BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115G13
Chromosome5 (Build37)
Map Location 75,744,554 - 75,868,208
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039143, LOC100039158
Upstream geneScfd2, Fip1l1, Lnx1, EG619945, Chic2, Gsh2, LOC100039083, Olfr1401-ps1, Pdgfra, LOC100039125
Downstream geneLOC100039169, Kit, EG664874, Kdr, Gabarapl2-ps5_758.1, Srd5a2l, Tmem165, Apc-ps1, Clock, Ube2n-ps1, EG665055, Pdcl2, Pafah1b1-ps3, Nmu
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115G13.bB6Ng01-115G13.g
ACCDH920683DH920684
length1,1781,097
definitionDH920683|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115G13, 5' end.DH920684|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115G13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,744,554 - 75,745,748)(75,867,098 - 75,868,208)
sequence
gaattcctttgctaatgagtctgccctcaaaaggcaaaccctctttgtat
gccccccgccactcattaataaccacatgtcactttacatagaaacagaa
ggcatccctccatctctctgtactccagttgatttcagaatctttccatt
agcttatgtggtcacacctccttagatatgtagaagcatctagattacgg
aggaaagtctttgcactgccctttactgttcaaaattgactctgagaagt
catatctccctttgatgtacccagagctcagagtaccaagctgtacagag
tctgttccctcacctcgcagctgccagactttagacaaatcacttctctc
ggccacaaacatgtcaccgtgtgttgtatttgcttcacagagctcttatg
aagatgaattgaatgtagcccatgaagtgcttagctcagggcctggcacg
cagcagagagctcagaaatactgttatcgcttaagaaatgaagggctcag
cagcatcactctcaagatgcttgaaaagatggatgggatggggaaaacgt
cagtcaactctaaggcattctatcaatgttaaggacgagggtgagcctag
caggaccctcaaggaaaggcctttaaaaaaggatgttgttgaaatgagag
aacatgggcttttacagatcagcctaagcttcaaggcagaatagaactgt
gttgacctcgtggtttgtattgttgcctacacgtgacttgaggttataag
tgttctcagggaagagaaaagacagagacagtttatgtaattgtaccccc
tgacaacgcccattttatcttcagagatctttgcatgcttgctcatggtt
atgagttttaaacagtctgttccaggtctgttgcttctgggccatatata
gtcaggggtcatgtctgcgtgggcccacactccatccacacatgtgtcga
gtcagtgaccagaagagccagcagagcctaacatgtcctctgtgtgacgc
aatgtccagaaacccagagcacagagtgcgagcctacggagccacagcag
atgtaaagcacgtgagagtcacctcaataccctcacattgcttgaaggaa
gctgctgcacctgcacctcgtgaggttctgtgtatgctagcaagaacctg
ttctgacttgttctttatttttaagaga
gaattcaaggccagttcttgcagcttggtgagacctggtctcaaaataca
atgttaaaagagaactgaggcatagcgtggggtgtcttccaagcatgagg
ctatacatttaatccctagtactgcgtaacaacaataaaaaacaatggag
tattttaaatcctagtcctaagaagctaggaacaatcataactaaccgtt
attgaccttgctgcctgccaagctatatagacccagggcaggaggtactc
ttgttattattaccttatgggagaatccagtcactgtgccccaatttatt
tctctgttagagtaagtgtgagcttccaagattaagaccccatgatgaat
tcataggtgggtgagtgccctccaggacaagttaactattctactgtgaa
gaggtcaaggcaaaggggaagtcagctgatcttctctggaccataggcca
tcactttgggactgcatttgtattctgtcttcccaactatcctgtccatg
ttttaccagagctctgagggtcaaggctcagagcctggcacccctaacaa
actagacttggccacctgtccttaaaaggctggctaaagtgacaagtaat
gaaaagcagagaaagaagacagttgatgtgacaccctgggaagtgtaaca
actaaaccagtgtgaagtttaagttggaaacagtgagccacaggcactta
gaactcatcaggtcctggtcaaggtgtggtcctgcctctcactgaccaat
cctagtttgagctccagtctctcctgggaggaggtctgacgggttgttag
agctgtatgaaatctgtttgtgggaagtagacttcccctctggttggcac
cagaaccacaacattttccgtctagcgtgagactcccaagtcaggagcag
tttccagtttctggacatccgttgtctcaacagtctgatagctgaaggga
gagcacaattgtctctccttagatattgaccctctgcaagatggttgcat
tcactcctaagcaccacccggttcccttcacacagataagctgtatcaag
cttcttcgctgtgacctctgcacatctgaaatccaggaatagcaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_75744554_75745748
seq2: B6Ng01-115G13.b_43_1220

seq1  GAATTCCTTTGCTAATGAGTCTGCCCTCAAAAGGCAAACCCTCTTTGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGCTAATGAGTCTGCCCTCAAAAGGCAAACCCTCTTTGTAT  50

seq1  GCCCCCCGCCACTCATTAATAACCACATGTCACTTTACATAGAAACAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCCGCCACTCATTAATAACCACATGTCACTTTACATAGAAACAGAA  100

seq1  GGCATCCCTCCATCTCTCTGTACTCCAGTTGATTTCAGAATCTTTCCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCCCTCCATCTCTCTGTACTCCAGTTGATTTCAGAATCTTTCCATT  150

seq1  AGCTTATGTGGTCACACCTCCTTAGATATGTAGAAGCATCTAGATTACGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATGTGGTCACACCTCCTTAGATATGTAGAAGCATCTAGATTACGG  200

seq1  AGGAAAGTCTTTGCACTGCCCTTTACTGTTCAAAATTGACTCTGAGAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGTCTTTGCACTGCCCTTTACTGTTCAAAATTGACTCTGAGAAGT  250

seq1  CATATCTCCCTTTGATGTACCCAGAGCTCAGAGTACCAAGCTGTACAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTCCCTTTGATGTACCCAGAGCTCAGAGTACCAAGCTGTACAGAG  300

seq1  TCTGTTCCCTCACCTCGCAGCTGCCAGACTTTAGACAAATCACTTCTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCCCTCACCTCGCAGCTGCCAGACTTTAGACAAATCACTTCTCTC  350

seq1  GGCCACAAACATGTCACCGTGTGTTGTATTTGCTTCACAGAGCTCTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAAACATGTCACCGTGTGTTGTATTTGCTTCACAGAGCTCTTATG  400

seq1  AAGATGAATTGAATGTAGCCCATGAAGTGCTTAGCTCAGGGCCTGGCACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAATTGAATGTAGCCCATGAAGTGCTTAGCTCAGGGCCTGGCACG  450

seq1  CAGCAGAGAGCTCAGAAATACTGTTATCGCTTAAGAAATGAAGGGCTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAGAGCTCAGAAATACTGTTATCGCTTAAGAAATGAAGGGCTCAG  500

seq1  CAGCATCACTCTCAAGATGCTTGAAAAGATGGATGGGATGGGGAAAACGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCACTCTCAAGATGCTTGAAAAGATGGATGGGATGGGGAAAACGT  550

seq1  CAGTCAACTCTAAGGCATTCTATCAATGTTAAGGACGAGGGTGAGCCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAACTCTAAGGCATTCTATCAATGTTAAGGACGAGGGTGAGCCTAG  600

seq1  CAGGACCCTCAAGGAAAGGCCTTTAAAAAAGGATGTTGTTGAAATGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACCCTCAAGGAAAGGCCTTTAAAAAAGGATGTTGTTGAAATGAGAG  650

seq1  AACATGGGCTTTTACAGATCAGCCTAAGCTTCAAGGCAGAATAGAACTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGGCTTTTACAGATCAGCCTAAGCTTCAAGGCAGAATAGAACTGT  700

seq1  GTTGACCTCGTGGTTTGTATTGTTGCCTACACGTGACTTGAGGTTATAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACCTCGTGGTTTGTATTGTTGCCTACACGTGACTTGAGGTTATAAG  750

seq1  TGTTCTCAGGGAAGAG-AAAGACAGAGACAGTTTATGTAATTGTACCCCC  799
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCAGGGAAGAGAAAAGACAGAGACAGTTTATGTAATTGTACCCCC  800

seq1  TGACAACGCCCATTTTATCTTCAGAGATCTTTGCATGCTTGCTCATGGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACGCCCATTTTATCTTCAGAGATCTTTGCATGCTTGCTCATGGTT  850

seq1  ATGAGTTTTAAACAGTCTGTTCCAGGTCTGTTGCTTCTGGGCCATATATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTTTAAACAGTCTGTTCCAGGTCTGTTGCTTCTGGGCCATATATA  900

seq1  GTCAGGGGTCATGTCTGCGTGGGCCCACACTCCATCCACACATGTGTCGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGGGTCATGTCTGCGTGGGCCCACACTCCATCCACACATGTGTCGA  950

seq1  GTCAGTGACCAGAAGAAGCCAGCAGAGCCTAACATGTCCTCTGTGTGACG  999
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGACCAGAAG-AGCCAGCAGAGCCTAACATGTCCTCTGTGTGACG  999

seq1  CAATGTCCAAGGAAACCCAAGAGCACAGAGTGCGGAGCCTACGGAGCCCA  1049
      |||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  CAATGTCCA--GAAACCC-AGAGCACAGAGTGC-GAGCCTACGGAG-CCA  1044

seq1  CAAGCAGATGGTAAAGCACGTGAGAGTCA-CTC-ATACACTCACATTTGG  1097
      | ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||  |
seq2  C-AGCAGAT-GTAAAGCACGTGAGAGTCACCTCAATACCCTCACATT--G  1090

seq1  CTGGGAAGAGAGGCTGCCTGCAACCTGCACCTCCGTGAGTGTTCTGTGTA  1147
      ||  |||| || |||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||| 
seq2  CT-TGAAG-GAAGCTG-CTGC-ACCTGCACCT-CGTGAG-GTTCTGTGT-  1133

seq1  ATGCTAGGCAAGGAACCTG-TCTGAACTTGTTTCTTTATTTATAAGAGA  1195
      |||||| |||| ||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||
seq2  ATGCTA-GCAA-GAACCTGTTCTG-ACTTG-TTCTTTATTTTTAAGAGA  1178

seq1: chr5_75867098_75868208
seq2: B6Ng01-115G13.g_69_1165 (reverse)

seq1  TATTGCTTATTCCTGTGAATCTCAGATGTTGCAGA-GTCACAGCGGAAGG  49
      |||||| ||||||  || || ||||||| |||||| |||||||||  | |
seq2  TATTGC-TATTCC--TGGATTTCAGATG-TGCAGAGGTCACAGCG--AAG  44

seq1  AAGCCTGGATACAGCTTATCTGTTGGTGGGAAGGGAA-CGGGTGGTGCTT  98
      ||| || ||||||||||||||    ||| |||||||| ||||||||||||
seq2  AAG-CTTGATACAGCTTATCT----GTGTGAAGGGAACCGGGTGGTGCTT  89

seq1  AGGAGTGAATGCAACCATCTTGGCAGGAGGGTCAATATTCTAAGGAGAGA  148
      ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGGAGTGAATGCAACCATCTT-GCA-GAGGGTCAATA-TCTAAGGAGAGA  136

seq1  CAATTGTGCTCTTCCCTTCAGCTATCAGACTGTTGAGACAACGGATGTCC  198
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTGCTC-TCCCTTCAGCTATCAGACTGTTGAGACAACGGATGTCC  185

seq1  AGAAACTGGAAACCTGCTCCTGACTTGGGAGTCTCACGCTAGACGGAAAA  248
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTGGAAA-CTGCTCCTGACTTGGGAGTCTCACGCTAGACGGAAAA  234

seq1  TGTTGTGGTTCTGGTGCCAACCAGAGGGGAAGTCTACTTCCCACAAACAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGGTTCTGGTGCCAACCAGAGGGGAAGTCTACTTCCCACAAACAG  284

seq1  ATTTCATACAGCTCTAACAACCCGTCAGACCTCCTCCCAGGAGAGACTGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATACAGCTCTAACAACCCGTCAGACCTCCTCCCAGGAGAGACTGG  334

seq1  AGCTCAAACTAGGATTGGTCAGTGAGAGGCAGGACCACACCTTGACCAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAACTAGGATTGGTCAGTGAGAGGCAGGACCACACCTTGACCAGG  384

seq1  ACCTGATGAGTTCTAAGTGCCTGTGGCTCACTGTTTCCAACTTAAACTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATGAGTTCTAAGTGCCTGTGGCTCACTGTTTCCAACTTAAACTTC  434

seq1  ACACTGGTTTAGTTGTTACACTTCCCAGGGTGTCACATCAACTGTCTTCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGTTTAGTTGTTACACTTCCCAGGGTGTCACATCAACTGTCTTCT  484

seq1  TTCTCTGCTTTTCATTACTTGTCACTTTAGCCAGCCTTTTAAGGACAGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGCTTTTCATTACTTGTCACTTTAGCCAGCCTTTTAAGGACAGGT  534

seq1  GGCCAAGTCTAGTTTGTTAGGGGTGCCAGGCTCTGAGCCTTGACCCTCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGTCTAGTTTGTTAGGGGTGCCAGGCTCTGAGCCTTGACCCTCAG  584

seq1  AGCTCTGGTAAAACATGGACAGGATAGTTGGGAAGACAGAATACAAATGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGGTAAAACATGGACAGGATAGTTGGGAAGACAGAATACAAATGC  634

seq1  AGTCCCAAAGTGATGGCCTATGGTCCAGAGAAGATCAGCTGACTTCCCCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCAAAGTGATGGCCTATGGTCCAGAGAAGATCAGCTGACTTCCCCT  684

seq1  TTGCCTTGACCTCTTCACAGTAGAATAGTTAACTTGTCCTGGAGGGCACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTGACCTCTTCACAGTAGAATAGTTAACTTGTCCTGGAGGGCACT  734

seq1  CACCCACCTATGAATTCATCATGGGGTCTTAATCTTGGAAGCTCACACTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACCTATGAATTCATCATGGGGTCTTAATCTTGGAAGCTCACACTT  784

seq1  ACTCTAACAGAGAAATAAATTGGGGCACAGTGACTGGATTCTCCCATAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAACAGAGAAATAAATTGGGGCACAGTGACTGGATTCTCCCATAAG  834

seq1  GTAATAATAACAAGAGTACCTCCTGCCCTGGGTCTATATAGCTTGGCAGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAATAACAAGAGTACCTCCTGCCCTGGGTCTATATAGCTTGGCAGG  884

seq1  CAGCAAGGTCAATAACGGTTAGTTATGATTGTTCCTAGCTTCTTAGGACT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGTCAATAACGGTTAGTTATGATTGTTCCTAGCTTCTTAGGACT  934

seq1  AGGATTTAAAATACTCCATTGTTTTTTATTGTTGTTACGCAGTACTAGGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTAAAATACTCCATTGTTTTTTATTGTTGTTACGCAGTACTAGGG  984

seq1  ATTAAATGTATAGCCTCATGCTTGGAAGACACCCCACGCTATGCCTCAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATGTATAGCCTCATGCTTGGAAGACACCCCACGCTATGCCTCAGT  1034

seq1  TCTCTTTTAACATTGTATTTTGAGACCAGGTCTCACCAAGCTGCAAGAAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTTAACATTGTATTTTGAGACCAGGTCTCACCAAGCTGCAAGAAC  1084

seq1  TGGCCTTGAATTC  1111
      |||||||||||||
seq2  TGGCCTTGAATTC  1097