BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-092M20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 90,059,826 - 90,217,217
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdamts3
Upstream geneRufy3, Grsf1, Mobkl1a, Dck, Mkrn1-ps1, Slc4a4, Gc, LOC622870, Npffr2, LOC631105
Downstream geneEG665733, Cox18, Ankrd17, Alb1, Afp, Afm, LOC100040105, LOC622307, Rassf6, Cxcl5, Ppbp, Cxcl4, Gm1960
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-092M20.bB6Ng01-092M20.g
ACCDH904461DH904462
length1,0421,056
definitionDH904461|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092M20, 5' end.DH904462|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092M20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,059,826 - 90,060,867)(90,216,145 - 90,217,217)
sequence
gaattctttgtttagctctgtaccccatttttgatagggttatttggttt
tctggagtccaatcttgagttctctctatatattgaataatagcccccta
ttggatttaaggttggtaaagatcctttcccaatcttttggtggcctttt
tgtggagagatactttttccaacattgtattcatttcttttattattatt
attattgaatattttctttatttacgtttcaaatgttatcccctttcctg
gtttttccctcctgaaaaccccctatctcttcccctcctcttcccccgct
tctatgagggtgttcctccactcacccacccacccactcccacctcccca
ccctcgaattcccctacactggggcctcaagccttcacaggaccaaggac
ctctcctccctttgatgcctgacaaggcatcctctgctacatatggcact
ggagccgtgggtccctccatgtgtactccttggttggtagtttagtcctt
ggggctctgggggtgtgtggttggttgatactgttgtttttcctatgggg
ttgcaaaccccttcagctccttcagccctttctcgaactcctatgtactc
agtagcaagattgatgaatctatggtaatttcaattttaagtttgtttgt
ttgtttgtttgttttttaagacagcaataaatgctgtttgccatgagtat
atggccaagtgtgagcagctattctgttatcttctttcatgttgtcttca
tttgttttttcctattgtggccattctactgaaaaaaaaaaaagaggggt
gtgctcttgcaacttttagtttaacttttgttatttttgaagacaacatt
gtaaattgctagagactttgagtacatcacccaatcatatcaggcaaagg
aagctaaaggagagtcaacttttctcataacaggctctcttagctcaggc
ctgctgccagttgccttttcatggtgtgtttacactgaagtttcaaaaca
acttgtgagatcagaccatctgtcccagagattctagatgca
gaattcatagattccatttatttatatttcctttgagtcatcttcagatt
tgtttttaaatcttctgtggtgccaggaatgaatggcagtcactccacca
ctgagctgaattcctggccccaaattcaggagagtatgcatcgaaaattc
attttgattggcatgtgacttttaagcagttcttctcaagctgtagtctt
cagaccaccatcgtttgcaacatgtgaagtactgcttaaaattgcagatg
tctgatggccagcacagcccttctgaatcagaccctggagtgtggaatac
ggaaacagctctgaggttgggacctaaattctttggcatgttaacatttg
tgacctactttaggagttaattatattagtcatatcgtcatatttcagtt
atttattatgggaataagtggatcttgggatattggcaggggcagttttt
caaattcatgtgtttcctaggagctttgatgctggaatataatttgaata
acagagtaattgaattggaagctactttagagattacccagtcaaatcct
catgatttttctcagattgagaaacagccaaaaggggtttaaataacttt
agaagtcatacttttttctttttagaaaagctgtgaacagaacctaattg
cttggttaaccaagctaaggctccaatatcctacatacacacacacgtga
tcttgcatgcatgcatacacacatgtgtactgagaaatgggctcactgtg
taaccttggcatgtttggaacatgctatgtagagcaggctggcctcaaac
tcagagatccaccagcctctgccttctaagtgctaggatgaacttgtggg
ccaccacacttggcttcctcttgtgagcattcaatcacaatgaaccttgg
tagcttgttgaattggctatattataaagtgaatgtacatgggactttag
tatctaaataggcttattttggagacttttgtctcaaaagagagtagcaa
gtggctttaatgatatccacattctccatattaaggtcatatttctttga
gaatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_90059826_90060867
seq2: B6Ng01-092M20.b_46_1087

seq1  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTGATAGGGTTATTTGGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTGATAGGGTTATTTGGTTT  50

seq1  TCTGGAGTCCAATCTTGAGTTCTCTCTATATATTGAATAATAGCCCCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTCCAATCTTGAGTTCTCTCTATATATTGAATAATAGCCCCCTA  100

seq1  TTGGATTTAAGGTTGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTTTTGGTGGCCTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTTAAGGTTGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTTTTGGTGGCCTTTT  150

seq1  TGTGGAGAGATACTTTTTCCAACATTGTATTCATTTCTTTTATTATTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGAGATACTTTTTCCAACATTGTATTCATTTCTTTTATTATTATT  200

seq1  ATTATTGAATATTTTCTTTATTTACGTTTCAAATGTTATCCCCTTTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGAATATTTTCTTTATTTACGTTTCAAATGTTATCCCCTTTCCTG  250

seq1  GTTTTTCCCTCCTGAAAACCCCCTATCTCTTCCCCTCCTCTTCCCCCGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCCCTCCTGAAAACCCCCTATCTCTTCCCCTCCTCTTCCCCCGCT  300

seq1  TCTATGAGGGTGTTCCTCCACTCACCCACCCACCCACTCCCACCTCCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGAGGGTGTTCCTCCACTCACCCACCCACCCACTCCCACCTCCCCA  350

seq1  CCCTCGAATTCCCCTACACTGGGGCCTCAAGCCTTCACAGGACCAAGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGAATTCCCCTACACTGGGGCCTCAAGCCTTCACAGGACCAAGGAC  400

seq1  CTCTCCTCCCTTTGATGCCTGACAAGGCATCCTCTGCTACATATGGCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTCCCTTTGATGCCTGACAAGGCATCCTCTGCTACATATGGCACT  450

seq1  GGAGCCGTGGGTCCCTCCATGTGTACTCCTTGGTTGGTAGTTTAGTCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCGTGGGTCCCTCCATGTGTACTCCTTGGTTGGTAGTTTAGTCCTT  500

seq1  GGGGCTCTGGGGGTGTGTGGTTGGTTGATACTGTTGTTTTTCCTATGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTCTGGGGGTGTGTGGTTGGTTGATACTGTTGTTTTTCCTATGGGG  550

seq1  TTGCAAACCCCTTCAGCTCCTTCAGCCCTTTCTCGAACTCCTATGTACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAACCCCTTCAGCTCCTTCAGCCCTTTCTCGAACTCCTATGTACTC  600

seq1  AGTAGCAAGATTGATGAATCTATGGTAATTTCAATTTTAAGTTTGTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCAAGATTGATGAATCTATGGTAATTTCAATTTTAAGTTTGTTTGT  650

seq1  TTGTTTGTTTGTTTTTTAAGACAGCAAT-AATGCTGTTTGCCATGAGTAT  699
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTGTTTTTTAAGACAGCAATAAATGCTGTTTGCCATGAGTAT  700

seq1  ATGGCCAAGTGTGAGCAGCTATTCTGTTATCTTC-TTCATGTTGTCTTCA  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGGCCAAGTGTGAGCAGCTATTCTGTTATCTTCTTTCATGTTGTCTTCA  750

seq1  TTTG-TTTTTCCTATTGTGGCCATTCTACTG-AAAAAAAAAAAGAGGGGT  796
      |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTTCCTATTGTGGCCATTCTACTGAAAAAAAAAAAAGAGGGGT  800

seq1  GTGCTCTTGCAACTTTTAGTTTAACTTTTGTTATTTTTGAAGACAACATT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTTGCAACTTTTAGTTTAACTTTTGTTATTTTTGAAGACAACATT  850

seq1  GTAAATTGCTAGAGAC-TTGAGTACATCACCCAATCATATCAGGCAAAGG  895
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTGCTAGAGACTTTGAGTACATCACCCAATCATATCAGGCAAAGG  900

seq1  AAGCT-AAGGAGAGTCAAC-TTTCTCATAACAGGCTCCTCTTAGCTCAGG  943
      ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  AAGCTAAAGGAGAGTCAACTTTTCTCATAACAGGCT-CTCTTAGCTCA-G  948

seq1  GCCTGCTGCCAGTTGCCTTTACAT-GTGTGTTTACACTTGAGTTTCCAAA  992
      |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||||| |||
seq2  GCCTGCTGCCAGTTGCCTTTTCATGGTGTGTTTACACTGAAGTTTCAAAA  998

seq1  AGCAAACTTGTGAGATTCAGACCATCTGTCCCAGAGCATTCTTAGATGCA  1042
          ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  ---CAACTTGTGAGA-TCAGACCATCTGTCCCAGAG-ATTC-TAGATGCA  1042

seq1: chr5_90216145_90217217
seq2: B6Ng01-092M20.g_68_1123 (reverse)

seq1  AGATTCTCAAAGAAAATTATGACCCCTGTCATATGGAGAATGTGTGAATT  50
      |||||||||||||||  |||||||    | |||||||||||||| ||  |
seq2  AGATTCTCAAAGAAA--TATGACC---TTAATATGGAGAATGTG-GA--T  42

seq1  ATTCATTAAAAGCCACTTTGCTTAACTCTCTTTTGAGACAAAAGTCTCCA  100
      | ||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TCATT-AAAGCCAC-TTGCT--ACTCTCTTTTGAGACAAAAGTCTCCA  87

seq1  AAATAGGCCTTAATTTAGATTACTAAAGTCCCATGTACATTCACTTTATT  150
      ||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAATAAGCCT--ATTTAGA-TACTAAAGTCCCATGTACATTCACTTTA-T  133

seq1  AATATAGCCAATTCAACAAGCTACCAAGGTTCATTGTGATTGAATGCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGCCAATTCAACAAGCTACCAAGGTTCATTGTGATTGAATGCTCA  183

seq1  CAAGAGGAAGCCAAGTGTGGTGGCCCACAAGTTCATCCTAGCACTTAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGAAGCCAAGTGTGGTGGCCCACAAGTTCATCCTAGCACTTAGAA  233

seq1  GGCAGAGGCTGGTGGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGCTCTACATAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGCTGGTGGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGCTCTACATAGC  283

seq1  ATGTTCCAAACATGCCAAGGTTACACAGTGAGCCCATTTCTCAGTACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCAAACATGCCAAGGTTACACAGTGAGCCCATTTCTCAGTACACA  333

seq1  TGTGTGTATGCATGCATGCAAGATCACGTGTGTGTGTATGTAGGATATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGCATGCATGCAAGATCACGTGTGTGTGTATGTAGGATATTG  383

seq1  GAGCCTTAGCTTGGTTAACCAAGCAATTAGGTTCTGTTCACAGCTTTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTAGCTTGGTTAACCAAGCAATTAGGTTCTGTTCACAGCTTTTCT  433

seq1  AAAAAGAAAAAAGTATGACTTCTAAAGTTATTTAAACCCCTTTTGGCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAAAAAGTATGACTTCTAAAGTTATTTAAACCCCTTTTGGCTGT  483

seq1  TTCTCAATCTGAGAAAAATCATGAGGATTTGACTGGGTAATCTCTAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAATCTGAGAAAAATCATGAGGATTTGACTGGGTAATCTCTAAAGT  533

seq1  AGCTTCCAATTCAATTACTCTGTTATTCAAATTATATTCCAGCATCAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCAATTCAATTACTCTGTTATTCAAATTATATTCCAGCATCAAAG  583

seq1  CTCCTAGGAAACACATGAATTTGAAAAACTGCCCCTGCCAATATCCCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAGGAAACACATGAATTTGAAAAACTGCCCCTGCCAATATCCCAAG  633

seq1  ATCCACTTATTCCCATAATAAATAACTGAAATATGACGATATGACTAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACTTATTCCCATAATAAATAACTGAAATATGACGATATGACTAATA  683

seq1  TAATTAACTCCTAAAGTAGGTCACAAATGTTAACATGCCAAAGAATTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAACTCCTAAAGTAGGTCACAAATGTTAACATGCCAAAGAATTTAG  733

seq1  GTCCCAACCTCAGAGCTGTTTCCGTATTCCACACTCCAGGGTCTGATTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAACCTCAGAGCTGTTTCCGTATTCCACACTCCAGGGTCTGATTCA  783

seq1  GAAGGGCTGTGCTGGCCATCAGACATCTGCAATTTTAAGCAGTACTTCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGCTGTGCTGGCCATCAGACATCTGCAATTTTAAGCAGTACTTCAC  833

seq1  ATGTTGCAAACGATGGTGGTCTGAAGACTACAGCTTGAGAAGAACTGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGCAAACGATGGTGGTCTGAAGACTACAGCTTGAGAAGAACTGCTT  883

seq1  AAAAGTCACATGCCAATCAAAATGAATTTTCGATGCATACTCTCCTGAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCACATGCCAATCAAAATGAATTTTCGATGCATACTCTCCTGAAT  933

seq1  TTGGGGCCAGGAATTCAGCTCAGTGGTGGAGTGACTGCCATTCATTCCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGCCAGGAATTCAGCTCAGTGGTGGAGTGACTGCCATTCATTCCTG  983

seq1  GCACCACAGAAGATTTAAAAACAAATCTGAAGATGACTCAAAGGAAATAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACAGAAGATTTAAAAACAAATCTGAAGATGACTCAAAGGAAATAT  1033

seq1  AAATAAATGGAATCTATGAATTC  1073
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATGGAATCTATGAATTC  1056