BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-113M01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 32,810,281 - 32,966,731
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC634553, LOC675983, Yes1
Upstream geneXab1, Supt7l, Slc4a1ap, Mrpl33, Rbks, LOC100040000, Bre, Fosl2, LOC672217, Plb1, EG665350, LOC545743, Ppp1cb
Downstream geneLOC100039775, Pisd, C330019G07Rik, LOC100040141, Depdc5, Ywhah, LOC100040169, Slc5a1, Spon2, Ctbp1, Maea, 4933407H18Rik, LOC672284, 2410018C17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-113M01.bB6Ng01-113M01.g
ACCDH919466DH919467
length1,0391,127
definitionDH919466|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113M01, 5' end.DH919467|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113M01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,965,682 - 32,966,731)(32,810,281 - 32,811,421)
sequence
gaattccaaatgaccacacatctgactttattgtaaatcgaccatacaga
gcagcctcaggagctgtccacttgattggaaattttgcacctacaaacaa
tattgacagttgaagtgtttttaaagaatacttgtgtaaatgtaaggtac
acaggcctaatctttatcactatcccaattctatgtgtttaagtcttcaa
acgcagaaaaatatacggaaaacagcactaacttaaaatttttacactaa
atctggtttttttcttttatttaatgatataaaaagttgctggtgggaac
agaaaatgattcaataaaacagtagtagaggttttaataagacagaaatg
tagattataaaatctgcaagttttggggggaggcacatgggatcttgatc
tatctctatctatctatgtatctatctacacacacacacacacacacaca
cacacacacacctaccttaggctggccttaaattttcacaatcctgtctc
agcctcctgaaagctgggattacaattgttagctaaatcaaactaaatct
gtaactaatttttgcttgtttatttgtgctcacatgcacggctgtgtgtg
tgtgtgatatgaggtgagcaaaaattaaaacttcatgtacaagtctctct
ctccttgttgagctttttgaggaagggtcagctggtctctaacatgctat
ctatttggagaatgactgtgaatactgatccttccacctctcactcacaa
gtgctaggtttagagacatgagatactatatattctattgtaaaatcaac
aacttcagggtcacctgacatccagtggctatacctaattatgtctgaag
gcatattctgtagatctatagctactggcttttgctcataatcattctgt
atttgtgctgtctttggataagtttctattgtgctatcatattcttgttg
gtgttggttgtgggcatgtgccattgaacttgtgtgaagtcaagacaacg
ctgtggatggctctcctttctcacctttacatgggctcc
gaattctctgtttagctctgtaccccattttttaatagggttatttggtt
ttctggagtccaacttcttgagttctttatatatattggatattagcccc
ctgtaagatttagaactggtaaagatcttttcccaatctgttggttgcct
tttggtcttattgacagtgtcctttgaatatggcgattttttaagcacaa
acatttttgccatgatgtaaaactgtagcaactctaggatcacaaaactt
gtatagactatgacaatccaagacctcgtgcacactggccatataaatct
aaatgctgacagattttctcttattcttaaaattccaaaggaatctttga
gtttcctttgatttgtcttgatcttatctgatgtgtatcaagcacctgtg
tgacaaaggaaaaattaagcatgatatccaccatgaaaaaactcattcaa
atggaggaatgctggcatccatagtgaggaaaattcaagcagtacatgag
atggttaaggggcaaccgagcagttatgatcattcctaggagccacagaa
gccagtgctgccatgctatgtttacaaggaggaagtcggcaagtgaaaag
aagggaactgaacagttattttatacagtatttgtgagcctttcttaggt
ctagaactgatggtagatatcatatgttccaggtaaatagctattttaca
cttgagaattgagtatctgttataaacacctcctcattagttgcatgcct
agtagatatgatcagaaaataaatattgtgttgactttctgcagaggaca
ctgaggtgtaaataaagtggcttttcaactccccctcctgaattatcata
aacaatagtagttaccccagggtcaaataaacctcagctttgcatcctaa
aacaaatactatgtgtgtaagagagcacaagcccagggctgagatttggc
ttctgacactaagcctatgacttcgaagactatatgcttccttgatgtca
atgatgcagtcactgaaaaactctaaattcagagctggtgttttctaaaa
acagtctcaacgagtgctaaaaccattattgcttgaatatgcagcagtca
gaatctggtccaaacaatctgaaatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_32965682_32966731
seq2: B6Ng01-113M01.b_45_1083 (reverse)

seq1  GGAGCCCATGTAAAGGT-AGAAAGGTAGAGCCAACTCCACAGCGTTGTCC  49
      ||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||||||| 
seq2  GGAGCCCATGTAAAGGTGAGAAAGG-AGAGCCA--TCCACAGCGTTGTC-  46

seq1  TCTGACCTTCACACAAGTTCCATGGCACATGCACACAACCAAACACACAA  99
        ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||
seq2  -TTGA-CTTCACACAAGTTCAATGGCACATGCCCACAACC-AACAC-CAA  92

seq1  CAAAGAATATGATAGCACAATAGAAACTTATCCAAAGACAGCACAAAATA  149
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  C-AAGAATATGATAGCACAATAGAAACTTATCCAAAGACAGCAC-AAATA  140

seq1  CAGAAATGATTATGAGCAAAAGCCAGTAGCTATTAGATCTAACAGAATAT  199
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  CAG-AATGATTATGAGCAAAAGCCAGTAGCTA-TAGATCT-ACAGAATAT  187

seq1  GCCTTCAGACATAATTAGGTATAGCCACTGGATGTCAGGTGACCCTGAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAGACATAATTAGGTATAGCCACTGGATGTCAGGTGACCCTGAAG  237

seq1  TTGTTGATTTTACAATAGAATATATAGTATCTCATGTCTCTAAACCTAGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGATTTTACAATAGAATATATAGTATCTCATGTCTCTAAACCTAGC  287

seq1  ACTTGTGAGTGAGAGGTGGAAGGATCAGTATTCACAGTCATTCTCC-AAT  348
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACTTGTGAGTGAGAGGTGGAAGGATCAGTATTCACAGTCATTCTCCAAAT  337

seq1  AGATAGCATGTTAGAGACCAGCTGACCCTTCCTCAAAAAGCTCAACAAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCATGTTAGAGACCAGCTGACCCTTCCTCAAAAAGCTCAACAAGG  387

seq1  AGAGAGAGACTTGTACATGAAGTTTTAATTTTTGCTCACCTCATATCACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGACTTGTACATGAAGTTTTAATTTTTGCTCACCTCATATCACA  437

seq1  CACACACACAGCCGTGCATGTGAGCACAAATAAACAAGCAAAAATTAGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACAGCCGTGCATGTGAGCACAAATAAACAAGCAAAAATTAGTT  487

seq1  ACAGATTTAGTTTGATTTAGCTAACAATTGTAATCCCAGCTTTCAGGAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTTAGTTTGATTTAGCTAACAATTGTAATCCCAGCTTTCAGGAGG  537

seq1  CTGAGACAGGATTGTGAAAATTTAAGGCCAGCCTAAGGTAGGTGTGTGTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACAGGATTGTGAAAATTTAAGGCCAGCCTAAGGTAGGTGTGTGTG  587

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGATAGATACATAGATAGATAGAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGATAGATACATAGATAGATAGAGA  637

seq1  TAGATCAAGATCCCATGTGCCTCCCCCCAAAACTTGCAGATTTTATAATC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCAAGATCCCATGTGCCTCCCCCCAAAACTTGCAGATTTTATAATC  687

seq1  TACATTTCTGTCTTATTAAAACCTCTACTACTGTTTTATTGAATCATTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTCTGTCTTATTAAAACCTCTACTACTGTTTTATTGAATCATTTT  737

seq1  CTGTTCCCACCAGCAACTTTTTATATCATTAAATAAAAGAAAAAAACCAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCCCACCAGCAACTTTTTATATCATTAAATAAAAGAAAAAAACCAG  787

seq1  ATTTAGTGTAAAAATTTTAAGTTAGTGCTGTTTTCCGTATATTTTTCTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTGTAAAAATTTTAAGTTAGTGCTGTTTTCCGTATATTTTTCTGC  837

seq1  GTTTGAAGACTTAAACACATAGAATTGGGATAGTGATAAAGATTAGGCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAGACTTAAACACATAGAATTGGGATAGTGATAAAGATTAGGCCT  887

seq1  GTGTACCTTACATTTACACAAGTATTCTTTAAAAACACTTCAACTGTCAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACCTTACATTTACACAAGTATTCTTTAAAAACACTTCAACTGTCAA  937

seq1  TATTGTTTGTAGGTGCAAAATTTCCAATCAAGTGGACAGCTCCTGAGGCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTTGTAGGTGCAAAATTTCCAATCAAGTGGACAGCTCCTGAGGCT  987

seq1  GCTCTGTATGGTCGATTTACAATAAAGTCAGATGTGTGGTCATTTGGAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTATGGTCGATTTACAATAAAGTCAGATGTGTGGTCATTTGGAAT  1037

seq1  TC  1050
      ||
seq2  TC  1039

seq1: chr5_32810281_32811421
seq2: B6Ng01-113M01.g_70_1196

seq1  GAATTCTCTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTTAATAGGGTTATTTGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTTAATAGGGTTATTTGGTT  50

seq1  TTCTGGAGTCCAACTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGTCCAACTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGCCCC  100

seq1  CTGTAAGATTTAGAACTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTGTTGGTTGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGATTTAGAACTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTGTTGGTTGCCT  150

seq1  TTTGGTCTTATTGACAGTGTCCTTTGAATATGGCGATTTTTTAAGCACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCTTATTGACAGTGTCCTTTGAATATGGCGATTTTTTAAGCACAA  200

seq1  ACATTTTTGCCATGATGTAAAACTGTAGCAACTCTAGGATCACAAAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTTGCCATGATGTAAAACTGTAGCAACTCTAGGATCACAAAACTT  250

seq1  GTATAGACTATGACAATCCAAGACCTCGTGCACACTGGCCATATAAATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGACTATGACAATCCAAGACCTCGTGCACACTGGCCATATAAATCT  300

seq1  AAATGCTGACAGATTTTCTCTTATTCTTAAAATTCCAAAGGAATCTTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTGACAGATTTTCTCTTATTCTTAAAATTCCAAAGGAATCTTTGA  350

seq1  GTTTCCTTTGATTTGTCTTGATCTTATCTGATGTGTATCAAGCACCTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTTTGATTTGTCTTGATCTTATCTGATGTGTATCAAGCACCTGTG  400

seq1  TGACAAAGGAAAAATTAAGCATGATATCCACCATGAAAAAACTCATTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAGGAAAAATTAAGCATGATATCCACCATGAAAAAACTCATTCAA  450

seq1  ATGGAGGAATGCTGGCATCCATAGTGAGGAAAATTCAAGCAGTACATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGAATGCTGGCATCCATAGTGAGGAAAATTCAAGCAGTACATGAG  500

seq1  ATGGTTAAGGGGCAACCGAGCAGTTATGATCATTCCTAGGAGCCACAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTAAGGGGCAACCGAGCAGTTATGATCATTCCTAGGAGCCACAGAA  550

seq1  GCCAGTGCTGCCATGCTATGTTTACAAGGAGGAAGTCGGCAAGTGAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGCTGCCATGCTATGTTTACAAGGAGGAAGTCGGCAAGTGAAAAG  600

seq1  AAGGGAACTGAACAGTTATTTTATACAGTATTTGTGAGCCTTTCTTAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAACTGAACAGTTATTTTATACAGTATTTGTGAGCCTTTCTTAGGT  650

seq1  CTAGAACTGATGGTAGATATCATATGTTCCAGGTAAATAGCTATTTTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACTGATGGTAGATATCATATGTTCCAGGTAAATAGCTATTTTACA  700

seq1  CTTGAGAATTGAGTATCTGTTATAAACACCTCCTCATTAGTTGCATGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGAATTGAGTATCTGTTATAAACACCTCCTCATTAGTTGCATGCCT  750

seq1  AGTAGATATGATCAGAAAATAAATATTGTGTTGACTTTCTGCAGAGGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGATATGATCAGAAAATAAATATTGTGTTGACTTTCTGCAGAGGACA  800

seq1  CTGAGGTGTAAATAAAGTGGCTTTTCAACTCCCCCTCCTGAAATTATCAT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTGAGGTGTAAATAAAGTGGCTTTTCAACTCCCCCTCCTG-AATTATCAT  849

seq1  AAACAATAGTAGTTACCCCAGGGTCAAATAAACCTCAGCTTTGCATCCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATAGTAGTTACCCCAGGGTCAAATAAACCTCAGCTTTGCATCCTA  899

seq1  AAACAAATACTATGTGTGTAAGAGAGCAACAAGCCCAGGGCTGAGAATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  AAACAAATACTATGTGTGTAAGAGAGC-ACAAGCCCAGGGCTGAG-ATTT  947

seq1  GGCATCTGACACTAAGGCCTATGACTTCGAAGACTATTATGCTTCCTTGA  1000
      ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGCTTCTGACACTAA-GCCTATGACTTCGAAGACTA-TATGCTTCCTTGA  995

seq1  TTGTCAAATGATGCAGTCACATGAGAAACTCTAAAATTCCAGAGCT-GTG  1049
       |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  | ||||||| |||
seq2  -TGTC-AATGATGCAGTCAC-TGAAAAACTCTAAA--TTCAGAGCTGGTG  1040

seq1  TTTTC-ATAAACAGTTCTCAACGAGTTGCTTAAAACCCATTATTGCTTGA  1098
      ||||| | |||||| |||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||
seq2  TTTTCTAAAAACAG-TCTCAACGAG-TGCT--AAAACCATTATTGCTTGA  1086

seq1  ATATGGCAGCAGTTCAAGAATCT-GTCCAAAACATCTGAAATTA  1141
      |||| ||||||||   ||||||| |||||||  |||||||||||
seq2  ATAT-GCAGCAGT--CAGAATCTGGTCCAAACAATCTGAAATTA  1127