BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102C08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 17,180,537 - 17,329,719
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema3c, Cd36
Upstream geneEG668131, LOC626390, LOC668142, LOC100041749, LOC100041832, Speer4f, EG630927
Downstream geneGnat3, Gnai1, LOC100041818, LOC668167
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102C08.bB6Ng01-102C08.g
ACCDH911120DH911121
length1,1481,132
definitionDH911120|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102C08, 5' end.DH911121|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102C08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,328,553 - 17,329,719)(17,180,537 - 17,181,678)
sequence
gaattctctttcactttacagatataacccacaaacgtaagaacttttat
tagcttatattaattgtacataccaatgagtttctctgtgatattttcct
acatgcatagaatatattttgattatattcatttctcatgaccctctttg
tcctctctcagcaatatcttttctcttcaagcaccatttccacctgattt
ttttttctttatttgtgacagggtggatgagtttaattagtgttgtttac
atgagaactccccctatccctaatgaaatgctgctatatttaaccttctg
cacattatattctggtactaacaactctgatgagtttgtgagcaaaacag
ccataccatccataccatgtcattacattctttccctatagatgcctcat
tcaagactgagccagcaagaaacattcacttattctgagcactttctcag
ttataagtctctataataaccaccatcctctgccaaggccaccttccctg
gagtgcttgtctatgagcatggaagtaaaatattaagaagaaagctggaa
ggacacaagtccacattttaatccatatttaaattgatcataccctaatt
taatgagttaagacctaataatacagcctaactgcagttgttagggtctg
caacctccataactagggcatttgactagatttactttaccaggatagaa
ttacctcctgtgccatggagcctcacatctaagctgaaagagattagcta
tactgttctacttagaaccggtcctgggtagattggatgtatgtcttgac
tttacattgtaaggaaactaagatataactaagttaaataatctgcacag
actcacataaatctacaatatttagtttctagaatagtatctagtttcaa
aatatactgaatgtgctaaacatgactcagttttcacatgttctttggtg
aatggggcattcttataattttgtgtgccacctatctcatacaaaaagta
taaggactttatatacactaacattcactgtatatgaggagacatgcaca
ctggtttgcattatataaaggagtactcacccagccactgtcaaagtagg
tgtgccaccttaggcttgagtgatagctgcccaccctatcatctacta
gaattccctgacctaacattaggggatagagcccctccaaaaatctcatt
gaattggtgtttttggacatctactgctaggcatagggcctgcctctaag
agtggtttgcttcttgacttccttgaagaaaacaaacacctgtcaagcta
gagctctagtttggcctgtgtgatactctccatgatgtatgttgatacta
ctttttgcaatcttgcctatatacagtggattatttaatgttgaaatgca
tctgtgtctatttcaaagaatggtatgtgggttttttaataatgagaaca
ttatctttgtatctctttttcagaacccatgtttgtggacgcacatgtga
tcccagatggcactgatccaaatgatgctaaggtctatttcttcttcaaa
gaaagactgactgacaacaataggagcacaaaacagattcattccatgat
tgcaagaatatgccctgtgagtagaatatctacttaaagaaagattttaa
ataatgtaatatgctttccaatgtatatttttgtttttattgcttaatgt
tatcaatcagtaaactatagaaagaagatttttagtatatcatgcacttt
acagtttgtgtgagacaattgtaccacatctcagtagaaatattcaagga
aatattttgattattgttctaaacataaaactagttttggctagttttgt
aatttcctactgtgctgcattcacacaaatgggaaaatgcatattaccaa
agaaaacaaaataattcttgtaaataaaagacacttgaatctcagtaaga
cgtagttatggtggaactgaatataccagtggaaaatttaaaatacgttt
ctacttttaaagagcaagtcatcagcatatttggcagtgtatataaaaat
attgtctaaaattcatgacttaatcttctataggcttactataaactttt
gttggtttatttatgataatttgtcagatgtatttattgaactgtccagt
tctacttatcttttattaccacatattctgtgaactagaacaaactattt
cttgatatttttatcaaatagcaaagctcccagaatgaaagccattggac
ctggggagaacaaactcttcagtagactgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_17328553_17329719
seq2: B6Ng01-102C08.b_47_1194 (reverse)

seq1  TAGTAGAATGATAGGGTGGGGCAGCTATCACTCAAAGACTAAGGTGTGCA  50
      |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||
seq2  TAGTAG-ATGATAGGGT-GGGCAGCTATCACTC-AAGCCTAAGGTG-GCA  46

seq1  CACTAACTTTGACAGTTGCTTGGGTGAGTACTCTTTTAATATAATGGCAA  100
      |||  ||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||| ||||
seq2  CACCTACTTTGACAGTGGC-TGGGTGAGTACTCCTTT-ATATAAT-GCAA  93

seq1  AACCAAGTGTGCATGTCTCCTTCATATAACAGTGAATGTTAGTGTAATAA  150
      |  | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| 
seq2  A--CCAGTGTGCATGTCTCC-TCATAT-ACAGTGAATGTTAGTGT-ATA-  137

seq1  TTAAAGTTCCCTTATACTTTTTTGTATTGAGATAGGTGGCACACAAAATT  200
       ||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  -TAAAGT--CCTTATAC-TTTTTGTA-TGAGATAGGTGGCACACAAAATT  182

seq1  ATAAGAATTGCCCCATTCACCAAAGAACATGTGAAAACTGAGTCATGTTT  250
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAA-TGCCCCATTCACCAAAGAACATGTGAAAACTGAGTCATGTTT  231

seq1  AGCACATTCAGTATATTTTGAAACTAGATACTATTCTAGAAACTAAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATTCAGTATATTTTGAAACTAGATACTATTCTAGAAACTAAATAT  281

seq1  TGTAGATTTATGTGAGTCTGTGCAGATTATTTAACTTAGTTATATCTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATTTATGTGAGTCTGTGCAGATTATTTAACTTAGTTATATCTTAG  331

seq1  TTTCCTTACAATGTAAAGTCAAGACATACATCCAATCTACCCAGGACCGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTACAATGTAAAGTCAAGACATACATCCAATCTACCCAGGACCGG  381

seq1  TTCTAAGTAGAACAGTATAGCTAATCTCTTTCAGCTTAGATGTGAGGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGTAGAACAGTATAGCTAATCTCTTTCAGCTTAGATGTGAGGCTC  431

seq1  CATGGCACAGGAGGTAATTCTATCCTGGTAAAGTAAATCTAGTCAAATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCACAGGAGGTAATTCTATCCTGGTAAAGTAAATCTAGTCAAATGC  481

seq1  CCTAGTTATGGAGGTTGCAGACCCTAACAACTGCAGTTAGGCTGTATTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTATGGAGGTTGCAGACCCTAACAACTGCAGTTAGGCTGTATTAT  531

seq1  TAGGTCTTAACTCATTAAATTAGGGTATGATCAATTTAAATATGGATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTTAACTCATTAAATTAGGGTATGATCAATTTAAATATGGATTAA  581

seq1  AATGTGGACTTGTGTCCTTCCAGCTTTCTTCTTAATATTTTACTTCCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGACTTGTGTCCTTCCAGCTTTCTTCTTAATATTTTACTTCCATG  631

seq1  CTCATAGACAAGCACTCCAGGGAAGGTGGCCTTGGCAGAGGATGGTGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAGACAAGCACTCCAGGGAAGGTGGCCTTGGCAGAGGATGGTGGTT  681

seq1  ATTATAGAGACTTATAACTGAGAAAGTGCTCAGAATAAGTGAATGTTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGAGACTTATAACTGAGAAAGTGCTCAGAATAAGTGAATGTTTCT  731

seq1  TGCTGGCTCAGTCTTGAATGAGGCATCTATAGGGAAAGAATGTAATGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCTCAGTCTTGAATGAGGCATCTATAGGGAAAGAATGTAATGACA  781

seq1  TGGTATGGATGGTATGGCTGTTTTGCTCACAAACTCATCAGAGTTGTTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATGGATGGTATGGCTGTTTTGCTCACAAACTCATCAGAGTTGTTAG  831

seq1  TACCAGAATATAATGTGCAGAAGGTTAAATATAGCAGCATTTCATTAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGAATATAATGTGCAGAAGGTTAAATATAGCAGCATTTCATTAGGG  881

seq1  ATAGGGGGAGTTCTCATGTAAACAACACTAATTAAACTCATCCACCCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGGGAGTTCTCATGTAAACAACACTAATTAAACTCATCCACCCTGT  931

seq1  CACAAATAAAGAAAAAAAAATCAGGTGGAAATGGTGCTTGAAGAGAAAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATAAAGAAAAAAAAATCAGGTGGAAATGGTGCTTGAAGAGAAAAG  981

seq1  ATATTGCTGAGAGAGGACAAAGAGGGTCATGAGAAATGAATATAATCAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCTGAGAGAGGACAAAGAGGGTCATGAGAAATGAATATAATCAAA  1031

seq1  ATATATTCTATGCATGTAGGAAAATATCACAGAGAAACTCATTGGTATGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTCTATGCATGTAGGAAAATATCACAGAGAAACTCATTGGTATGT  1081

seq1  ACAATTAATATAAGCTAATAAAAGTTCTTACGTTTGTGGGTTATATCTGT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTAATATAAGCTAATAAAAGTTCTTACGTTTGTGGGTTATATCTGT  1131

seq1  AAAGTGAAAGAGAATTC  1167
      |||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAAAGAGAATTC  1148

seq1: chr5_17180537_17181678
seq2: B6Ng01-102C08.g_68_1199

seq1  GAATTCCCTGACCTAACATTAGGGGATAGAGCCCCTCCAAAAATCTCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGACCTAACATTAGGGGATAGAGCCCCTCCAAAAATCTCATT  50

seq1  GAATTGGTGTTTTTGGACATCTACTGCTAGGCATAGGGCCTGCCTCTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGGTGTTTTTGGACATCTACTGCTAGGCATAGGGCCTGCCTCTAAG  100

seq1  AGTGGTTTGCTTCTTGACTTCCTTGAAGAAAACAAACACCTGTCAAGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTGCTTCTTGACTTCCTTGAAGAAAACAAACACCTGTCAAGCTA  150

seq1  GAGCTCTAGTTTGGCCTGTGTGATACTCTCCATGATGTATGTTGATACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTAGTTTGGCCTGTGTGATACTCTCCATGATGTATGTTGATACTA  200

seq1  CTTTTTGCAATCTTGCCTATATACAGTGGATTATTTAATGTTGAAATGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGCAATCTTGCCTATATACAGTGGATTATTTAATGTTGAAATGCA  250

seq1  TCTGTGTCTATTTCAAAGAATGGTATGTGGGTTTTTTAATAATGAGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTCTATTTCAAAGAATGGTATGTGGGTTTTTTAATAATGAGAACA  300

seq1  TTATCTTTGTATCTCTTTTTCAGAACCCATGTTTGTGGACGCACATGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTGTATCTCTTTTTCAGAACCCATGTTTGTGGACGCACATGTGA  350

seq1  TCCCAGATGGCACTGATCCAAATGATGCTAAGGTCTATTTCTTCTTCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGATGGCACTGATCCAAATGATGCTAAGGTCTATTTCTTCTTCAAA  400

seq1  GAAAGACTGACTGACAACAATAGGAGCACAAAACAGATTCATTCCATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACTGACTGACAACAATAGGAGCACAAAACAGATTCATTCCATGAT  450

seq1  TGCAAGAATATGCCCTGTGAGTAGAATATCTACTTAAAGAAAGATTTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGAATATGCCCTGTGAGTAGAATATCTACTTAAAGAAAGATTTTAA  500

seq1  ATAATGTAATATGCTTTCCAATGTATATTTTTGTTTTTATTGCTTAATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTAATATGCTTTCCAATGTATATTTTTGTTTTTATTGCTTAATGT  550

seq1  TATCAATCAGTAAACTATAGAAAGAAGATTTTTAGTATATCATGCACTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATCAGTAAACTATAGAAAGAAGATTTTTAGTATATCATGCACTTT  600

seq1  ACAGTTTGTGTGAGACAATTGTACCACATCTCAGTAGAAATATTCAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTGTGTGAGACAATTGTACCACATCTCAGTAGAAATATTCAAGGA  650

seq1  AATATTTTGATTATTGTTCTAAACATAAAACTAGTTTTGGCTAGTTTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTGATTATTGTTCTAAACATAAAACTAGTTTTGGCTAGTTTTGT  700

seq1  AATTTCCTACTGTGCTGCATTCACACAAATGGGAAAATGCATATTACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCTACTGTGCTGCATTCACACAAATGGGAAAATGCATATTACCAA  750

seq1  AGAAAACAAAATAATTCTTGTAAATAAAAGACACTTGAATCTCAGTAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAAAATAATTCTTGTAAATAAAAGACACTTGAATCTCAGTAAGA  800

seq1  CGTAGTTATGGTGGAACTGAATATACCAGTGGAAAATTTAAAAATACGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CGTAGTTATGGTGGAACTGAATATACCAGTGGAAAATTT-AAAATACGTT  849

seq1  TCTACTTTTAAAGAGCAAGTCATCAGCATA-TTGGCAGTGTATATAAAAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTTTAAAGAGCAAGTCATCAGCATATTTGGCAGTGTATATAAAAA  899

seq1  TATTGTCTAAAATTCATGACTTAATCTTCTATAGGCTTACTATAAACTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTCTAAAATTCATGACTTAATCTTCTATAGGCTTACTATAAACTTT  949

seq1  TGTTGGTTTATTTATGATAATTTGTCAGATGTATTTATTGAACTGTCCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGTTTATTTATGATAATTTGTCAGATGTATTTATTGAACTGTCCAG  999

seq1  TTTCTACTTATCTTTTATTACCACAATATTCTGTGAACTAGAACACAACT  1049
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  -TTCTACTTATCTTTTATTACCAC-ATATTCTGTGAACTAGAACA-AACT  1046

seq1  ATTTCTTGATAATTTTTATCAAAATAGCAAAGCTCACAGAAATGAAAAGG  1099
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||  |
seq2  ATTTCTTGAT-ATTTTTATC-AAATAGCAAAGCTCCCAG-AATGAAA--G  1091

seq1  CCATTGGACACAGGGGAAGACAAAACTCATCAGTAGACTGTAT  1142
      ||||||||| | |||| |||  |||||| ||||||||||||||
seq2  CCATTGGAC-CTGGGG-AGAACAAACTCTTCAGTAGACTGTAT  1132