BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104N18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 50,435,527 - 50,573,766
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpr125
Upstream geneLOC100041659, EG433885, LOC666223
Downstream geneEG637307, LOC100041015, LOC242987, EG624734, LOC666265, LOC100041059
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104N18.bB6Ng01-104N18.g
ACCDH913038DH913039
length1,1541,176
definitionDH913038|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104N18, 5' end.DH913039|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,572,634 - 50,573,766)(50,435,527 - 50,436,686)
sequence
gaattcctaaagaactaacaactgatgattcctccacaataaatggaaag
ccagttttcagactgagacacttaagacttggaattctgttccgagatat
aaatatgtgaggttgctgcccttggcctttagtctgtagttgtgacatgg
tgtgtttttagaaccacctcttactttgtcttattccaggagagtgtgtg
ttaatatttgtaaacaccatgctaatatactcatgtttccatcaacttac
acctatccctaccctttactatgcatttaaacaccaagaatctgaattta
ctgaccctggctcagccagacctaatagtcatgccttactcatagtctgc
cagaaaaccaagaccctacctaactacagaagttagcacatgggggtctg
tctgctgtaaacgaggttacagcatagactgctctccctagtgacaaccc
aggaaaccaaacaagaacctcaactatgagtccaaaaggtctgacaacgt
ctctcctctttgtctctactttcagcttaggaaaaaattaaaacaacaac
agcacaaaaaacaaaaaccaagtatgttctattgcacagaatggcctgtt
gctagttagcccagctgcagcttgcctacatagtctctatctgtaactaa
cctgaagcaaccttttttttctagtaggaagctctttgcttcctctgctt
cttttgatctcgcagccaaaaggcaagtccccatttgctaccccctttgc
tgttgcagctccagggtaacgttgatttttcttgagtctgtcttatttcc
attgcacacactgcagttgacccctctgacatgccataccaacaaagggg
gaggcttctgaggtctaatttgaagagatacaggatgcacatggaaaact
gggtcaatccttggcttcctgacaaacaacttcttagcttcatatgctga
gaatattcagtaggcaccctggagacttaaggcctgacagaaatggcaac
tagaaatgaatcttcctaagtcccatggaggctgatcagtcttcttcctc
atcagatcttttaagaagtaaggagtcctgggattcctcctaaaaccaga
aagccctagaatataaaaataagtttacataaagaatagtaactttaact
ataa
gaattctttttctgggaacctgtaaaccaaggtctactagtccatcaaag
tccactttgggaaaccaatgaattgattcggtttagtcacagagtctaga
tgagggattgcttacaggagctggatgagcccagaacatcaccctatggt
ggatcatgcacagagtccccaccccacttcatttaacttcccacccttcc
tactgccctctagcaactccagagagcaccatgggcaattaggacagaac
tgtatacaaacagcaggtaggtgcagggtaggactgtcaaaatctcagat
gggagagcaaggaccctttccttccagcccttctttctatgagtgaacgc
caacagtgaggagactgcttggacgtggtcacagctgctctaaatgaaga
tgatggtggttaggccaaaggatggagttccacaacacacaagcctcaca
ggccagtgtgaaatagacattcaagagcatgaaaacctcggagctaggaa
gggaaaagagcctctttgtcacccagtgctggacctagagatcccccaca
ccctcctctgccactacctgatagaagagttaactaggttgttaactagg
tagttaaatagaagagttaactagaattgctgaagcaatttaaaataatc
taaacagtttctatttctcaagaggttcacactgttatgacacctcccct
tttgcccccagggccattgtccttcctgggtctagactgttcctaggagc
tttctagcccaaagtgcagaagatgaaaggacctggattcagcagctgaa
atctgggagtgtggatatcaaatgcagtcattaaaccaaagaagaaaata
tgaacagaaatgcagaggggctgccagaaactctactctttggcagcaaa
gcgtgctcagggggcaaaaactacagaagcagctgactaagaacagaagg
gaccagaatcgtgaacttgaggctgagctattaaagcagagtaggcaagc
agccgcatgctacagggggtttcttgggggtgctttgaacaggagggagg
aagccatgccagcacatgggcagggacaccttcagaaactattgtgagaa
gcctctgaaagcaaaattaggcatgctttcccaaacggcggggagcactg
ggaagaaggaaacagggtcatgtggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_50572634_50573766
seq2: B6Ng01-104N18.b_46_1199 (reverse)

seq1  TTATAGTTATAGTTACTA-TCTTTATGTTAAACTAATTTTTATA-TCTAG  48
      ||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||
seq2  TTATAGTTAAAGTTACTATTCTTTATG-TAAACTTATTTTTATATTCTAG  49

seq1  G--CTTCTGGTTTTATGA-GAAACCCA-GACTCC-TACTTCTTAAAAGAT  93
      |   ||||||||||| || ||| |||| |||||| |||||||||||||||
seq2  GGCTTTCTGGTTTTAGGAGGAATCCCAGGACTCCTTACTTCTTAAAAGAT  99

seq1  CTGATGAGGAAGAGAGACTGATCAG-CTCCATGGGACTTAGGAAGATTCA  142
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGAGGAAGA-AGACTGATCAGCCTCCATGGGACTTAGGAAGATTCA  148

seq1  -TTCT-GGTGC--ATTCTGTCAGGCCTTAAGTCTC--AGGTGCCTACTGA  186
       |||| | |||   |||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  TTTCTAGTTGCCATTTCTGTCAGGCCTTAAGTCTCCAGGGTGCCTACTGA  198

seq1  ATA-TCTCAGCATAATGAAGCTAAG-AGTTGTTTGTCAGGAAGCCAA-GA  233
      ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATATTCTCAGCAT-ATGAAGCTAAGAAGTTGTTTGTCAGGAAGCCAAGGA  247

seq1  TTGACCCAGTTTTCCATGTGCATCCTGTATCTCTTC-AATTAGACCTCAG  282
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTGACCCAGTTTTCCATGTGCATCCTGTATCTCTTCAAATTAGACCTCAG  297

seq1  AAGCCTCCCCC-TTGTTGGTATGGCATGTCAGA-GGGTCAACTGCAGTGT  330
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAGCCTCCCCCTTTGTTGGTATGGCATGTCAGAGGGGTCAACTGCAGTGT  347

seq1  GTGCAATGGAAATAAGACAGACTCA--GAAAATCAACGTTA-CCTGGAGC  377
      |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||
seq2  GTGCAATGGAAATAAGACAGACTCAAGAAAAATCAACGTTACCCTGGAGC  397

seq1  TGCAACAGCAAAGGGGGTAGC-AATGGGGACTTGCCTTTTGGCTGCGAGA  426
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACAGCAAAGGGGGTAGCAAATGGGGACTTGCCTTTTGGCTGCGAGA  447

seq1  TCAAAAGAAGCAGAGGAAGCAAAGAGCTTCCTACTAGAAAAAAAAGGTTG  476
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGAAGCAGAGGAAGCAAAGAGCTTCCTACTAGAAAAAAAAGGTTG  497

seq1  CTTCAGGTTAGTTACAGATAGAGACTATGTAGGCAAGCTGCAGCTGGGCT  526
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGTTAGTTACAGATAGAGACTATGTAGGCAAGCTGCAGCTGGGCT  547

seq1  AACTAGCAACAGGCCATTCTGTGCAATAGAACATACTTGGTTTTTGTTTT  576
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGCAACAGGCCATTCTGTGCAATAGAACATACTTGGTTTTTGTTTT  597

seq1  TTGTGCTGTTGTTGTTTTAATTTTTTCCTAAGCTGAAAGTAGAGACAAAG  626
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTGTTGTTGTTTTAATTTTTTCCTAAGCTGAAAGTAGAGACAAAG  647

seq1  AGGAGAGACGTTGTCAGACCTTTTGGACTCATAGTTGAGGTTCTTGTTTG  676
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGACGTTGTCAGACCTTTTGGACTCATAGTTGAGGTTCTTGTTTG  697

seq1  GTTTCCTGGGTTGTCACTAGGGAGAGCAGTCTATGCTGTAACCTCGTTTA  726
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTGGGTTGTCACTAGGGAGAGCAGTCTATGCTGTAACCTCGTTTA  747

seq1  CAGCAGACAGACCCCCATGTGCTAACTTCTGTAGTTAGGTAGGGTCTTGG  776
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGACAGACCCCCATGTGCTAACTTCTGTAGTTAGGTAGGGTCTTGG  797

seq1  TTTTCTGGCAGACTATGAGTAAGGCATGACTATTAGGTCTGGCTGAGCCA  826
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGGCAGACTATGAGTAAGGCATGACTATTAGGTCTGGCTGAGCCA  847

seq1  GGGTCAGTAAATTCAGATTCTTGGTGTTTAAATGCATAGTAAAGGGTAGG  876
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGTAAATTCAGATTCTTGGTGTTTAAATGCATAGTAAAGGGTAGG  897

seq1  GATAGGTGTAAGTTGATGGAAACATGAGTATATTAGCATGGTGTTTACAA  926
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTGTAAGTTGATGGAAACATGAGTATATTAGCATGGTGTTTACAA  947

seq1  ATATTAACACACACTCTCCTGGAATAAGACAAAGTAAGAGGTGGTTCTAA  976
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAACACACACTCTCCTGGAATAAGACAAAGTAAGAGGTGGTTCTAA  997

seq1  AAACACACCATGTCACAACTACAGACTAAAGGCCAAGGGCAGCAACCTCA  1026
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACACCATGTCACAACTACAGACTAAAGGCCAAGGGCAGCAACCTCA  1047

seq1  CATATTTATATCTCGGAACAGAATTCCAAGTCTTAAGTGTCTCAGTCTGA  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTATATCTCGGAACAGAATTCCAAGTCTTAAGTGTCTCAGTCTGA  1097

seq1  AAACTGGCTTTCCATTTATTGTGGAGGAATCATCAGTTGTTAGTTCTTTA  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGCTTTCCATTTATTGTGGAGGAATCATCAGTTGTTAGTTCTTTA  1147

seq1  GGAATTC  1133
      |||||||
seq2  GGAATTC  1154

seq1: chr5_50435527_50436686
seq2: B6Ng01-104N18.g_72_1247

seq1  GAATTCTTTCTCTGGGAACCTGTAAACCAAGGTCTACTAGTCCATCAAAG  50
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTCTGGGAACCTGTAAACCAAGGTCTACTAGTCCATCAAAG  50

seq1  TCCACTTTGGGAAACCAATGAATTGATTCGGTTTAGTCACAGAGTCTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTTGGGAAACCAATGAATTGATTCGGTTTAGTCACAGAGTCTAGA  100

seq1  TGAGGGATTGCTTACAGGAGCTGGATGAGCCCAGAACATCACCCTATGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGATTGCTTACAGGAGCTGGATGAGCCCAGAACATCACCCTATGGT  150

seq1  GGATCATGCACAGAGTCCCCACCCCACTTCATTTAACTTCCCACCCTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCATGCACAGAGTCCCCACCCCACTTCATTTAACTTCCCACCCTTCC  200

seq1  TACTGCCCTCTAGCAACTCCAGAGAGCACCATGGGCAATTAGGACAGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCCTCTAGCAACTCCAGAGAGCACCATGGGCAATTAGGACAGAAC  250

seq1  TGTATACAAACAGCAGGTAGGTGCAGGGTAGGACTGTCAAAATCTCAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACAAACAGCAGGTAGGTGCAGGGTAGGACTGTCAAAATCTCAGAT  300

seq1  GGGAGAGCAAGGACCCTTTCCTTCCAGCCCTTCTTTCTATGAGTGAACGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGCAAGGACCCTTTCCTTCCAGCCCTTCTTTCTATGAGTGAACGC  350

seq1  CAACAGTGAGGAGACTGCTTGGACGTGGTCACAGCTGCTCTAAATGAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTGAGGAGACTGCTTGGACGTGGTCACAGCTGCTCTAAATGAAGA  400

seq1  TGATGGTGGTTAGGCCAAAGGATGGAGTTCCACAACACACAAGCCTCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTGGTTAGGCCAAAGGATGGAGTTCCACAACACACAAGCCTCACA  450

seq1  GGCCAGTGTGAAATAGACATTCAAGAGCATGAAAACCTCGGAGCTAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGTGTGAAATAGACATTCAAGAGCATGAAAACCTCGGAGCTAGGAA  500

seq1  GGGAAAAGAGCCTCTTTGTCACCCAGTGCTGGACCTAGAGATCCCCCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAGAGCCTCTTTGTCACCCAGTGCTGGACCTAGAGATCCCCCACA  550

seq1  CCCTCCTCTGCCACTACCTGATAGAAGAGTTAACTAGGTTGTTAACTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTCTGCCACTACCTGATAGAAGAGTTAACTAGGTTGTTAACTAGG  600

seq1  TAGTTAAATAGAAGAGTTAACTAGAATTGCTGAAGCAATTTAAAATAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAAATAGAAGAGTTAACTAGAATTGCTGAAGCAATTTAAAATAATC  650

seq1  TAAACAGTTTCTATTTCTCAAGAGGTTCACACTGTTATGACACCTCCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGTTTCTATTTCTCAAGAGGTTCACACTGTTATGACACCTCCCCT  700

seq1  TTTGCCCCCAGGGCCATTGTCCTTCCTGGGTCTAGACTGTTCCTAGGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCCCCAGGGCCATTGTCCTTCCTGGGTCTAGACTGTTCCTAGGAGC  750

seq1  TTTCTAGCCCAAAGTGCAGAAGATGAAAGGACCTGGATTCAGCAGCTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGCCCAAAGTGCAGAAGATGAAAGGACCTGGATTCAGCAGCTGAA  800

seq1  ATCTGGGAGTGT-GATATCAAATGCAGTCATTAAACCAAAGAAGAAAATA  849
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGAGTGTGGATATCAAATGCAGTCATTAAACCAAAGAAGAAAATA  850

seq1  TGAACAGAAATGCAGAGGGGCTGCCAGAAACTCTAC-CCTTGGCAGCAAA  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
seq2  TGAACAGAAATGCAGAGGGGCTGCCAGAAACTCTACTCTTTGGCAGCAAA  900

seq1  GCGTGCTCAGGGGGCAAAAACTACAG-AGCAGCTGACTAAG-ACAGAAGG  946
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  GCGTGCTCAGGGGGCAAAAACTACAGAAGCAGCTGACTAAGAACAGAAGG  950

seq1  GACCAG-AGCGTGAACTTGA-GCTGAGCTA-TATAGCAGAGTAGGCAAGC  993
      |||||| | ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||
seq2  GACCAGAATCGTGAACTTGAGGCTGAGCTATTAAAGCAGAGTAGGCAAGC  1000

seq1  AG-CGCATGCTACAGGGGATTCCT--GGGGTGCTTTGAACA-GAGGAGGA  1039
      || ||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||| ||||  | 
seq2  AGCCGCATGCTACAGGGGGTTTCTTGGGGGTGCTTTGAACAGGAGGGAGG  1050

seq1  AAGCCATGCCAGCACAT-GGCAAGGACACCTTCAGAAACTA-TGTGAGAA  1087
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAGCCATGCCAGCACATGGGCAGGGACACCTTCAGAAACTATTGTGAGAA  1100

seq1  G-CTCTGAGAGCAAAATGAGGCATGCTTTCCCAAA-GGCGGGGAGCAACT  1135
      | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||   
seq2  GCCTCTGAAAGCAAAATTAGGCATGCTTTCCCAAACGGCGGGGAGCACTG  1150

seq1  GGAAGAAGG-AACAGGTCCATGTGGC  1160
      ||||||||| ||||||  ||||||||
seq2  GGAAGAAGGAAACAGGGTCATGTGGC  1176