BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089K08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 64,722,775 - 64,893,910
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbc1d1, LOC433894
Upstream gene3110047P20Rik, LOC100042133, 0610040J01Rik, AA536743, LOC100041636, LOC100041646, Pgm1, Ppia-ps22
Downstream geneLOC100042198, Klf3, Tlr1, Tlr6, 9130005N14Rik, Tmem156, Klhl5, Wdr19, Rfc1, Klb, Rpl9, Lias, Ugdh, 1110003E01Rik, 4930589O11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089K08.bB6Ng01-089K08.g
ACCDH902172DH902173
length9261,115
definitionDH902172|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089K08, 5' end.DH902173|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089K08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,892,984 - 64,893,910)(64,722,775 - 64,723,889)
sequence
gaattcactatgcagaccacgctggccttgcgttcacagagacctacctg
cctctgcctcctagtcgatgtttcaaaccagattggaactggaagtcctt
ttacctctacctccaaaatgctgggtgtgcaggcatgtaccaccatggct
gactcgaaagctatttctcaagagaacacaactgacatcgctgtcacctc
tttgtacctttgactgtgtccacctgcctacaaaaatgctgtcctcacac
cattctatcatgaaaaaccaagccacaccagtctgggaacatgtcccgtt
cctcatctgtgtgacacgagggaggcagtgtgagaccccggagtgtgatc
actcattgtggcctctgtatatgaaatacagtatggtcttcattatggag
aatggccctgcggttccaacaaatctttcatctttataaaatcccaggta
gggaagctctccctccagtcacagtcctctatgcctagattctatgaaac
tgcttgtgacttggactcaggttttctttacctacgctttgagatagaga
ctattctctaaggtctgcccgggccttgggtgtgatggccttggattaat
tttttttttctctttgtttctgttaaatatggcctggcacctttcctggg
acgctgtgacaaacacttcagacccatttgtgttgctgggtgtggctttg
cctgcacctcctcctcacaaggtgaaaacaggagctgagtgccactggag
ggagggattctgctcccggaaatcccccatggagccaattccgttccaaa
tctttctcaaaacccagaggagaagcacaacagctggtagctcccccctg
ccccccccccatgattctatattctgggactggagggacagagtgtgtgc
gtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgt
gaattcaatggcatggaaagaggaggcaaaatgccttgatgtttttgtgt
tggttacatgttaggatgataatattggatctgttgggttaaacatctta
ttaaaatggattccacgtgtaactttaaaattattgtgtgtgcacatgat
gtggccatgtgggtatgtgtgccatgtgcgtatgtggaggacagcttggc
tgagtcggttgtctccgtccaccagtgcataggcttcagggattgacctc
tggttagcaggcttatacaggtgcccttacccattgagccatctcgttgg
ccccactgtaacaccagaactgtgtagattccctttagctcttgcatcat
ggtctcatgtagctgttaactgagagctgaacaaagataccttgcctctt
ctgctcacgtggacatatacaatgctgtatgtagccacacatggtcagag
actccaggagtcttcactcagccctgcacctagcctaggggacaaatctc
agggtgggaaatggatgtgcggatctccaggttagtggaggggaactgtg
tttgtgtgtgcacagagcgtttgggggaatgtctgttgatgaagagagta
gcaaaagcaagaagggagtttggaatgcaaatgtctgtcttcttcaatcc
aagcgcagatgtgttttggggtgaactaaaagctttctaaggggaatgga
ggacaaacctgtggatttgcaggatctcctcctgccccactgaggcaagc
tcagtaactccagctagtatttgctgtgggcccagatgtgcctgctgcca
ttgatgacgagctaggccatggttctcgccagtgtcaaagctgggcccat
gcacctctgcacttaacgaggcacctttcctgttcctagaaacttccttc
tctgtctatcgctttggcaggcttcagcaatgaaagcctcctgggtgaaa
taaggcacacacagaagagtggcacgtttatttttagcagtttcttatag
gtgtctatgtgcatacttggtgccgaacaccgtcttgataaaggacaact
gttggggttactttctttctaccactcgggccctggagatcaacctcagg
tttgtcaccttatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_64892984_64893910
seq2: B6Ng01-089K08.b_44_969 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACTCTGTCCCTCCAGTCC  50
      ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACAGACACACACACGCACACACTCTGTCCCTCCAGTCC  50

seq1  CAGAATATAGAATCATGGGGGGGGGGGCAGGGGGGAGCTACCAGCTGTTG  100
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATATAGAATCAT-GGGGGGGGGGCAGGGGGGAGCTACCAGCTGTTG  99

seq1  TGCTTCTCCTCTGGGTGTTGAGAAAGATTTGGAACGGAATTGGCTCCATG  150
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTCCTCTGGGTTTTGAGAAAGATTTGGAACGGAATTGGCTCCATG  149

seq1  GGGGATTTCCGGGAGCAGAATCCCTCCCTCCAGTGGCACTCAGCTCCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATTTCCGGGAGCAGAATCCCTCCCTCCAGTGGCACTCAGCTCCTGT  199

seq1  TTTCACCTTGTGAGGAGGAGGTGCAGGCAAAGCCACACCCAGCAACACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCTTGTGAGGAGGAGGTGCAGGCAAAGCCACACCCAGCAACACAA  249

seq1  ATGGGTCTGAAGTGTTTGTCACAGCGTCCCAGGAAAGGTGCCAGGCCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTCTGAAGTGTTTGTCACAGCGTCCCAGGAAAGGTGCCAGGCCATA  299

seq1  TTTAACAGAAACAAAGAGAAAAAAAAAATTAATCCAAGGCCATCACACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAGAAACAAAGAGAAAAAAAAAATTAATCCAAGGCCATCACACCC  349

seq1  AAGGCCCGGGCAGACCTTAGAGAATAGTCTCTATCTCAAAGCGTAGGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCGGGCAGACCTTAGAGAATAGTCTCTATCTCAAAGCGTAGGTAA  399

seq1  AGAAAACCTGAGTCCAAGTCACAAGCAGTTTCATAGAATCTAGGCATAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCTGAGTCCAAGTCACAAGCAGTTTCATAGAATCTAGGCATAGA  449

seq1  GGACTGTGACTGGAGGGAGAGCTTCCCTACCTGGGATTTTATAAAGATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGTGACTGGAGGGAGAGCTTCCCTACCTGGGATTTTATAAAGATGA  499

seq1  AAGATTTGTTGGAACCGCAGGGCCATTCTCCATAATGAAGACCATACTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTGTTGGAACCGCAGGGCCATTCTCCATAATGAAGACCATACTGT  549

seq1  ATTTCATATACAGAGGCCACAATGAGTGATCACACTCCGGGGTCTCACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATATACAGAGGCCACAATGAGTGATCACACTCCGGGGTCTCACAC  599

seq1  TGCCTCCCTCGTGTCACACAGATGAGGAACGGGACATGTTCCCAGACTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCCTCGTGTCACACAGATGAGGAACGGGACATGTTCCCAGACTGG  649

seq1  TGTGGCTTGGTTTTTCATGATAGAATGGTGTGAGGACAGCATTTTTGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTTGGTTTTTCATGATAGAATGGTGTGAGGACAGCATTTTTGTAG  699

seq1  GCAGGTGGACACAGTCAAAGGTACAAAGAGGTGACAGCGATGTCAGTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGGACACAGTCAAAGGTACAAAGAGGTGACAGCGATGTCAGTTGT  749

seq1  GTTCTCTTGAGAAATAGCTTTCGAGTCAGCCATGGTGGTACATGCCTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTTGAGAAATAGCTTTCGAGTCAGCCATGGTGGTACATGCCTGCA  799

seq1  CACCCAGCATTTTGGAGGTAGAGGTAAAAGGACTTCCAGTTCCAATCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGCATTTTGGAGGTAGAGGTAAAAGGACTTCCAGTTCCAATCTGG  849

seq1  TTTGAAACATCGACTAGGAGGCAGAGGCAGGTAGGTCTCTGTGAACGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAACATCGACTAGGAGGCAGAGGCAGGTAGGTCTCTGTGAACGCAA  899

seq1  GGCCAGCGTGGTCTGCATAGTGAATTC  927
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCGTGGTCTGCATAGTGAATTC  926

seq1: chr5_64722775_64723889
seq2: B6Ng01-089K08.g_71_1185

seq1  GAATTCAATGGCATGGAAAGAGGAGGCAAAATGCCTTGATGTTTTTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGCATGGAAAGAGGAGGCAAAATGCCTTGATGTTTTTGTGT  50

seq1  TGGTTACATGTTAGGATGATAATATTGGATCTGTTGGGTTAAACATCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTACATGTTAGGATGATAATATTGGATCTGTTGGGTTAAACATCTTA  100

seq1  TTAAAATGGATTCCACGTGTAACTTTAAAATTATTGTGTGTGCACATGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGGATTCCACGTGTAACTTTAAAATTATTGTGTGTGCACATGAT  150

seq1  GTGGCCATGTGGGTATGTGTGCCATGTGCGTATGTGGAGGACAGCTTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCATGTGGGTATGTGTGCCATGTGCGTATGTGGAGGACAGCTTGGC  200

seq1  TGAGTCGGTTGTCTCCGTCCACCAGTGCATAGGCTTCAGGGATTGACCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCGGTTGTCTCCGTCCACCAGTGCATAGGCTTCAGGGATTGACCTC  250

seq1  TGGTTAGCAGGCTTATACAGGTGCCCTTACCCATTGAGCCATCTCGTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGCAGGCTTATACAGGTGCCCTTACCCATTGAGCCATCTCGTTGG  300

seq1  CCCCACTGTAACACCAGAACTGTGTAGATTCCCTTTAGCTCTTGCATCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTGTAACACCAGAACTGTGTAGATTCCCTTTAGCTCTTGCATCAT  350

seq1  GGTCTCATGTAGCTGTTAACTGAGAGCTGAACAAAGATACCTTGCCTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCATGTAGCTGTTAACTGAGAGCTGAACAAAGATACCTTGCCTCTT  400

seq1  CTGCTCACGTGGACATATACAATGCTGTATGTAGCCACACATGGTCAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCACGTGGACATATACAATGCTGTATGTAGCCACACATGGTCAGAG  450

seq1  ACTCCAGGAGTCTTCACTCAGCCCTGCACCTAGCCTAGGGGACAAATCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGGAGTCTTCACTCAGCCCTGCACCTAGCCTAGGGGACAAATCTC  500

seq1  AGGGTGGGAAATGGATGTGCGGATCTCCAGGTTAGTGGAGGGGAACTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGGAAATGGATGTGCGGATCTCCAGGTTAGTGGAGGGGAACTGTG  550

seq1  -TTGTGTGTGCACAGAGCGTTTGGGGGAATGTCTGTTGATGAAGAGAGTA  599
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGTGCACAGAGCGTTTGGGGGAATGTCTGTTGATGAAGAGAGTA  600

seq1  GCAAAAGCAAGAAGGGAGTTTGGAATGCAAATGTCTGTCTTCTTCAATCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGCAAGAAGGGAGTTTGGAATGCAAATGTCTGTCTTCTTCAATCC  650

seq1  AAGCGCAGATGTGTTTTGGGGTGAACTAAAAGCTTTCTAA-GGGAATGGA  698
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGCGCAGATGTGTTTTGGGGTGAACTAAAAGCTTTCTAAGGGGAATGGA  700

seq1  GGACAAACCTGTGGATTTGCAGGATCTCCTCCTGCCCCACTGAGGCAAGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAACCTGTGGATTTGCAGGATCTCCTCCTGCCCCACTGAGGCAAGC  750

seq1  TCAGTAACTCCAGCTAGTA-TTGCTGT-GGCCCAGATGTGCCTGCTGCCA  796
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAACTCCAGCTAGTATTTGCTGTGGGCCCAGATGTGCCTGCTGCCA  800

seq1  TTGATGACGAGCTAGGCCATGGTTCTCGCCAGTGTCAAAGCTGGGCCCAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGACGAGCTAGGCCATGGTTCTCGCCAGTGTCAAAGCTGGGCCCAT  850

seq1  GCACCTCTGCACTTAACGAGGCACC-TTCCTGTTCCTAGAAACTTCCTTC  895
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTCTGCACTTAACGAGGCACCTTTCCTGTTCCTAGAAACTTCCTTC  900

seq1  TCTGTCTATCGCTTTGGCAGGCTTCAGCAATGAAAGCCTCCTGGGTGAAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTATCGCTTTGGCAGGCTTCAGCAATGAAAGCCTCCTGGGTGAAA  950

seq1  TAAGGCACACACAGAAGAAGTGCCACGTTTTTATTTTTAGCAGTTTTCTT  995
      ||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||| ||||||
seq2  TAAGGCACACACAGAAG-AGTGGCACG--TTTATTTTTAGCAG-TTTCTT  996

seq1  TATTGTGTCTATGTGCATACTT-GTGCCGTAGCACACGTCTTGATTAGAG  1044
          |||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||| || ||
seq2  ATAGGTGTCTATGTGCATACTTGGTGCCG-AACAC-CGTCTTGA-TAAAG  1043

seq1  GACAACCTGTGGGGTTACTTTCCTTCTACCACTCGGGCCCTGGAGATCAA  1094
      ||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTGTTGGGGTTACTTTCTTTCTACCACTCGGGCCCTGGAGATCAA  1093

seq1  ACTCAGG-TTGTCAGCTTAACT  1115
       |||||| |||||| |||| ||
seq2  CCTCAGGTTTGTCACCTTATCT  1115