BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118B01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 127,506,087 - 127,682,235
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665760, LOC100040327
Downstream geneTmem132c, Slc15a4, Glt1d1, Tmem132d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118B01.bB6Ng01-118B01.g
ACCDH922643DH922644
length1,2091,056
definitionDH922643|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118B01, 5' end.DH922644|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118B01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,680,995 - 127,682,235)(127,506,087 - 127,507,143)
sequence
gaattcatggagtcttgtgatagcaaagagtttagtgtaaattgaaacag
tctagactggagccctgtcttcaggagctggagcaagcagttgggatcac
tgtgcagcttccccagggtaccatggagttctgcatttctgatgctggca
tgagggtagtcagggtaggctgtatgattgacagttcttttaaaaagctt
aaggcagccaaggcagtacagagagcatccaacagctactggctaggaca
tcacatgccccactgtgtctttgcttatttataggagaatgaacaatagt
agtgctttgggcagaaatgtagtgacttttaaagtatccttgtgtttcac
ctattaattttttgagacagcatctttcattggcctggggcttacgagcc
acgatgtctgcctggtgagcctcagggattccctgtgtccacttctccag
tgctgagattataagcacatgccaccatctctgtcatttttacatgggtt
tggattgaacttggatccttgcacttgaatggcagactctttgctgacca
agccatcagcaaagattcatctctgaacttggaagggaggggaggaagca
gttggagactgaggctgcttaaggttcctcagcagttttcaaagcctgcc
tgaccttcagaattcattaagctctacaaactgccctcttgctagaccct
accctggcctcaatggctgtgtctcccaggatggagcctgaatttgtagt
ctgaacaataaccccagattttttttttcagataaggactatggagaagt
tttgctcaatggctgaagcttgcagagggaagatatttatcaaattaatt
tcccaggcttgttccggtaaaaaaagagtcagctgatgcttcaaagaatg
ttaaacttctaattcaaagattcgccccgcctccgtctccccctggtttt
cttcctgctcagtttatccactacaaaaattaaatacagcagggatagac
tgatcgtggctgatctcatcatcggggcttgcagctgatattcagaatac
aagctggaatggaacctcatcgtgcagcttgttgtcccacatgaggctga
gagtccacgatccaagaagccaatgtgttgtggacttaaactgcctttct
atgaccctgtagccgttcctcctggaatccaatggtctagggatctgaac
tcctggcac
gaattccagatgactcatgatccaggtactggttactatactcacttgtc
tggatgctcagtcaagtggtgggattcctttcgatctggtcagagctctg
tggctacacagaaagcttgctttagatagaggacttggttatcctttatg
taattcattattatcccatttcactgggtagaggagggtaagtctccatc
cttgacaatattcaacactggaaaaagcaccacagaatatacagaagata
tatgtagtgattagaataagtatggcctttgtagacttatgtgtttgagt
tcttggccatatgtttgaattcttgtgtttgaattggaagtggcactatt
aggaaatatggtcattttgaagtaggtatagccttgttggaggaagtgta
ttactgtggcagtaggttttaagatcttatatataagttcaagccacact
cagtatgagacacagtttccttctggcaccctttggatcaagatgtagaa
ttctcatcccctccaacaccatgtcatcctggatgctgccatccttccca
ccatgatgataatggacaaaacctctgaaactgtaagccagacccattta
aatgacacattttttggtcatggtgtctcttcacagcaataaaaccccaa
cttagacaataaatatattcatttacccttaaaagattttttaacacttc
taaattatttatgtgtatatgtgggcagtgcacaagagtgctgtgttcat
tgaagccagaagagggtgacagatcctttggagctggggttacaggtagc
tgtgaccaacccaacatgggatgctgggaaccaaaacgagtttctctgca
agaggagtgcatgctgttacctgacaagccatggtggtcttgagtatata
gggaaacaggctgagtaaaccatggggaacaggtcagtaagcagcattcc
tccatgacctgctgctgcttccttagaagcttggcttcaaatcccaagac
tacagcattctccttcaaaggaaaatccttaggctgacggatttagtata
acatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_127680995_127682235
seq2: B6Ng01-118B01.b_48_1256 (reverse)

seq1  GTGCCAGGAGATCAGAATTCACTCTGAGCACCTTTGAGATTCCACAGGGA  50
      |||||||||| |||||  || ||   || ||| ||| |||||||   |||
seq2  GTGCCAGGAGTTCAGA--TCCCT---AG-ACCATTG-GATTCCA---GGA  40

seq1  AGACACAGGCTACCAAGGTTCATTAGAAAAGCCAGTTTTATGTCACACAC  100
       || || ||||||  ||| ||| ||| |||| |||||| |   |||| ||
seq2  GGA-AC-GGCTAC--AGGGTCA-TAG-AAAGGCAGTTTAAGTCCACA-AC  83

seq1  ACACTGACTTCTTGTGATCCGTGTGAC-CTCAGCCTCATTGTGGGAACCA  149
      ||| || ||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |||||||  ||
seq2  ACATTGGCTTCTTG-GAT-CGTG-GACTCTCAGCCTCA-TGTGGGA--CA  127

seq1  CCAAGCTGCACGATGAGGCTCCCAATTCCAGGCTTGTATTTCCTTGAATA  199
       ||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||    ||||||
seq2  ACAAGCTGCACGATGAGGTTCC--ATTCCA-GCTTGTATT---CTGAATA  171

seq1  TCAGCTGC-AGCCCCGATGGATGAGATCAGCCACGATCAGTCTATCCCTG  248
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGCAAGCCCCGAT-GATGAGATCAGCCACGATCAGTCTATCCCTG  220

seq1  CTGTATTTAATTTTTGTAGTGGATAAACTGAGCAGGAAAGAAAAACCAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  CTGTATTTAATTTTTGTAGTGGATAAACTGAGCAGGAA--GAAAACCAGG  268

seq1  GGGAGACGGAGGCGGGGCGAATCTTTGAATTAGAAGTTTAACATTCTTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACGGAGGCGGGGCGAATCTTTGAATTAGAAGTTTAACATTCTTTG  318

seq1  AAGCATCAGCTGACTCTTTTTTTTACCGGAACAAAGCCTGGGAAATTAAT  398
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGCATCAGCTGACTC-TTTTTTTACCGGAAC-AAGCCTGGGAAATTAAT  366

seq1  TTGATAAATATCTTCCCTCTGCAAGCTTCAGCCATTGAGCAAAACTTCTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAATATCTTCCCTCTGCAAGCTTCAGCCATTGAGCAAAACTTCTC  416

seq1  CATAGTCCTTATCTGAAAAAAAAAATCTGGGGTTATTGTTCAGACTACAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCCTTATCTGAAAAAAAAAATCTGGGGTTATTGTTCAGACTACAA  466

seq1  ATTCAGGCTCCATCCTGGGAGACACAGCCATTGAGGCCAGGGTAGGGTCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGCTCCATCCTGGGAGACACAGCCATTGAGGCCAGGGTAGGGTCT  516

seq1  AGCAAGAGGGCAGTTTGTAGAGCTTAATGAATTCTGAAGGTCAGGCAGGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGGGCAGTTTGTAGAGCTTAATGAATTCTGAAGGTCAGGCAGGC  566

seq1  TTTGAAAACTGCTGAGGAACCTTAAGCAGCCTCAGTCTCCAACTGCTTCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAACTGCTGAGGAACCTTAAGCAGCCTCAGTCTCCAACTGCTTCC  616

seq1  TCCCCTCCCTTCCAAGTTCAGAGATGAATCTTTGCTGATGGCTTGGTCAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCCCTTCCAAGTTCAGAGATGAATCTTTGCTGATGGCTTGGTCAG  666

seq1  CAAAGAGTCTGCCATTCAAGTGCAAGGATCCAAGTTCAATCCAAACCCAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGTCTGCCATTCAAGTGCAAGGATCCAAGTTCAATCCAAACCCAT  716

seq1  GTAAAAATGACAGAGATGGTGGCATGTGCTTATAATCTCAGCACTGGAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAATGACAGAGATGGTGGCATGTGCTTATAATCTCAGCACTGGAGA  766

seq1  AGTGGACACAGGGAATCCCTGAGGCTCACCAGGCAGACATCGTGGCTCGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGACACAGGGAATCCCTGAGGCTCACCAGGCAGACATCGTGGCTCGT  816

seq1  AAGCCCCAGGCCAATGAAAGATGCTGTCTCAAAAAATTAATAGGTGAAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCAGGCCAATGAAAGATGCTGTCTCAAAAAATTAATAGGTGAAAC  866

seq1  ACAAGGATACTTTAAAAGTCACTACATTTCTGCCCAAAGCACTACTATTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGATACTTTAAAAGTCACTACATTTCTGCCCAAAGCACTACTATTG  916

seq1  TTCATTCTCCTATAAATAAGCAAAGACACAGTGGGGCATGTGATGTCCTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCTCCTATAAATAAGCAAAGACACAGTGGGGCATGTGATGTCCTA  966

seq1  GCCAGTAGCTGTTGGATGCTCTCTGTACTGCCTTGGCTGCCTTAAGCTTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTAGCTGTTGGATGCTCTCTGTACTGCCTTGGCTGCCTTAAGCTTT  1016

seq1  TTAAAAGAACTGTCAATCATACAGCCTACCCTGACTACCCTCATGCCAGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGAACTGTCAATCATACAGCCTACCCTGACTACCCTCATGCCAGC  1066

seq1  ATCAGAAATGCAGAACTCCATGGTACCCTGGGGAAGCTGCACAGTGATCC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAATGCAGAACTCCATGGTACCCTGGGGAAGCTGCACAGTGATCC  1116

seq1  CAACTGCTTGCTCCAGCTCCTGAAGACAGGGCTCCAGTCTAGACTGTTTC  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCTTGCTCCAGCTCCTGAAGACAGGGCTCCAGTCTAGACTGTTTC  1166

seq1  AATTTACACTAAACTCTTTGCTATCACAAGACTCCATGAATTC  1241
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTACACTAAACTCTTTGCTATCACAAGACTCCATGAATTC  1209

seq1: chr5_127506087_127507143
seq2: B6Ng01-118B01.g_70_1125

seq1  GAATTCCAGATGACTCATGATCCAGGTACTGGTTACTATACTCACTTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATGACTCATGATCCAGGTACTGGTTACTATACTCACTTGTC  50

seq1  TGGATGCTCAGTCAAGTGGTGGGATTCCTTTCGATCTGGTCAGAGCTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCTCAGTCAAGTGGTGGGATTCCTTTCGATCTGGTCAGAGCTCTG  100

seq1  TGGCTACACAGAAAGCTTGCTTTAGATAGAGGACTTGGTTATCCTTTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACACAGAAAGCTTGCTTTAGATAGAGGACTTGGTTATCCTTTATG  150

seq1  TAATTCATTATTATCCCATTTCACTGGGTAGAGGAGGGTAAGTCTCCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCATTATTATCCCATTTCACTGGGTAGAGGAGGGTAAGTCTCCATC  200

seq1  CTTGACAATATTCAACACTGGAAAAAGCACCACAGAATATACAGAAGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACAATATTCAACACTGGAAAAAGCACCACAGAATATACAGAAGATA  250

seq1  TATGTAGTGATTAGAATAAGTATGGCCTTTGTAGACTTATGTGTTTGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGTGATTAGAATAAGTATGGCCTTTGTAGACTTATGTGTTTGAGT  300

seq1  TCTTGGCCATATGTTTGAATTCTTGTGTTTGAATTGGAAGTGGCACTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGCCATATGTTTGAATTCTTGTGTTTGAATTGGAAGTGGCACTATT  350

seq1  AGGAAATATGGTCATTTTGAAGTAGGTATAGCCTTGTTGGAGGAAGTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATATGGTCATTTTGAAGTAGGTATAGCCTTGTTGGAGGAAGTGTA  400

seq1  TTACTGTGGCAGTAGGTTTTAAGATCTTATATATAAGTTCAAGCCACACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTGGCAGTAGGTTTTAAGATCTTATATATAAGTTCAAGCCACACT  450

seq1  CAGTATGAGACACAGTTTCCTTCTGGCACCCTTTGGATCAAGATGTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGAGACACAGTTTCCTTCTGGCACCCTTTGGATCAAGATGTAGAA  500

seq1  TTCTCATCCCCTCCAACACCATGTCATCCTGGATGCTGCCATCCTTCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATCCCCTCCAACACCATGTCATCCTGGATGCTGCCATCCTTCCCA  550

seq1  CCATGATGATAATGGACAAAACCTCTGAAACTGTAAGCCAGACCCATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATGATAATGGACAAAACCTCTGAAACTGTAAGCCAGACCCATTTA  600

seq1  AATGACACATTTTTTGGTCATGGTGTCTCTTCACAGCAATAAAACCCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACACATTTTTTGGTCATGGTGTCTCTTCACAGCAATAAAACCCCAA  650

seq1  CTTAGACAATAAATATATTCATTTACCCTTAAAAGATTTTTTAACACTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGACAATAAATATATTCATTTACCCTTAAAAGATTTTTTAACACTTC  700

seq1  TAAATTATTTATGTGTATATGTGGGCAGTGCACAAGAGTGCTGTGTTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTATTTATGTGTATATGTGGGCAGTGCACAAGAGTGCTGTGTTCAT  750

seq1  TGAAGCCAGAAGAGGGTGACAGATCC-TTGGAGCTGGGGTTACAGGTAGC  799
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCAGAAGAGGGTGACAGATCCTTTGGAGCTGGGGTTACAGGTAGC  800

seq1  TGTGACCAACCCAACAT-GGATGCTGGGAACCAAAACGAGTTCCTCTGCA  848
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTGACCAACCCAACATGGGATGCTGGGAACCAAAACGAGTTTCTCTGCA  850

seq1  AGAGGAGTGCATGCTGTTACCTGACAAGCCATGGTGGTCTTGAGTTATAT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGAGGAGTGCATGCTGTTACCTGACAAGCCATGGTGGTCTTGAG-TATAT  899

seq1  AGGGAAACAGGCTGAGTAAACCATGGGGAACAGGTCAGTAAGCAGCATTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAACAGGCTGAGTAAACCATGGGGAACAGGTCAGTAAGCAGCATTC  949

seq1  CTCCATGACCTGCTGCTGCTTCCTTAG-AGCTTGGCTTCAAATCCCAAAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  CTCCATGACCTGCTGCTGCTTCCTTAGAAGCTTGGCTTCAAATCCC-AAG  998

seq1  ACTACAGCAATTCT-CTTCAGAAGAAAATTCCTTAGGCTGACGGGATTTA  1046
      |||||||| ||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||
seq2  ACTACAGC-ATTCTCCTTCA-AAGGAAAATCCTTAGGCTGAC-GGATTTA  1045

seq1  GTATAACATAT  1057
      |||||||||||
seq2  GTATAACATAT  1056