGATTTGTTTTCAATAATGTCTGTGCCAAGGTGCA  600

seq1  CGGAGCTCATGAACCTTTTAGGCCTCCCAGGAACAAAATCACATGTGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGCTCATGAACCTTTTAGGCCTCCCAGGAACAAAATCACATGTGACT  650

seq1  GAGTTAATATCCCCAAATCACTAACTATTTTATAGTTTTTTAAAAAGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAATATCCCCAAATCACTAACTATTTTATAGTTTTTTAAAAAGTAG  700

seq1  TAAAAAGACATGCTATTTTTAAACAATAGAGATCCATTTCACTTGAGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGACATGCTATTTTTAAACAATAGAGATCCATTTCACTTGAGGGT  750

seq1  TCTGTAATATATGTAGTAGAAAATAAATGACATGTAAAACATGAAACAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAATATATGTAGTAGAAAATAAATGACATGTAAAACATGAAACAGT  800

seq1  TAATTGCCTTGTTTCTCAGGCCAAATTTTAACTTTTTGAAAAAAAATATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCCTTGTTTCTCAGGCCAAATTTTAACTTTTTGAAAAAAAATATA  850

seq1  TATGTACATATATATATATATTCAGCACATATTCAACACACACAAAGCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACATATATATATATATTCAGCACATATTCAACACACACAAAGCCC  900

seq1  ATATTCAACACATTCAAACATATGTTTCACATATATTTAATTTTTGAAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCAACACATTCAAACATATGTTTCACATATATTTAATTTTTGAAAT  950

seq1  GATAATAAAAGTTCATCTTTCCCTTTATTTTCTCCTTCTACACTCTGCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATAAAAGTTCATCTTTCCCTTTA-TTTCTCCTTCTACACTCTGCTC  999

seq1  TATATGCCAGCTTTTGCAT-GTGTATCGGTGTGTGT-GTTTATGTGAATG  1048
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TATATGCCAGCTTTTGCATGGTGTATCGGTGTGTGTGGTTTATGTGAATG  1049

seq1  CATGTCACAT-GTGTGAGTGCT-CCTGCAGTGCTTTGGTGTTGGATCCCC  1096
      |||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||| || |||| |||
seq2  CATGTCACATGGTGTGGGTGCTCCCTGCAGGGCTTTGGGGTGGGAT-CCC  1098

seq1  TGGAATTAGAGTTCCAGACAGC-TATGAA-CCACCTAAATGT-GGTTGCT  1143
      ||| ||||||||||   ||||| | |||| |||||||||||| |||||||
seq2  TGG-ATTAGAGTTCAGAACAGCTTTTGAACCCACCTAAATGTGGGTTGCT  1147

seq1  TGGAAC-TGAACTCCATTCTTT---GAGAGAAAGAAAAAC  1179
      |||||| ||||||||| |||||    ||||||||||||||
seq2  TGGAACGTGAACTCCAATCTTTTGGAAGAGAAAGAAAAAC  1187

seq1: chr5_10753651_10754307
seq2: B6Ng01-087P07.g_71_727 (reverse)

seq1  ATGGAATGTAAATGTGCCCTGGATTACTGTGATGGTTTGTACATATTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGTAAATGTGCCCTGGATTACTGTGATGGTTTGTACATATTTGG  50

seq1  CCCATAGAGTGGCACTATTTGGACATGTAATCTTGTTGCAGTAGGTATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAGAGTGGCACTATTTGGACATGTAATCTTGTTGCAGTAGGTATGG  100

seq1  CCTTATTGGACTAGGTGTATCATTATGGTCACAGGCTATAAGACCCTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATTGGACTAGGTGTATCATTATGGTCACAGGCTATAAGACCCTTGT  150

seq1  CCTAGCTGCCCAGAAGCCAATCTTCTTAGCAGCCTTAAGGTGAAGATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTGCCCAGAAGCCAATCTTCTTAGCAGCCTTAAGGTGAAGATGTA  200

seq1  GAACTCTCAGCTCCTCTTTTACCATGACTGCCTATGCACTGCCATGCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTCAGCTCCTCTTTTACCATGACTGCCTATGCACTGCCATGCTTC  250

seq1  CAGCATGATGAACATGGACTGAAGCTCTGAACCTGTAAGCCAGTCCCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGATGAACATGGACTGAAGCTCTGAACCTGTAAGCCAGTCCCAAT  300

seq1  TAAATTTTGTCCTTATAACTGTTGCCTTGGTCATGGTATCTGTCCCTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTTGTCCTTATAACTGTTGCCTTGGTCATGGTATCTGTCCCTAGG  350

seq1  AGTAAAACCCTGACTAAGACAGTTATGATATGATATGACTTAGATATAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAACCCTGACTAAGACAGTTATGATATGATATGACTTAGATATAGG  400

seq1  CATTTGTAGTATACAACTTTAGTAAGACTATGTAGGTAATGCTAGTTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTAGTATACAACTTTAGTAAGACTATGTAGGTAATGCTAGTTGGT  450

seq1  AGAAGGAAGCAGACATATTTAACAGTGATATCTAATTAAGAAGGGCAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAGCAGACATATTTAACAGTGATATCTAATTAAGAAGGGCAGTT  500

seq1  CAGTTTAGTTCATACAGAACAATGGAGTTCAGTTGAATTCAGTTTAGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTAGTTCATACAGAACAATGGAGTTCAGTTGAATTCAGTTTAGTAC  550

seq1  AGTTTGGTGCAGTTCAGTTCTATTTAGTCAGTTCTACTCAGTGCAGTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGTGCAGTTCAGTTCTATTTAGTCAGTTCTACTCAGTGCAGTGGA  600

seq1  ATCCATTCAGTCAATGGGGAGCCATTGCAGTTAGATCAGTTCAGTGGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTCAGTCAATGGGGAGCCATTGCAGTTAGATCAGTTCAGTGGAGG  650

seq1  TGAATTC  657
      |||||||
seq2  TGAATTC  657