BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109K24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 126,590,378 - 126,686,043
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNcor2, Scarb1, Ubc, Dhx37, Bri3bp, Aacs, Tmem132b, EG231736, LOC100039178, LOC665760
Downstream geneLOC100040327
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109K24.bB6Ng01-109K24.g
ACCDH916530DH916531
length1,120536
definitionDH916530|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109K24, 5' end.DH916531|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109K24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,684,908 - 126,686,043)(126,590,378 - 126,590,919)
sequence
gaattcactcaatgaacccttaaatatctactgtgcatcagaatttggct
aaatttttctataattaatatatatggaattaaatatgccaatcacagct
tctgtacaactacatatgtatgctgaaatacatatgagcactgaaataca
attccatgtgatcattaacttgatacttatgtctgtttgtatagtgtgtc
ttcatatgtactctaaaaacttaggttaccaaagaccaaagcaaagtccc
tgagaactgatgatgtcaaaggtttaaaggtaagaagtaaatcacatccc
aagagctcaggtagaactgtgagccttaactccctccaccagacacagac
accagctcctgaaataccaatgtccctgtcctaaggacgatgggcactga
attactctgtgaggactccagctaccactgtgaatgttgatttgaagcct
tatctttatgaaacttctgtaaatttccaagcaaacagaatagaaatatg
gtaagttactaaatatcaaaacacagtcagggtctcagcacataaagtgt
tggaaactgggtgttatggttaagagcgtttggttcccagcacacatgtc
gggggctctaacaccagctcttggggatttgtgccttcttctgttccccc
atgaatattgcacacatgaagtacgcatgtgtgcacacatgtgcacatac
atacacgctcactcaaacacacacacactcacacacatatacacactcat
acacacacttatacacacatacccatactcacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacattttattctttcggccc
agacccaatcccaattcttaaacactgcagtgtcagggcacagagagaat
ttgctttcccagactcgttagagcaagctaaataagatgacttttcctcc
actgcagatggatgtgtcatcttaatactccagtgagttttatcttcaag
tgaaagtgttcaccctcagtcaataacaaacatatttccagcatgtgtaa
tatatttcacctgagcacgttgctaataattcctccctgctatgaaacaa
tcagcctttaaatataattt
agattagaggaggagggctggagagaggtggaggtatgtggtttgacaga
tggactttgcagacttccagaatttactagcttataaaaaattaacatct
tgatggttaaatttctttaactgtagaaaacctggaacctcctgggagga
tggctggaagattaagtgaatcaacgcatgtaaaaccagctcagaaagaa
gggccacctgtgggttagctcttaatgtacatggtgtgcaaattaaataa
agggaatatctctgtaagatgaataattccatttgtaaggaagtctgagc
cctattacttcaatttggacagtaagtgggtggtttcatggtcttgagcc
ctgtgtggcagagcgtgaaccgatccagacagccaaggtgatatgaaata
ttatacagtgacaagtgggggcagggggatgtggtagctggcaggcctac
gccaaggtcccaccctgagaaatcacatcatgtgacagacctggtttcag
tatgccttctttggggtagggtgaaggggtaggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_126684908_126686043
seq2: B6Ng01-109K24.b_44_1163 (reverse)

seq1  -AAATATATATTACAGGCTGATTTGTTTCCATAGCA-GGAGGAATTATTT  48
       || ||||| ||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||
seq2  AAATTATAT-TTAAAGGCTGA-TTGTTT-CATAGCAGGGAGGAATTA-TT  46

seq1  AGCAACGTTGCCTCAGGTGAAATATATTAACAACATGCCTTGGAAAATAT  98
      ||||||||   ||||||||||||||||||   ||||||  ||| ||||||
seq2  AGCAACGT--GCTCAGGTGAAATATATTA--CACATGC--TGG-AAATAT  89

seq1  GTTTGTTATTTGAACTGA-GGTG-ACACTTTCACCTTGAAGATAAAACCT  146
      ||||||||||   ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  GTTTGTTATT--GACTGAGGGTGAACACTTTCA-CTTGAAGATAAAA-CT  135

seq1  CACTGGAGTTATTAAGATGAACACAATCCATCTGCAGTGGA-GAAAAGTC  195
      |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACTGGAG-TATTAAGATG-ACAC-ATCCATCTGCAGTGGAGGAAAAGTC  182

seq1  ATCTTAATTTAGCTTGCTCCTAACGAGTCTGGGAAAGCAAATTCTCTCTG  245
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTT-ATTTAGCTTGCT-CTAACGAGTCTGGGAAAGCAAATTCTCTCTG  230

seq1  TGCCCTGACACTGCAGTGTTTAAGAATTGGGATTGGGTCTGGGCCTGAAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGCCCTGACACTGCAGTGTTTAAGAATTGGGATTGGGTCTGGGCC-GAAA  279

seq1  GAATAAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  329

seq1  TGTGTGTGTGTGAGTATGGGTATGTGTGTATAAGTGTGTGTATGAGTGTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGAGTATGGGTATGTGTGTATAAGTGTGTGTATGAGTGTG  379

seq1  TATATGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTTTGAGTGAGCGTGTATGTATGTGCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTTTGAGTGAGCGTGTATGTATGTGCA  429

seq1  CATGTGTGCACACATGCGTACTTCATGTGTGCAATATTCATGGGGGAACA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGCACACATGCGTACTTCATGTGTGCAATATTCATGGGGGAACA  479

seq1  GAAGAAGGCACAAATCCCCAAGAGCTGGTGTTAGAGCCCCCGACATGTGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGGCACAAATCCCCAAGAGCTGGTGTTAGAGCCCCCGACATGTGT  529

seq1  GCTGGGAACCAAACGCTCTTAACCATAACACCCAGTTTCCAACACTTTAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGAACCAAACGCTCTTAACCATAACACCCAGTTTCCAACACTTTAT  579

seq1  GTGCTGAGACCCTGACTGTGTTTTGATATTTAGTAACTTACCATATTTCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAGACCCTGACTGTGTTTTGATATTTAGTAACTTACCATATTTCT  629

seq1  ATTCTGTTTGCTTGGAAATTTACAGAAGTTTCATAAAGATAAGGCTTCAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTTTGCTTGGAAATTTACAGAAGTTTCATAAAGATAAGGCTTCAA  679

seq1  ATCAACATTCACAGTGGTAGCTGGAGTCCTCACAGAGTAATTCAGTGCCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACATTCACAGTGGTAGCTGGAGTCCTCACAGAGTAATTCAGTGCCC  729

seq1  ATCGTCCTTAGGACAGGGACATTGGTATTTCAGGAGCTGGTGTCTGTGTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTCCTTAGGACAGGGACATTGGTATTTCAGGAGCTGGTGTCTGTGTC  779

seq1  TGGTGGAGGGAGTTAAGGCTCACAGTTCTACCTGAGCTCTTGGGATGTGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAGGGAGTTAAGGCTCACAGTTCTACCTGAGCTCTTGGGATGTGA  829

seq1  TTTACTTCTTACCTTTAAACCTTTGACATCATCAGTTCTCAGGGACTTTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTCTTACCTTTAAACCTTTGACATCATCAGTTCTCAGGGACTTTG  879

seq1  CTTTGGTCTTTGGTAACCTAAGTTTTTAGAGTACATATGAAGACACACTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTCTTTGGTAACCTAAGTTTTTAGAGTACATATGAAGACACACTA  929

seq1  TACAAACAGACATAAGTATCAAGTTAATGATCACATGGAATTGTATTTCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACAGACATAAGTATCAAGTTAATGATCACATGGAATTGTATTTCA  979

seq1  GTGCTCATATGTATTTCAGCATACATATGTAGTTGTACAGAAGCTGTGAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCATATGTATTTCAGCATACATATGTAGTTGTACAGAAGCTGTGAT  1029

seq1  TGGCATATTTAATTCCATATATATTAATTATAGAAAAATTTAGCCAAATT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATATTTAATTCCATATATATTAATTATAGAAAAATTTAGCCAAATT  1079

seq1  CTGATGCACAGTAGATATTTAAGGGTTCATTGAGTGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCACAGTAGATATTTAAGGGTTCATTGAGTGAATTC  1120

seq1: chr5_126590378_126590919
seq2: B6Ng01-109K24.g_67_608

seq1  GAATTCAGATTAGAGGAGGAGGGCTGGAGAGAGGTGGAGGTATGTGGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATTAGAGGAGGAGGGCTGGAGAGAGGTGGAGGTATGTGGTTT  50

seq1  GACAGATGGACTTTGCAGACTTCCAGAATTTACTAGCTTATAAAAAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATGGACTTTGCAGACTTCCAGAATTTACTAGCTTATAAAAAATTA  100

seq1  ACATCTTGATGGTTAAATTTCTTTAACTGTAGAAAACCTGGAACCTCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTGATGGTTAAATTTCTTTAACTGTAGAAAACCTGGAACCTCCTG  150

seq1  GGAGGATGGCTGGAAGATTAAGTGAATCAACGCATGTAAAACCAGCTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATGGCTGGAAGATTAAGTGAATCAACGCATGTAAAACCAGCTCAG  200

seq1  AAAGAAGGGCCACCTGTGGGTTAGCTCTTAATGTACATGGTGTGCAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGGGCCACCTGTGGGTTAGCTCTTAATGTACATGGTGTGCAAATT  250

seq1  AAATAAAGGGAATATCTCTGTAAGATGAATAATTCCATTTGTAAGGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAGGGAATATCTCTGTAAGATGAATAATTCCATTTGTAAGGAAGT  300

seq1  CTGAGCCCTATTACTTCAATTTGGACAGTAAGTGGGTGGTTTCATGGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCCTATTACTTCAATTTGGACAGTAAGTGGGTGGTTTCATGGTCT  350

seq1  TGAGCCCTGTGTGGCAGAGCGTGAACCGATCCAGACAGCCAAGGTGATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCCTGTGTGGCAGAGCGTGAACCGATCCAGACAGCCAAGGTGATAT  400

seq1  GAAATATTATACAGTGACAAGTGGGGGCAGGGGGATGTGGTAGCTGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTATACAGTGACAAGTGGGGGCAGGGGGATGTGGTAGCTGGCAG  450

seq1  GCCTACGCCAAGGTCCCACCCTGAGAAATCACATCATGTGACAGACCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACGCCAAGGTCCCACCCTGAGAAATCACATCATGTGACAGACCTGG  500

seq1  TTTCAGTATGCCTTCTTTGGGGTAGGGTGAAGGGGTAGGGGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTATGCCTTCTTTGGGGTAGGGTGAAGGGGTAGGGGG  542