BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-090K16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 52,318,777 - 52,432,122
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666265, LOC100041059, Ppargc1a
Downstream geneDhx15, Sod3, Gm447, LOC100041805, Lgi2, LOC545750, D5Ertd135e, Pi4k2b, Zcchc4, Anapc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-090K16.bB6Ng01-090K16.g
ACCDH902905DH902906
length1,1841,184
definitionDH902905|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090K16, 5' end.DH902906|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-090K16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,430,926 - 52,432,122)(52,318,777 - 52,320,008)
sequence
gaattccagaccactaactaccccatcagttcaggtggactcacggtgct
taagcagtgcctcataaagcccccttgtttacgaatcatatctctgccaa
ccgggacggatgccagagtccacccgctgaagggaggcgataaaaatagg
aggcagctttatgggacacaccttttatcttcgtgtgagactttcaaagc
ggatcgcgccgttctctatcaaaaatagctctgctcagctcacagtatgt
tcttgaagaatctgatgggggagggaggctgtggcatgaggcctcgtggt
gcgctttagggctttccgttcccccttttaggattcgctggccctgaggt
gctatcaacatgataggttaattgtactccaaggactgctctcgtacagt
ccagactgacactgacatatgctggtctaaggcgtgagaacctttatttt
taaagaaaagatctgcactgagttgtcaatcacttacaaaggaaggagag
ctgggtgtaatgatttatggcaactgggtgcatctcgctaccctttctgc
cttgtttccttgggtcttagctgacagatccaacaggaaggggtagatat
tatgattctcccagtatcagagtttcctagggtctccctagtgctctcac
agctgaatcggaatgataattaatctggtcaatttgccattaggagttaa
tttctgctggtaccttctggatcccatggcgggtcacaatcctgtggtcc
actgatctttaaaagaacagatagcaagtctgtctctgagtccattgaaa
gtgatttaccagtttcatgttaaatatatgggacagttggtcttgcgaca
gcaatgcaattattctggaaagaattttcagtatgaaaataaagaagtta
aaatagtcataatttactgctccgagtatggggcagctgtttctgctcga
tctttattctataagtctttaaatgagagatttatgagattatttatttg
atgtcttttatgctcatgcattttaatacaacttaatagttttgagatga
agattaattttgttttttactgcagaataaatgtatttccagggagacac
acccacgaattggtttctatattcttgtgaaatatacagatcacacggcc
cctctcgcgcatacaggtcagtgctaccagaccc
gaattctctgggcctgagttctctgctcagcaaagtgaaagctcattgtt
acgatgaaggatggagagctgatgtacaaagtgcctgagagggtctaaca
caccagagggagtcctgatgagacagaccctgattccctttcaggttaag
cctgattccatatttcctgttttgactatgtgtattcctatgttataaaa
tgctgaaaatgaaaagcagtataaataacccttgaattatctttaaacga
ttgtgtatggtttagagggaaaaaaatctatagacatataaaacactcag
gatgtcaaatatacagtatcatcattctgcacgatcatagctaatacagt
cccatctaaattgcagtctcatatttgacataattatacataaccaaaca
ctaataaaaattgctgccttatatttcaaattggtaattatggcagtaaa
cattaacaacatgtcagatataagatggtgatttgttctgaaatgtatta
gaaatcattatactgtatgataattttaattacagtttggtagctagaga
gcatgcagcagtctccgcctccaagtgcatgatggaagctcactgctctt
gggctctgccctagccctggctgcaatttaacaatagtgtgagcccagtc
tcccaggacaactggaatagcatgagatttgaagtcactcttccaagatt
ttaatctttgctctgtcactttctgagcacttgaatttaaataaaggcaa
tctctctgtgcctctgttttctgtcctttaaaatggaagatagggaccag
caggatggctcagtacctgaaagtgcttgccaccaacacctgacaatctg
agtttggtgctcaggtaccacatggtagagagaaccaactcaaacagctg
ccctcagacctcacaggttcactgtcgcacaacacactctgaaatcagaa
atgcaaactttcatgaaaacaagactacttacttcaggggcttgtaatgc
agagctagcacactctgtgtgcggtgctagctagtcaggaacattagaaa
tctcatacaatgctatgaataatgacatttgaatatataagaacatcctc
tacttcagctcaaccaaatatgaattcatgttctaataaccgaacagtca
gccacttcaggattctccaaaaaatggaatcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_52430926_52432122
seq2: B6Ng01-090K16.b_51_1234 (reverse)

seq1  GGGTCTGGTTAGCAACTGACTTGTATGCG---GAGGG--CGTG----CTG  41
      |||||||| |||| |||||| ||||||||   |||||  ||||    |||
seq2  GGGTCTGG-TAGC-ACTGACCTGTATGCGCGAGAGGGGCCGTGTGATCTG  48

seq1  ---ATTTCACAA-AGGAAAAAAACCACAATCGTGGTGTG-GTCT-CCTGA  85
         ||||||||| |  | | |||||| | |||||| ||| |||| |||| 
seq2  TATATTTCACAAGAATATAGAAACCA-ATTCGTGG-GTGTGTCTCCCTGG  96

seq1  GAATACATTTATTTCTGCAGTATAAAACAAAATTAAATTCTTCAATCTCA  135
       |||||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||| 
seq2  AAATACATTTA-TTCTGCAGTAAAAAACAAAATTAA--TCTTC-ATCTC-  141

seq1  AAAACTATTAAAAGGTTGTATTTAAAATGCATGAAGCATTAAAAAGACAT  185
      |||||||||||   |||||| |||||||||||| |||||  |||||||||
seq2  AAAACTATTAA---GTTGTA-TTAAAATGCATG-AGCAT--AAAAGACAT  184

seq1  CAAAATTAAAATAATCTCATAAATCTCTTCATTTAAAAGACTTATTAGAA  235
      ||||    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||
seq2  CAAA---TAAATAATCTCATAAATCTC-TCATTT-AAAGACTTA-TAGAA  228

seq1  TACAGATCGAGGCAGAAAACAGCTGCCCCATACTCGGGAGCAGTAAATTA  285
      || ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TAAAGATCGA-GCAG-AAACAGCTGCCCCATACTC-GGAGCAGTAAATTA  275

seq1  TGACTATTTTAACTTTCTTTTATTTTCATACTGAAAATTCTTTTCCAGAA  335
      |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGACTATTTTAACTT--CTTTATTTTCATACTGAAAATTC-TTTCCAGAA  322

seq1  TAATTGCATTGCTGTCGCAAGACCAACTGTCCCATATATTTAACATGAAA  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCATTGCTGTCGCAAGACCAACTGTCCCATATATTTAACATGAAA  372

seq1  CTGGTAAATCACTTTCAATGGACTCAGAGACAGACTTGCTATCTGTTCTT  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAAATCACTTTCAATGGACTCAGAGACAGACTTGCTATCTGTTCTT  422

seq1  TTAAAGATCAGTGGACCACAGGATTGTGACCCGCCATGGGATCCAGAAGG  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGATCAGTGGACCACAGGATTGTGACCCGCCATGGGATCCAGAAGG  472

seq1  TACCAGCAGAAATTAACTCCTAATGGCAAATTGACCAGATTAATTATCAT  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCAGAAATTAACTCCTAATGGCAAATTGACCAGATTAATTATCAT  522

seq1  TCCGATTCAGCTGTGAGAGCACTAGGGAGACCCTAGGAAACTCTGATACT  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGATTCAGCTGTGAGAGCACTAGGGAGACCCTAGGAAACTCTGATACT  572

seq1  GGGAGAATCATAATATCTACCCCTTCCTGTTGGATCTGTCAGCTAAGACC  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAATCATAATATCTACCCCTTCCTGTTGGATCTGTCAGCTAAGACC  622

seq1  CAAGGAAACAAGGCAGAAAGGGTAGCGAGATGCACCCAGTTGCCATAAAT  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAACAAGGCAGAAAGGGTAGCGAGATGCACCCAGTTGCCATAAAT  672

seq1  CATTACACCCAGCTCTCCTTCCTTTGTAAGTGATTGACAACTCAGTGCAG  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACACCCAGCTCTCCTTCCTTTGTAAGTGATTGACAACTCAGTGCAG  722

seq1  ATCTTTTCTTTAAAAATAAAGGTTCTCACGCCTTAGACCAGCATATGTCA  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTCTTTAAAAATAAAGGTTCTCACGCCTTAGACCAGCATATGTCA  772

seq1  GTGTCAGTCTGGACTGTACGAGAGCAGTCCTTGGAGTACAATTAACCTAT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGTCTGGACTGTACGAGAGCAGTCCTTGGAGTACAATTAACCTAT  822

seq1  CATGTTGATAGCACCTCAGGGCCAGCGAATCCTAAAAGGGGGAACGGAAA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGATAGCACCTCAGGGCCAGCGAATCCTAAAAGGGGGAACGGAAA  872

seq1  GCCCTAAAGCGCACCACGAGGCCTCATGCCACAGCCTCCCTCCCCCATCA  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAAAGCGCACCACGAGGCCTCATGCCACAGCCTCCCTCCCCCATCA  922

seq1  GATTCTTCAAGAACATACTGTGAGCTGAGCAGAGCTATTTTTGATAGAGA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTCAAGAACATACTGTGAGCTGAGCAGAGCTATTTTTGATAGAGA  972

seq1  ACGGCGCGATCCGCTTTGAAAGTCTCACACGAAGATAAAAGGTGTGTCCC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCGCGATCCGCTTTGAAAGTCTCACACGAAGATAAAAGGTGTGTCCC  1022

seq1  ATAAAGCTGCCTCCTATTTTTATCGCCTCCCTTCAGCGGGTGGACTCTGG  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCTGCCTCCTATTTTTATCGCCTCCCTTCAGCGGGTGGACTCTGG  1072

seq1  CATCCGTCCCGGTTGGCAGAGATATGATTCGTAAACAAGGGGGCTTTATG  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCGTCCCGGTTGGCAGAGATATGATTCGTAAACAAGGGGGCTTTATG  1122

seq1  AGGCACTGCTTAAGCACCGTGAGTCCACCTGAACTGATGGGGTAGTTAGT  1185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACTGCTTAAGCACCGTGAGTCCACCTGAACTGATGGGGTAGTTAGT  1172

seq1  GGTCTGGAATTC  1197
      ||||||||||||
seq2  GGTCTGGAATTC  1184

seq1: chr5_52318777_52320008
seq2: B6Ng01-090K16.g_70_1253

seq1  GAATTCTCTGGGCCTGAGTTCTCTGCTCAGCAAAGTGAAAGCTCATTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGGCCTGAGTTCTCTGCTCAGCAAAGTGAAAGCTCATTGTT  50

seq1  ACGATGAAGGATGGAGAGCTGATGTACAAAGTGCCTGAGAGGGTCTAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATGAAGGATGGAGAGCTGATGTACAAAGTGCCTGAGAGGGTCTAACA  100

seq1  CACCAGAGGGAGTCCTGATGAGACAGACCCTGATTCCCTTTCAGGTTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAGGGAGTCCTGATGAGACAGACCCTGATTCCCTTTCAGGTTAAG  150

seq1  CCTGATTCCATATTTCCTGTTTTGACTATGTGTATTCCTATGTTATAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATTCCATATTTCCTGTTTTGACTATGTGTATTCCTATGTTATAAAA  200

seq1  TGCTGAAAATGAAAAGCAGTATAAATAACCCTTGAATTATCTTTAAACGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAAATGAAAAGCAGTATAAATAACCCTTGAATTATCTTTAAACGA  250

seq1  TTGTGTATGGTTTAGAGGGAAAAAAATCTATAGACATATAAAACACTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTATGGTTTAGAGGGAAAAAAATCTATAGACATATAAAACACTCAG  300

seq1  GATGTCAAATATACAGTATCATCATTCTGCACGATCATAGCTAATACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCAAATATACAGTATCATCATTCTGCACGATCATAGCTAATACAGT  350

seq1  CCCATCTAAATTGCAGTCTCATATTTGACATAATTATACATAACCAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTAAATTGCAGTCTCATATTTGACATAATTATACATAACCAAACA  400

seq1  CTAATAAAAATTGCTGCCTTATATTTCAAATTGGTAATTATGGCAGTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAAAATTGCTGCCTTATATTTCAAATTGGTAATTATGGCAGTAAA  450

seq1  CATTAACAACATGTCAGATATAAGATGGTGATTTGTTCTGAAATGTATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAACAACATGTCAGATATAAGATGGTGATTTGTTCTGAAATGTATTA  500

seq1  GAAATCATTATACTGTATGATAATTTTAATTACAGTTTGGTAGCTAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCATTATACTGTATGATAATTTTAATTACAGTTTGGTAGCTAGAGA  550

seq1  GCATGCAGCAGTCTCCGCCTCCAAGTGCATGATGGAAGCTCACTGCTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCAGCAGTCTCCGCCTCCAAGTGCATGATGGAAGCTCACTGCTCTT  600

seq1  GGGCTCTGCCCTAGCCCTGGCTGCAATTTAACAATAGTGTGAGCCCAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTGCCCTAGCCCTGGCTGCAATTTAACAATAGTGTGAGCCCAGTC  650

seq1  TCCCAGGACAACTGGAATAGCATGAGATTTGAAGTCACTCTTCCAAGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGACAACTGGAATAGCATGAGATTTGAAGTCACTCTTCCAAGATT  700

seq1  TTAATCTTTGCTCTGTCACTTTCTGAGCACTTGAATTTAAATAAAGGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTTTGCTCTGTCACTTTCTGAGCACTTGAATTTAAATAAAGGCAA  750

seq1  TCTCTCTGTGCCTCTGTTTTCTGTCCTTTAAAATGGAAGATAGGGACCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGTGCCTCTGTTTTCTGTCCTTTAAAATGGAAGATAGGGACCAG  800

seq1  CAGGATGGCTCAGTACCTGAAGGTGCTTGCCACCAACACCTGACAATCTG  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGGCTCAGTACCTGAAAGTGCTTGCCACCAACACCTGACAATCTG  850

seq1  AGTTTGGTGCTCAGGTACCACATGGTAGAGAGAACCAACTCAAACAAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGTTTGGTGCTCAGGTACCACATGGTAGAGAGAACCAACTCAAAC-AGCT  899

seq1  GCCCTCAGACCTCCACAGGTTCACTGTCGCACAAACACACTCTGAAATCA  950
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  GCCCTCAGACCT-CACAGGTTCACTGTCGCAC-AACACACTCTGAAATC-  946

seq1  AGAAATGCAAACTTTTCATGGAAAACAAGACTACCTACTTCAGGGGGCTG  1000
      |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||
seq2  AGAAATGCAAAC-TTTCAT-GAAAACAAGACTACTTACTTCAGGGGCTTG  994

seq1  TAATGGCAGAGCTAGCAACCACTCTGTGTGCGGTGCTTAGCCTAGTACAG  1050
      |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||| || 
seq2  TAAT-GCAGAGCTAGCA--CACTCTGTGTGCGGTGC-TAG-CTAGT-CA-  1037

seq1  GGAACATAGGAAATCTTCAATACAACATGGTTATTGATATTAAT--GGAC  1098
      |||||||  |||||||   ||||||         || ||| |||   |||
seq2  GGAACATTAGAAATCT--CATACAA---------TGCTATGAATAATGAC  1076

seq1  ATTTGATATTAATAGACACATCACTTTCCTAAACTTTCAAGCTCAAACTC  1148
      |||||| ||  |||   |||      ||||  ||||   |||||||   |
seq2  ATTTGA-ATATATAAGAACA------TCCTCTACTT--CAGCTCAA---C  1114

seq1  TAAATAATAGAAATCCAATGTTCTATTTAACATCAAACATGCTAGCCATC  1198
       |||||   ||| ||  ||||||||  ||||  | |||| |  ||||| |
seq2  CAAATA--TGAATTC--ATGTTCTA-ATAAC--CGAACA-GTCAGCCA-C  1155

seq1  TCTCAGGATATTCTTCAAAATAAATGGAATCTTT  1232
      | |||||  ||||| ||||  |||||||||||||
seq2  T-TCAGG--ATTCTCCAAA--AAATGGAATCTTT  1184