BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-105P08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 29,128,840 - 29,259,125
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHtr5a, EG433862, LOC231069, Insig1, En2, Cnpy1, Prr8, Shh, LOC100039258
Downstream geneRnf32, EG664949, Lmbr1, EG620572, Gm1040, Hlxb9, LOC619355, Ube3c, LOC100039363, EG332993, Dnajb6, EG433865, LOC100039405, LOC100034662
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105P08.bB6Ng01-105P08.g
ACCDH913840DH913841
length1,0791,123
definitionDH913840|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105P08, 5' end.DH913841|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105P08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,128,840 - 29,129,912)(29,257,980 - 29,259,125)
sequence
gaattccagagagccatgtccttgactaagacttccttctgtctgctggg
ggttctcatggagggtccctcttgccagcccagaaaaaaaaaggtgcgtt
cagaggaatatacattgaggaggtgtaaccagggagcaacagggagacca
gaaaacaaaagggaaaggggaaatgaggggacacaggaaggtagctgagc
ttcccttgtacaactggggaataggaaagagaagctgagggttaaatatg
aactcttgactacaacttgttcttggggctgggggtggagtcatgagcaa
gcattcatgaaaacctcagaagactgggctataaggacacatacctgacc
tgtctgcagcctttgtctcaggcagaagaaaccccggatattgtcagttc
aacctgggatggctaaggcagtgtcagaactctctctaccagaactggat
ttcatggaggagagtagatctgtagagttttgaaagtgagcaaagatagt
gtcacctctgtaataaagctggcttcaaattgctcccaggtggcttgtgc
ctgagagcctgcaacaggtggtggtggggtatgtataatgctatgaccat
ctcagtcgtgcttcttacatcctcttggcccttgtctatggcctatcttt
atgtgtcacaaacacatgtcctacacagtctctagagatgggtagtctcc
tgagtgaagcagaccaggtcaaggagcccttatctaaaagctaactcata
gaacagaactagtggactgccacactggagacatctcctgtgtagttaca
gaaacagaggtcaacagcaaaaggatgggagtgactaaagacactgagaa
taaggcttgggagtcagagtgtaactgtgccccgccagaagacagtgaag
cctccctgacttctgtgatttctcaaccctctgaaaacgggtagccacct
ctgccctagcttgtagaagcatcactctgttcttatttcttggtcaatcc
ctcatgtggggtccctctccagtaggacagcacacacggccccaggaatt
tctagcctctctggagtcactgctgttga
gaattccatggccgctgggataaatgtcagagaatattgcctggcaacag
aacagatgctgacttacaagacccagtgagcttaatcaattaccaatata
gtcacacagttacagacaaaatcacactattgctcaatgtaggatgtgaa
aggattcaagctccacattgttgttctgagctctcatttgaggggacaaa
gtggagcaggagaggtaggtcagtggggcaatattttgggagtgccattg
ggagcatttttttccttgttgcttttttttctgtctttgttggtggaagg
ccatcggcgagctcctttaaaattgcttagtggtgcctgagctcattcaa
agatgagaaaaagcacatatgcaaaagctgtccacagaaaactctaaaaa
gaacaactagaatctatatagctcattagatatcagggcctgggccagtg
gttcttaacaaagtggcatttcagcaaggtggggctgccatggaaagact
gaagtcaatgtctctgcagactgcagtcacccagtcatcaaggcaaatca
ggctggagaactggcctcagggagagagtgtcagagccgggtctgaatat
ctcaggggagcagtggagactttgggcagagtgcccctgtgtgagtgaca
ccatgtatcctggtttgcttgggaggagagcctgttctagagggaagggt
gagactggaaaattgtagacatgctttataaggaatgcctgagtcctggg
ctttattctctgttttctctggcctcttcccttaataaactaacaattga
taacttaatattataaagagaatttcataaaagaggattcttgcccaaag
ttgtgttatcatgaaacttgccattgtgatgtttagagtgtcctttgtgt
acttctgaatgtttaataatagatgtggaatttattagtaacaggatagg
catatgacacttgtgttcccaccatggtcacactttgagccagacaaagt
catcaggacagaacagactacttctctgtgtctcagctcagctggaaccc
tactgagtcagataggctgcagattgaccagaatccagctggggctgcag
ctccccctttctgccattcctac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_29128840_29129912
seq2: B6Ng01-105P08.b_48_1126

seq1  GAATTCCAGAGAGCCATGTCCTTGACTAAGACTTCCTTCTGTCTGCTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGAGCCATGTCCTTGACTAAGACTTCCTTCTGTCTGCTGGG  50

seq1  GGTTCTCATGGAGGGTCCCTCTTGCCAGCCCAGAAAAAAAAAGGTGCGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCATGGAGGGTCCCTCTTGCCAGCCCAGAAAAAAAAAGGTGCGTT  100

seq1  CAGAGGAATATACATTGAGGAGGTGTAACCAGGGAGCAACAGGGAGACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAATATACATTGAGGAGGTGTAACCAGGGAGCAACAGGGAGACCA  150

seq1  GAAAACAAAAGGGAAAGGGGAAATGAGGGGACACAGGAAGGTAGCTGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAAAAGGGAAAGGGGAAATGAGGGGACACAGGAAGGTAGCTGAGC  200

seq1  TTCCCTTGTACAACTGGGGAATAGGAAAGAGAAGCTGAGGGTTAAATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTGTACAACTGGGGAATAGGAAAGAGAAGCTGAGGGTTAAATATG  250

seq1  AACTCTTGACTACAACTTGTTCTTGGGGCTGGGGGTGGAGTCATGAGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTGACTACAACTTGTTCTTGGGGCTGGGGGTGGAGTCATGAGCAA  300

seq1  GCATTCATGAAAACCTCAGAAGACTGGGCTATAAGGACACATACCTGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCATGAAAACCTCAGAAGACTGGGCTATAAGGACACATACCTGACC  350

seq1  TGTCTGCAGCCTTTGTCTCAGGCAGAAGAAACCCCGGATATTGTCAGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCAGCCTTTGTCTCAGGCAGAAGAAACCCCGGATATTGTCAGTTC  400

seq1  AACCTGGGATGGCTAAGGCAGTGTCAGAACTCTCTCTACCAGAACTGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGGGATGGCTAAGGCAGTGTCAGAACTCTCTCTACCAGAACTGGAT  450

seq1  TTCATGGAGGAGAGTAGATCTGTAGAGTTTTGAAAGTGAGCAAAGATAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGAGGAGAGTAGATCTGTAGAGTTTTGAAAGTGAGCAAAGATAGT  500

seq1  GTCACCTCTGTAATAAAGCTGGCTTCAAATTGCTCCCAGGTGGCTTGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCTCTGTAATAAAGCTGGCTTCAAATTGCTCCCAGGTGGCTTGTGC  550

seq1  CTGAGAGCCTGCAACAGGTGGTGGTGGGGTATGTATAATGCTATGACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGCCTGCAACAGGTGGTGGTGGGGTATGTATAATGCTATGACCAT  600

seq1  CTCAGTCGTGCTTCTTACATCCTCTTGGCCCTTGTCTATGGCCTATCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCGTGCTTCTTACATCCTCTTGGCCCTTGTCTATGGCCTATCTTT  650

seq1  ATGTGTCACAAACACATGTCCTACACAGTCTCTAGAGAT-GGTAGTCTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATGTGTCACAAACACATGTCCTACACAGTCTCTAGAGATGGGTAGTCTCC  700

seq1  TGAGTGAAGCAGACCAGGTCAAGGAGCCCTTATCTAAAAGCTAACTCATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAAGCAGACCAGGTCAAGGAGCCCTTATCTAAAAGCTAACTCATA  750

seq1  GAACAGAACTAGTGGACTGCCACACTGGAGACATCTCCTGTGTAGTTACA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGAACTAGTGGACTGCCACACTGGAGACATCTCCTGTGTAGTTACA  800

seq1  GAAACAGAGGTCAACAGCAAAAGGAT-GGAGTGACTAAAGACACTGAGAA  848
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGAGGTCAACAGCAAAAGGATGGGAGTGACTAAAGACACTGAGAA  850

seq1  TAAGGCTTGGGAGTCAGAGTGTAACTGTGCCCAGCCAGAAGACAGTGAAG  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTTGGGAGTCAGAGTGTAACTGTGCCCCGCCAGAAGACAGTGAAG  900

seq1  CCT-CCTGAC-TCTGTGA-TTCCCAACCCTCTGAGAACGTGTAGCCACCT  945
      ||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  CCTCCCTGACTTCTGTGATTTCTCAACCCTCTGAAAACGGGTAGCCACCT  950

seq1  CTGCCCTCAGCTTGTAGAAGCATCACTCTGT--CTAATTCCTGGTCAATC  993
      ||||||| |||||||||||||||||||||||   || ||| |||||||||
seq2  CTGCCCT-AGCTTGTAGAAGCATCACTCTGTTCTTATTTCTTGGTCAATC  999

seq1  CCTCATGTGGGGGTCCCTCTCCAGGAAGTACAGCACACACGGCCACAGG-  1042
      |||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||||| |||| 
seq2  CCTCATGT-GGGGTCCCTCTCCA-GTAGGACAGCACACACGGCCCCAGGA  1047

seq1  ATTTCTAG-CTCTCTGGAGTCACTGCTGTTGA  1073
      |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTAGCCTCTCTGGAGTCACTGCTGTTGA  1079

seq1: chr5_29257980_29259125
seq2: B6Ng01-105P08.g_68_1190 (reverse)

seq1  GTAGGAAATGCAGAAAGTGGGGGCTGCAGCCCCAGCTGGGGAATCCCTGT  50
      |||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||   ||  ||| 
seq2  GTAGGAATGGCAGAAAGGGGGAGCTGCAGCCCCAGCTGG---AT-TCTG-  45

seq1  GTCATCTTGCAGCCTATCCTGACCTCAGTAAGGGTTTTCCAGCTGGAGCC  100
      ||||   |||||||||| |||| ||||||| ||   |||||||| |||| 
seq2  GTCAATCTGCAGCCTAT-CTGA-CTCAGTAGGG---TTCCAGCT-GAGC-  88

seq1  TTGAGACCACAGAGAAGTAGTCTGTTCTGTTCCCTGGATGACTTTTGTCC  150
       ||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||| |
seq2  -TGAGA-CACAGAGAAGTAGTCTGTTCTGT--CCT-GATGAC-TTTGT-C  131

seq1  TGGCTCAAAGTGTTGACCATGGTGGG-ACACAAGTGTCATTATGCCTATC  199
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGCTCAAAGTG-TGACCATGGTGGGAACACAAGTGTCA-TATGCCTATC  179

seq1  CTGTTACTTAATAAATTCCACATCTATTAATTAAACATTCAGAAGTACAC  249
      ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAC-TAATAAATTCCACATCTATT-ATTAAACATTCAGAAGTACAC  227

seq1  AAAGGACACCTCTAAACATCACAATGGCAAGTTTCATGATAACACAACTT  299
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACA-CTCTAAACATCACAATGGCAAGTTTCATGATAACACAACTT  276

seq1  TGGGCAAGAATCCTCTTTTATGAAATTCTCTTTATAATATTAAGTTATCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAGAATCCTCTTTTATGAAATTCTCTTTATAATATTAAGTTATCA  326

seq1  ATTGTTAGTTTATTAAGGGAAGAGGCCAGAGAAAACAGAGAATAAAGCCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTAGTTTATTAAGGGAAGAGGCCAGAGAAAACAGAGAATAAAGCCC  376

seq1  AGGACTCAGGCATTCCTTATAAAGCATGTCTACAATTTTCCAGTCTCACC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCAGGCATTCCTTATAAAGCATGTCTACAATTTTCCAGTCTCACC  426

seq1  CTTCCCTCTAGAACAGGCTCTCCTCCCAAGCAAACCAGGATACATGGTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTCTAGAACAGGCTCTCCTCCCAAGCAAACCAGGATACATGGTGT  476

seq1  CACTCACACAGGGGCACTCTGCCCAAAGTCTCCACTGCTCCCCTGAGATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACACAGGGGCACTCTGCCCAAAGTCTCCACTGCTCCCCTGAGATA  526

seq1  TTCAGACCCGGCTCTGACACTCTCTCCCTGAGGCCAGTTCTCCAGCCTGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACCCGGCTCTGACACTCTCTCCCTGAGGCCAGTTCTCCAGCCTGA  576

seq1  TTTGCCTTGATGACTGGGTGACTGCAGTCTGCAGAGACATTGACTTCAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTTGATGACTGGGTGACTGCAGTCTGCAGAGACATTGACTTCAGT  626

seq1  CTTTCCATGGCAGCCCCACCTTGCTGAAATGCCACTTTGTTAAGAACCAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCATGGCAGCCCCACCTTGCTGAAATGCCACTTTGTTAAGAACCAC  676

seq1  TGGCCCAGGCCCTGATATCTAATGAGCTATATAGATTCTAGTTGTTCTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCAGGCCCTGATATCTAATGAGCTATATAGATTCTAGTTGTTCTTT  726

seq1  TTAGAGTTTTCTGTGGACAGCTTTTGCATATGTGCTTTTTCTCATCTTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTTTTCTGTGGACAGCTTTTGCATATGTGCTTTTTCTCATCTTTG  776

seq1  AATGAGCTCAGGCACCACTAAGCAATTTTAAAGGAGCTCGCCGATGGCCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCTCAGGCACCACTAAGCAATTTTAAAGGAGCTCGCCGATGGCCT  826

seq1  TCCACCAACAAAGACAGAAAAAAAAGCAACAAGGAAAAAAATGCTCCCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCAACAAAGACAGAAAAAAAAGCAACAAGGAAAAAAATGCTCCCAA  876

seq1  TGGCACTCCCAAAATATTGCCCCACTGACCTACCTCTCCTGCTCCACTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTCCCAAAATATTGCCCCACTGACCTACCTCTCCTGCTCCACTTT  926

seq1  GTCCCCTCAAATGAGAGCTCAGAACAACAATGTGGAGCTTGAATCCTTTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCTCAAATGAGAGCTCAGAACAACAATGTGGAGCTTGAATCCTTTC  976

seq1  ACATCCTACATTGAGCAATAGTGTGATTTTGTCTGTAACTGTGTGACTAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTACATTGAGCAATAGTGTGATTTTGTCTGTAACTGTGTGACTAT  1026

seq1  ATTGGTAATTGATTAAGCTCACTGGGTCTTGTAAGTCAGCATCTGTTCTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTAATTGATTAAGCTCACTGGGTCTTGTAAGTCAGCATCTGTTCTG  1076

seq1  TTGCCAGGCAATATTCTCTGACATTTATCCCAGCGGCCATGGAATTC  1146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGGCAATATTCTCTGACATTTATCCCAGCGGCCATGGAATTC  1123