BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114M15
Chromosome5 (Build37)
Map Location 124,707,548 - 124,836,851
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMphosph9, 2810006K23Rik, Cdk2ap1, Sbno1
Upstream geneWdr66, Bcl7a, Mlxip, LOC673222, Il31, Lrrc43, B3gnt4, Diablo, Vps33a, Clip1, Zcchc8, Rsrc2, Kntc1, LOC100040005, Gpr109a, Gpr81, Denr, Ccdc62, Hip1r, Vps37b, Abcb9, Ogfod2, Arl6ip4, Pitpnm2
Downstream geneSetd8, BC003324, LOC606492, 6330548G22Rik, 2900002H16Rik, Rpl32-ps5c, Tmed2, Ddx55, Eif2b1, Gtf2h3, 4432405B04Rik, Atp6v0a2, Atp6v0a2, Dnahc10, Ccdc92, Zfp664, 3110032G18Rik, Ncor2, Scarb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114M15.bB6Ng01-114M15.g
ACCDH920220DH920221
length1,2241,160
definitionDH920220|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114M15, 5' end.DH920221|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114M15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,707,548 - 124,708,785)(124,835,675 - 124,836,851)
sequence
gaattcttcaatgaaataatggcggaagggctcggcaagtaagatgactt
gccatcaacaagcctgggtttgatccttgggatccaagaaaaggtgggaa
gagagaaccaactccacaaacttggcatctacatatgtgtcatggaacat
gaatgcccccaacatcatacacacgcaaatacatgtaacaattaataaaa
tcaattttaaaaattaaatttcatggatatggggataatctgactgggtc
aacttgtgtccccttcctccccccactgctctatgtgcagtccttccaaa
gctgtacatttagtcaaagaggacaaccttccccagagtaggaccagtct
tctctcaaggctatatgagtagctgagtttcccctgtcagaacttgtaaa
caagccctcaacagcaattccattagctagagagatggctcggggattag
gagcaatgccatatgggtgctaggaattgaactgatgtacagacaccagg
cactgttacagtgcacaaatgaacacacaggcaaactcatcacatcctaa
actgaccctctgctcctgaggatggagtcacatctccctagctgtctttc
caatcacagcgctcactccatttgtgaagcacaactgttgtcagggtttg
ctagatggagagggtcagaagtcactgacagatggcagtggaggaagata
agccatcagagaggaaggcagcacctactcagcaatgtaaaatctgtcac
aggcttctggtgggctgaggggaactccctagcatgtccaaggccctggg
ttatgttaccagagccttaccaaataataaaatgtatgacatttgctacc
atgaacaaacatcattttttacatctaaaggcaaaaattaattttattcc
tgacagtaaatgtagctatggaataactataactatcaatactgactgca
aagggtagcagctttgactgctgcattagtaactatggtggtatgaatga
gatggctccatagctcatacatctgaatactggtctcagtttgtgaactg
ttggaaagattagaagcatgcctgtggggcgtgacttgttggaaggtagg
atgcaaaactgtgaagcttctgctctcccacttactctctacttccctgt
tgggttcaggtgtgaagcctccgaactgcgtcgttacgccactatctttc
acttagcccttcaaaagacctcta
gaattctttaaaggtaacttaaaaataattgtaacttggaaaaaagatat
ttggttggtatactatatatgctttgcatgtatgaaggcctggcttctat
ccctagtatcaaactgggcatagtactatattctagtcaactcggaactc
aacttggtgagacaagaagacttcaggagccagatgtaggtggcgctcgc
ctttaatcctagcacttcggaggcagaggcaggcagatttctgagttcga
ggccagcctggtctacaaactgagttccagaatagccagggttatacagt
gaaaccctgtctcgaaaaaccaaaaaaacaaaaaaaaaaagaaaacaaga
agacttcaggaccgacttatagtgagtccctgtctattaaaaaaagatga
aatcagggcttagctcagcagttaggaaaattaattgctcttggagaaga
ccttggtttgtgtctcagcacctaattggttgctcacaactatcagtaac
tccggttccctggtatccaaagccatcctctggcctctatggacattgca
cacaagtgatgccaaagacatgcatataggcagagcattcaataaataaa
tctttaaagactagacagaaatttaatcttataggcaaatggatctctga
gttggaggccagcctgttctatacaactgagtcccaggtcagccagagtt
acatagtatcttgagaaaaatccaaaactaataacttaatcttcaaaaca
aaaatttaaagcccaaagctaagcaacaataagacacataaattggtgcc
gatcacatgtggttcagtacatgtctttctccatttgtgtttggttgaga
agtctttagtaaaaaaaaactggggtgagtattcgctttttcaacccttt
ttacaatgtcaagattgcccaggggtgcagtggggggtgttaaattagtt
atacttatatctatatatgggaagagtgaaactttccatgtaaagtgtct
gtgttcatgcgtacatatataaaaaattaaattatacactggactggaga
gagaaggagtggttcgcagttcgaggttattgaccgctttgaaaaactgg
gttccgttctcgaccctcaatggggctctaatgctctcactattttctgg
gaggatatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_124707548_124708785
seq2: B6Ng01-114M15.b_45_1268

seq1  GAATTCTTCAATGAAATAATGGCGGAAGGGCTCGGCAAGTAAGATGACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAATGAAATAATGGCGGAAGGGCTCGGCAAGTAAGATGACTT  50

seq1  GCCATCAACAAGCCTGGGTTTGATCCTTGGGATCCAAGAAAAGGTGGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCAACAAGCCTGGGTTTGATCCTTGGGATCCAAGAAAAGGTGGGAA  100

seq1  GAGAGAACCAACTCCACAAACTTGGCATCTACATATGTGTCATGGAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAACCAACTCCACAAACTTGGCATCTACATATGTGTCATGGAACAT  150

seq1  GAATGCCCCCAACATCATACACACGCAAATACATGTAACAATTAATAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCCCCAACATCATACACACGCAAATACATGTAACAATTAATAAAA  200

seq1  TCAATTTTAAAAATTAAATTTCATGGATATGGGGATAATCTGACTGGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTTAAAAATTAAATTTCATGGATATGGGGATAATCTGACTGGGTC  250

seq1  AACTTGTGTCCCCTTCCTCCCCCCACTGCTCTATGTGCAGTCCTTCCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTGTCCCCTTCCTCCCCCCACTGCTCTATGTGCAGTCCTTCCAAA  300

seq1  GCTGTACATTTAGTCAAAGAGGACAACCTTCCCCAGAGTAGGACCAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTACATTTAGTCAAAGAGGACAACCTTCCCCAGAGTAGGACCAGTCT  350

seq1  TCTCTCAAGGCTATATGAGTAGCTGAGTTTCCCCTGTCAGAACTTGTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCAAGGCTATATGAGTAGCTGAGTTTCCCCTGTCAGAACTTGTAAA  400

seq1  CAAGCCCTCAACAGCAATTCCATTAGCTAGAGAGATGGCTCGGGGATTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCTCAACAGCAATTCCATTAGCTAGAGAGATGGCTCGGGGATTAG  450

seq1  GAGCAATGCCATATGGGTGCTAGGAATTGAACTGATGTACAGACACCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATGCCATATGGGTGCTAGGAATTGAACTGATGTACAGACACCAGG  500

seq1  CACTGTTACAGTGCACAAATGAACACACAGGCAAACTCATCACATCCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTACAGTGCACAAATGAACACACAGGCAAACTCATCACATCCTAA  550

seq1  ACTGACCCTCTGCTCCTGAGGATGGAGTCACATCTCCCTAGCTGTCTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACCCTCTGCTCCTGAGGATGGAGTCACATCTCCCTAGCTGTCTTTC  600

seq1  CAATCACAGCGCTCACTCCATTTGTGAAGCACAACTGTTGTCAGGGTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCACAGCGCTCACTCCATTTGTGAAGCACAACTGTTGTCAGGGTTTG  650

seq1  CTAGATGGAGAGGGTCAGAAGTCACTGACAGATGGCAGTGGAGGAAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATGGAGAGGGTCAGAAGTCACTGACAGATGGCAGTGGAGGAAGATA  700

seq1  AGCCATCAGAGAGGAAGGCAGCACCTACTCAGCAATGTAAAATCTGTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCAGAGAGGAAGGCAGCACCTACTCAGCAATGTAAAATCTGTCAC  750

seq1  AGGCTTCTGGTGGGCTGAGGGGAACTCCCTAGCATGTCCAAGGCCCTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCTGGTGGGCTGAGGGGAACTCCCTAGCATGTCCAAGGCCCTGGG  800

seq1  TTATGTTACCAGAGCCTTACCAAATAATAAAATGTATGACATTTGCTACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTACCAGAGCCTTACCAAATAATAAAATGTATGACATTTGCTACC  850

seq1  ATGAACAAACATCATTTTTTACATCTAAAGGCAAAAATTAATTTTATTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAAACATCATTTTTTACATCTAAAGGCAAAAATTAATTTTATTCC  900

seq1  TGACAGTAAATGTAGCTATGGAATAACTATAACTATCAAATACTGACTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGACAGTAAATGTAGCTATGGAATAACTATAACTATC-AATACTGACTGC  949

seq1  AAAGGGTAGCAGCTTTGACTGCTGCATTAGTAACTATGGTGGTATGAATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTAGCAGCTTTGACTGCTGCATTAGTAACTATGGTGGTATGAATG  999

seq1  AGATGGCTCCCATAGGCTCATACATCTGAATACTTGGTCTCCAGTTGGTG  1050
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| || 
seq2  AGATGGCT-CCATA-GCTCATACATCTGAATAC-TGGTCT-CAGTTTGT-  1044

seq1  GAACTGTTTGGAAAGGATTAGGAGGCATGGCCTTGTTGGGGCGTGACCTT  1100
      |||||| ||||||| ||||| || |||| ||||   |||||||||| |||
seq2  GAACTG-TTGGAAA-GATTA-GAAGCAT-GCCT--GTGGGGCGTGA-CTT  1087

seq1  GTTGG-AGGTAGGGATGCAAAACTGTGAAAGCTTCCTGCTCTCCCCACTG  1149
      ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| 
seq2  GTTGGAAGGTA-GGATGCAAAACTGTG-AAGCTT-CTGCTCT-CCCACT-  1132

seq1  TACTCTCTACTT-CCTGTTTGGTGTCAAGATGTGA--GCTCTCAGCTGC-  1195
      |||||||||||| |||||| ||| || || |||||   |||  | |||| 
seq2  TACTCTCTACTTCCCTGTTGGGT-TC-AGGTGTGAAGCCTCCGAACTGCG  1180

seq1  TGTTTCAGCCACCTATCTTTCACTTAG-CCTTCACAAGA-CTCTA  1238
      |  ||  |||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||||
seq2  TCGTTACGCCA-CTATCTTTCACTTAGCCCTTCAAAAGACCTCTA  1224

seq1: chr5_124835675_124836851
seq2: B6Ng01-114M15.g_68_1227 (reverse)

seq1  TCATATCCT-CCAGAAATAGGTAGAGAGAATTATGAGCCCCAATGTGGGT  49
      ||||||||| |||||||   || ||||| |||| |||||||| || ||||
seq2  TCATATCCTCCCAGAAAATAGT-GAGAGCATTA-GAGCCCCATTGAGGGT  48

seq1  GCTGAGAACTGAACCCAGGTATTTTACAAAAGCGTCAAATAACTCTGAAC  99
         |||||| ||||||||   |||| | ||||||   ||||||   ||||
seq2  --CGAGAACGGAACCCAG---TTTTTC-AAAGCGGTCAATAACCTCGAAC  92

seq1  TGCGGAACCA-TCTTTCTCTCTCTAGTCCATGTGTTATTATTTTTAATTT  148
      ||| |||||| || ||||||||| |||||| ||| ||| |  ||||||||
seq2  TGC-GAACCACTCCTTCTCTCTCCAGTCCA-GTG-TATAA--TTTAATTT  137

seq1  TTTATATTATTTGTATGCATGAGCACAGACACTTTTACATGTGAAGGTTT  198
      ||||   ||| |||| |||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||
seq2  TTTA---TATATGTACGCATGAACACAGACAC-TTTACATG-GAAAGTTT  182

seq1  CACTCTTTCCATTATATAGATATTAAGTATAACTAA-TTAACACCCCCCA  247
      ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CACTCTTCCCA-TATATAGATA-TAAGTATAACTAATTTAACACCCCCCA  230

seq1  CTGCACCCCTGGGCAATCTTGACATTGTAAAAAGGGTTGAAAAAGCGAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACCCCTGGGCAATCTTGACATTGTAAAAAGGGTTGAAAAAGCGAAT  280

seq1  ACTCACCCAGTTTTTTTTTTACTAAAGACTTCTCAACCAAACACAAATGG  347
      ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACCCCAGTTTTTTTTTACTAAAGACTTCTCAACCAAACACAAATGG  330

seq1  AGAAAGACATGTACTGAACCACATGTGATCGGCACCAATTTATGTGTCTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGACATGTACTGAACCACATGTGATCGGCACCAATTTATGTGTCTT  380

seq1  ATTGTTGCTTAGCTTTGGGCTTTAAATTTTTGTTTTGAAGATTAAGTTAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTGCTTAGCTTTGGGCTTTAAATTTTTGTTTTGAAGATTAAGTTAT  430

seq1  TAGTTTTGGATTTTTCTCAAGATACTATGTAACTCTGGCTGACCTGGGAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTGGATTTTTCTCAAGATACTATGTAACTCTGGCTGACCTGGGAC  480

seq1  TCAGTTGTATAGAACAGGCTGGCCTCCAACTCAGAGATCCATTTGCCTAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGTATAGAACAGGCTGGCCTCCAACTCAGAGATCCATTTGCCTAT  530

seq1  AAGATTAAATTTCTGTCTAGTCTTTAAAGATTTATTTATTGAATGCTCTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTAAATTTCTGTCTAGTCTTTAAAGATTTATTTATTGAATGCTCTG  580

seq1  CCTATATGCATGTCTTTGGCATCACTTGTGTGCAATGTCCATAGAGGCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATGCATGTCTTTGGCATCACTTGTGTGCAATGTCCATAGAGGCCA  630

seq1  GAGGATGGCTTTGGATACCAGGGAACCGGAGTTACTGATAGTTGTGAGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGGCTTTGGATACCAGGGAACCGGAGTTACTGATAGTTGTGAGCA  680

seq1  ACCAATTAGGTGCTGAGACACAAACCAAGGTCTTCTCCAAGAGCAATTAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTAGGTGCTGAGACACAAACCAAGGTCTTCTCCAAGAGCAATTAA  730

seq1  TTTTCCTAACTGCTGAGCTAAGCCCTGATTTCATCTTTTTTTAATAGACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTAACTGCTGAGCTAAGCCCTGATTTCATCTTTTTTTAATAGACA  780

seq1  GGGACTCACTATAAGTCGGTCCTGAAGTCTTCTTGTTTTCTTTTTTTTTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCACTATAAGTCGGTCCTGAAGTCTTCTTGTTTTCTTTTTTTTTT  830

seq1  TGTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCACTGTATAACCCTGGCTATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCACTGTATAACCCTGGCTATT  880

seq1  CTGGAACTCAGTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACTCAGTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCT  930

seq1  GCCTCTGCCTCCGAAGTGCTAGGATTAAAGGCGAGCGCCACCTACATCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCCTCCGAAGTGCTAGGATTAAAGGCGAGCGCCACCTACATCTG  980

seq1  GCTCCTGAAGTCTTCTTGTCTCACCAAGTTGAGTTCCGAGTTGACTAGAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGAAGTCTTCTTGTCTCACCAAGTTGAGTTCCGAGTTGACTAGAA  1030

seq1  TATAGTACTATGCCCAGTTTGATACTAGGGATAGAAGCCAGGCCTTCATA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTACTATGCCCAGTTTGATACTAGGGATAGAAGCCAGGCCTTCATA  1080

seq1  CATGCAAAGCATATATAGTATACCAACCAAATATCTTTTTTCCAAGTTAC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAAGCATATATAGTATACCAACCAAATATCTTTTTTCCAAGTTAC  1130

seq1  AATTATTTTTAAGTTACCTTTAAAGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTTTAAGTTACCTTTAAAGAATTC  1160