BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112B04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 74,384,351 - 74,431,533
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp46
Upstream geneSlc10a4, LOC667127, Fryl, Ociad1, Ociad2, LOC667154, LOC100042205, C130090K23Rik, LOC627733, Dcun1d4, BC031901, Sgcb, Spata18
Downstream gene2700023E23Rik, Rasl11b, Scfd2, Fip1l1, Lnx1, EG619945, Chic2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112B04.bB6Ng01-112B04.g
ACCDH918239DH918240
length1,066776
definitionDH918239|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112B04, 5' end.DH918240|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112B04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,384,351 - 74,385,418)(74,430,495 - 74,431,533)
sequence
gaattctcaatggaagataagacgaaaaataaacagtctaaggcacagtg
cctcggggacacagtgtgtgttggggcgggaaagcaggtggcacaaagac
tacaaataagagcaaacgggctccctaccaaagaagtcctcctcccgtgt
ggggattgaacttggctctggctcagacctcacttgtgatgcgccagcaa
gaggggtcaaggcgatggtgaggtgtgaacgcagggatttggggaaaaca
agcagctacttcagtttcttcctgtcctcagtgacactgagttcaaatga
gctaaatgccacctctctgggggaaatgagccatatgagggaaacacaaa
ggcctagatagctcaagggagagccagagggaagccttacctttgaaaat
gtcagattgatggcttttgagctatgttacctcaaaccctgatctggact
tccacaaatctcttcatgagaatttcatttctacaaaacatatggactca
acaatccaccaacacccttggatagcttataaattaagtttgaactcaac
ggagacttgatgtcagctgggaggttaactcatttctatgaagagcccta
ttcttgcttctttgaatagaattccagatgaaaaattctagcaaagcagc
tgttaagaacagaacaaccaaaagcactactgaaaatattacatccgtgt
atatttgaattatcgaaatgacaaaacaaaattccaatattaattgggta
tgaagagtgttcctagcaccatctctgatttcaaaaattcattgaaaaac
ttcattgttctctttagttaactttatacaatcatttttttggggagtat
atctttattgactcacatgctaaagcagcacacatgcacacatgtgcatg
cacacatgcacagttctatatcatttggaagatatggaaggtgaagccct
acatgtaaggctctaactctgtgccccacttgactgctaagaccacaccc
tccttcgtcctcccagacctgcagcaggctaacacatgcttccttggggg
gggatgtatgcagaat
gaattcttcctgtactgttaactggtggtgtgatcccaggcaaggaagtt
ggcctttctggtcctccattcctgcattcaataattgtggttgcaatggt
ttctccctcttgagtcacagtgaaggatgaacgagagggggagggagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagagagagacagagacaga
gacagagagagacagagagacagagagacagagagagacagagagagaca
gagacagagagagagagagacagagagagagacagagagagagactatgt
gaggctctgatgagagactggagtatgttgtagacacttggaaaatattc
cttttatttcttcagagttgactactaggtcagaccggttgtggctgtag
gatgtctgagtaaaagatattgagaagcagagagaagactggacagagga
aggctacataaggccctggaaatacagggtattgtattggcaaagctcag
ttttcaaagtttaatagaaagcttattttagcaactgtgaatagttctcc
acttaactctctgaagagttttcaattcctggaaattcttccttagctaa
ggaaaatacaaatgtagacttacggagagagaactaaggctgttgcctac
cttgtagaagaatcatgagagctgttttttattaatagcttcatttatgg
attccttaattggtaattatgaagggtgccagcctctggtgttaaagggt
ttgtcacctgtttcgtgtctgtgtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_74384351_74385418
seq2: B6Ng01-112B04.b_46_1111

seq1  GAATTCTCAATGGAAGATAAGACGAAAAATAAACAGTCTAAGGCACAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAATGGAAGATAAGACGAAAAATAAACAGTCTAAGGCACAGTG  50

seq1  CCTCGGGGACACAGTGTGTGTTGGGGCGGGAAAGCAGGTGGCACAAAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGGGGACACAGTGTGTGTTGGGGCGGGAAAGCAGGTGGCACAAAGAC  100

seq1  TACAAATAAGAGCAAACGGGCTCCCTACCAAAGAAGTCCTCCTCCCGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATAAGAGCAAACGGGCTCCCTACCAAAGAAGTCCTCCTCCCGTGT  150

seq1  GGGGATTGAACTTGGCTCTGGCTCAGACCTCACTTGTGATGCGCCAGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATTGAACTTGGCTCTGGCTCAGACCTCACTTGTGATGCGCCAGCAA  200

seq1  GAGGGGTCAAGGCGATGGTGAGGTGTGAACGCAGGGATTTGGGGAAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGTCAAGGCGATGGTGAGGTGTGAACGCAGGGATTTGGGGAAAACA  250

seq1  AGCAGCTACTTCAGTTTCTTCCTGTCCTCAGTGACACTGAGTTCAAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTACTTCAGTTTCTTCCTGTCCTCAGTGACACTGAGTTCAAATGA  300

seq1  GCTAAATGCCACCTCTCTGGGGGAAATGAGCCATATGAGGGAAACACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATGCCACCTCTCTGGGGGAAATGAGCCATATGAGGGAAACACAAA  350

seq1  GGCCTAGATAGCTCAAGGGAGAGCCAGAGGGAAGCCTTACCTTTGAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGATAGCTCAAGGGAGAGCCAGAGGGAAGCCTTACCTTTGAAAAT  400

seq1  GTCAGATTGATGGCTTTTGAGCTATGTTACCTCAAACCCTGATCTGGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATTGATGGCTTTTGAGCTATGTTACCTCAAACCCTGATCTGGACT  450

seq1  TCCACAAATCTCTTCATGAGAATTTCATTTCTACAAAACATATGGACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAAATCTCTTCATGAGAATTTCATTTCTACAAAACATATGGACTCA  500

seq1  ACAATCCACCAACACCCTTGGATAGCTTATAAATTAAGTTTGAACTCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCCACCAACACCCTTGGATAGCTTATAAATTAAGTTTGAACTCAAC  550

seq1  GGAGACTTGATGTCAGCTGGGAGGTTAACTCATTTCTATGAAGAGCCCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACTTGATGTCAGCTGGGAGGTTAACTCATTTCTATGAAGAGCCCTA  600

seq1  TTCTTGCTTCTTTGAATAGAATTCCAGATGAAAAATTCTAGCAAAGCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCTTCTTTGAATAGAATTCCAGATGAAAAATTCTAGCAAAGCAGC  650

seq1  TGTTAAGAACAGAACAACCAAAAGCACTACTGAAAATATTACATCCGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAGAACAGAACAACCAAAAGCACTACTGAAAATATTACATCCGTGT  700

seq1  ATATTTGAATTATCGAAATGACAAAACAAAATTCCAATATTAATTGGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGAATTATCGAAATGACAAAACAAAATTCCAATATTAATTGGGTA  750

seq1  TGAAGAGTGTTCCTAGCACCATCTCTGATTTCAAAAATTCATTGAAAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGTGTTCCTAGCACCATCTCTGATTTCAAAAATTCATTGAAAAAC  800

seq1  TTCATTGTTCTCTTTAGTTAACTTTATACAATCATTTTTTT-GGGAGTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTCATTGTTCTCTTTAGTTAACTTTATACAATCATTTTTTTGGGGAGTAT  850

seq1  ATCTTTATTGACTCACATGCTAAAGCAGCACACATGCACACATGTGCATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTATTGACTCACATGCTAAAGCAGCACACATGCACACATGTGCATG  900

seq1  CACACATGCACAGTTCTATATCATTTGGAAGATATGGAAGGTGAAGCCCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGCACAGTTCTATATCATTTGGAAGATATGGAAGGTGAAGCCCT  950

seq1  ACATGTAAGGCTCTAACTCTGTGCCCCACTTGACTGCTAAGACCACACCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTAAGGCTCTAACTCTGTGCCCCACTTGACTGCTAAGACCACACCC  1000

seq1  TCCTTCGTCCTCCCCAGACCCTGCAGCAGGGGCTACCACATGCTTCCTT-  1048
      ||||||||||| |||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||| 
seq2  TCCTTCGTCCT-CCCAGA-CCTGCAGCA--GGCTAACACATGCTTCCTTG  1046

seq1  GGGGGGGATGTATGCAGAAT  1068
      ||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGATGTATGCAGAAT  1066

seq1: chr5_74430495_74431533
seq2: B6Ng01-112B04.g_69_844 (reverse)

seq1  AGACACAGAGATTTTTGACTTCGGAGGGGAAAGTCATTATCTCACTGGCT  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TCTAAGTGACTGGAAGCCCAACTCTGTTGGAGGCCCTAGCTGAAACCTGT  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACTTTAAGGCTGTTCCCACTCAGTAAATGAACAGGAAGAAATTCCAAAGC  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AATAACAAGATCCATAGCCTGGATTACAAAACGCTGCAGAGGTCAAACGG  200
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AGCATGGGCATCTCTGAATGGCTTTGTGGCTAGGACATCTTCAGTTCCTA  250
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CTTGCTCTAATGTTCCCTGACACAGTCACGTAACAGGTGACAAACCCTTT  300
                        ||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  -----------------AGACACAGACACGAAACAGGTGACAAACCCTTT  33

seq1  CACA-CAGAGGCTGGCA-CCTTCATAAATTACCAATTAAGGAAT-CATAA  347
       ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  AACACCAGAGGCTGGCACCCTTCAT-AATTACCAATTAAGGAATCCATAA  82

seq1  ATGAAGCTATTAAT-AAATACAGCTCTCATGATTCTTCTACAAGGTAGGC  396
      |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCTATTAATAAAAAACAGCTCTCATGATTCTTCTACAAGGTAGGC  132

seq1  AACAGCCTTAGTTCTCTCTCCGT-AGTCTACATTTGTATTTTCCTTAGCT  445
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCTTAGTTCTCTCTCCGTAAGTCTACATTTGTATTTTCCTTAGCT  182

seq1  AGGGAAGAATTTCCAGGAATTGAAAACTCTTCAGAGAGTTAAGTGGAGAA  495
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAATTTCCAGGAATTGAAAACTCTTCAGAGAGTTAAGTGGAGAA  232

seq1  CTATTCACAGTTGCTAAAATAAGCTTTCTATTAAACTTTGAAAACTGAGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCACAGTTGCTAAAATAAGCTTTCTATTAAACTTTGAAAACTGAGC  282

seq1  TTTGCCAATACAATACCCTGTATTTCCAGGGCCTTATGTAGCCTTCCTCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCAATACAATACCCTGTATTTCCAGGGCCTTATGTAGCCTTCCTCT  332

seq1  GTCCAGTCTTCTCTCTGCTTCTCAATATCTTTTACTCAGACATCCTACAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGTCTTCTCTCTGCTTCTCAATATCTTTTACTCAGACATCCTACAG  382

seq1  CCACAACCGGTCTGACCTAGTAGTCAACTCTGAAGAAATAAAAGGAATAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACCGGTCTGACCTAGTAGTCAACTCTGAAGAAATAAAAGGAATAT  432

seq1  TTTCCAAGTGTCTACAACATACTCCAGTCTCTCATCAGAGCCTCACATAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAGTGTCTACAACATACTCCAGTCTCTCATCAGAGCCTCACATAG  482

seq1  TCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTGTCTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTGTCTC  532

seq1  TCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTGTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTGTC  582

seq1  TCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  632

seq1  CCTCCCCCTCTCGTTCATCCTTCACTGTGACTCAAGAGGGAGAAACCATT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCTCTCGTTCATCCTTCACTGTGACTCAAGAGGGAGAAACCATT  682

seq1  GCAACCACAATTATTGAATGCAGGAATGGAGGACCAGAAAGGCCAACTTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCACAATTATTGAATGCAGGAATGGAGGACCAGAAAGGCCAACTTC  732

seq1  CTTGCCTGGGATCACACCACCAGTTAACAGTACAGGAAGAATTC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTGGGATCACACCACCAGTTAACAGTACAGGAAGAATTC  776