BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-092N09
Chromosome5 (Build37)
Map Location 109,074,332 - 109,156,630
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem175, Dgkq, Idua, Slc26a1, LOC100042616, Fgfrl1
Upstream geneAW060207, Gfi1, LOC100042473, Evi5, 1700013N18Rik, Rpl5, 2900024C23Rik, LOC675566, Mtf2, Tmed5, Ccdc18, EG633606, LOC666614, Dr1, Pigg, Pde6b, Atp5k, Mfsd7, Pcgf3, LOC100042557, Cplx1, LOC100042571, Gak
Downstream geneLOC671564, 1810008K16Rik, EG627479, EG435864, EG667087, LOC100041615, V2r16, LOC545792, EG384219, Vmn2r12, LOC231589, EG231591, LOC667128, EG211223, EG384220, EG636052, EG384221, LOC667159, LOC667171, Tpte2, EG667185, LOC671695, LOC636173, LOC624831, LOC100041734
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-092N09.bB6Ng01-092N09.g
ACCDH904487DH904488
length1,1641,113
definitionDH904487|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092N09, 5' end.DH904488|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092N09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,155,452 - 109,156,630)(109,074,332 - 109,075,447)
sequence
gaattcagcagatgcagccataccaccatctcaccccactccactcttcc
ctcaacagatgcagccagaccaccatctcaccccactccactcttccctc
agaggagctcttggtcacaaggtctgattattcagatgcaattttaaaat
tttaaaactcttccattgctttggattacacacataaattttgataccat
ggtttttagcatttgacactatttttatttcgtcacaattgagcttttgg
gagccatttaattccagggcacatttggtggagtttagatgtttaccctt
gtcggtgctttcatcagctcttatcattaacaccagttgttcttttcctg
taaccttcacttaagtaaacatgtaggtagttgcccaaattctactactt
acacaggttgtggcactccaggatggggctcctgggtgtcactagtcaat
actaaaagcccacattcatctcccaatggcagcgtagagatgtgggttat
tcagatgcaaggtgtttggaagtcagaggccagtggtggtgggtgaagtg
agcactagagggcgctgggccacacaagctggagctgccctgagtccctg
ttggattcatttcacagaaaaacaagtggtctattcagtgtagaactggg
aaaggttcaggcaactgaaaaaactcacacaggggaaaatgatgaggtca
gatgcaaaggctccccagttactcgccagtgttagtaaccggcaaaccca
agtgaaccaagtttattaatgacaccaggggcacacactgggaacaagtg
tgttcctaaaagctaggggctatctgaggagtgttctacgtgcaagagca
ggacagtgagccttaaagactataactcaacattcagggatggagcagag
tccccacagccttagatactctacactggattcttatttaataggtaatc
agccttatatagcattgtatctcatatctccttaactatagcacactcag
taggtcagtgaatattttacccttacccactataactgtctgtcttcttt
tctcatggcctcttctgctgagtcatactcccatcacccctccttgttgt
tgtatttgaacaagatcttgctgggtaaccaggagtgtgtacaccatggc
tgtttatagcttta
gaattctagccaatagaaggctactaccttctacctgaagtctaacctcg
agtgacagccctcaggctttttcctgcccttacactaagatttggaggaa
gtagttggtacttgggtgtcccatcattcatgtccaggtgatgggttccc
atcccttgactctatgtgttagaacacagcttgcaagatttaggatagct
gtggagaatctctcctataggtgtcctaccctcagaaggctgaccctcaa
caatcaaccagggctatctgtcatttctggctgtcagatagggccaccag
ttagaagagaatatataggactggttaaattagcattgtgagggaagaac
agtaactgtttagtatgctaaatatatgtaagtagcacatagggaacatt
tttgtgttctgaagatcacacatcattaatctcaaattcactttatgatg
cttggtcttggtctacccttctggtcctgtcatctctgggaggttgttac
aaatgccatctgttcatacttcccagtgaggacaatgttccggatcccaa
ggatgtgcaagagaaattcagtggcagccttgtggctgccctgggtgcat
atgggccacaattcttggcatacttcggctccttcgccacagtgggtctc
ctctggtttgctcaccattcactcttcctgcatgtccggaaggctacaca
gaccatggggttactcaacatactatcgctggcctttgtgggtggccttc
ctctggcctaccagcagacctcagcttttgcccggcaaccccatgatgaa
cttgagcgtgtgcgtgtcagctgtgccatcatcttctttgccagcatctt
ccagtttgccatctggactacagccctgctgcatcagacagaaacactgc
agccagctgtgcaatttggtgggcaggagcatgctttcatgtttgccaag
cttgcactgtatccctgtgccagcctgctggcctttgctgcaactgccta
ctgagtcgtttcagcacagccatcttccacctcatgcaaatttcagtgcc
ctttgcattccttgttgcctcgtcttcttgtacccttggcctggcagcct
ttcagtcctcggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_109155452_109156630
seq2: B6Ng01-092N09.b_47_1210 (reverse)

seq1  TAAAGCTATATAAACAGCCATGGTGGTACACACATCCTGGGTTACACAGC  50
      ||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||
seq2  TAAAGC--TATAAACAGCCATGGT-GTACACAC-TCCT-GGTTACCCAGC  45

seq1  AAGATCCTGTTTCAAATAACAAACAACAAGGA-GGGTGATGTGGAGTATG  99
      |||||| || ||||||||   ||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  AAGATCTTG-TTCAAATA--CAACAACAAGGAGGGGTGATG-GGAGTATG  91

seq1  AACTCAAGCAGAAGGAGGACAATGAAGAAAAGAAGACAGACAGTTATAGT  149
       |||| ||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  -ACTC-AGCAGAA-GAGG-CCATG-AGAAAAGAAGACAGACAGTTATAGT  136

seq1  GGGTAAGGGTAAAATATTCACTGAACCTACTGAGTGTGCTATAGTTAAGG  199
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAGGGTAAAATATTCACTG-ACCTACTGAGTGTGCTATAGTTAAGG  185

seq1  AGATATGAGATACAATGCTATTATAAGGCTGATTACCTATTAAATAAGAA  249
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGAGATACAATGCTA-TATAAGGCTGATTACCTATTAAATAAGAA  234

seq1  TCCAGTGTAGAGTATCTAAGGCTGTGGGGACTCTGCTCCATCCCTGAATG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGTAGAGTATCTAAGGCTGTGGGGACTCTGCTCCATCCCTGAATG  284

seq1  TTGAGTTATAGTCTTTAAGGCTCACTGTCCTGCTCTTGCACGTAGAACAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTATAGTCTTTAAGGCTCACTGTCCTGCTCTTGCACGTAGAACAC  334

seq1  TCCTCAGATAGCCCCTAGCTTTTAGGAACACACTTGTTCCCAGTGTGTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGATAGCCCCTAGCTTTTAGGAACACACTTGTTCCCAGTGTGTGC  384

seq1  CCCTGGTGTCATTAATAAACTTGGTTCACTTGGGTTTGCCGGTTACTAAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTGTCATTAATAAACTTGGTTCACTTGGGTTTGCCGGTTACTAAC  434

seq1  ACTGGCGAGTAACTGGGGAGCCTTTGCATCTGACCTCATCATTTTCCCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCGAGTAACTGGGGAGCCTTTGCATCTGACCTCATCATTTTCCCCT  484

seq1  GTGTGAGTTTTTTCAGTTGCCTGAACCTTTCCCAGTTCTACACTGAATAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGTTTTTTCAGTTGCCTGAACCTTTCCCAGTTCTACACTGAATAG  534

seq1  ACCACTTGTTTTTCTGTGAAATGAATCCAACAGGGACTCAGGGCAGCTCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTTGTTTTTCTGTGAAATGAATCCAACAGGGACTCAGGGCAGCTCC  584

seq1  AGCTTGTGTGGCCCAGCGCCCTCTAGTGCTCACTTCACCCACCACCACTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTGTGGCCCAGCGCCCTCTAGTGCTCACTTCACCCACCACCACTG  634

seq1  GCCTCTGACTTCCAAACACCTTGCATCTGAATAACCCACATCTCTACGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGACTTCCAAACACCTTGCATCTGAATAACCCACATCTCTACGCT  684

seq1  GCCATTGGGAGATGAATGTGGGCTTTTAGTATTGACTAGTGACACCCAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGGGAGATGAATGTGGGCTTTTAGTATTGACTAGTGACACCCAGG  734

seq1  AGCCCCATCCTGGAGTGCCACAACCTGTGTAAGTAGTAGAATTTGGGCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCATCCTGGAGTGCCACAACCTGTGTAAGTAGTAGAATTTGGGCAA  784

seq1  CTACCTACATGTTTACTTAAGTGAAGGTTACAGGAAAAGAACAACTGGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTACATGTTTACTTAAGTGAAGGTTACAGGAAAAGAACAACTGGTG  834

seq1  TTAATGATAAGAGCTGATGAAAGCACCGACAAGGGTAAACATCTAAACTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGATAAGAGCTGATGAAAGCACCGACAAGGGTAAACATCTAAACTC  884

seq1  CACCAAATGTGCCCTGGAATTAAATGGCTCCCAAAAGCTCAATTGTGACG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAATGTGCCCTGGAATTAAATGGCTCCCAAAAGCTCAATTGTGACG  934

seq1  AAATAAAAATAGTGTCAAATGCTAAAAACCATGGTATCAAAATTTATGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAATAGTGTCAAATGCTAAAAACCATGGTATCAAAATTTATGTG  984

seq1  TGTAATCCAAAGCAATGGAAGAGTTTTAAAATTTTAAAATTGCATCTGAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATCCAAAGCAATGGAAGAGTTTTAAAATTTTAAAATTGCATCTGAA  1034

seq1  TAATCAGACCTTGTGACCAAGAGCTCCTCTGAGGGAAGAGTGGAGTGGGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAGACCTTGTGACCAAGAGCTCCTCTGAGGGAAGAGTGGAGTGGGG  1084

seq1  TGAGATGGTGGTCTGGCTGCATCTGTTGAGGGAAGAGTGGAGTGGGGTGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGGTGGTCTGGCTGCATCTGTTGAGGGAAGAGTGGAGTGGGGTGA  1134

seq1  GATGGTGGTATGGCTGCATCTGCTGAATTC  1179
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGGTATGGCTGCATCTGCTGAATTC  1164

seq1: chr5_109074332_109075447
seq2: B6Ng01-092N09.g_68_1180

seq1  GAATTCTAGCCAATAGAAGGCTACTACCTTCTACCTGAAGTCTAACCTCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGCCAATAGAAGGCTACTACCTTCTACCTGAAGTCTAACCTCG  50

seq1  AGTGACAGCCCTCAGGCTTTTTCCTGCCCTTACACTAAGATTTGGAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAGCCCTCAGGCTTTTTCCTGCCCTTACACTAAGATTTGGAGGAA  100

seq1  GTAGTTGGTACTTGGGTGTCCCATCATTCATGTCCAGGTGATGGGTTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTGGTACTTGGGTGTCCCATCATTCATGTCCAGGTGATGGGTTCCC  150

seq1  ATCCCTTGACTCTATGTGTTAGAACACAGCTTGCAAGATTTAGGATAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTGACTCTATGTGTTAGAACACAGCTTGCAAGATTTAGGATAGCT  200

seq1  GTGGAGAATCTCTCCTATAGGTGTCCTACCCTCAGAAGGCTGACCCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGAATCTCTCCTATAGGTGTCCTACCCTCAGAAGGCTGACCCTCAA  250

seq1  CAATCAACCAGGGCTATCTGTCATTTCTGGCTGTCAGATAGGGCCACCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAACCAGGGCTATCTGTCATTTCTGGCTGTCAGATAGGGCCACCAG  300

seq1  TTAGAAGAGAATATATAGGACTGGTTAAATTAGCATTGTGAGGGAAGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGAGAATATATAGGACTGGTTAAATTAGCATTGTGAGGGAAGAAC  350

seq1  AGTAACTGTTTAGTATGCTAAATATATGTAAGTAGCACATAGGGAACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTGTTTAGTATGCTAAATATATGTAAGTAGCACATAGGGAACATT  400

seq1  TTTGTGTTCTGAAGATCACACATCATTAATCTCAAATTCACTTTATGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTTCTGAAGATCACACATCATTAATCTCAAATTCACTTTATGATG  450

seq1  CTTGGTCTTGGTCTACCCTTCTGGTCCTGTCATCTCTGGGAGGTTGTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTCTTGGTCTACCCTTCTGGTCCTGTCATCTCTGGGAGGTTGTTAC  500

seq1  AAATGCCATCTGTTCATACTTCCCAGTGAGGACAATGTTCCGGATCCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCATCTGTTCATACTTCCCAGTGAGGACAATGTTCCGGATCCCAA  550

seq1  GGATGTGCAAGAGAAATTCAGTGGCAGCCTTGTGGCTGCCCTGGGTGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGCAAGAGAAATTCAGTGGCAGCCTTGTGGCTGCCCTGGGTGCAT  600

seq1  ATGGGCCACAATTCTTGGCATACTTCGGCTCCTTCGCCACAGTGGGTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCCACAATTCTTGGCATACTTCGGCTCCTTCGCCACAGTGGGTCTC  650

seq1  CTCTGGTTTGCTCACCATTCACTCTTCCTGCATGTCCGGAAGGCTACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTTTGCTCACCATTCACTCTTCCTGCATGTCCGGAAGGCTACACA  700

seq1  GACCATGGGGTTACTCAACATACTATCGCTGGCCTTTGTGGGTGGCCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGGGGTTACTCAACATACTATCGCTGGCCTTTGTGGGTGGCCTTC  750

seq1  CTCTGGCCTACCAGCAGACCTCAGCTTTTGCCCGGCAACCCCATGATGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCCTACCAGCAGACCTCAGCTTTTGCCCGGCAACCCCATGATGAA  800

seq1  CTTGAGCGTGTGCGTGTCAGCTGTGCCATCATCTTCTTTGCCAGCATCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGCGTGTGCGTGTCAGCTGTGCCATCATCTTCTTTGCCAGCATCTT  850

seq1  CCAGTTTGCCATCTGGACTACAGCCCTGCTGCATCAGACAGAAACACTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTGCCATCTGGACTACAGCCCTGCTGCATCAGACAGAAACACTGC  900

seq1  AGCCAGCTGTGCAATTTGGTGGGCAGGAGCATGCTTTCATGTTTGCCAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCTGTGCAATTTGGTGGGCAGGAGCATGCTTTCATGTTTGCCAAG  950

seq1  CTTGCACTGTATCCCTGTGCCAGCCTGCTGGCCTTTGCTGCCACCTGCCT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
seq2  CTTGCACTGTATCCCTGTGCCAGCCTGCTGGCCTTTGCTG-CAACTGCCT  999

seq1  ACTGAGTCGTTTCAGCACAGCCATCTTCCACCTCATGCAGATTTCAGTGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACTGAGTCGTTTCAGCACAGCCATCTTCCACCTCATGCAAATTTCAGTGC  1049

seq1  CCTTTGCATTCC-TGTTGCTCCGTCTCCTTGTACGCCTTGCCCTGGCAGG  1099
      |||||||||||| ||||||  ||||| ||||||| ||||| ||||||| |
seq2  CCTTTGCATTCCTTGTTGCCTCGTCTTCTTGTAC-CCTTGGCCTGGCA-G  1097

seq1  CCTTCAAGTCCTACGGG  1116
      ||||  |||||| ||||
seq2  CCTTTCAGTCCT-CGGG  1113