BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114H11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 141,448,819 - 141,555,328
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCard11
Upstream geneA930017N06Rik, Mad1l1, Ftsj2, Nudt1, Snx8, Eif3s9, LOC100041291, EG231836, Chst12, Grifin, Lfng, Ttyh3, Iqce, AA881470, 6530401C20Rik, Gna12
Downstream geneLOC623466, Sdk1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114H11.bB6Ng01-114H11.g
ACCDH919979DH919980
length9761,127
definitionDH919979|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114H11, 5' end.DH919980|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114H11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(141,448,819 - 141,449,794)(141,554,195 - 141,555,328)
sequence
gaattctatgtttagctaaacaatgacacaagtgttaggaaaatggggag
aagtttttgccacacatttaaagactcaaaaagtttcctgtccccacagt
cccttgatgagtaaccagtaaaagatgtatactggccatgaagagagagg
agcctcaactggaaggatcaagacatggcaggaaggtcctgtgtgacagg
ctggatgcttgttccccatgttgacatgctgaagttctaacccccaggac
ctcaaactatccgtgtgctccaagacagggttagtgaagaaataattaag
tctggggttgctggcccatgccttagaagagcaggaatgagggccagtca
tcctcagctacatgtgtgtcaaaggacaacttttgggagctgggtccctc
cttttactgtgtggaccttggggcttgaactcaggttatcatcatgcttg
gtggcaagcacccttatccagtaaaccattttgtcagccctgatgataag
aaatttaaagaacacagatgtaatcatctctaaagtatatgctagaagtt
taaaagtgcagaataaaggtctttatagatgagcaataataagagttgga
gacactgcactgatgagaaaattcaactaggcggcaaaataacacagccc
gtggaccggaagacaatacacagcagaaaacgacagggtcagtggtgtga
agcagaccattagaacaagagcaaaagatgagtcaacatcctacagccaa
gaaaacctctagtacatgaggaatagctcggtaagtaaagtgcttgctgt
gcaagtgtgaggacccgagtttcaaatcccaagaaccccgggaaagccga
gaactgtaatgcacatctgtcagaccagtacacatctgtcagaccagtac
acatctgtcaggccagtacttctgtgaggagatgggtcagactggagagg
gggaaaggtgggggggaaaaaggaat
gaattctgtttccgtaattgtcctgtccacagttaatgctggagagggaa
cagagaatggttgtgatttctaatcgaaatccgctccgtttcccagtggc
caagtggaggtggggtttccttcagtgtcccaggagaaccccagaaggaa
ggagatgatgacccgtcccggggtcgagccatacgactcgtaattaatat
ttaacactgcttttaaaactaagtgacaggctccttaatcagcacataca
ttatttgaggtcgggagcagaagaaaggcatatattgattggattgcgtt
ttacccctcgcccccattcacacgcctctgtggctacggtggtcgataag
gtccatggtggccagatatttttaaggtctctcgggtgctgctcttaagc
cagccaactcgcgccccgtgtgtgggccaccctgcgggggcggggggggg
catgttggctagaaaacctcttgtctaaggacaacgaatttgtctccttt
tcctgtcagccctgcctcaagaccctttaatgaagaggaccacgtggatc
cagggtgtggtttcccattgacttttatatattatgaatgtttaaaaaca
cacaaaaatacagagattaatagtataagttccagacatgcaaaatggac
aaaagccagatttttcactttgagggatttttttaaaaatgtaaattacg
tatggctggcatggtggtacaggcctataatcccaccacataagaggtag
aggcaggaggattggaagcttaacgctaagggctggacatgtagctgagt
tagtttggtgctaatattgtgtgtaagagaccgtggattggatccctggc
aacaatacagaaaggaaagaccaggccaagttaggaaaagaacatttgga
ctatcaagtgagctccaggcccagcctgggctacagtgaatcaaatggcc
atctctgctacatagtgagttctaggccaacttgtactacagagcgagac
cctgtctcagtctgtgacccccaaactaagccctcatgatggcccatctg
taggtcattcctcccatgccctgtcttgactgggcatgtgtcctgaactg
cccttcatagccgaattgccctccaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_141448819_141449794
seq2: B6Ng01-114H11.b_43_1018

seq1  GAATTCTATGTTTAGCTAAACAATGACACAAGTGTTAGGAAAATGGGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGTTTAGCTAAACAATGACACAAGTGTTAGGAAAATGGGGAG  50

seq1  AAGTTTTTGCCACACATTTAAAGACTCAAAAAGTTTCCTGTCCCCACAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTTGCCACACATTTAAAGACTCAAAAAGTTTCCTGTCCCCACAGT  100

seq1  CCCTTGATGAGTAACCAGTAAAAGATGTATACTGGCCATGAAGAGAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGATGAGTAACCAGTAAAAGATGTATACTGGCCATGAAGAGAGAGG  150

seq1  AGCCTCAACTGGAAGGATCAAGACATGGCAGGAAGGTCCTGTGTGACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAACTGGAAGGATCAAGACATGGCAGGAAGGTCCTGTGTGACAGG  200

seq1  CTGGATGCTTGTTCCCCATGTTGACATGCTGAAGTTCTAACCCCCAGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGCTTGTTCCCCATGTTGACATGCTGAAGTTCTAACCCCCAGGAC  250

seq1  CTCAAACTATCCGTGTGCTCCAAGACAGGGTTAGTGAAGAAATAATTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACTATCCGTGTGCTCCAAGACAGGGTTAGTGAAGAAATAATTAAG  300

seq1  TCTGGGGTTGCTGGCCCATGCCTTAGAAGAGCAGGAATGAGGGCCAGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGTTGCTGGCCCATGCCTTAGAAGAGCAGGAATGAGGGCCAGTCA  350

seq1  TCCTCAGCTACATGTGTGTCAAAGGACAACTTTTGGGAGCTGGGTCCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGCTACATGTGTGTCAAAGGACAACTTTTGGGAGCTGGGTCCCTC  400

seq1  CTTTTACTGTGTGGACCTTGGGGCTTGAACTCAGGTTATCATCATGCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACTGTGTGGACCTTGGGGCTTGAACTCAGGTTATCATCATGCTTG  450

seq1  GTGGCAAGCACCCTTATCCAGTAAACCATTTTGTCAGCCCTGATGATAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAAGCACCCTTATCCAGTAAACCATTTTGTCAGCCCTGATGATAAG  500

seq1  AAATTTAAAGAACACAGATGTAATCATCTCTAAAGTATATGCTAGAAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAAAGAACACAGATGTAATCATCTCTAAAGTATATGCTAGAAGTT  550

seq1  TAAAAGTGCAGAATAAAGGTCTTTATAGATGAGCAATAATAAGAGTTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTGCAGAATAAAGGTCTTTATAGATGAGCAATAATAAGAGTTGGA  600

seq1  GACACTGCACTGATGAGAAAATTCAACTAGGCGGCAAAATAACACAGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGCACTGATGAGAAAATTCAACTAGGCGGCAAAATAACACAGCCC  650

seq1  GTGGACCGGAAGACAATACACAGCAGAAAACGACAGGGTCAGTGGTGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACCGGAAGACAATACACAGCAGAAAACGACAGGGTCAGTGGTGTGA  700

seq1  AGCAGACCATTAGAACAAGAGCAAAAGATGAGTCAACATCCTACAGCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACCATTAGAACAAGAGCAAAAGATGAGTCAACATCCTACAGCCAA  750

seq1  GAAAACCTCTAGTACATGAGGAATAGCTCGGTAAGTAAAGTGCTTGCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACCTCTAGTACATGAGGAATAGCTCGGTAAGTAAAGTGCTTGCTGT  800

seq1  GCAAGTGTGAGGACCCGAG-TTCAAATCCCAAGAACCCCGGGAAAGCCGA  849
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGTGAGGACCCGAGTTTCAAATCCCAAGAACCCCGGGAAAGCCGA  850

seq1  GAACTGTAATGCACATCTGTCAGACCAGTACACATCTGTCAGACCAGTAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTAATGCACATCTGTCAGACCAGTACACATCTGTCAGACCAGTAC  900

seq1  ACATCTGTCAGGCCAGTACTTCTGTGAGGAGATGGGTCAAGACTGGAGAG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACATCTGTCAGGCCAGTACTTCTGTGAGGAGATGGGTC-AGACTGGAGAG  949

seq1  GGGGAAAGGTGGGGGGAAAAAAGGAAT  976
      |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGGGAAAGGTGGGGGGGAAAAAGGAAT  976

seq1: chr5_141554195_141555328
seq2: B6Ng01-114H11.g_67_1193 (reverse)

seq1  ATTGGAGGGCAAATCTGGCTTATGAAAGGCAGTTCAAGGACACATGCCCC  50
      |||||||||||| || ||| |||||| |||||||| |||||||||| |||
seq2  ATTGGAGGGCAATTC-GGC-TATGAAGGGCAGTTC-AGGACACATG-CCC  46

seq1  AGCTCAAGACAGGGCATGGGA-GAATGACCCTACAGATGGGGCTCATCCT  99
      || |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||   |||| |
seq2  AG-TCAAGACAGGGCATGGGAGGAATGA-CCTACAGATGGG--CCATCAT  92

seq1  GAAGGCTTAGTTTGGGGGTCACAGACTTGAGACAGGGTCTCGCTCTGTAG  149
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTTAGTTTGGGGGTCACAGAC-TGAGACAGGGTCTCGCTCTGTAG  141

seq1  TACAAGTTGGCCTAGAACTCACTATGTAGCAGAGATGGCCATTTGATTCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTTGGCCTAGAACTCACTATGTAGCAGAGATGGCCATTTGATTCA  191

seq1  CTGTAGCCCAGGCT-GGCCTGGAGCTCACTTGATAGTCCAAATGTTCTTT  248
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGCCCAGGCTGGGCCTGGAGCTCACTTGATAGTCCAAATGTTCTTT  241

seq1  TCCTAACTTGGCCTGGTCTTTCCTTTCTGTATTGTTGCCAGGGATCCAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAACTTGGCCTGGTCTTTCCTTTCTGTATTGTTGCCAGGGATCCAAT  291

seq1  CCACGGTCTCTTACACACAATATTAGCACCAAACTAACTCAGCTACATGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGTCTCTTACACACAATATTAGCACCAAACTAACTCAGCTACATGT  341

seq1  CCAGCCCTTAGCCTTAAGCTTCCAATCCTCCTGCCTCTACCTCTTATGTG  398
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCTTAGCGTTAAGCTTCCAATCCTCCTGCCTCTACCTCTTATGTG  391

seq1  GTGGGATTATAGGCCTGTACCACCATGCCAGCCATACGTAATTTACATTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGATTATAGGCCTGTACCACCATGCCAGCCATACGTAATTTACATTT  441

seq1  TTAAAAAAATCCCTCAAAGTGAAAAATCTGGCTTTTGTCCATTTTGCATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAATCCCTCAAAGTGAAAAATCTGGCTTTTGTCCATTTTGCATG  491

seq1  TCTGGAACTTATACTATTAATCTCTGTATTTTTGTGTGTTTTTAAACATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAACTTATACTATTAATCTCTGTATTTTTGTGTGTTTTTAAACATT  541

seq1  CATAATATATAAAAGTCAATGGGAAACCACACCCTGGATCCACGTGGTCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATATATAAAAGTCAATGGGAAACCACACCCTGGATCCACGTGGTCC  591

seq1  TCTTCATTAAAGGGTCTTGAGGCAGGGCTGACAGGAAAAGGAGACAAATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATTAAAGGGTCTTGAGGCAGGGCTGACAGGAAAAGGAGACAAATT  641

seq1  CGTTGTCCTTAGACAAGAGGTTTTCTAGCCAACATGCCCCCCCCCGCCCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGTCCTTAGACAAGAGGTTTTCTAGCCAACATGCCCCCCCCCGCCCC  691

seq1  CGCAGGGTGGCCCACACACGGGGCGCGAGTTGGCTGGCTTAAGAGCAGCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGGGTGGCCCACACACGGGGCGCGAGTTGGCTGGCTTAAGAGCAGCA  741

seq1  CCCGAGAGACCTTAAAAATATCTGGCCACCATGGACCTTATCGACCACCG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAGAGACCTTAAAAATATCTGGCCACCATGGACCTTATCGACCACCG  791

seq1  TAGCCACAGAGGCGTGTGAATGGGGGCGAGGGGTAAAACGCAATCCAATC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCACAGAGGCGTGTGAATGGGGGCGAGGGGTAAAACGCAATCCAATC  841

seq1  AATATATGCCTTTCTTCTGCTCCCGACCTCAAATAATGTATGTGCTGATT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATGCCTTTCTTCTGCTCCCGACCTCAAATAATGTATGTGCTGATT  891

seq1  AAGGAGCCTGTCACTTAGTTTTAAAAGCAGTGTTAAATATTAATTACGAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCCTGTCACTTAGTTTTAAAAGCAGTGTTAAATATTAATTACGAG  941

seq1  TCGTATGGCTCGACCCCGGGACGGGTCATCATCTCCTTCCTTCTGGGGTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTATGGCTCGACCCCGGGACGGGTCATCATCTCCTTCCTTCTGGGGTT  991

seq1  CTCCTGGGACACTGAAGGAAACCCCACCTCCACTTGGCCACTGGGAAACG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGGACACTGAAGGAAACCCCACCTCCACTTGGCCACTGGGAAACG  1041

seq1  GAGCGGATTTCGATTAGAAATCACAACCATTCTCTGTTCCCTCTCCAGCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGGATTTCGATTAGAAATCACAACCATTCTCTGTTCCCTCTCCAGCA  1091

seq1  TTAACTGTGGACAGGACAATTACGGAAACAGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGTGGACAGGACAATTACGGAAACAGAATTC  1127