BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110F02
Chromosome5 (Build37)
Map Location 119,565,139 - 119,718,775
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665194
Upstream geneFbxw8, Hrk, Tmem118, 2410131K14Rik, LOC665162, Thrap2, LOC100039488
Downstream geneLOC100039529, LOC100039542, Tbx3, EG433945, Tbx5, Rbm19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110F02.bB6Ng01-110F02.g
ACCDH916973DH916974
length844629
definitionDH916973|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110F02, 5' end.DH916974|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110F02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,717,941 - 119,718,775)(119,565,139 - 119,565,767)
sequence
gaattctatagggtcatatccaccggaattgagtcaaggtaccccagaag
ctgacggtggttgctcctatctgacacccctcccccaccactttccccgc
aattaaaactgatgacattgtgtgtgtcattccagcaatggacgctggcc
ttttattcaccagacccgacctaataaagtgtgaggttactgggcatggg
tctccaaggtggcatcaatcggtccacagagtactggccttagatgatgt
cacctcccctttgcctgtatctcttccatgctggataagaacagctgtgg
aggcaatgacaaattcacctaaggaaagctggaaagagagaaagagggag
aggaaaagaaagaaggaataaggcaggtggagaagaaaggaggttagagg
cggaagagggaagagagggagggaaagaaggtgggagagaaagcttgttg
acttctcacaggtgtggcacccttggtgacatttgccagcaattggcggg
cacctcttaggttcaggacacctgacattacttggccacattcgcgatga
atgagctttagcaacaaggagagtcttaaaggcttaatcttcactgagtt
cacagcgtttcacctttgcgaatccttgactggtgtggtcacagctgtca
ttcccaagatccctatcacagggtagagtcaggtctgtcttaccctgtac
ttttgtctccaacatgccactcacagagacttgagaaatggtactgaatg
aggcaaatcacgggacttggcagcagaggaccatatttgcgaatagggga
aagagaaaaatgggaaactgattcatgggtaagatagctggaga
gaattcactgtcagggagtcagagaactttgtttctgttgggtgtggagg
tgtttggttcttgctggatggtcactgcaccctgtaaatccaccttgact
tactggccagttcgcctgttggtggacacttgggtggtcattagtttggg
attcctgtgagctaagtcatcatgaatgtttttctctgtgtgccttggtg
tgttcataccttcctggcaccttcccaggtatgaagtagctggggtaaag
aatgtgagtgtgtccaatggttatgaccccgtgtcaatgtgtaagcgttt
gtgtgctcatattatttctcatctcacctcaaccttgcagccctctgtgg
cttttctagtaactaggtgatacacttgcatgcttattcccccaattttt
tattagatattttcttcatttacatttcaaatgctatcccgaaagtcccc
tacaccttcccccctccctgcttccctacccacccactcccacttcttga
ccctggcattcccctgtactggagcacatgaagtttcacttgcatgtttt
tatgaagatttctgaggtcactatcaaagctgttcacattttacatgctt
gtttgtcctttagagaccgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_119717941_119718775
seq2: B6Ng01-110F02.b_42_885 (reverse)

seq1  TCTCCAGC-ATC-TAACCATGAATCAGTTT-CCATTTTTCTCTTTCCCCT  47
      |||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGCTATCTTACCCATGAATCAGTTTCCCATTTTTCTCTTTCCCCT  50

seq1  TTTC-CCAATATGGTCCTCTGCTGCC-AGTCCCGTGATTTGCCTCATTCA  95
       ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGCAAATATGGTCCTCTGCTGCCAAGTCCCGTGATTTGCCTCATTCA  100

seq1  GTACCA-TTCTCAAGTCTCTGTGAGTGGCATGTTGGAGAC-AAAGTACAG  143
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTACCATTTCTCAAGTCTCTGTGAGTGGCATGTTGGAGACAAAAGTACAG  150

seq1  GGTAAGACAGACCTGACTCTACCCTGTGATA-GGATCTTGGGAATGACAG  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGACAGACCTGACTCTACCCTGTGATAGGGATCTTGGGAATGACAG  200

seq1  CTGTGACCACACCAGTCAAGGATTCGC-AAGGTGAAACGCTGTGAACTCA  241
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACCACACCAGTCAAGGATTCGCAAAGGTGAAACGCTGTGAACTCA  250

seq1  GTGAAGATTAAGCCTTTAAGACTCTCCTTGTTGCTAAAGCTCATTCATCG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGATTAAGCCTTTAAGACTCTCCTTGTTGCTAAAGCTCATTCATCG  300

seq1  CGAATGTGGCCAAGTAATGTCAGGTGTCCTGAACCTAAGAGGTGCCCGCC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATGTGGCCAAGTAATGTCAGGTGTCCTGAACCTAAGAGGTGCCCGCC  350

seq1  AATTGCTGGCAAATGTCACCAAGGGTGCCACACCTGTGAGAAGTCAACAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTGGCAAATGTCACCAAGGGTGCCACACCTGTGAGAAGTCAACAA  400

seq1  GCTTTCTCTCCCACCTTCTTTCCCTCCCTCTCTTCCCTCTTCCGCCTCTA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTCTCCCACCTTCTTTCCCTCCCTCTCTTCCCTCTTCCGCCTCTA  450

seq1  ACCTCCTTTCTTCTCCACCTGCCTTATTCCTTCTTTCTTTTCCTCTCCCT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTTTCTTCTCCACCTGCCTTATTCCTTCTTTCTTTTCCTCTCCCT  500

seq1  CTTTCTCTCTTTCCAGCTTTCCTTAGGTGAATTTGTCATTGCCTCCACAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTCTTTCCAGCTTTCCTTAGGTGAATTTGTCATTGCCTCCACAG  550

seq1  CTGTTCTTATCCAGCATGGAAGAGATACAGGCAAAGGGGAGGTGACATCA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTTATCCAGCATGGAAGAGATACAGGCAAAGGGGAGGTGACATCA  600

seq1  TCTAAGGCCAGTACTCTGTGGACCGATTGATGCCACCTTGGAGACCCATG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGCCAGTACTCTGTGGACCGATTGATGCCACCTTGGAGACCCATG  650

seq1  CCCAGTAACCTCACACTTTATTAGGTCGGGTCTGGTGAATAAAAGGCCAG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTAACCTCACACTTTATTAGGTCGGGTCTGGTGAATAAAAGGCCAG  700

seq1  CGTCCATTGCTGGAATGACACACACAATGTCATCAGTTTTAATTGCGGGG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCATTGCTGGAATGACACACACAATGTCATCAGTTTTAATTGCGGGG  750

seq1  AAAGTGGTGGGGGAGGGGTGTCAGATAGGAGCAACCACCGTCAGCTTCTG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGTGGGGGAGGGGTGTCAGATAGGAGCAACCACCGTCAGCTTCTG  800

seq1  GGGTACCTTGACTCAATTCCGGTGGATATGACCCTATAGAATTC  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACCTTGACTCAATTCCGGTGGATATGACCCTATAGAATTC  844

seq1: chr5_119565139_119565767
seq2: B6Ng01-110F02.g_65_693

seq1  GAATTCACTGTCAGGGAGTCAGAGAACTTTGTTTCTGTTGGGTGTGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTCAGGGAGTCAGAGAACTTTGTTTCTGTTGGGTGTGGAGG  50

seq1  TGTTTGGTTCTTGCTGGATGGTCACTGCACCCTGTAAATCCACCTTGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGTTCTTGCTGGATGGTCACTGCACCCTGTAAATCCACCTTGACT  100

seq1  TACTGGCCAGTTCGCCTGTTGGTGGACACTTGGGTGGTCATTAGTTTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGCCAGTTCGCCTGTTGGTGGACACTTGGGTGGTCATTAGTTTGGG  150

seq1  ATTCCTGTGAGCTAAGTCATCATGAATGTTTTTCTCTGTGTGCCTTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGTGAGCTAAGTCATCATGAATGTTTTTCTCTGTGTGCCTTGGTG  200

seq1  TGTTCATACCTTCCTGGCACCTTCCCAGGTATGAAGTAGCTGGGGTAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATACCTTCCTGGCACCTTCCCAGGTATGAAGTAGCTGGGGTAAAG  250

seq1  AATGTGAGTGTGTCCAATGGTTATGACCCCGTGTCAATGTGTAAGCGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGAGTGTGTCCAATGGTTATGACCCCGTGTCAATGTGTAAGCGTTT  300

seq1  GTGTGCTCATATTATTTCTCATCTCACCTCAACCTTGCAGCCCTCTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTCATATTATTTCTCATCTCACCTCAACCTTGCAGCCCTCTGTGG  350

seq1  CTTTTCTAGTAACTAGGTGATACACTTGCATGCTTATTCCCCCAATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTAGTAACTAGGTGATACACTTGCATGCTTATTCCCCCAATTTTT  400

seq1  TATTAGATATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCGAAAGTCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGATATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCGAAAGTCCCC  450

seq1  TACACCTTCCCCCCTCCCTGCTTCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTTCCCCCCTCCCTGCTTCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTGA  500

seq1  CCCTGGCATTCCCCTGTACTGGAGCACATGAAGTTTCACTTGCATGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCATTCCCCTGTACTGGAGCACATGAAGTTTCACTTGCATGTTTT  550

seq1  TATGAAGATTTCTGAGGTCACTATCAAAGCTGTTCACATTTTACATGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGATTTCTGAGGTCACTATCAAAGCTGTTCACATTTTACATGCTT  600

seq1  GTTTGTCCTTTAGAGACCGTGTGTGTGTG  629
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCCTTTAGAGACCGTGTGTGTGTG  629