BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-092H20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 34,326,730 - 34,459,851
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1673, LOC100040427, Nat8l, Poln
Upstream geneDepdc5, Ywhah, LOC100040169, Slc5a1, Spon2, Ctbp1, Maea, 4933407H18Rik, LOC672284, 2410018C17Rik, Slbp, Tmem129, Tacc3, Fgfr3, Letm1, LOC100040332, Whsc1, Whsc2
Downstream geneBC023882, Mxd4, Zfyve28, EG433874, A830049F12Rik, LOC100040061, Rnf4, BC037112, LOC100040480, Tnip2, Sh3bp2, Add1, 0610009O03Rik, Nol14, Gprk2l, Hdh, A930005I04Rik, Rgs12, Hgfac, Dok7, Lrpap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-092H20.bB6Ng01-092H20.g
ACCDH904240DH904241
length1,001733
definitionDH904240|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092H20, 5' end.DH904241|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092H20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,458,851 - 34,459,851)(34,326,730 - 34,327,462)
sequence
gaattcttgtcagcattgtcaattgttttattgatgttggacatgctgac
tggggtaagatggaatctcagagtagttttaatttacatttccctaatgg
ctaaggatgttgcacatttctttaaatgtttctcagtcatttgtgtttca
tatttggaaaactctctgcttagtgtaaagatgggaaacaattgcctgta
acttgaatgaatgctaagtgaccttttcctttgcagttgctgattttgta
ggactagatcccagagttgctgcatggctcatagaccccagtgacactgc
accttcatttgaagatttagtagcaaaacacctagaaaagtccatcacag
tcaaaccaagcagcacattcagagaagcctcaagaaatactttggtaaga
tgtttaagataaggttctgtctaccttaatatagccctaacttttcccac
ttcataaacaatctaatagtaaccagaatatagccagcacccattttcat
gtcattgtcctatccaaatcctttattgctgaggtgtttctggtagaggt
caatgaataaagatgagagatttccaggcatgtctcattatagtatactt
ttatggattctctagtgtcagtagcacctcctctgtgagcagaggactgt
ccttttgtaaatctttagcactagtgacatgttcttgttgactgactttt
ggggacagccacctcagtctaggtagagaagacaaggtgagtttcttcaa
gccctcttgtgctgtggatacccctggtcttcaaaagctacctctcctga
aggagatatgttagcgagcagtgcagtcacaaccatgatcccccttctca
gccacatggtggaacactacagatgaacattcagttgtgagaacctgcac
atcctgcccttcatcctcataactaccatgtgtagagtaagggtctgtgt
cccatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagata
g
gaattcatgcagcgcgcccttcaggacctacggaaaaccgcctacagcct
ggacgcacgggtgagtatacaaggtcagggaggtctgagtttggcctgta
ggcaccccaagatgtagccactttagggatctggatctaggtctcacttg
aaaacgcccccatgcccagcgccaagatctcgggatcctatgtcctgaga
cttgtgtactccagggatgtgtatccgtaaactaggatctccagtgagag
atgagcccagagtaagaagaaacaggctgtggcacagagtctatggtgtg
tgacaaatggaaagctaagttggaccagagatctgggtgtttgtcctgga
gtcttaggtcctcagaggttgggtgaacttggatctctcaatccctggaa
tgtagccaagggagttgaccttgtacagagaattgttggaagcaggaaga
aggaaagatcccacctgcacggtcagaaggacactccccacagtggtgtc
tctccccacttctcagtgagcaggcatccactcctttgtggattgtgggg
ccagagttcatgctttgagtatccatgtgagttgaaagatggctggagtg
gttattctggcgtagggatgagtgtgaggagggaccccagcgatgggagc
tactatggaggggatggaggtgataaagcactgaagggtagagaggggca
aggtgaggtggcttggaattcccagcagggtac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_34458851_34459851
seq2: B6Ng01-092H20.b_44_1044 (reverse)

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGG  50

seq1  GACACAGACCCTTACTCTACACATGGTAGTTATGAGGATGAAGGGCAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGACCCTTACTCTACACATGGTAGTTATGAGGATGAAGGGCAGGA  100

seq1  TGTGCAGGTTCTCACAACTGAATGTTCATCTGTAGTGTTCCACCATGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGGTTCTCACAACTGAATGTTCATCTGTAGTGTTCCACCATGTGG  150

seq1  CTGAGAAGGGGGATCATGGTTGTGACTGCACTGCTCGCTAACATATCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAGGGGGATCATGGTTGTGACTGCACTGCTCGCTAACATATCTCC  200

seq1  TTCAGGAGAGGTAGCTTTTGAAGACCAGGGGTATCCACAGCACAAGAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAGAGGTAGCTTTTGAAGACCAGGGGTATCCACAGCACAAGAGGG  250

seq1  CTTGAAGAAACTCACCTTGTCTTCTCTACCTAGACTGAGGTGGCTGTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGAAACTCACCTTGTCTTCTCTACCTAGACTGAGGTGGCTGTCCC  300

seq1  CAAAAGTCAGTCAACAAGAACATGTCACTAGTGCTAAAGATTTACAAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTCAGTCAACAAGAACATGTCACTAGTGCTAAAGATTTACAAAAG  350

seq1  GACAGTCCTCTGCTCACAGAGGAGGTGCTACTGACACTAGAGAATCCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTCCTCTGCTCACAGAGGAGGTGCTACTGACACTAGAGAATCCATA  400

seq1  AAAGTATACTATAATGAGACATGCCTGGAAATCTCTCATCTTTATTCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATACTATAATGAGACATGCCTGGAAATCTCTCATCTTTATTCATT  450

seq1  GACCTCTACCAGAAACACCTCAGCAATAAAGGATTTGGATAGGACAATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCTACCAGAAACACCTCAGCAATAAAGGATTTGGATAGGACAATGA  500

seq1  CATGAAAATGGGTGCTGGCTATATTCTGGTTACTATTAGATTGTTTATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAATGGGTGCTGGCTATATTCTGGTTACTATTAGATTGTTTATGA  550

seq1  AGTGGGAAAAGTTAGGGCTATATTAAGGTAGACAGAACCTTATCTTAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAAAAGTTAGGGCTATATTAAGGTAGACAGAACCTTATCTTAAAC  600

seq1  ATCTTACCAAAGTATTTCTTGAGGCTTCTCTGAATGTGCTGCTTGGTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACCAAAGTATTTCTTGAGGCTTCTCTGAATGTGCTGCTTGGTTTG  650

seq1  ACTGTGATGGACTTTTCTAGGTGTTTTGCTACTAAATCTTCAAATGAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGATGGACTTTTCTAGGTGTTTTGCTACTAAATCTTCAAATGAAGG  700

seq1  TGCAGTGTCACTGGGGTCTATGAGCCATGCAGCAACTCTGGGATCTAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGTCACTGGGGTCTATGAGCCATGCAGCAACTCTGGGATCTAGTC  750

seq1  CTACAAAATCAGCAACTGCAAAGGAAAAGGTCACTTAGCATTCATTCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAATCAGCAACTGCAAAGGAAAAGGTCACTTAGCATTCATTCAAG  800

seq1  TTACAGGCAATTGTTTCCCATCTTTACACTAAGCAGAGAGTTTTCCAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGCAATTGTTTCCCATCTTTACACTAAGCAGAGAGTTTTCCAAAT  850

seq1  ATGAAACACAAATGACTGAGAAACATTTAAAGAAATGTGCAACATCCTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACACAAATGACTGAGAAACATTTAAAGAAATGTGCAACATCCTTA  900

seq1  GCCATTAGGGAAATGTAAATTAAAACTACTCTGAGATTCCATCTTACCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTAGGGAAATGTAAATTAAAACTACTCTGAGATTCCATCTTACCCC  950

seq1  AGTCAGCATGTCCAACATCAATAAAACAATTGACAATGCTGACAAGAATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCATGTCCAACATCAATAAAACAATTGACAATGCTGACAAGAATT  1000

seq1  C  1001
      |
seq2  C  1001

seq1: chr5_34326730_34327462
seq2: B6Ng01-092H20.g_68_800

seq1  GAATTCATGCAGCGCGCCCTTCAGGACCTACGGAAAACCGCCTACAGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCAGCGCGCCCTTCAGGACCTACGGAAAACCGCCTACAGCCT  50

seq1  GGACGCACGGGTGAGTATACAAGGTCAGGGAGGTCTGAGTTTGGCCTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGCACGGGTGAGTATACAAGGTCAGGGAGGTCTGAGTTTGGCCTGTA  100

seq1  GGCACCCCAAGATGTAGCCACTTTAGGGATCTGGATCTAGGTCTCACTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCCCAAGATGTAGCCACTTTAGGGATCTGGATCTAGGTCTCACTTG  150

seq1  AAAACGCCCCCATGCCCAGCGCCAAGATCTCGGGATCCTATGTCCTGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGCCCCCATGCCCAGCGCCAAGATCTCGGGATCCTATGTCCTGAGA  200

seq1  CTTGTGTACTCCAGGGATGTGTATCCGTAAACTAGGATCTCCAGTGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTACTCCAGGGATGTGTATCCGTAAACTAGGATCTCCAGTGAGAG  250

seq1  ATGAGCCCAGAGTAAGAAGAAACAGGCTGTGGCACAGAGTCTATGGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCCAGAGTAAGAAGAAACAGGCTGTGGCACAGAGTCTATGGTGTG  300

seq1  TGACAAATGGAAAGCTAAGTTGGACCAGAGATCTGGGTGTTTGTCCTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAATGGAAAGCTAAGTTGGACCAGAGATCTGGGTGTTTGTCCTGGA  350

seq1  GTCTTAGGTCCTCAGAGGTTGGGTGAACTTGGATCTCTCAATCCCTGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGGTCCTCAGAGGTTGGGTGAACTTGGATCTCTCAATCCCTGGAA  400

seq1  TGTAGCCAAGGGAGTTGACCTTGTACAGAGAATTGTTGGAAGCAGGAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCAAGGGAGTTGACCTTGTACAGAGAATTGTTGGAAGCAGGAAGA  450

seq1  AGGAAAGATCCCACCTGCACGGTCAGAAGGACACTCCCCACAGTGGTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGATCCCACCTGCACGGTCAGAAGGACACTCCCCACAGTGGTGTC  500

seq1  TCTCCCCACTTCTCAGTGAGCAGGCATCCACTCCTTTGTGGATTGTGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCACTTCTCAGTGAGCAGGCATCCACTCCTTTGTGGATTGTGGGG  550

seq1  CCAGAGTTCATGCTTTGAGTATCCATGTGAGTTGAAAGATGGCTGGAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTTCATGCTTTGAGTATCCATGTGAGTTGAAAGATGGCTGGAGTG  600

seq1  GTTATTCTGGCGTAGGGATGAGTGTGAGGAGGGACCCCAGCGATGGGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTCTGGCGTAGGGATGAGTGTGAGGAGGGACCCCAGCGATGGGAGC  650

seq1  TACTATGGAGGGGATGGAGGTGATAAAGCACTGAAGGGTAGAGAGGGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATGGAGGGGATGGAGGTGATAAAGCACTGAAGGGTAGAGAGGGGCA  700

seq1  AGGTGAGGTGGCTTGGAAGTCCCAGCAGGGTAC  733
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGGTGAGGTGGCTTGGAATTCCCAGCAGGGTAC  733