BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111M07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 144,106,878 - 144,290,407
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrid2ip, Kdelr2, LOC231869, LOC670671, Daglb, Rac1
Upstream geneWipi2, Slc29a4, Tnrc18, LOC100038954, LOC100041004, LOC100038972, LOC100038984, LOC100042525, LOC100038888, Zfp469, LOC666788, Fbxl18, D430018E03Rik, LOC100042558, Actb, Fscn1, 2810055G22Rik, LOC667809, Olfr718-ps1, LOC640324, LOC100042605, Rbak, 4933411G11Rik, Spdyb, Zfp12, Zfp316, Gm792, E130309D02Rik, Zdhhc4
Downstream gene2810453I06Rik, Pscd3, Usp42, Eif2ak1, 4921520G13Rik, Jtv1, Pms2, 4930526H21Rik, AU022870, Ocm, Lmtk2, Bhlhb8, 2210010N04Rik, Bri3, Baiap2l1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111M07.bB6Ng01-111M07.g
ACCDH918026DH918027
length5011,027
definitionDH918026|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111M07, 5' end.DH918027|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111M07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,106,878 - 144,107,384)(144,289,384 - 144,290,407)
sequence
caaatgtcatacaatcgaagaaactatctgcagctggcaaaatcatgcct
ctgctagagcatgaggcaaatcatagtcagctcctatggacagtctgaag
ctgccccatctcctacacccgggtttaaaacaaaaacattcttatacgat
gtctgtgtttaaagaaaaaaatccaaaatggtcacatatgtatatgtgtg
tggtacacctgtgtgcttgcatgtgggtgtgagagagagcccaggagagg
ctagaggctgacattgggtgttgtcacttgctctccactgtgagcttcct
gtccctagctaaaaccctcactcccctcccccaccctaaaaaaacctgga
tattgcaacacatacctgtaaccccagatctagaagaggtagaaaaggat
tcctggggcttgctagtcagccagtctagctgagagagtgagctctgggg
ttagtggtacactgtatcacagcaatgatgatggtggtggtggtggtggt
g
gaattcctggtctggtttcttttctttaaaaaaatattttagattttgtg
tctgtgctcacgtgcacacacgtgaatgaatgcaggtgtctcagggggcc
aaaggtgttggatcgctctggagctggaattacaggtggctgtaagccat
gtgattcaggtgctgggaacctaactccagtctactggaagagcagcttg
gcctcttaagctccaggaggagggaacttgccaggcaagtgtgaggaaca
gagctccaatccagaaactagtatactaggagggtacggtgactcacctg
taactccggaagataaagatgggatctccagggcaagctggttggctaga
ttaactggaattggccagttttgtgttcaatgagagatcttacttcaata
tatataaggtgaacagcaactgaatacacccagtgtcaaccttggtcttc
tatacacatgtgcaccacacatgtgcccacacatgaaaacatgcacacac
acacacaccacagataaccaaaaatatctttaatgttcttgtcttctaat
aggctaccttatttgtgaatgaattatatgcttaccctatcatatcagca
atctttaaaagaattcttctgacctttatccttctgtttattattttaat
ggtatgtatgtttttttttccttatatttttgtttatttagtgctccctc
cccaccccccacccctatttgagaaagtctcatggtaggtcaggttaacg
ctggacgctacatagccagaggtcaaacttcagatgtttctgctacctcc
agtccagagctgggattccaaggtatgcactacctgatatataccacatc
tgtttcataccgttcgtgaggttcaatcctagggtttcatatctgtatct
gctcgggagcacctctaccaattggagttgcatatccagaggttggactt
gagttgatccccaggaatctactgcttccgcccacctagttgctgggaat
acatgttgagccaccagggaagctgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_144106878_144107384
seq2: B6Ng01-111M07.b_49_555

seq1  GAATTCCAAATGTCATACAATCGAAGAAACTATCTGCAGCTGGCAAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATGTCATACAATCGAAGAAACTATCTGCAGCTGGCAAAATC  50

seq1  ATGCCTCTGCTAGAGCATGAGGCAAATCATAGTCAGCTCCTATGGACAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCTGCTAGAGCATGAGGCAAATCATAGTCAGCTCCTATGGACAGT  100

seq1  CTGAAGCTGCCCCATCTCCTACACCCGGGTTTAAAACAAAAACATTCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCTGCCCCATCTCCTACACCCGGGTTTAAAACAAAAACATTCTTA  150

seq1  TACGATGTCTGTGTTTAAAGAAAAAAATCCAAAATGGTCACATATGTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGATGTCTGTGTTTAAAGAAAAAAATCCAAAATGGTCACATATGTATA  200

seq1  TGTGTGTGGTACACCTGTGTGCTTGCATGTGGGTGTGAGAGAGAGCCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGTACACCTGTGTGCTTGCATGTGGGTGTGAGAGAGAGCCCAG  250

seq1  GAGAGGCTAGAGGCTGACATTGGGTGTTGTCACTTGCTCTCCACTGTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCTAGAGGCTGACATTGGGTGTTGTCACTTGCTCTCCACTGTGAG  300

seq1  CTTCCTGTCCCTAGCTAAAACCCTCACTCCCCTCCCCCACCCTAAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTCCCTAGCTAAAACCCTCACTCCCCTCCCCCACCCTAAAAAAA  350

seq1  CCTGGATATTGCAACACATACCTGTAACCCCAGATCTAGAAGAGGTAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATATTGCAACACATACCTGTAACCCCAGATCTAGAAGAGGTAGAA  400

seq1  AAGGATTCCTGGGGCTTGCTAGTCAGCCAGTCTAGCTGAGAGAGTGAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTCCTGGGGCTTGCTAGTCAGCCAGTCTAGCTGAGAGAGTGAGCT  450

seq1  CTGGGGTTAGTGGTACACTGTATCACAGCAATGATGATGGTGGTGGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTTAGTGGTACACTGTATCACAGCAATGATGATGGTGGTGGTGGT  500

seq1  GGTGGTG  507
      |||||||
seq2  GGTGGTG  507

seq1: chr5_144289384_144290407
seq2: B6Ng01-111M07.g_69_1095 (reverse)

seq1  CACAGCCTGCCCTGGTGGCTC-ACCTGTAATCCCAGC-ACTTGGTGGGCG  48
      ||||| || |||||||||||| || |||| ||||||| ||| ||||||||
seq2  CACAG-CTTCCCTGGTGGCTCAACATGTATTCCCAGCAACTAGGTGGGCG  49

seq1  GAAGCAGTAGAATCCTGGGGATCAACCTCAAGTCCAACCTCTGGATATGC  98
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGTAGATTCCTGGGGATCAA-CTCAAGTCCAACCTCTGGATATGC  98

seq1  AACT-CAATTGGTAGA-GTGCTTCCCCGAGCAGATACAGATATGAAACCC  146
      |||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCAATTGGTAGAGGTGCT--CCCGAGCAGATACAGATATGAAACCC  146

seq1  TAGGATTGAACCTCACG-ACGGTATGAAACAGATGTGGTATATATCAGGT  195
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTGAACCTCACGAACGGTATGAAACAGATGTGGTATATATCAGGT  196

seq1  AGTGCATACC-TGGAATCCCAGCTCTGGACTGGAGGTAGCAGAAACATCT  244
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATACCTTGGAATCCCAGCTCTGGACTGGAGGTAGCAGAAACATCT  246

seq1  GAAGTTTGACCTCTGGCTATGTAGCGTCCAGCGTTAACCTGACCTACCAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTGACCTCTGGCTATGTAGCGTCCAGCGTTAACCTGACCTACCAT  296

seq1  GAGACTTTCTC-AATAGGGGTGGGGGGTGGGGAGGGAGCACTAAATAAAC  343
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTTCTCAAATAGGGGTGGGGGGTGGGGAGGGAGCACTAAATAAAC  346

seq1  AAAAATATAAGGAAAAAAAAACATACATACCATTAAAATAATAAACAGAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATAAGGAAAAAAAAACATACATACCATTAAAATAATAAACAGAA  396

seq1  GGATAAAGGTCAGAAGAATTCTTTTAAAGATTGCTGATATGATAGGGTAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAAGGTCAGAAGAATTCTTTTAAAGATTGCTGATATGATAGGGTAA  446

seq1  GCATATAATTCATTCACAAATAAGGTAGCCTATTAGAAGACAAGAACATT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAATTCATTCACAAATAAGGTAGCCTATTAGAAGACAAGAACATT  496

seq1  AAAGATATTTTTGGTTATCTGTGGTGTGTGTGTGTGTGCATGTTTTCATG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATATTTTTGGTTATCTGTGGTGTGTGTGTGTGTGCATGTTTTCATG  546

seq1  TGTGGGCACATGTGTGGTGCACATGTGTATAGAAGACCAAGGTTGACACT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCACATGTGTGGTGCACATGTGTATAGAAGACCAAGGTTGACACT  596

seq1  GGGTGTATTCAGTTGCTGTTCACCTTATATATATTGAAGTAAGATCTCTC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTATTCAGTTGCTGTTCACCTTATATATATTGAAGTAAGATCTCTC  646

seq1  ATTGAACACAAAACTGGCCAATTCCAGTTAATCTAGCCAACCAGCTTGCC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACACAAAACTGGCCAATTCCAGTTAATCTAGCCAACCAGCTTGCC  696

seq1  CTGGAGATCCCATCTTTATCTTCCGGAGTTACAGGTGAGTCACCGTACCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGATCCCATCTTTATCTTCCGGAGTTACAGGTGAGTCACCGTACCC  746

seq1  TCCTAGTATACTAGTTTCTGGATTGGAGCTCTGTTCCTCACACTTGCCTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTATACTAGTTTCTGGATTGGAGCTCTGTTCCTCACACTTGCCTG  796

seq1  GCAAGTTCCCTCCTCCTGGAGCTTAAGAGGCCAAGCTGCTCTTCCAGTAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTCCCTCCTCCTGGAGCTTAAGAGGCCAAGCTGCTCTTCCAGTAG  846

seq1  ACTGGAGTTAGGTTCCCAGCACCTGAATCACATGGCTTACAGCCACCTGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGTTAGGTTCCCAGCACCTGAATCACATGGCTTACAGCCACCTGT  896

seq1  AATTCCAGCTCCAGAGCGATCCAACACCTTTGGCCCCCTGAGACACCTGC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAGCTCCAGAGCGATCCAACACCTTTGGCCCCCTGAGACACCTGC  946

seq1  ATTCATTCACGTGTGTGCACGTGAGCACAGACACAAAATCTAAAATATTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTCACGTGTGTGCACGTGAGCACAGACACAAAATCTAAAATATTT  996

seq1  TTTTAAAGAAAAGAAACCAGACCAGGAATTC  1024
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGAAAAGAAACCAGACCAGGAATTC  1027