BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-098P07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 38,927,032 - 39,008,732
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr1, 4930421P07Rik
Upstream geneStk32b, Cytl1, Msx1, Stx18, Nsg1, LOC100040397, Zfp509, Lyar, Tmem128, Otop1, Drd5, 4930487D11Rik, Slc2a9
Downstream gene6820424L24Rik, Clnk, LOC384174, Hs3st1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-098P07.bB6Ng01-098P07.g
ACCDH908887DH908888
length1,1651,191
definitionDH908887|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098P07, 5' end.DH908888|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098P07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,927,032 - 38,928,203)(39,007,529 - 39,008,732)
sequence
gaattcaggtttaggtttggctctcattgccagggtaggtgtctctatgt
aaattctctggtgacaagaacaaggataaaacccttctgactacaattcc
agattgtgtggcgtgctctaactagcatcactgactaatcctggagcagc
ctttgtgaggtgggcttctgcagtgaccagagtaccgtgtgcagagaaca
gtgcggtttatgtgtcgctgcccactgaatgtgagccaaatgcttctttt
gtctttcctatatcagtaactgaggctaagactacccgcaggtaagctgg
ctgtgcccagtactcaagtaactactgcctaggtgctactgggtaccacc
ctgagggtggaggaggcccaacttacatgggtggtgtgtggatgctgagc
ctcaggtgcactgggataaggtgtggctaaagtgtacaaccaaagagcat
ctcctttcaagtgaccaccatcatttctgtgacacaggagctgtagggat
gggaacctagacatgggcaccaaggttcatgtgtgattgtaaaaagtggt
gctgagggcctggttacagggcaggctggcccaagggactgcttggccac
cagctgtgacacttctccttgcctagtggtagagggtgggttatccagcc
tttctaggctggcagatcttcttgggtcttgtgaaaaccagagacaaagt
aggtttgggagacatgctgtgaggatagagacagtctcttctgggaagcc
agcaacatgtgagtaagaggtcatcatgcagggccagcttcacagtgggt
gccccaaacaagtgacagcacgggcatggcaaggcaggcctcaatcagtt
acatactttcctaaggacttgtaagtgactgggactcggggcacaagaac
ccatgcccctcctgattctggctccagctctgttgcttacaggcctatgc
gttttagagagtcaccttgcctctctgggcttcagtttcccatattaaag
caagtgcctctgctatggatctgtatgccctgattctaagactcatggat
ttcattgccaggaacagagcttgacacagcatcactctcattacaacaaa
aggctctaggcagagacaggcatcatgctagtttgaccagaaagcaggcc
aaggccttctctctg
gaattctttcctgccacttaacaaacttagaggaggtcactgtagggcac
atagtttgtctgtaaacaggcaagtctgtagattgaaactcccacccagg
cgactgctcatttgtttccttccttatactgaaagtctttatttagcctt
tggagaaaggccaactgaatttagagtctcccacccaaaataaaactggg
cgaaagattccaaatcacctcagaagatgtactggctagttttgtgtcaa
cttgacacagttggagttgtcacagagaaaggagcttcagttgaggaaat
gcctccatgagatcaaactgcaagacattttctcaattagtgatcaaggg
ggaaaggccccttgtgggtggtgccatctctgggttctataagagagcag
gctgagcaagccaggtgaggcaagccagtaaggaacatccctccatggcc
tctgcatcagctcctgctttctgacctgcttgagttccagtcctgacttc
ctttggtgatgaacagcagtatgggagagtaagctgaataaaccctttcc
tccccaacttgcttcttggtcatgatgtttgtgcagaaatagaaaccctg
actaagacagaagacatcctattcaaagatttggtgataaaagcaagact
ctgagctaaagagcagaagatgccttacacatgctattacccagttcaaa
gaactgtgcggaccaccttcctgggagattcaccagcttatccatgcatg
gcccaaggaggggctaaatggactaagaggccaactaaaatcacatttgg
gccatctttcctattgtgagtgggcaaggcaaagacattcactgtgacct
gtggcaaatcttctagaatttataggttaacagagcacagggctaatgca
ggagcaacaggttatgtacatagaaaagcacttatgtcccacagcagtgc
ctgcttagcaatgtctgtctgcatttcaccaactccagtgctggtcttgg
agagtcagaattcaaatattgacttctgaagtgtagtggtagaaaatgcc
agggagtgagcaaactcactcaatcacctagactccctgcccagaagcag
agcataagaagatatgaggagtccaagctggcacatgtcaaaacagtagt
tctaacaggaaatgaacgtatctggctgcattgaataagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_38927032_38928203
seq2: B6Ng01-098P07.b_49_1213

seq1  GAATTCAGGTTTAGGTTTGGCTCTCATTGCCAGGGTAGGTGTCTCTATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTTTAGGTTTGGCTCTCATTGCCAGGGTAGGTGTCTCTATGT  50

seq1  AAATTCTCTGGTGACAAGAACAAGGATAAAACCCTTCTGACTACAATTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTCTGGTGACAAGAACAAGGATAAAACCCTTCTGACTACAATTCC  100

seq1  AGATTGTGTGGCGTGCTCTAACTAGCATCACTGACTAATCCTGGAGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGTGTGGCGTGCTCTAACTAGCATCACTGACTAATCCTGGAGCAGC  150

seq1  CTTTGTGAGGTGGGCTTCTGCAGTGACCAGAGTACCGTGTGCAGAGAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGAGGTGGGCTTCTGCAGTGACCAGAGTACCGTGTGCAGAGAACA  200

seq1  GTGCGGTTTATGTGTCGCTGCCCACTGAATGTGAGCCAAATGCTTCTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGGTTTATGTGTCGCTGCCCACTGAATGTGAGCCAAATGCTTCTTTT  250

seq1  GTCTTTCCTATATCAGTAACTGAGGCTAAGACTACCCGCAGGTAAGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCCTATATCAGTAACTGAGGCTAAGACTACCCGCAGGTAAGCTGG  300

seq1  CTGTGCCCAGTACTCAAGTAACTACTGCCTAGGTGCTACTGGGTACCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCCAGTACTCAAGTAACTACTGCCTAGGTGCTACTGGGTACCACC  350

seq1  CTGAGGGTGGAGGAGGCCCAACTTACATGGGTGGTGTGTGGATGCTGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGTGGAGGAGGCCCAACTTACATGGGTGGTGTGTGGATGCTGAGC  400

seq1  CTCAGGTGCACTGGGATAAGGTGTGGCTAAAGTGTACAACCAAAGAGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTGCACTGGGATAAGGTGTGGCTAAAGTGTACAACCAAAGAGCAT  450

seq1  CTCCTTTCAAGTGACCACCATCATTTCTGTGACACAGGAGCTGTAGGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCAAGTGACCACCATCATTTCTGTGACACAGGAGCTGTAGGGAT  500

seq1  GGGAACCTAGACATGGGCACCAAGGTTCATGTGTGATTGTAAAAAGTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACCTAGACATGGGCACCAAGGTTCATGTGTGATTGTAAAAAGTGGT  550

seq1  GCTGAGGGCCTGGTTACAGGGCAGGCTGGCCCAAGGGACTGCTTGGCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGGCCTGGTTACAGGGCAGGCTGGCCCAAGGGACTGCTTGGCCAC  600

seq1  CAGCTGTGACACTTCTCCTTGCCTAGTGGTAGAGGGTGGGTTATCCAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTGACACTTCTCCTTGCCTAGTGGTAGAGGGTGGGTTATCCAGCC  650

seq1  TTTCTAGGCTGGCAGATCTTCTTGGGTCTTGTGAAAACCAGAGACAAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGGCTGGCAGATCTTCTTGGGTCTTGTGAAAACCAGAGACAAAGT  700

seq1  AGGTTTGGGAGACATGCTGTGAGGATAGAGACAGTCTCTTCTGGGAAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGGGAGACATGCTGTGAGGATAGAGACAGTCTCTTCTGGGAAGCC  750

seq1  AGCAACATGTGAGTAAGAGGTCATCATGCAGGGCCAGCTTCACAGTGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACATGTGAGTAAGAGGTCATCATGCAGGGCCAGCTTCACAGTGGGT  800

seq1  GCCCCAAACAAGTGACAGCACGGGCATGGC-AGGCAGGCCTCAATCAGTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAAACAAGTGACAGCACGGGCATGGCAAGGCAGGCCTCAATCAGTT  850

seq1  ACATAC-TTCCTAAGGACTTGTAAGTGACTGGGGACTCGGGGCACAAAGA  898
      |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  ACATACTTTCCTAAGGACTTGTAAGTGACT-GGGACTCGGGGCAC-AAGA  898

seq1  ACCCATG-CCCTCCTGAATTCTGGCTCCAGCTCTGTTGCTAACAGGCC-A  946
      ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  ACCCATGCCCCTCCTG-ATTCTGGCTCCAGCTCTGTTGCTTACAGGCCTA  947

seq1  TGCGTTTTAGGAGAGTCACCTTGCCTCTCTGGGCTTCAGTTTCCCATATT  996
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGCGTTTTA-GAGAGTCACCTTGCCTCTCTGGGCTTCAGTTTCCCATA-T  995

seq1  TAAAGCAAAGTGCCTCTGCTAAGGATCTGTATGCCCTGAATCCTAAGACT  1046
      |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||
seq2  TAAAGC-AAGTGCCTCTGCTATGGATCTGTATGCCCTG-ATTCTAAGACT  1043

seq1  CAATGATTTCATTGCCAGTGACAGAGCTTGACACAGCAATCACCTTCATT  1096
      ||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||  |||||
seq2  CATGGATTTCATTGCCAGGAACAGAGCTTGACACAGC-ATCACTCTCATT  1092

seq1  ACAAACAAAAGGGCTCAAGGGCAGAGACAGGCATCGTGCTAGTTTGAGCA  1146
      || ||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  AC-AACAAAA-GGCTCTA-GGCAGAGACAGGCATCATGCTAGTTTGACCA  1139

seq1  GAAAGCAGGGCCAAGGCCTTCT-TCTG  1172
      ||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  GAAAGCA-GGCCAAGGCCTTCTCTCTG  1165

seq1: chr5_39007529_39008732
seq2: B6Ng01-098P07.g_67_1257 (reverse)

seq1  ATCTTATTCTTAATCCAAAGGCAGCCAGATACGTTCCATCTGCTG-TAGA  49
      |||||||||        || ||||||||||||||| ||| | ||| ||||
seq2  ATCTTATTC--------AATGCAGCCAGATACGTT-CATTTCCTGTTAGA  41

seq1  CCTACCTTGTTTTTGACATGTGGCAGCTTGGACTCCTCATATCCTCTTAT  99
       ||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTAC--TG-TTTTGACATGTGCCAGCTTGGACTCCTCATATCTTCTTAT  88

seq1  GGCTCTGCCTCTGGGCAGGGAGTCTAGGTGAATGAGTGAGTTTGCCTCAC  149
       ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| 
seq2  -GCTCTGCTTCTGGGCAGGGAGTCTAGGTGATTGAGTGAGTTTG-CTCA-  135

seq1  CTCCCTTGCA-TTTCTACCACTACACTTCAGAAGTCAATATTTGAATTCT  198
      |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGGCATTTTCTACCACTACACTTCAGAAGTCAATATTTGAATTCT  185

seq1  GACTCTCCAAGACCAGCACTGGAGTTGGTGAAATGCAGACAGACATTGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCCAAGACCAGCACTGGAGTTGGTGAAATGCAGACAGACATTGCT  235

seq1  AAGCAGGCACTGCTGTGGGACATAAGTGCTTTTCTATGTACATAACCTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGCACTGCTGTGGGACATAAGTGCTTTTCTATGTACATAACCTGT  285

seq1  TGCTCCTGCATTAGCCCTGTGCTCTGTTAACCTATAAATTCTAGAAGATT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTGCATTAGCCCTGTGCTCTGTTAACCTATAAATTCTAGAAGATT  335

seq1  TGCCACAGGTCACAGTGAATGTCTTTGCCTTGCCCACTCACAATAGGAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAGGTCACAGTGAATGTCTTTGCCTTGCCCACTCACAATAGGAAA  385

seq1  GATGGCCCAAATGTGATTTTAGTTGGCCTCTTAGTCCATTTAGCCCCTCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCCCAAATGTGATTTTAGTTGGCCTCTTAGTCCATTTAGCCCCTCC  435

seq1  TTGGGCCATGCATGGATAAGCTGGTGAATCTCCCAGGAAGGTGGTCCGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCCATGCATGGATAAGCTGGTGAATCTCCCAGGAAGGTGGTCCGCA  485

seq1  CAGTTCTTTGAACTGGGTAATAGCATGTGTAAGGCATCTTCTGCTCTTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTTTGAACTGGGTAATAGCATGTGTAAGGCATCTTCTGCTCTTTA  535

seq1  GCTCAGAGTCTTGCTTTTATCACCAAATCTTTGAATAGGATGTCTTCTGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGTCTTGCTTTTATCACCAAATCTTTGAATAGGATGTCTTCTGT  585

seq1  CTTAGTCAGGGTTTCTATTTCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCAAGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTCAGGGTTTCTATTTCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCAAGT  635

seq1  TGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACTCTCCCATACTGCTGTTCATCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACTCTCCCATACTGCTGTTCATCA  685

seq1  CCAAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGAAAGCAGGAGCTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGAAAGCAGGAGCTGA  735

seq1  TGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCCTTACTGGCTTGCCTCACCTGGCTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCCTTACTGGCTTGCCTCACCTGGCTTG  785

seq1  CTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAGAGATGGCACCACCCACAAGGGGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAGAGATGGCACCACCCACAAGGGGC  835

seq1  CTTTCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGTCTTGCAGTTTGATCTCAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGTCTTGCAGTTTGATCTCAT  885

seq1  GGAGGCATTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGACAACTCCAACTGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCATTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGACAACTCCAACTGT  935

seq1  GTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACATCTTCTGAGGTGATTTGGAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACATCTTCTGAGGTGATTTGGAAT  985

seq1  CTTTCGCCCAGTTTTATTTTGGGTGGGAGACTCTAAATTCAGTTGGCCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCGCCCAGTTTTATTTTGGGTGGGAGACTCTAAATTCAGTTGGCCTT  1035

seq1  TCTCCAAAGGCTAAATAAAGACTTTCAGTATAAGGAAGGAAACAAATGAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAAGGCTAAATAAAGACTTTCAGTATAAGGAAGGAAACAAATGAG  1085

seq1  CAGTCGCCTGGGTGGGAGTTTCAATCTACAGACTTGCCTGTTTACAGACA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCGCCTGGGTGGGAGTTTCAATCTACAGACTTGCCTGTTTACAGACA  1135

seq1  AACTATGTGCCCTACAGTGACCTCCTCTAAGTTTGTTAAGTGGCAGGAAA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGTGCCCTACAGTGACCTCCTCTAAGTTTGTTAAGTGGCAGGAAA  1185

seq1  GAATTC  1204
      ||||||
seq2  GAATTC  1191