BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106E21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 145,482,934 - 145,669,288
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG621967, Tmem130, LOC100039427, Trrap, Smurf1
Upstream geneUsp42, Eif2ak1, 4921520G13Rik, Jtv1, Pms2, 4930526H21Rik, AU022870, Ocm, Lmtk2, Bhlhb8, 2210010N04Rik, Bri3, Baiap2l1, 4930568B11Rik, Nptx2
Downstream geneAW146299, EG231885, EG666992, 1700018F24Rik, Arpc1a, Arpc1b, Pdap1, Bud31, Ptcd1, Cpsf4, Atp5j2, Zkscan14, Zkscan5, EG622116, Zfp655, LOC677270, EG666311, EG622127, LOC100039566, Cyp3a16, LOC100041375, LOC667065, Cyp3a41, Cyp3a44, Cyp3a11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106E21.bB6Ng01-106E21.g
ACCDH914082DH914083
length1,1111,037
definitionDH914082|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106E21, 5' end.DH914083|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106E21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,668,168 - 145,669,288)(145,482,934 - 145,483,967)
sequence
gaattcagcattctaacaaataaatccctagagaacacccttgaaggtgt
aaaaacggctcttgagacgttcttaaaagttccatagacctgggatttta
ctgcatccttttggctgtgtactgtgtctcctctcgttgtggtttgaaac
tgtagaacattcttcttgtctactggcaaacttgtcactaacggtacctt
aaggaatggcggcttcctgtgaaacatgcactttgttggatggcaggatg
cagggccactgtcctgggacccaggtgcacctctgtggaggctctcgaag
atctcgccctcattcattcagccaaccatgcaacggttggattcttctca
acatttattgatcactggtttacgctaggccctgtgctgtgctcaaaaca
cagtctctgccctctctcgagtctgttcagtggctaggtaggcagtttca
gggagctgtactaggttagtgcctgggccagggttgagcagctgtcccta
aagtccccatgtgtagcaagtattcctctgggcaatggggacagagcagt
gaagaaggaagtcccagcttgcttgctttccagtgcaggtggatgtctag
ctagttactggcagcaggtttcagcctctgaggagaacagcggtacctgg
tggtgaagtggagtggttacatttctgggtcctgtgaaattggctttgtg
gtacgcagccactgagtcagactgtttaatccatgaagttagaagaggta
ccctgctcagggcttgtgttgccacatcctctaagagtgagtagaagtac
tttatagaacaacaacacaacaaaaacttgaggtacatttgtgtgtgttg
tcagagaacaacttctgaaagttagtcatcttcatcgtaggtgcctaggg
tttgattccggttgtcagctggctgacaggtgtcgtaactagctgagcca
tctctaagccaaaggggcatagtgattaagtgatgtaggtgttgtgtcac
agtggcagcagtgggttggggcctcaggaagccagggcagaacactcggg
cgatttcgatacagcgctctcctcaccttgcagtctgggcatgtaagttg
tcacttgcacc
gaattcattatgtttgaaccaacttgtgttagggtgtgtgcttcctcaac
tgtgtatcctatggagcctaaatacaggtcgagccgcagtatactgtaag
gagagagtgctccagatggcagaggcagagcattaaggaagtgaaagcaa
aatatcccattaataagttttacattgagggttagcaagatggctcagca
ggcaaaggagcttgctgccaaacctgatgacctgagttcaatccccaggt
cctaccagatgcagaaagagaatccgctttctcaagttgtcctctgacct
acacacaggtgccatggcatacacacacacacacacacacacacacacac
acacaccacattaattaattaattaactagttaattaattaattaacata
gtaaaataaaagatcaaataatatagccaggcttgatgatctaattctgt
aatgccagtactcacttgatgggtagacagtgaacttgagagaggtctga
agatttcaggggcttatagctatttgaacttctcaagtaatggggagcca
cagaagatagcagaacagagcaacagcagaatcagccatcagtacttgga
aggacccctccggcagcttcagagaagatggttttgattcacaggggacc
tgtagcccacacgtagcaagtaccctgctcagggggcctggtctgtggaa
aagagaatcagtacacatgctggttataggtgaggtgactccaggacagg
gtggagctggagaggacaatgaaatggcagaagccagagaagaaagatct
aaggacattgacgttcttggagtgtggctcagtggtagagcccctgcctt
gaatcccccagtgagaggctgggggcgtgcctcagtggtagagcccctac
tttgatcccccagtgaggggctggggcgtggctcagtggtagagcccctg
cctagaatcccccagtggggggctggggtgtggctcagtggtagagcccc
tgcctggatcccccaggggagaggctggggggcgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_145668168_145669288
seq2: B6Ng01-106E21.b_42_1152 (reverse)

seq1  GGTGCCAAGTG--CACTT-CATGCCCCAGACCTGCAAGGTGAGGAGAGGC  47
      |||| ||||||   |||| |||| |||||| |||||||||||||||||  
seq2  GGTG-CAAGTGACAACTTACATG-CCCAGA-CTGCAAGGTGAGGAGAG--  45

seq1  CGCTGTATCGGAATCGCCCGGGTG-TCTGCCCTTGCCTGTCCCTGAG--C  94
      |||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||   | ||||||  |
seq2  CGCTGTATCGAAATCGCCCGAGTGTTCTGCCCTGGC---TTCCTGAGGCC  92

seq1  CCCACCCACTGCTGCCACCTGTGACACAACACCTACATCACTTAATCACT  144
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCCACTGCTGCCA-CTGTGACACAACACCTACATCACTTAATCACT  141

seq1  ATGCCCCTTTTGGGCTTAGGAGATGGCTCAGCTAGTTAACGACACCTGTC  194
      ||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATGCCCCTTT--GGCTTA-GAGATGGCTCAGCTAGTT-ACGACACCTGTC  187

seq1  AGCCAGCCTGACAACCGGAATCAAACCCTAGGCACCTACGATGGAAGATG  244
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCCAG-CTGACAACCGGAATCAAACCCTAGGCACCTACGAT-GAAGATG  235

seq1  ACTAACTTTCAGAAGTTGTTCTCTGACAACACACACAAATGTACCTCAAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTTTCAGAAGTTGTTCTCTGACAACACACACAAATGTACCTCAAG  285

seq1  TTTTTGTTGTTGTTGTTGTTCTATAAAGTACTTCTACTCACTCTTAGAGG  344
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTG-TGTTGTTGTTCTATAAAGTACTTCTACTCACTCTTAGAGG  334

seq1  ATGTGGCAACACAAGCCCTGAGCAGGGTACCTCTTCTAACTTCATGGATT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCAACACAAGCCCTGAGCAGGGTACCTCTTCTAACTTCATGGATT  384

seq1  AAACAGTCTGACTCAGTGGCTGCGTACCACAAAGCCAATTTCACAGGACC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTCTGACTCAGTGGCTGCGTACCACAAAGCCAATTTCACAGGACC  434

seq1  CAGAAATGTAACCACTCCACTTCACCACCAGGTACCGCTGTTCTCCTCAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGTAACCACTCCACTTCACCACCAGGTACCGCTGTTCTCCTCAG  484

seq1  AGGCTGAAACCTGCTGCCAGTAACTAGCTAGACATCCACCTGCACTGGAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGAAACCTGCTGCCAGTAACTAGCTAGACATCCACCTGCACTGGAA  534

seq1  AGCAAGCAAGCTGGGACTTCCTTCTTCACTGCTCTGTCCCCATTGCCCAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCAAGCTGGGACTTCCTTCTTCACTGCTCTGTCCCCATTGCCCAG  584

seq1  AGGAATACTTGCTACACATGGGGACTTTAGGGACAGCTGCTCAACCCTGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATACTTGCTACACATGGGGACTTTAGGGACAGCTGCTCAACCCTGG  634

seq1  CCCAGGCACTAACCTAGTACAGCTCCCTGAAACTGCCTACCTAGCCACTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCACTAACCTAGTACAGCTCCCTGAAACTGCCTACCTAGCCACTG  684

seq1  AACAGACTCGAGAGAGGGCAGAGACTGTGTTTTGAGCACAGCACAGGGCC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACTCGAGAGAGGGCAGAGACTGTGTTTTGAGCACAGCACAGGGCC  734

seq1  TAGCGTAAACCAGTGATCAATAAATGTTGAGAAGAATCCAACCGTTGCAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGTAAACCAGTGATCAATAAATGTTGAGAAGAATCCAACCGTTGCAT  784

seq1  GGTTGGCTGAATGAATGAGGGCGAGATCTTCGAGAGCCTCCACAGAGGTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGCTGAATGAATGAGGGCGAGATCTTCGAGAGCCTCCACAGAGGTG  834

seq1  CACCTGGGTCCCAGGACAGTGGCCCTGCATCCTGCCATCCAACAAAGTGC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGGTCCCAGGACAGTGGCCCTGCATCCTGCCATCCAACAAAGTGC  884

seq1  ATGTTTCACAGGAAGCCGCCATTCCTTAAGGTACCGTTAGTGACAAGTTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCACAGGAAGCCGCCATTCCTTAAGGTACCGTTAGTGACAAGTTT  934

seq1  GCCAGTAGACAAGAAGAATGTTCTACAGTTTCAAACCACAACGAGAGGAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTAGACAAGAAGAATGTTCTACAGTTTCAAACCACAACGAGAGGAG  984

seq1  ACACAGTACACAGCCAAAAGGATGCAGTAAAATCCCAGGTCTATGGAACT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTACACAGCCAAAAGGATGCAGTAAAATCCCAGGTCTATGGAACT  1034

seq1  TTTAAGAACGTCTCAAGAGCCGTTTTTACACCTTCAAGGGTGTTCTCTAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAACGTCTCAAGAGCCGTTTTTACACCTTCAAGGGTGTTCTCTAG  1084

seq1  GGATTTATTTGTTAGAATGCTGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTATTTGTTAGAATGCTGAATTC  1111

seq1: chr5_145482934_145483967
seq2: B6Ng01-106E21.g_67_1103

seq1  GAATTCATTATGTTTGAACCAACTTGTGTTAGGGTGTGTGCTTCCTCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTATGTTTGAACCAACTTGTGTTAGGGTGTGTGCTTCCTCAAC  50

seq1  TGTGTATCCTATGGAGCCTAAATACAGGTCGAGCCGCAGTATACTGTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATCCTATGGAGCCTAAATACAGGTCGAGCCGCAGTATACTGTAAG  100

seq1  GAGAGAGTGCTCCAGATGGCAGAGGCAGAGCATTAAGGAAGTGAAAGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGTGCTCCAGATGGCAGAGGCAGAGCATTAAGGAAGTGAAAGCAA  150

seq1  AATATCCCATTAATAAGTTTTACATTGAGGGTTAGCAAGATGGCTCAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCCATTAATAAGTTTTACATTGAGGGTTAGCAAGATGGCTCAGCA  200

seq1  GGCAAAGGAGCTTGCTGCCAAACCTGATGACCTGAGTTCAATCCCCAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGGAGCTTGCTGCCAAACCTGATGACCTGAGTTCAATCCCCAGGT  250

seq1  CCTACCAGATGCAGAAAGAGAATCCGCTTTCTCAAGTTGTCCTCTGACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCAGATGCAGAAAGAGAATCCGCTTTCTCAAGTTGTCCTCTGACCT  300

seq1  ACACACAGGTGCCATGGCATACACACACACACACACACACACACACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGGTGCCATGGCATACACACACACACACACACACACACACACAC  350

seq1  ACACACCACATTAATTAATTAATTAACTAGTTAATTAATTAATTAACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCACATTAATTAATTAATTAACTAGTTAATTAATTAATTAACATA  400

seq1  GTAAAATAAAAGATCAAATAATATAGCCAGGCTTGATGATCTAATTCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATAAAAGATCAAATAATATAGCCAGGCTTGATGATCTAATTCTGT  450

seq1  AATGCCAGTACTCACTTGATGGGTAGACAGTGAACTTGAGAGAGGTCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCAGTACTCACTTGATGGGTAGACAGTGAACTTGAGAGAGGTCTGA  500

seq1  AGATTTCAGGGGCTTATAGCTATTTGAACTTCTCAAGTAATGGGGAGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCAGGGGCTTATAGCTATTTGAACTTCTCAAGTAATGGGGAGCCA  550

seq1  CAGAAGATAGCAGAACAGAGCAACAGCAGAATCAGCCATCAGTACTTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGATAGCAGAACAGAGCAACAGCAGAATCAGCCATCAGTACTTGGA  600

seq1  AGGACCCCTCCGGCAGCTTCAGAGAAGATGGTTTTGATTCACAGGGGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCCTCCGGCAGCTTCAGAGAAGATGGTTTTGATTCACAGGGGACC  650

seq1  TGTAGCCCACACGTAGCAAGTACCCTGCTCA-GGGGCCTGGTCTGTGGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCCACACGTAGCAAGTACCCTGCTCAGGGGGCCTGGTCTGTGGAA  700

seq1  AAGAGAATCAGTACACATGCTGGTTATAGGTGAGGTGACTCCAGGACAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAATCAGTACACATGCTGGTTATAGGTGAGGTGACTCCAGGACAGG  750

seq1  GTGGAGCTGGAGAGGACAATGAAATGGCAGAAGCCAGAGAAGAAAGATCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCTGGAGAGGACAATGAAATGGCAGAAGCCAGAGAAGAAAGATCT  800

seq1  AA-GACATTGACGTTC-TGGAGTGTGGCTCAGTGGTAGAGCCCCTGCCTT  847
      || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACATTGACGTTCTTGGAGTGTGGCTCAGTGGTAGAGCCCCTGCCTT  850

seq1  GAATCCCCCAGTGAGAGGCTGGGGGCGTGGCTCAGTGGTAGAGCCCCTAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCCCCAGTGAGAGGCTGGGGGCGTGCCTCAGTGGTAGAGCCCCTAC  900

seq1  CTTGAATCCCCCAGTGAGGGGCTGGGGCGTGGCTCAGTGGTAGAGCCCCT  947
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTG-ATCCCCCAGTGAGGGGCTGGGGCGTGGCTCAGTGGTAGAGCCCCT  949

seq1  GCCTAGAATCCCCCAGTGAGGGGCTGGGGTGTGGCTCAGTGGTAGAGCCC  997
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGAATCCCCCAGTGGGGGGCTGGGGTGTGGCTCAGTGGTAGAGCCC  999

seq1  CTGCCTTGAATCCCCCA-GTGAGAGGCT-GGGGGCGTGG  1034
      ||||| || |||||||| | |||||||| ||||||||||
seq2  CTGCC-TGGATCCCCCAGGGGAGAGGCTGGGGGGCGTGG  1037