BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097O06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 117,195,935 - 117,340,059
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1684
Upstream geneLOC665032, Cit, Prkab1, LOC545798, Ccdc60, 4930562A09Rik, Hspb8, 1500001A10Rik, LOC433943
Downstream geneLOC665073, Suds3, Taok3, Pebp1, LOC100042313, LOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2, Nos1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097O06.bB6Ng01-097O06.g
ACCDH908140DH908141
length1,028814
definitionDH908140|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097O06, 5' end.DH908141|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097O06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,339,035 - 117,340,059)(117,195,935 - 117,196,747)
sequence
gaattctcagctcctcctgcaccatgcctgcctgcctggacactgccctg
ctcccgccttgatgatattggactgaacctctgaccctgtaagccagcct
caattaaatgttgtccttataagagttgccttggtcttggtgtctgttca
cagtagtaaaaccctaactaagacacagccacacatgcatacacacagac
ttgcatgcacaccatgtacacagacatgcacatacatgcgcacacatata
cacctgtgcatatgtactcatgaaggtatgcacttacacatatagataca
caggcaaacaggaacaaatgagcacacttgtgcacacacaggcatacagc
atgcacatatatgaatgtacacagagagagagagggggagggtgtaatgt
gttctcacttccaaaaagatgccaggagattgatagctcctccttttgtg
aagaggttggcacaaggcactcgctctataaacgggacataagcaggtgc
tacatgatcaggatcataaaatttcaatctgcccacggcaccggtcagag
ccataagctgacagcaggaacgggagctgagtccaggcccagcttagacg
tctccctcctttctggggactgcattccctttattgggccctgcctctcc
ttgccaagtcttgaaagcagaacacagcaagagacagtggcctctgagtg
cgccacactgtaaatccttccagtgggaagagagatttatggtgtcctaa
gttcgggcggcaggctcggtttgtgttaatagccttattagctacatggc
ggtaaaacccaggtccccataccgctgaacagctaccgcagtgctcaaga
gcattcattcagcacactgaagctccttgagatggtcttaaagccccttg
aaacctgattagggaggctcccctgatgggttagagatggacagatggac
taaagccagtgagttgcaagggggaaatcagcaaacctccagccaagccc
tctctggctggtcaactgtggtcccaag
gaattcttatgacatatgcacatacacactgatgcagagacacagaggta
aaaataaatctccagacaaggccacaggtacacagtgtgtgggagggaat
gaagcataaacatcactcacaattgagagtctttgggtttagaacaagtt
actaacaattgatgagttgatctgatcaccgctccaagagagctccccat
cccagtacaacgtggacccaagatgcttccagttgcaatgctgctgtaca
gacattctgccccctctatcatgcatagtgaggaaaggggccctctcaac
tttctcgtgacaaaagctgtagaagaccagcagaatgttggccatcttaa
ctgtgacgggggatgggaagggcagagtatgttaacatcagtacttatca
aactgctcaggaaactcttctaattgataccataaatatgatatctaggt
gaacaacacatattttctctgtttctactatgctcacattcttaggggac
agtcacatggtcccatccctagatgacagaagtatggggaggtcagtgac
tacagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagaatcagttgcctttggggttaaatctcacataggttatccaatccca
agtgaccagccctggacacatgtacataaagaaaaagactagacagactt
ggtaagtcatacatacatgcataaatatgtaaaattacacatatacatga
agcaataacaatttgaaatattataaattgggggaagagatggaggggac
aaggggtaagagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_117339035_117340059
seq2: B6Ng01-097O06.b_45_1072 (reverse)

seq1  CTTGGGACCACAG-TGA-CAGGCAGAGAAGGCTATGCT-GAGGTTTGCTG  47
      ||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||  ||| |||||||||||
seq2  CTTGGGACCACAGTTGACCAGCCAGAGAGGGCTTGGCTGGAGGTTTGCTG  50

seq1  ATTTCCCCCTTTGAAACTCACTGGCTTTAGTCCATCTGTCCATCTCTAAC  97
      ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCCC-TTGCAACTCACTGGCTTTAGTCCATCTGTCCATCTCTAAC  99

seq1  CCATCAGGGGAGCCTCCCTAATCAGGTTTC-AGGGGCTTTAAGACCATCT  146
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGGGGAGCCTCCCTAATCAGGTTTCAAGGGGCTTTAAGACCATCT  149

seq1  CAAGGAGCTTCAGTGTGCTGATTGAATGCTCTTGAGCACTGCGGTAGCTG  196
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGCTTCAGTGTGCTGAATGAATGCTCTTGAGCACTGCGGTAGCTG  199

seq1  TTCAGCGGTATGGGGACCTGGGTTTTACCGCCATGTAGCTAATAAGGCTA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCGGTATGGGGACCTGGGTTTTACCGCCATGTAGCTAATAAGGCTA  249

seq1  TTAACACAAACCGAGCCTGCCGCCCGAACTTAGGACACCATAAATCTCTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACAAACCGAGCCTGCCGCCCGAACTTAGGACACCATAAATCTCTC  299

seq1  TTCCCACTGGAAGGATTTACAGTGTGGCGCACTCAGAGGCCACTGTCTCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACTGGAAGGATTTACAGTGTGGCGCACTCAGAGGCCACTGTCTCT  349

seq1  TGCTGTGTTCTGCTTTCAAGACTTGGCAAGGAGAGGCAGGGCCCAATAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGTTCTGCTTTCAAGACTTGGCAAGGAGAGGCAGGGCCCAATAAA  399

seq1  GGGAATGCAGTCCCCAGAAAGGAGGGAGACGTCTAAGCTGGGCCTGGACT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGCAGTCCCCAGAAAGGAGGGAGACGTCTAAGCTGGGCCTGGACT  449

seq1  CAGCTCCCGTTCCTGCTGTCAGCTTATGGCTCTGACCGGTGCCGTGGGCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCCGTTCCTGCTGTCAGCTTATGGCTCTGACCGGTGCCGTGGGCA  499

seq1  GATTGAAATTTTATGATCCTGATCATGTAGCACCTGCTTATGTCCCGTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAAATTTTATGATCCTGATCATGTAGCACCTGCTTATGTCCCGTTT  549

seq1  ATAGAGCGAGTGCCTTGTGCCAACCTCTTCACAAAAGGAGGAGCTATCAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGCGAGTGCCTTGTGCCAACCTCTTCACAAAAGGAGGAGCTATCAA  599

seq1  TCTCCTGGCATCTTTTTGGAAGTGAGAACACATTACACCCTCCCCCTCTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGGCATCTTTTTGGAAGTGAGAACACATTACACCCTCCCCCTCTC  649

seq1  TCTCTCTGTGTACATTCATATATGTGCATGCTGTATGCCTGTGTGTGCAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGTGTACATTCATATATGTGCATGCTGTATGCCTGTGTGTGCAC  699

seq1  AAGTGTGCTCATTTGTTCCTGTTTGCCTGTGTATCTATATGTGTAAGTGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGCTCATTTGTTCCTGTTTGCCTGTGTATCTATATGTGTAAGTGC  749

seq1  ATACCTTCATGAGTACATATGCACAGGTGTATATGTGTGCGCATGTATGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTTCATGAGTACATATGCACAGGTGTATATGTGTGCGCATGTATGT  799

seq1  GCATGTCTGTGTACATGGTGTGCATGCAAGTCTGTGTGTATGCATGTGTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTCTGTGTACATGGTGTGCATGCAAGTCTGTGTGTATGCATGTGTG  849

seq1  GCTGTGTCTTAGTTAGGGTTTTACTACTGTGAACAGACACCAAGACCAAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTCTTAGTTAGGGTTTTACTACTGTGAACAGACACCAAGACCAAG  899

seq1  GCAACTCTTATAAGGACAACATTTAATTGAGGCTGGCTTACAGGGTCAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTCTTATAAGGACAACATTTAATTGAGGCTGGCTTACAGGGTCAGA  949

seq1  GGTTCAGTCCAATATCATCAAGGCGGGAGCAGGGCAGTGTCCAGGCAGGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAGTCCAATATCATCAAGGCGGGAGCAGGGCAGTGTCCAGGCAGGC  999

seq1  AGGCATGGTGCAGGAGGAGCTGAGAATTC  1025
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGGTGCAGGAGGAGCTGAGAATTC  1028

seq1: chr5_117195935_117196747
seq2: B6Ng01-097O06.g_69_882

seq1  GAATTCTTATGACATATGCACATACACACTGATGCAGAGACACAGAGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATGACATATGCACATACACACTGATGCAGAGACACAGAGGTA  50

seq1  AAAATAAATCTCCAGACAAGGCCACAGGTACACAGTGTGTGGGAGGGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATCTCCAGACAAGGCCACAGGTACACAGTGTGTGGGAGGGAAT  100

seq1  GAAGCATAAACATCACTCACAATTGAGAGTCTTTGGGTTTAGAACAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATAAACATCACTCACAATTGAGAGTCTTTGGGTTTAGAACAAGTT  150

seq1  ACTAACAATTGATGAGTTGATCTGATCACCGCTCCAAGAGAGCTCCCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACAATTGATGAGTTGATCTGATCACCGCTCCAAGAGAGCTCCCCAT  200

seq1  CCCAGTACAACGTGGACCCAAGATGCTTCCAGTTGCAATGCTGCTGTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTACAACGTGGACCCAAGATGCTTCCAGTTGCAATGCTGCTGTACA  250

seq1  GACATTCTGCCCCCTCTATCATGCATAGTGAGGAAAGGGGCCCTCTCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTCTGCCCCCTCTATCATGCATAGTGAGGAAAGGGGCCCTCTCAAC  300

seq1  TTTCTCGTGACAAAAGCTGTAGAAGACCAGCAGAATGTTGGCCATCTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCGTGACAAAAGCTGTAGAAGACCAGCAGAATGTTGGCCATCTTAA  350

seq1  CTGTGACGGGGGATGGGAAGGGCAGAGTATGTTAACATCAGTACTTATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACGGGGGATGGGAAGGGCAGAGTATGTTAACATCAGTACTTATCA  400

seq1  AACTGCTCAGGAAACTCTTCTAATTGATACCATAAATATGATATCTAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTCAGGAAACTCTTCTAATTGATACCATAAATATGATATCTAGGT  450

seq1  GAACAACACATATTTTCTCTGTTTCTACTATGCTCACATTCTTAGGGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACACATATTTTCTCTGTTTCTACTATGCTCACATTCTTAGGGGAC  500

seq1  AGTCACATGGTCCCATCCCTAGATGACAGAAGTATGGGGAGGTCAGTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACATGGTCCCATCCCTAGATGACAGAAGTATGGGGAGGTCAGTGAC  550

seq1  TACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  600

seq1  GAGAATCAGTTGCCTTTGGGGTTAAATCTCACATAGGTTATCCAATCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCAGTTGCCTTTGGGGTTAAATCTCACATAGGTTATCCAATCCCA  650

seq1  AGTGACCAGCCCTGGACACATGTACAT-AAGAAAAAGACTAGACAGACTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACCAGCCCTGGACACATGTACATAAAGAAAAAGACTAGACAGACTT  700

seq1  GGTAAGTCATACATACATGCATAAATATGTAAAATTACACATATACATGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGTCATACATACATGCATAAATATGTAAAATTACACATATACATGA  750

seq1  AGCAATAACAATTTGAAATATTATAAATTGGGGGAAGAGATGGAGGGGAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATAACAATTTGAAATATTATAAATTGGGGGAAGAGATGGAGGGGAC  800

seq1  AAGGGGTAAGAGTA  813
      ||||||||||||||
seq2  AAGGGGTAAGAGTA  814