BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089H18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 22,790,016 - 22,839,269
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042082
Upstream geneReln, LOC100041982, Orc5l, LOC100042049, LOC668232, LOC100042067, LOC671222, LOC625174, Lhfpl3, EG625219, LOC100042101
Downstream gene4930580E04Rik, BC050254, Srpk2, Pus7, Rint1, 4933427G23Rik, Tomm7, LOC671410, Drctnnb1a, LOC627317, Klhl7, LOC100042211, Nupl2, LOC434047, LOC100042244, Kcnh2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089H18.bB6Ng01-089H18.g
ACCDH902050DH902051
length1,1001,088
definitionDH902050|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089H18, 5' end.DH902051|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089H18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,790,016 - 22,791,130)(22,838,177 - 22,839,269)
sequence
gaattctatttcattatttcaatcaaaaaaagaatttgtataggtccaga
gggtcagatgttaaaatgacctgtaaatccatcttaacttcacaaatgac
ttaaccctgatttcccctgccaataaccaaaaggaacttcccacgaacta
agccagctcctatatctgcagctttgaactaaatactgattctttgccga
acaaagctggcgagtcaaagaatccaacaagtgagtgtgaaccctgtcat
tgctgatgccagtgctccctagtcagtgtgctcgctctgcagttctcatc
ttccagctgggcagcctggctcatcccgcaatctcagcacctgggaggct
tgccacaagttcaaggccagcctggtctacatagtaagttacagactaga
ctataagtataaaatgaaatcttgtctcaaaaaatagaaacaacaaaata
caaattaacagcaaccaaaaaaaaatcatcatccttcaaagcagaaatgg
ctaacactgttaaaagcaactttaattaaaaccttgtataaagcgaacaa
actgcggggcagtgatggcgcatgcctttaatcccagcagaaacagaggc
aggaggatctctgagccagcctggtctacagagccagttccaaaacagcc
agagctccaacagagaaacccagcctcaaaataaaataaacaaataaaaa
ctaaaattaaatttttgttctagaaagatttatatacttcttaggttctt
tgcctaacaaagcttgagggcccctctgagccactgaaatactttctgtg
ataaatgaaattgcctcaatgatgtcaaaagaattataaagtcgcttagt
cactgtcctgatcacactacagtttaaaagccgttggatggtttaagtgt
tgttgtactgccatctagtggtatacttctataaacagtatttgattttg
gtttaactctggtttggcttaatttgttttcagagacatagtctcactca
atctagacagcttaaattcacaaatatctactgcctcgctcccaatgtag
catataggaagtgatcaccacatctagccataatgaaacttttacgctct

gaattcacaccatttgactgaggcctcaaacttaatataggttgtgcact
ttgctgccatgacccacgctggttcttcaaaagtgggttcttttgaacct
ttgcccctggcattaagttagatgaacccacaccttgagaaggtgatcta
gagtttaacagaacagattttgtactttgagactctgagtcaggggtcaa
ctcaaaggactttatgctttgtaactgtggccctgaactgggctttacag
aacttatgcactgaggttttgactcaggattaaacccagaagaattcata
tcttgactttgtggaccagggttgtattccataggtgttatatccaagtc
tggagttaattcagacttcaaatctttcaagtgttgttcttgaagttttg
gagcttgtaaatgtgacccagggttgtagccaatagaatttacagactga
gatttttgacttagagtacatgcagaagaatttatatcttgcaaatgtat
tctagtattgcaccaaacaggatttacacacataatttgtggtgatgtaa
atgtacaaaaattcacaccttgaaaaagtggcccaagattatacctatta
gaattttcacacagaggattttgccctgcagtgtatacaaaagaatttac
tccttggatcccttgtgtttggctacagttacctgtttggaacttctcag
gttttacattttgaacatccggagcagtagcaaattcaaatgaggttgca
cctttgaattgtaagttagagttcatttcatctgtgggtttcatatttgc
agttttgattttgtattggctacagttacaggtttcacactttgctgttt
caaacatagggtgatcacaggttttcttatcttgcgtttgtggcagtgaa
gtcagttccttgggttttacatcttgcaagttgaggcccttgaaacacct
ccatagactttctcttggaaacagcatccttggtactaaagtcacaggac
tctctttgctctttgatcaagttccagtcatggcatttacatcttgaact
tgtgtatcacagccaacccttgttttttcaatcttgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_22790016_22791130
seq2: B6Ng01-089H18.b_46_1145

seq1  GAATTCTATTTCATTATTTCAATCAAAAAAAGAATTTGTATAGGTCCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTTCATTATTTCAATCAAAAAAAGAATTTGTATAGGTCCAGA  50

seq1  GGGTCAGATGTTAAAATGACCTGTAAATCCATCTTAACTTCACAAATGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGATGTTAAAATGACCTGTAAATCCATCTTAACTTCACAAATGAC  100

seq1  TTAACCCTGATTTCCCCTGCCAATAACCAAAAGGAACTTCCCACGAACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCCTGATTTCCCCTGCCAATAACCAAAAGGAACTTCCCACGAACTA  150

seq1  AGCCAGCTCCTATATCTGCAGCTTTGAACTAAATACTGATTCTTTGCCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCTCCTATATCTGCAGCTTTGAACTAAATACTGATTCTTTGCCGA  200

seq1  ACAAAGCTGGCGAGTCAAAGAATCCAACAAGTGAGTGTGAACCCTGTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCTGGCGAGTCAAAGAATCCAACAAGTGAGTGTGAACCCTGTCAT  250

seq1  TGCTGATGCCAGTGCTCCCTAGTCAGTGTGCTCGCTCTGCAGTTCTCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATGCCAGTGCTCCCTAGTCAGTGTGCTCGCTCTGCAGTTCTCATC  300

seq1  TTCCAGCTGGGCAGCCTGGCTCATCCCGCAATCTCAGCACCTGGGAGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCTGGGCAGCCTGGCTCATCCCGCAATCTCAGCACCTGGGAGGCT  350

seq1  TGCCACAAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACATAGTAAGTTACAGACTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACATAGTAAGTTACAGACTAGA  400

seq1  CTATAAGTATAAAATGAAATCTTGTCTCAAAAAATAGAAACAACAAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAGTATAAAATGAAATCTTGTCTCAAAAAATAGAAACAACAAAATA  450

seq1  CAAATTAACAGCAACCAAAAAAAAATCATCATCCTTCAAAGCAGAAATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAACAGCAACCAAAAAAAAATCATCATCCTTCAAAGCAGAAATGG  500

seq1  CTAACACTGTTAAAAGCAACTTTAATTAAAACCTTGTATAAAGCGAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACACTGTTAAAAGCAACTTTAATTAAAACCTTGTATAAAGCGAACAA  550

seq1  ACTGCGGGGCAGTGATGGCGCATGCCTTTAATCCCAGCAGAAACAGAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCGGGGCAGTGATGGCGCATGCCTTTAATCCCAGCAGAAACAGAGGC  600

seq1  AGGAGGATCTCTGAGCCAGCCTGGTCTACAGAGCCAGTTCCAAAACAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGATCTCTGAGCCAGCCTGGTCTACAGAGCCAGTTCCAAAACAGCC  650

seq1  AGAGCTCCAACAGAGAAACCCAGCCTCAAAATAAAATAAACAAATAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCCAACAGAGAAACCCAGCCTCAAAATAAAATAAACAAATAAAAA  700

seq1  CTAAAATTAAATTTTTGTTCTAGAAAGATTTATATACTTCTTAGGTTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATTAAATTTTTGTTCTAGAAAGATTTATATACTTCTTAGGTTCTT  750

seq1  TGCCTAACAAAGCTTGAGGGCCCCTCTGAGCCACTGAAATACTTTCTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAACAAAGCTTGAGGGCCCCTCTGAGCCACTGAAATACTTTCTGTG  800

seq1  ATAAATGAAATTGCCTCAATGATGTCAAAAAGAATTATAAAGTCGCTTAG  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGAAATTGCCTCAATGATGTC-AAAAGAATTATAAAGTCGCTTAG  849

seq1  TCACTGTCCTGATCACACTACAGTTTAAAAGCCGTTGGATGGTTTAAGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCACTGTCCTGATCACACTACAGTTTAAAAGCCGTTGGATGGTTTAA-GT  898

seq1  GTTGTTGTACTGCCATCTAGTGGTATACTTCTATAAACAGTATTTGATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTACTGCCATCTAGTGGTATACTTCTATAAACAGTATTTGATTT  948

seq1  TGGTTTTAACTCTGGTTT-GCTTAATTTGTTTTCAGAGACATAGTCTCAA  999
      ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGG-TTTAACTCTGGTTTGGCTTAATTTGTTTTCAGAGACATAGTCTC-A  996

seq1  CTCAATTCTAGACCAGCCTTAAATTCACAATAATTCTACTGCCTCCGCCT  1049
      ||||| |||||| ||| ||||||||||||| |  |||||||||||   ||
seq2  CTCAA-TCTAGA-CAG-CTTAAATTCACAA-ATATCTACTGCCTC--GCT  1040

seq1  CCCAAATTGTAGCATTATA-GAAGTGAATCACCACATCTAGCCAATAAAT  1098
      |||||  ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||   |||
seq2  CCCAA--TGTAGCA-TATAGGAAGTG-ATCACCACATCTAGCCA--TAAT  1084

seq1  GAAAACTTTAACGCTCT  1115
      | ||||||| |||||||
seq2  G-AAACTTTTACGCTCT  1100

seq1: chr5_22838177_22839269
seq2: B6Ng01-089H18.g_70_1157 (reverse)

seq1  TTCAAGATTTGAAAAACAAGGGGTTGGCCTGTGATACACATGTTCAAGAT  50
      |||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  TTCAAGATTGAAAAAACAA-GGGTTGG-CTGTGATACACAAGTTCAAGAT  48

seq1  GTAAATGCCATGGACTTGAAACTTGAACCAAAGAAGCAAGAGGAGAGTCC  100
      ||||||||||| ||| || |||||| | ||||| ||||  | ||||||||
seq2  GTAAATGCCAT-GAC-TGGAACTTG-ATCAAAG-AGCA--AAGAGAGTCC  92

seq1  TGTGACTTTAGTACCAAGGATGCTGTTT-CAAGAG-AAGTCTATGGAGGT  148
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  TGTGACTTTAGTACCAAGGATGCTGTTTCCAAGAGAAAGTCTATGGAGGT  142

seq1  GTTTCAAGGGCCTCAAC-TGCAAGGTGTAAAACCCAAGGAACTGACTTCA  197
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAAGGGCCTCAACTTGCAAGATGTAAAACCCAAGGAACTGACTTCA  192

seq1  CTGCCACAAACGCAAGAT-AGGAAACCTGTGATCACCCTATGTTTGAAAC  246
      |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACAAACGCAAGATAAGAAAACCTGTGATCACCCTATGTTTGAAAC  242

seq1  AGCAAAGTGTGAAACCTGTAACTGTAGCCAATACAAAATCAAAACCTGCA  296
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGCAAAGTGTGAAACCTGTAACTGTAGCCAATACAAAATCAAAA-CTGCA  291

seq1  AATATGAAACCCACAGATGAAATGAACTCTAACTTACAATTCAAAGGTGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAAACCCACAGATGAAATGAACTCTAACTTACAATTCAAAGGTGC  341

seq1  AACCTCATTTGAATTTGCTACTGCTCCGGATGTTCAAAATGTAAAACCTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCATTTGAATTTGCTACTGCTCCGGATGTTCAAAATGTAAAACCTG  391

seq1  AGAAGTTCCAAACAGGTAACTGTAGCCAAACACAAGGGATCCAAGGAGTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTCCAAACAGGTAACTGTAGCCAAACACAAGGGATCCAAGGAGTA  441

seq1  AATTCTTTTGTATACACTGCAGGGCAAAATCCTCTGTGTGAAAATTCTAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTTTGTATACACTGCAGGGCAAAATCCTCTGTGTGAAAATTCTAA  491

seq1  TAGGTATAATCTTGGGCCACTTTTTCAAGGTGTGAATTTTTGTACATTTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATAATCTTGGGCCACTTTTTCAAGGTGTGAATTTTTGTACATTTA  541

seq1  CATCACCACAAATTATGTGTGTAAATCCTGTTTGGTGCAATACTAGAATA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCACAAATTATGTGTGTAAATCCTGTTTGGTGCAATACTAGAATA  591

seq1  CATTTGCAAGATATAAATTCTTCTGCATGTACTCTAAGTCAAAAATCTCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCAAGATATAAATTCTTCTGCATGTACTCTAAGTCAAAAATCTCA  641

seq1  GTCTGTAAATTCTATTGGCTACAACCCTGGGTCACATTTACAAGCTCCAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTAAATTCTATTGGCTACAACCCTGGGTCACATTTACAAGCTCCAA  691

seq1  AACTTCAAGAACAACACTTGAAAGATTTGAAGTCTGAATTAACTCCAGAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCAAGAACAACACTTGAAAGATTTGAAGTCTGAATTAACTCCAGAC  741

seq1  TTGGATATAACACCTATGGAATACAACCCTGGTCCACAAAGTCAAGATAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATATAACACCTATGGAATACAACCCTGGTCCACAAAGTCAAGATAT  791

seq1  GAATTCTTCTGGGTTTAATCCTGAGTCAAAACCTCAGTGCATAAGTTCTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGGGTTTAATCCTGAGTCAAAACCTCAGTGCATAAGTTCTG  841

seq1  TAAAGCCCAGTTCAGGGCCACAGTTACAAAGCATAAAGTCCTTTGAGTTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCCAGTTCAGGGCCACAGTTACAAAGCATAAAGTCCTTTGAGTTG  891

seq1  ACCCCTGACTCAGAGTCTCAAAGTACAAAATCTGTTCTGTTAAACTCTAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGACTCAGAGTCTCAAAGTACAAAATCTGTTCTGTTAAACTCTAG  941

seq1  ATCACCTTCTCAAGGTGTGGGTTCATCTAACTTAATGCCAGGGGCAAAGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTTCTCAAGGTGTGGGTTCATCTAACTTAATGCCAGGGGCAAAGG  991

seq1  TTCAAAAGAACCCACTTTTGAAGAACCAGCGTGGGTCATGGCAGCAAAGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAGAACCCACTTTTGAAGAACCAGCGTGGGTCATGGCAGCAAAGT  1041

seq1  GCACAACCTATATTAAGTTTGAGGCCTCAGTCAAATGGTGTGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAACCTATATTAAGTTTGAGGCCTCAGTCAAATGGTGTGAATTC  1088