BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-107B18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 142,161,623 - 142,298,494
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIqce, AA881470, 6530401C20Rik, Gna12, Card11, LOC623466
Downstream geneSdk1, LOC666727, Foxk1, C330006K01Rik, D930005D10Rik, Papolb, Mmd2, Wipi2, Slc29a4, Tnrc18, LOC100038954, LOC100041004
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-107B18.bB6Ng01-107B18.g
ACCDH914668DH914669
length955980
definitionDH914668|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107B18, 5' end.DH914669|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107B18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,161,623 - 142,162,583)(142,297,515 - 142,298,494)
sequence
gaattctttatagaggaaaataaatggttggtttactaaatacctttgaa
gcagggcctccttgtgcttgcttcatgccagagccccatgtccctgagaa
atgaataaagcaggaatccccactttgaatggaaaggatctaggaatttt
agaatactttcagctagtgctagaactcagttccttgacgctgtagtcca
tggaagacaccgtggccaccagatgggcagagactgtttccagtctttaa
tggtgttacttggagatgggctcactaaagttcatcaacagagcagcatg
taaaataaagacagcacttctgcatggacagcatgtataaaaatagtaac
aactgtgtttgactgactctgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcgcatgtgtgt
gtgtgtgcatgtgtgcatgtacctgtttgtgtgtttatatgtgtggtggt
ttgaatatgcctggcccagggagtggcactattaggaggtgtgaccttgt
tgcagtatgtgtggccttgttgcagtaggtgtgtcactgtgggcgtggct
tttaagaaccagtttgcctttggaacaagatgtagaactctcatctgctc
ctgcactatgcctgcctggatgcttctgccttgatgataataaaccgaac
ctctaaacctgtaagccagccccaattaaatgttgtccctacaagagttg
ccttggtaatggtgtctgctcacagcagtaaaatcctaagtaagacaata
tgcagatgtgtttaagtgcatgtggaggacaggtgacaacatcagtgtct
ttgctcatatggtgttcacctccccatctctaggtgttttcttttagtta
tgcgcatgtgtgtgtgtggggagggtctaagtgagtcaggtgccacaaaa
gccactgaatcctttgggagaggattacagataattacgagtccctgagg
tggtg
gaattccagcattgaagccaaagacagatggattcctgggtatttctgag
cccagctggtctagcctaaaaggtgaactataggccaaagaaagattctc
acccatgtgcacacatatgccaacacacacacacacacacacacaaacac
ctctgtaccctcaacacacacaatatttctctctttctctctctctctct
atatgtgtgtatacatccatatatatacaacatatatgcatatgtatata
tgtatatataatcatattttaaatatgcatgagaccttgtggctgtggct
ttcagatattctttcaggagggccagcagcaatatcacctgaagaatgtc
agtccagagaggcctgagagggtgacagtggggagctagggtacaggagg
gaaactgaagaggcaggacacacacatgacccatgtcttcttttgacatt
taatggttttgtggctatagggtacattcccctctttatatctactgcag
catagcatgtactgtccctactaaacactaaattgtagtgctgctgtttc
agaagcaggatagatagctgggaactgagtggaacaggtggggaatgaca
gagaggcctatgattgtaaaatctgcatgacctcgctgttaggaggaatt
tgtgtaggtaagaaatagccacttttcttacataggtgttgaacttgagg
taaccatgatagtgggggatttgggaagcagggagagtatatgttcttga
tctacatctcaagaacatagagtcaggcagaggacaaatgacagacatga
gcagtgaggcacacatggctctgcgtggaggaatgggaggcatagaaagg
aacggctaaaccacagctacctgagctttgatagcagggatccaggcttg
caaggcagccgccactcttgtcacagagccaaggagacaaaaccatacag
accccagagtcaggatggattagcggcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_142161623_142162583
seq2: B6Ng01-107B18.b_43_997

seq1  GAATTCTTTATAGAGGAAAATAAATGGTTGGTTTACTAAATACCTTTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATAGAGGAAAATAAATGGTTGGTTTACTAAATACCTTTGAA  50

seq1  GCAGGGCCTCCTTGTGCTTGCTTCATGCCAGAGCCCCATGTCCCTGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGCCTCCTTGTGCTTGCTTCATGCCAGAGCCCCATGTCCCTGAGAA  100

seq1  ATGAATAAAGCAGGAATCCCCACTTTGAATGGAAAGGATCTAGGAATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATAAAGCAGGAATCCCCACTTTGAATGGAAAGGATCTAGGAATTTT  150

seq1  AGAATACTTTCAGCTAGTGCTAGAACTCAGTTCCTTGACGCTGTAGTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACTTTCAGCTAGTGCTAGAACTCAGTTCCTTGACGCTGTAGTCCA  200

seq1  TGGAAGACACCGTGGCCACCAGATGGGCAGAGACTGTTTCCAGTCTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGACACCGTGGCCACCAGATGGGCAGAGACTGTTTCCAGTCTTTAA  250

seq1  TGGTGTTACTTGGAGATGGGCTCACTAAAGTTCATCAACAGAGCAGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTACTTGGAGATGGGCTCACTAAAGTTCATCAACAGAGCAGCATG  300

seq1  TAAAATAAAGACAGCACTTCTGCATGGACAGCATGTATAAAAATAGTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAAGACAGCACTTCTGCATGGACAGCATGTATAAAAATAGTAAC  350

seq1  AACTGTGTTTGACTGACTCTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCATGTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGTTTGACTGACTCTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCATGTGTGT  400

seq1  GTGTGTGCATGTGTGCATGTACCTGTTTGTGTGTTTATATGTGTGGTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCATGTGTGCATGTACCTGTTTGTGTGTTTATATGTGTGGTGGT  450

seq1  TTGAATATGCCTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGGAGGTGTGACCTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATATGCCTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGGAGGTGTGACCTTGT  500

seq1  TGCAGTATGTGTGGCCTTGTTGCAGTAGGTGTGTCACTGTGGGCGTGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTATGTGTGGCCTTGTTGCAGTAGGTGTGTCACTGTGGGCGTGGCT  550

seq1  TTTAAGAACCAGTTTGCCTTTGGAACAAGATGTAGAACTCTCATCTGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAACCAGTTTGCCTTTGGAACAAGATGTAGAACTCTCATCTGCTC  600

seq1  CTGCACTATGCCTGCCTGGATGCTTCTGCCTTGATGATAATAAACCGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTATGCCTGCCTGGATGCTTCTGCCTTGATGATAATAAACCGAAC  650

seq1  CTCTAAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCCCTACAAGAGTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCCCTACAAGAGTTG  700

seq1  CCTTGGTAATGGTGTCTGCTCACAGCAGTAAAATCCTAAGTAAGACAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTAATGGTGTCTGCTCACAGCAGTAAAATCCTAAGTAAGACAATA  750

seq1  TGCAGATGTGTTTAAGTGCATGTGGAGGACAGGTGACAACATCAGTGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATGTGTTTAAGTGCATGTGGAGGACAGGTGACAACATCAGTGTCT  800

seq1  TTGCTCATATGGTGTTCACCTCCCCATCTCTAGGTG-TTTCTTTTAGTTA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTGCTCATATGGTGTTCACCTCCCCATCTCTAGGTGTTTTCTTTTAGTTA  850

seq1  TGCGCATGTGTGTGTGTGGGGAGGGTCTAAGTGAGTCCAGGTGCCCACAG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| 
seq2  TGCGCATGTGTGTGTGTGGGGAGGGTCTAAGTGAGT-CAGGTG-CCACAA  898

seq1  AAGCCAGCTGAATCCTTTGGAGTTGGAGTTACAGATAATTACAGAGTCAC  949
      |||||| |||||||||||||    ||| |||||||||||||| ||||| |
seq2  AAGCCA-CTGAATCCTTTGGGAGAGGA-TTACAGATAATTAC-GAGTC-C  944

seq1  CTGAGGTAGGTG  961
      ||||||| ||||
seq2  CTGAGGT-GGTG  955

seq1: chr5_142297515_142298494
seq2: B6Ng01-107B18.g_67_1046 (reverse)

seq1  AAGGCTGCTAATTCATCCTAGCTCTGGGGTCTGTATTGCTTTTGGTCTCC  50
      ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||
seq2  AAGGCCGCTAATCCATCCTGACTCTGGGGTCTGTATGG--TTTTGTCTCC  48

seq1  TTGGCTCTGTGAC-AGGGTGGCGGCTGCCTTGCAGGCCTGGGTCCCTGCT  99
      ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  TTGGCTCTGTGACAAGAGTGGCGGCTGCCTTGCAAGCCTGGATCCCTGCT  98

seq1  ATCCAAGCTCAGGTAGCTGTGGTTTAGCCGTTCCTTTCTATGCCT-CCAT  148
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATCAAAGCTCAGGTAGCTGTGGTTTAGCCGTTCCTTTCTATGCCTCCCAT  148

seq1  TCCTCCACGCAGAGCCATGTGTGCCTCACTGCTCATGTCTGTCATTTGTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCACGCAGAGCCATGTGTGCCTCACTGCTCATGTCTGTCATTTGTC  198

seq1  CTCTGCCTGACTCTATGTTCTTGAGATGTAGATCAAGAACATATACTCTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTGACTCTATGTTCTTGAGATGTAGATCAAGAACATATACTCTC  248

seq1  CCTGCTTCCCAAATCCCCCACTATCATGGTTACCTCAAGTTCAACACCTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTCCCAAATCCCCCACTATCATGGTTACCTCAAGTTCAACACCTA  298

seq1  TGTAAGAAAAGTGGCTATTTCTTACCTACACAAATTCCTCCTAACAGCGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAAAAGTGGCTATTTCTTACCTACACAAATTCCTCCTAACAGCGA  348

seq1  GGTCATGCAGATTTTACAATCATAGGCCTCTCTGTCATTCCCCACCTGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATGCAGATTTTACAATCATAGGCCTCTCTGTCATTCCCCACCTGTT  398

seq1  CCACTCAGTTCCCAGCTATCTATCCTGCTTCTGAAACAGCAGCACTACAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCAGTTCCCAGCTATCTATCCTGCTTCTGAAACAGCAGCACTACAA  448

seq1  TTTAGTGTTTAGTAGGGACAGTACATGCTATGCTGCAGTAGATATAAAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGTTTAGTAGGGACAGTACATGCTATGCTGCAGTAGATATAAAGA  498

seq1  GGGGAATGTACCCTATAGCCACAAAACCATTAAATGTCAAAAGAAGACAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATGTACCCTATAGCCACAAAACCATTAAATGTCAAAAGAAGACAT  548

seq1  GGGTCATGTGTGTGTCCTGCCTCTTCAGTTTCCCTCCTGTACCCTAGCTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATGTGTGTGTCCTGCCTCTTCAGTTTCCCTCCTGTACCCTAGCTC  598

seq1  CCCACTGTCACCCTCTCAGGCCTCTCTGGACTGACATTCTTCAGGTGATA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGTCACCCTCTCAGGCCTCTCTGGACTGACATTCTTCAGGTGATA  648

seq1  TTGCTGCTGGCCCTCCTGAAAGAATATCTGAAAGCCACAGCCACAAGGTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCTGGCCCTCCTGAAAGAATATCTGAAAGCCACAGCCACAAGGTC  698

seq1  TCATGCATATTTAAAATATGATTATATATACATATATACATATGCATATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCATATTTAAAATATGATTATATATACATATATACATATGCATATA  748

seq1  TGTTGTATATATATGGATGTATACACACATATAGAGAGAGAGAGAGAAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTATATATATGGATGTATACACACATATAGAGAGAGAGAGAGAAAG  798

seq1  AGAGAAATATTGTGTGTGTTGAGGGTACAGAGGTGTTTGTGTGTGTGTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATATTGTGTGTGTTGAGGGTACAGAGGTGTTTGTGTGTGTGTGT  848

seq1  GTGTGTGTGTTGGCATATGTGTGCACATGGGTGAGAATCTTTCTTTGGCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTTGGCATATGTGTGCACATGGGTGAGAATCTTTCTTTGGCC  898

seq1  TATAGTTCACCTTTTAGGCTAGACCAGCTGGGCTCAGAAATACCCAGGAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTCACCTTTTAGGCTAGACCAGCTGGGCTCAGAAATACCCAGGAA  948

seq1  TCCATCTGTCTTTGGCTTCAATGCTGGAATTC  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTGTCTTTGGCTTCAATGCTGGAATTC  980