BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115N22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 74,212,535 - 74,371,023
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTec, Slain2, Slc10a4, LOC667127, Fryl, Ociad1, Ociad2, LOC667154, LOC100042205, C130090K23Rik, LOC627733, Dcun1d4, BC031901, Sgcb, Spata18
Downstream geneUsp46, 2700023E23Rik, Rasl11b, Scfd2, Fip1l1, Lnx1, EG619945
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115N22.bB6Ng01-115N22.g
ACCDH921024DH921025
length1,1251,096
definitionDH921024|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115N22, 5' end.DH921025|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115N22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,369,887 - 74,371,023)(74,212,535 - 74,213,634)
sequence
gaattcactctgctgcccaactttatcgcaaagtcacaatcctcctgcct
cagtctagtaagtgctggagttactgatctagtatgttcttgagacaggg
tttccctatgctgaactcttgagtccagtcatcctcctgcctcagcttcc
caagaggcatcacttctggcagacaagaactgtattttaaaaataagtgc
tggattcagcggtggcagccacgcctttaatcccagcactctggaggcag
aggcaggccagcctgcgtctacagagcaagtcccaggacaccaggaccac
acagagaaaccctgcctcaaaacaaacaaagggacaaacaaaaaaacccc
aacccaaataaaaaaataaatacacaaataaatacgagttgaccattaag
aaatatcatacaaaacaaccttaaatgtcttaatattttttttgccattt
tattgccattgacttaaatacatgtgtttttggtaaaattagaaaaatgg
ataccaatcacgactatagttaaaattttgtttgaagttacattttcatc
tttcagtacctgtcttagtgtgtacccatcagcctgttggtgtcactgag
gaatagccttttctcaagcatgacttccagtgtctacacatgttgtgaca
aacctacatatagcataaggtagtgggtgatgttggtgtctccttaccta
tcttgtgactgcttccttagactgctagaaactccggagcctgcaggcat
cactggaaggtgtcatgattgtgtcgcctttggcgtagttatccccccac
cccacccctagccgtctatgatgaggtgtggccaggtctgtttggttctg
aggcaagtggatcaggtcatagcactgctttttctgatcatgtctcctat
tgtcacctactttttacaggcatcataacaaagctagacaatttctttgg
gggaaaaagagacttatttaatgtaatttaagaattttttcatagaaaat
gaaatattattgaaatgatatctattttttagcctttcagcatttgatgt
gctttgtcggtggtgtctgctggagttaattcatatagggattcaattac
ctcacttggaaagacttgcctgttg
gaattctgtacaactcatacagcactgttgaagaataattatgttgaaat
gcagagagcatgcagtgactaagacacagtgagtgttcagcaagtggttt
aaaatggttgctctttaagatgggaggcagctagatataaccccagaatg
tgaattggtgattttgtctattattgaaaagactttattatctatgcatc
ctttttcattcagcaagtctacttgtctagaacatgccttcttaaatatg
tattttgacataggtcacataactgaatgtgaagactgaaaaaattgata
acagtaaaaggtttctgaatgctcaaagatcaaaaattaatttaaaataa
tatataatgagtcttaagtattcctggattccttgcctttgtcagactgt
atgactatactgcaattacacacatgcacacacatacaaacacacacaca
caacttaaaaacaaatggctatctatctttatagaaaaataatgatttaa
ttatgaaaattaaagacttttactatttccctaccatcgttctttggtgt
ataagcatcaaattagcatatttgcagaaggtactgtgttagaatgtgtg
cctttaaaaactgttgtttggggacacccgatgctagctgcttttgtctt
gtgaagttggggcagtatctggccacctggtgccgtggtgaaagtgatgc
ccctttaggcaggctgatgtggcaggcatcgcaggaacgggagtagaaga
gataggtagatgcgctccctgaaagcagagagcagctgctgctatgctct
gaccatgcagccgttatgcagccacaactatacctttatttgctaagtgt
aattgaagtggggcagacacaagccagtggctgcaagatgaccattttga
gcattctgtaaacggcctgctgactaccgtgcctcgaggtgcaggcaaaa
agacgctcacagacatactcttcagtgcacagctcaagcggggtataatc
tcagagcactgctgcgctgtacgagagcataggaggagaagcacgccctc
acagcgaggactgtagaatgcttagaggtcctcatgacgtcatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_74369887_74371023
seq2: B6Ng01-115N22.b_48_1173 (reverse)

seq1  CAACAAGCAAGGTTCTTTCAAAGTGAGGTTAATGAAAATCCCTATAATGG  50
      ||||| |||||  |||||| ||||||||| | ||  ||||||||||   |
seq2  CAACAGGCAAG--TCTTTCCAAGTGAGGTAATTG--AATCCCTATA--TG  44

seq1  CAGTAACTTCCAGCAGACACCA-CGACAAAGCACCATCAAATGCTGAAA-  98
       | |||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  AATTAAC-TCCAGCAGACACCACCGACAAAGCA-CATCAAATGCTGAAAG  92

seq1  GCTAAAAAATAGATATCATTTTCAATAATATTTCATTTTCTATTGAAAAA  148
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCTAAAAAATAGATATCA-TTTCAATAATATTTCATTTTCTA-TGAAAAA  140

seq1  ATTCTTTAAATTACATTAAATAAGTCTCTTTTTTCCCCCAAAGAAATTGT  198
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATTC-TTAAATTACATTAAATAAGTCTC-TTTTTCCCCCAAAGAAATTGT  188

seq1  CTAGCTTTTGTTATGATGCCTGTAAAAAGTAGGTGACAATAGGAGACATG  248
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGC-TTTGTTATGATGCCTGTAAAAAGTAGGTGACAATAGGAGACATG  237

seq1  ATCAGAAAAAGCAGTGCTATGACCTGATCCACTTGCCTCAGAACCAAACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAAAAGCAGTGCTATGACCTGATCCACTTGCCTCAGAACCAAACA  287

seq1  GACCTGGCCACACCTCATCATAGACGGCTAGGGGTGGGGTGGGGGGATAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGCCACACCTCATCATAGACGGCTAGGGGTGGGGTGGGGGGATAA  337

seq1  CTACGCCAAAGGCGACACAATCATGACACCTTCCAGTGATGCCTGCAGGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGCCAAAGGCGACACAATCATGACACCTTCCAGTGATGCCTGCAGGC  387

seq1  TCCGGAGTTTCTAGCAGTCTAAGGAAGCAGTCACAAGATAGGTAAGGAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGAGTTTCTAGCAGTCTAAGGAAGCAGTCACAAGATAGGTAAGGAGA  437

seq1  CACCAACATCACCCACTACCTTATGCTATATGTAGGTTTGTCACAACATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACATCACCCACTACCTTATGCTATATGTAGGTTTGTCACAACATG  487

seq1  TGTAGACACTGGAAGTCATGCTTGAGAAAAGGCTATTCCTCAGTGACACC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACACTGGAAGTCATGCTTGAGAAAAGGCTATTCCTCAGTGACACC  537

seq1  AACAGGCTGATGGGTACACACTAAGACAGGTACTGAAAGATGAAAATGTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCTGATGGGTACACACTAAGACAGGTACTGAAAGATGAAAATGTA  587

seq1  ACTTCAAACAAAATTTTAACTATAGTCGTGATTGGTATCCATTTTTCTAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAACAAAATTTTAACTATAGTCGTGATTGGTATCCATTTTTCTAA  637

seq1  TTTTACCAAAAACACATGTATTTAAGTCAATGGCAATAAAATGGCAAAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCAAAAACACATGTATTTAAGTCAATGGCAATAAAATGGCAAAAA  687

seq1  AAATATTAAGACATTTAAGGTTGTTTTGTATGATATTTCTTAATGGTCAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTAAGACATTTAAGGTTGTTTTGTATGATATTTCTTAATGGTCAA  737

seq1  CTCGTATTTATTTGTGTATTTATTTTTTTATTTGGGTTGGGGTTTTTTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTATTTATTTGTGTATTTATTTTTTTATTTGGGTTGGGGTTTTTTTG  787

seq1  TTTGTCCCTTTGTTTGTTTTGAGGCAGGGTTTCTCTGTGTGGTCCTGGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCCTTTGTTTGTTTTGAGGCAGGGTTTCTCTGTGTGGTCCTGGTG  837

seq1  TCCTGGGACTTGCTCTGTAGACGCAGGCTGGCCTGCCTCTGCCTCCAGAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGACTTGCTCTGTAGACGCAGGCTGGCCTGCCTCTGCCTCCAGAG  887

seq1  TGCTGGGATTAAAGGCGTGGCTGCCACCGCTGAATCCAGCACTTATTTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGATTAAAGGCGTGGCTGCCACCGCTGAATCCAGCACTTATTTTT  937

seq1  AAAATACAGTTCTTGTCTGCCAGAAGTGATGCCTCTTGGGAAGCTGAGGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAGTTCTTGTCTGCCAGAAGTGATGCCTCTTGGGAAGCTGAGGC  987

seq1  AGGAGGATGACTGGACTCAAGAGTTCAGCATAGGGAAACCCTGTCTCAAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGATGACTGGACTCAAGAGTTCAGCATAGGGAAACCCTGTCTCAAG  1037

seq1  AACATACTAGATCAGTAACTCCAGCACTTACTAGACTGAGGCAGGAGGAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACTAGATCAGTAACTCCAGCACTTACTAGACTGAGGCAGGAGGAT  1087

seq1  TGTGACTTTGCGATAAAGTTGGGCAGCAGAGTGAATTCC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGTGACTTTGCGATAAAGTTGGGCAGCAGAGTGAATTCN  1126

seq1: chr5_74212535_74213634
seq2: B6Ng01-115N22.g_67_1162

seq1  GAATTCTGTACAACTCATACAGCACTGTTGAAGAATAATTATGTTGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTACAACTCATACAGCACTGTTGAAGAATAATTATGTTGAAAT  50

seq1  GCAGAGAGCATGCAGTGACTAAGACACAGTGAGTGTTCAGCAAGTGGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAGCATGCAGTGACTAAGACACAGTGAGTGTTCAGCAAGTGGTTT  100

seq1  AAAATGGTTGCTCTTTAAGATGGGAGGCAGCTAGATATAACCCCAGAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTTGCTCTTTAAGATGGGAGGCAGCTAGATATAACCCCAGAATG  150

seq1  TGAATTGGTGATTTTGTCTATTATTGAAAAGACTTTATTATCTATGCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGGTGATTTTGTCTATTATTGAAAAGACTTTATTATCTATGCATC  200

seq1  CTTTTTCATTCAGCAAGTCTACTTGTCTAGAACATGCCTTCTTAAATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCATTCAGCAAGTCTACTTGTCTAGAACATGCCTTCTTAAATATG  250

seq1  TATTTTGACATAGGTCACATAACTGAATGTGAAGACTGAAAAAATTGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGACATAGGTCACATAACTGAATGTGAAGACTGAAAAAATTGATA  300

seq1  ACAGTAAAAGGTTTCTGAATGCTCAAAGATCAAAAATTAATTTAAAATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAAAAGGTTTCTGAATGCTCAAAGATCAAAAATTAATTTAAAATAA  350

seq1  TATATAATGAGTCTTAAGTATTCCTGGATTCCTTGCCTTTGTCAGACTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAATGAGTCTTAAGTATTCCTGGATTCCTTGCCTTTGTCAGACTGT  400

seq1  ATGACTATACTGCAATTACACACATGCACACACATACAAACACACACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTATACTGCAATTACACACATGCACACACATACAAACACACACACA  450

seq1  CAACTTAAAAACAAATGGCTATCTATCTTTATAGAAAAATAATGATTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTAAAAACAAATGGCTATCTATCTTTATAGAAAAATAATGATTTAA  500

seq1  TTATGAAAATTAAAGACTTTTACTATTTCCCTACCATCGTTCTTTGGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAAATTAAAGACTTTTACTATTTCCCTACCATCGTTCTTTGGTGT  550

seq1  ATAAGCATCAAATTAGCATATTTGCAGAAGGTACTGTGTTAGAATGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCATCAAATTAGCATATTTGCAGAAGGTACTGTGTTAGAATGTGTG  600

seq1  CCTTTAAAAACTGTTGTTTGGGGACACCCGATGCTAGCTGCTTTTGTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAAAAACTGTTGTTTGGGGACACCCGATGCTAGCTGCTTTTGTCTT  650

seq1  GTGAAGTTGGGGCAGTATCTGGCCACCTGGTGCCGTGGTGAAAGTGATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTTGGGGCAGTATCTGGCCACCTGGTGCCGTGGTGAAAGTGATGC  700

seq1  CCCTTTAGGCAGGCTGATGTGGCAGGCATCGCAGGAACGGGAGTAGAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTAGGCAGGCTGATGTGGCAGGCATCGCAGGAACGGGAGTAGAAGA  750

seq1  GATAGGTAGATGCGCTCCCTGAAAGCAGAGAGCAGCTGCTGCTATGCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTAGATGCGCTCCCTGAAAGCAGAGAGCAGCTGCTGCTATGCTCT  800

seq1  GACCATGCAGCCGTTATGCAGCCACAACTATACCTTTATTTGCTAAGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGCAGCCGTTATGCAGCCACAACTATACCTTTATTTGCTAAGTGT  850

seq1  AATTGAAGTGGGGCAGACACAAGCCAGTGGCTGCAAGATGACCATTTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAAGTGGGGCAGACACAAGCCAGTGGCTGCAAGATGACCATTTTGA  900

seq1  GCATTCTGTAAACGGCCTGCTGACTACCGTGCCTCGAGGTGCAGGCAAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCATTCTGTAAACGGCCTGCTGACTACCGTGCCTCGAGGTGCAGGC-AAA  949

seq1  AAGACGCTCACAGACATACCCTTCAGTGCACAGCCCAAGCGGGGTATAAT  1000
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGACGCTCACAGACATACTCTTCAGTGCACAGCTCAAGCGGGGTATAAT  999

seq1  CTCAGAGCACTGCCTGCCGCTGTACGAAGAAGCATAGGAGGAGGAAGCAC  1050
      |||||||||||| ||| ||||||||||   |||||||||||| |||||||
seq2  CTCAGAGCACTG-CTG-CGCTGTACGA--GAGCATAGGAGGA-GAAGCAC  1044

seq1  G-CCTCACAGCGAGGACTGTAG-ATGCCTAGAGGCCCTCATGACGCCATG  1098
      | |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||
seq2  GCCCTCACAGCGAGGACTGTAGAATGCTTAGAGGTCCTCATGACGTCATG  1094

seq1  TA  1100
      ||
seq2  TA  1096