BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100D12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 66,861,538 - 67,095,882
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApbb2, Uchl1, LOC100041876
Upstream gene1110003E01Rik, 4930589O11Rik, Hip2, 9030416H16Rik, 1700022K14Rik, LOC384261, B3bp, LOC100041809, Rhoh, LOC626641, EG666827, Chrna9, 9130230L23Rik, BC013481, LOC626714, LOC666854, LOC100042394, Nsun7
Downstream gene3732412D22Rik, LOC624662, Phox2b, Tmem33, Slc30a9, EG666938, C330024D21Rik, D830007B15Rik, Atp8a1, LOC100042458
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100D12.bB6Ng01-100D12.g
ACCDH909780DH909781
length922951
definitionDH909780|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100D12, 5' end.DH909781|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100D12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,861,538 - 66,862,457)(67,094,922 - 67,095,882)
sequence
gaattcacctacaacgctgtgctctatgggaagaaacttgaattttacat
tctgtgggacattaattataattactagtacacttttgccatctacatac
ctaagtacactatatttgctgtaacgcactgttttggggagagtctaaat
tgatcacttactaaggtaagaacagagtaaaatctgcagctctcctaagg
ctccctagagggaccaatccgacatcttgattgtcttgccttaacacaac
ccgttaacatagaatccagtgtgcatcttgcttattcagccttctctaag
agagattccaaaaccactcctaagaatagcgtcagagggtggtacccacg
gcccggagaagggtgctgtctgagatgtctctctggggaaaacaaaaatc
agagaagaaatactcaatagagaccattacacataggcttcttttccacg
taagggttacttttgtaacagcaccaaaaatcttaagagaaagtgaaaga
attatggttccttcattcgagtacctgatccttacttttcatagctcaaa
agcactataactgtggcttgcaaataacagcaatgctttatgcttcaagc
aagtaccacttccaaatgcactgccgggttcatggccaactgactgcact
gacacacccatccccaggtgcctgtaccctcaccctctctcctcactgtg
cagcctcacagctctaagtttgattaactggatgtttaccaaacaggagg
acaaaaggtcctcattacagagtgcaggcccatttccagtccccagggtc
tctgctactgtcatgagaacacgtacaggctggccggccagaaacgtgtt
atagattctaataagatggctgagatctcttggtcaaggtcatatgatgt
tagactagggagacccaagaga
gaattcctgcacctagctctgtgtacttcctgctcctggttggttacttg
attgactgtggatctttgagggcaggcaccaagcctcagttctccttcac
agtcactttgtgtggcagggacttaccaagtccacattgaatcgggttaa
atgacgggaagtgggaattggaaaggtcagcgaagggtagatgagaatac
ttttaaaattccataggagggctgtagagatggctgagtggctaagagaa
ctggctgttcttacacaggacccaagtttggttcccaacaaccacccagg
ttacaactctctgtagcttcagttccagaggatctagtgacatcttctgg
tctcgttggacaccagacatgcatgtgacacacatacaaaatacaggcaa
agcacacacataaactaaattacatatggtataatttatataattatata
ttatgtatagttatattaatggtgtatatgtaatatataatctattgtta
tatattatatatccatatattaggtaccatataaagctgaaagggttaac
ttggtggctgtcaggacttctggggataggaaaattcttatatcactaaa
cacttttagatttgttagttctcagcctatccctctctctctctctcttt
tcttgacaagcggtaagtgttatctgaggatgaagagaaaattttcttct
gatgtggttagaggactgatagctcaggcgtttctcagacacctcccaca
gcagccctggcgcaggcttcaagctggtagactgggttgagtgaggtctt
gccaaacagactccagacccacggaactaaccctttcaagtgatttccat
gtgtcgtctatcgtatgataaactagggcaggcagcccggatcacactta
ctctgctgctggcccaaggcaggctggcctgctgctttgttgtttaggaa
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_66861538_66862457
seq2: B6Ng01-100D12.b_46_967

seq1  GAATTCACCTACAACGCTGTGCTCTATGGGAAGAAACTTGAATTTTACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTACAACGCTGTGCTCTATGGGAAGAAACTTGAATTTTACAT  50

seq1  TCTGTGGGACATTAATTATAATTACTAGTACACTTTTGCCATCTACATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGGACATTAATTATAATTACTAGTACACTTTTGCCATCTACATAC  100

seq1  CTAAGTACACTATATTTGCTGTAACGCACTGTTTTGGGGAGAGTCTAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTACACTATATTTGCTGTAACGCACTGTTTTGGGGAGAGTCTAAAT  150

seq1  TGATCACTTACTAAGGTAAGAACAGAGTAAAATCTGCAGCTCTCCTAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCACTTACTAAGGTAAGAACAGAGTAAAATCTGCAGCTCTCCTAAGG  200

seq1  CTCCCTAGAGGGACCAATCCGACATCTTGATTGTCTTGCCTTAACACAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTAGAGGGACCAATCCGACATCTTGATTGTCTTGCCTTAACACAAC  250

seq1  CCGTTAACATAGAATCCAGTGTGCATCTTGCTTATTCAGCCTTCTCTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTAACATAGAATCCAGTGTGCATCTTGCTTATTCAGCCTTCTCTAAG  300

seq1  AGAGATTCCAAAACCACTCCTAAGAATAGCGTCAGAGGGTGGTACCCACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTCCAAAACCACTCCTAAGAATAGCGTCAGAGGGTGGTACCCACG  350

seq1  GCCCGGAGAAGGGTGCTGTCTGAGATGTCTCTCTGGGGAAAACAAAAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGGAGAAGGGTGCTGTCTGAGATGTCTCTCTGGGGAAAACAAAAATC  400

seq1  AGAGAAGAAATACTCAATAGAGACCATTACACATAGGCTTCTTTTCCACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGAAATACTCAATAGAGACCATTACACATAGGCTTCTTTTCCACG  450

seq1  TAAGGGTTACTTTTGTAACAGCACCAAAAATCTTAAGAGAAAGTGAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGTTACTTTTGTAACAGCACCAAAAATCTTAAGAGAAAGTGAAAGA  500

seq1  ATTATGGTTCCTTCATTCGAGTACCTGATCCTTACTTTTCATAGCTCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGGTTCCTTCATTCGAGTACCTGATCCTTACTTTTCATAGCTCAAA  550

seq1  AGCACTATAACTGTGGCTTGCAAATAACAGCAATGCTTTATGCTTCAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTATAACTGTGGCTTGCAAATAACAGCAATGCTTTATGCTTCAAGC  600

seq1  AAGTACCACTTCCAAATGCACTGCCGGGTTCATGGCCAACTGACTGCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACCACTTCCAAATGCACTGCCGGGTTCATGGCCAACTGACTGCACT  650

seq1  GACACACCCATCCCCAGGTGCCTGTACCCTCACCCTCTCTCCTCACTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACCCATCCCCAGGTGCCTGTACCCTCACCCTCTCTCCTCACTGTG  700

seq1  CAGCCTCACAGCTCTAAGTTTGATTAACTGGATG-TTACCAAACAGGAGG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGCCTCACAGCTCTAAGTTTGATTAACTGGATGTTTACCAAACAGGAGG  750

seq1  AC-AAAGGTCCTCATTACAGAGTGCAGGCCCATTTCCAGTCCCCAGGGTC  798
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGGTCCTCATTACAGAGTGCAGGCCCATTTCCAGTCCCCAGGGTC  800

seq1  TCTGCTACTGTCATGAGAACACGTACAGGCTGGCCGGCCAGAAACGTGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTACTGTCATGAGAACACGTACAGGCTGGCCGGCCAGAAACGTGTT  850

seq1  AGAGATTCTAATAAGATGGCTGAGATCTCTTGGTCAAGGTCATATGATGT  898
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTCTAATAAGATGGCTGAGATCTCTTGGTCAAGGTCATATGATGT  900

seq1  TAGACTAGGCAGACCAAAGAGA  920
      ||||||||| ||||| ||||||
seq2  TAGACTAGGGAGACCCAAGAGA  922

seq1: chr5_67094922_67095882
seq2: B6Ng01-100D12.g_70_1020 (reverse)

seq1  TTTCCTGAACAACAAAAGCAGCAAGCCCAGCCCTGCCCCTGGGCCAGCAG  50
      |||||| |||||| |||||||| || |||| |||| || |||||||||||
seq2  TTTCCTAAACAAC-AAAGCAGC-AGGCCAG-CCTG-CCTTGGGCCAGCAG  46

seq1  CAGAGCTATGTGTGCTCCGGGCTTGCCTGCCCTAGTTTATCATACAGATA  100
      ||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  CAGAG-TAAGTGTGATCCGGGC-TGCCTGCCCTAGTTTATCATAC-GAT-  92

seq1  AGACGACACATGGAAATCACTTGGAAGGGTTAGTTCCTGTGGGTCTGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGACGACACATGGAAATCACTTGAAAGGGTTAGTTCC-GTGGGTCTGGAG  141

seq1  TCTGTCTTGGCAAGGCCTCACTCAAACCCAGTCTACCAGCCTGAAGCCTG  200
      ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTGT-TTGGCAAGACCTCACTC-AACCCAGTCTACCAGCTTGAAGCCTG  189

seq1  CGCCAGGGCTGCTGTGGGAGGTGTCTGAGAAACGCCTGAGCTATCAGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAGGGCTGCTGTGGGAGGTGTCTGAGAAACGCCTGAGCTATCAGTCC  239

seq1  TCTAACCACATCAGAAGAAAA-TTTCTCTTCATCCTCAGATAACACTTAC  299
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACCACATCAGAAGAAAATTTTCTCTTCATCCTCAGATAACACTTAC  289

seq1  CGCTTGTCAAGAAAAGAGAGAGAGAGAGAGGGATAGGCTGAGAACTAACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTGTCAAGAAAAGAGAGAGAGAGAGAGGGATAGGCTGAGAACTAACA  339

seq1  AATCTAAAAGTGTTTAGTGATATAAGAATTTTCCTATCCCCAGAAGTCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAAAAGTGTTTAGTGATATAAGAATTTTCCTATCCCCAGAAGTCCT  389

seq1  GACAGCCACCAAGTTAACCCTTTCAGCTTTATATGGTACCTAATATATGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCACCAAGTTAACCCTTTCAGCTTTATATGGTACCTAATATATGG  439

seq1  ATATATAATATATAACAATAGATTATATATTACATATACACCATTAATAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAATATATAACAATAGATTATATATTACATATACACCATTAATAT  489

seq1  AACTATACATAATATATAATTATATAAATTATACCATATGTAATTTAGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATACATAATATATAATTATATAAATTATACCATATGTAATTTAGTT  539

seq1  TATGTGTGTGCTTTGCCTGTATTTTGTATGTGTGTCACATGCATGTCTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGTGCTTTGCCTGTATTTTGTATGTGTGTCACATGCATGTCTGG  589

seq1  TGTCCAACGAGACCAGAAGATGTCACTAGATCCTCTGGAACTGAAGCTAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAACGAGACCAGAAGATGTCACTAGATCCTCTGGAACTGAAGCTAC  639

seq1  AGAGAGTTGTAACCTGGGTGGTTGTTGGGAACCAAACTTGGGTCCTGTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTTGTAACCTGGGTGGTTGTTGGGAACCAAACTTGGGTCCTGTGT  689

seq1  AAGAACAGCCAGTTCTCTTAGCCACTCAGCCATCTCTACAGCCCTCCTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAGCCAGTTCTCTTAGCCACTCAGCCATCTCTACAGCCCTCCTAT  739

seq1  GGAATTTTAAAAGTATTCTCATCTACCCTTCGCTGACCTTTCCAATTCCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTTAAAAGTATTCTCATCTACCCTTCGCTGACCTTTCCAATTCCC  789

seq1  ACTTCCCGTCATTTAACCCGATTCAATGTGGACTTGGTAAGTCCCTGCCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCGTCATTTAACCCGATTCAATGTGGACTTGGTAAGTCCCTGCCA  839

seq1  CACAAAGTGACTGTGAAGGAGAACTGAGGCTTGGTGCCTGCCCTCAAAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGTGACTGTGAAGGAGAACTGAGGCTTGGTGCCTGCCCTCAAAGA  889

seq1  TCCACAGTCAATCAAGTAACCAACCAGGAGCAGGAAGTACACAGAGCTAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGTCAATCAAGTAACCAACCAGGAGCAGGAAGTACACAGAGCTAG  939

seq1  GTGCAGGAATTC  961
      ||||||||||||
seq2  GTGCAGGAATTC  951