BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104G13
Chromosome5 (Build37)
Map Location 18,671,797 - 18,831,064
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4921504A21Rik, Magi2
Upstream geneGnai1, LOC100041818, LOC668167
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104G13.bB6Ng01-104G13.g
ACCDH912719DH912720
length1,147992
definitionDH912719|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104G13, 5' end.DH912720|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104G13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,829,911 - 18,831,064)(18,671,797 - 18,672,788)
sequence
gaattcaacagcatcactacagagaacagttccaccaggcaggtatagca
gaaacaagtaattccttgaattactaaaactcacccacagagttgcactt
cctctagcaagctcccacgtcctaaacctcatgcacaagcctagagagtg
gggaaagtcattgagacacctgagcgcaagtaagtgagtgagtgagtgag
tgagtgagtaaataaggaagtctttcttacttaaacaggactgtacgtgg
aaagaggcaaggacaggaatttaggttggtggtgacaatgagaaagagaa
accagcataaatctgtgcgctcactttgctttttgattaagtaatagttc
tctactgtatgcctatggctgactctaatgaggaagctattacctgatca
ggtatagtctaaagtctcactggggaaaattcccacatggggacctaact
gggaggaaatgtgaaaacaggcaggcctcagaaaaccagggaccaagccg
agatataaaggatttgtggataacaagcaacaagcatgcctgactccttt
gcacactctcatgtaaggccaaaggaacagtttgttgcctgggaaacatt
ctagctatagaagcattttcttagccttaaagaacaatccagccacttag
atgtttgctacatttttttcccaccattcctgcccacagggatataatat
tgacattttattccatcattattttgttctctccagataatgctttcttt
tgatcttggtactgtagcccagattggcctaatagccttggtacaggttt
gcctcatagtaattctctcatctcagacatcccggtgctaccacgatggc
tatcatgcttggctggggttaatatgctcttgttctttcgcttgtgtgac
tatctttgctcttctgtttcatttgataatatatgatgcttagtgtgaag
ttatatcacctttacatatggacgttcagtgctctaatgtgtgacagatt
taattgattggattttcctgtccagtttcctgagtgtgccaagaagattg
catgcaaatatttacccatacataaaaatgaataggtctattgaagagaa
acctaacctaatttacctattaacttagcaggttagatttccttcct
gaattcatttatcatgaaattacaacttacttaatgtcattttccaaaaa
tgtaggcatttactattaagttcattcaatgcttacacgttatatttgta
gttacaacgattagcacttagcaaagatgctattattccattactaattg
tcttctattcactaaaaattaaaataatcagagacttttaaaaattgaaa
catatccaagacatgtaacaaagaagacatagtaataaactgatgaaaaa
cttatcctcagttcagaagaaatcaagtaatctcttgataccatctattt
ttttaaaggttatcctaaactgaagcagcacttggatatttttcaaacca
gaatttctgtcaaagtttattatatggatttttaacatcaagttacaaaa
acatctattttaccttttacagtagaaaagatgtttaaaatcccagatta
atttatgcaaacaatttttcattactttaacaacattgtcactttatttt
taagttacttttttattagatattttcttcatttatatttcaaatgctat
ccacaaagtctcctatatcctcccctgccctgctcccaacctacccactc
ccacttcctggccctgacattcccctgtactggggcatatgatcttccca
agaccaagggcctctgctcccattgattgccagctaggctatcctctgct
gcatatgcaactagagacacaggtctgggggggtactggttagttcatat
tgttgttcctcctataggtttgcaaacccctttagctccttgggtacttt
ctctagctccttcattagggcccctgtgttccatccaatagctgactgtg
agcatccacttctgtatttgccaggcattggcatagcttcacaagagagt
gctatgtcagggtcctgtcagcactatcttttctggcatatgcatattat
ctggggttgatggttgtatatgggaagggacccctgaggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_18829911_18831064
seq2: B6Ng01-104G13.b_45_1191 (reverse)

seq1  AGGAAGAAAATCTAAAACTGGTAATGTTAATAGGTAAATTAAGTTAGTAT  50
      |||||| |||||| || ||| ||| |||||||||||||||| |||||  |
seq2  AGGAAGGAAATCT-AACCTGCTAA-GTTAATAGGTAAATTAGGTTAG-GT  47

seq1  TACTCTTCAATAGACCTATTCATTTTTATGTTATGTGTATATATTTTGCA  100
      | |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||
seq2  TTCTCTTCAATAGACCTATTCATTTTTATG-TATGGGTAAATA-TTTGCA  95

seq1  TGCATGCTTCTTTGCACACTCAGGAAACTGGACAGGAAAATCCAATCAAT  150
      ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGCAATCTTCTTGGCACACTCAGGAAACTGGACAGGAAAATCCAATCAA-  144

seq1  TTAAATCTGTCACACATTAGAGCACTGAACGTCCATATGTAAAGGTGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCTGTCACACATTAGAGCACTGAACGTCCATATGTAAAGGTGATA  194

seq1  TAACTTCACACTAAGCATCATATATTATCAAAATGAAACAGAAGAGCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCACACTAAGCATCATATATTATC-AAATGAAACAGAAGAGCAAA  243

seq1  GATAGTCACACAAGCGAAAGAACAAGAGCATATTAACCCCAGCCAAGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTCACACAAGCGAAAGAACAAGAGCATATTAACCCCAGCCAAGCAT  293

seq1  GATAGCCATCGTGGTAGCACCGGGATGTCTGAGATGAGAGAATTACTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCCATCGTGGTAGCACCGGGATGTCTGAGATGAGAGAATTACTATG  343

seq1  AGGCAAACCTGTACCAAGGCTATTAGGCCAATCTGGGCTACAGTACCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAACCTGTACCAAGGCTATTAGGCCAATCTGGGCTACAGTACCAAG  393

seq1  ATCAAAAGAAAGCATTATCTGGAGAGAACAAAATAATGATGGAATAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAAGAAAGCATTATCTGGAGAGAACAAAATAATGATGGAATAAAAT  443

seq1  GTCAATATTATATCCCTGTGGGCAGGAATGGTGGGAAAAAAATGTAGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATATTATATCCCTGTGGGCAGGAATGGTGGGAAAAAAATGTAGCAA  493

seq1  ACATCTAAGTGGCTGGATTGTTCTTTAAGGCTAAGAAAATGCTTCTATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTAAGTGGCTGGATTGTTCTTTAAGGCTAAGAAAATGCTTCTATAG  543

seq1  CTAGAATGTTTCCCAGGCAACAAACTGTTCCTTTGGCCTTACATGAGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAATGTTTCCCAGGCAACAAACTGTTCCTTTGGCCTTACATGAGAGT  593

seq1  GTGCAAAGGAGTCAGGCATGCTTGTTGCTTGTTATCCACAAATCCTTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAAGGAGTCAGGCATGCTTGTTGCTTGTTATCCACAAATCCTTTAT  643

seq1  ATCTCGGCTTGGTCCCTGGTTTTCTGAGGCCTGCCTGTTTTCACATTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCGGCTTGGTCCCTGGTTTTCTGAGGCCTGCCTGTTTTCACATTTCC  693

seq1  TCCCAGTTAGGTCCCCATGTGGGAATTTTCCCCAGTGAGACTTTAGACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTTAGGTCCCCATGTGGGAATTTTCCCCAGTGAGACTTTAGACTA  743

seq1  TACCTGATCAGGTAATAGCTTCCTCATTAGAGTCAGCCATAGGCATACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGATCAGGTAATAGCTTCCTCATTAGAGTCAGCCATAGGCATACAG  793

seq1  TAGAGAACTATTACTTAATCAAAAAGCAAAGTGAGCGCACAGATTTATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAACTATTACTTAATCAAAAAGCAAAGTGAGCGCACAGATTTATGC  843

seq1  TGGTTTCTCTTTCTCATTGTCACCACCAACCTAAATTCCTGTCCTTGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCTCTTTCTCATTGTCACCACCAACCTAAATTCCTGTCCTTGCCT  893

seq1  CTTTCCACGTACAGTCCTGTTTAAGTAAGAAAGACTTCCTTATTTACTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCACGTACAGTCCTGTTTAAGTAAGAAAGACTTCCTTATTTACTCA  943

seq1  CTCACTCACTCACTCACTCACTTACTTGCGCTCAGGTGTCTCAATGACTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCACTCACTCACTCACTTACTTGCGCTCAGGTGTCTCAATGACTT  993

seq1  TCCCCACTCTCTAGGCTTGTGCATGAGGTTTAGGACGTGGGAGCTTGCTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACTCTCTAGGCTTGTGCATGAGGTTTAGGACGTGGGAGCTTGCTA  1043

seq1  GAGGAAGTGCAACTCTGTGGGTGAGTTTTAGTAATTCAAGGAATTACTTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGTGCAACTCTGTGGGTGAGTTTTAGTAATTCAAGGAATTACTTG  1093

seq1  TTTCTGCTATACCTGCCTGGTGGAGCTGTTCTCTGTAGTGATGCTGTTGA  1150
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTATACCTGCCTGGTGGAACTGTTCTCTGTAGTGATGCTGTTGA  1143

seq1  ATTC  1154
      ||||
seq2  ATTC  1147

seq1: chr5_18671797_18672788
seq2: B6Ng01-104G13.g_68_1059

seq1  GAATTCATTTATCATGAAATTACAACTTACTTAATGTCATTTTCCAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTATCATGAAATTACAACTTACTTAATGTCATTTTCCAAAAA  50

seq1  TGTAGGCATTTACTATTAAGTTCATTCAATGCTTACACGTTATATTTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGCATTTACTATTAAGTTCATTCAATGCTTACACGTTATATTTGTA  100

seq1  GTTACAACGATTAGCACTTAGCAAAGATGCTATTATTCCATTACTAATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAACGATTAGCACTTAGCAAAGATGCTATTATTCCATTACTAATTG  150

seq1  TCTTCTATTCACTAAAAATTAAAATAATCAGAGACTTTTAAAAATTGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTATTCACTAAAAATTAAAATAATCAGAGACTTTTAAAAATTGAAA  200

seq1  CATATCCAAGACATGTAACAAAGAAGACATAGTAATAAACTGATGAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCCAAGACATGTAACAAAGAAGACATAGTAATAAACTGATGAAAAA  250

seq1  CTTATCCTCAGTTCAGAAGAAATCAAGTAATCTCTTGATACCATCTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCCTCAGTTCAGAAGAAATCAAGTAATCTCTTGATACCATCTATTT  300

seq1  TTTTAAAGGTTATCCTAAACTGAAGCAGCACTTGGATATTTTTCAAACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGGTTATCCTAAACTGAAGCAGCACTTGGATATTTTTCAAACCA  350

seq1  GAATTTCTGTCAAAGTTTATTATATGGATTTTTAACATCAAGTTACAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTGTCAAAGTTTATTATATGGATTTTTAACATCAAGTTACAAAA  400

seq1  ACATCTATTTTACCTTTTACAGTAGAAAAGATGTTTAAAATCCCAGATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTATTTTACCTTTTACAGTAGAAAAGATGTTTAAAATCCCAGATTA  450

seq1  ATTTATGCAAACAATTTTTCATTACTTTAACAACATTGTCACTTTATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGCAAACAATTTTTCATTACTTTAACAACATTGTCACTTTATTTT  500

seq1  TAAGTTACTTTTTTATTAGATATTTTCTTCATTTATATTTCAAATGCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTACTTTTTTATTAGATATTTTCTTCATTTATATTTCAAATGCTAT  550

seq1  CCACAAAGTCTCCTATATCCTCCCCTGCCCTGCTCCCAACCTACCCACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAGTCTCCTATATCCTCCCCTGCCCTGCTCCCAACCTACCCACTC  600

seq1  CCACTTCCTGGCCCTGACATTCCCCTGTACTGGGGCATATGATCTTCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCCTGGCCCTGACATTCCCCTGTACTGGGGCATATGATCTTCCCA  650

seq1  AGACCAAGGGCCTCTGCTCCCATTGATTGCCAGCTAGGCTATCCTCTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAGGGCCTCTGCTCCCATTGATTGCCAGCTAGGCTATCCTCTGCT  700

seq1  GCATATGCAACTAGAGACACAGGTCTGGGGGGGTACTGGTTAGTTCATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGCAACTAGAGACACAGGTCTGGGGGGGTACTGGTTAGTTCATAT  750

seq1  TGTTGTTCCTCCTATAGGTTTGCAAACCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTCCTCCTATAGGTTTGCAAACCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTT  800

seq1  CTCTAGCTCCTTCATTAGGGCCCCTGTGTTCCATCCAATAGCTGACTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCTCCTTCATTAGGGCCCCTGTGTTCCATCCAATAGCTGACTGTG  850

seq1  AGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGCATTGGCATAGCTTCACAAGAGAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGCATTGGCATAGCTTCACAAGAGAGT  900

seq1  GCTATGTCAGGGTCCTGTCAGCACTATC-TTTCTGGCATATGCAATATTA  949
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  GCTATGTCAGGGTCCTGTCAGCACTATCTTTTCTGGCATATGC-ATATTA  949

seq1  TCTGGGTTTGATGGTTGTATATGGGATGGATCCCCTGATGGGG  992
      |||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||
seq2  TCTGGGGTTGATGGTTGTATATGGGAAGGGACCCCTGAGGGGG  992