BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119D13
Chromosome5 (Build37)
Map Location 17,867,530 - 17,990,507
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041749, LOC100041832, Speer4f, EG630927, Sema3c, Cd36, Gnat3, Gnai1, LOC100041818
Downstream geneLOC668167, 4921504A21Rik, Magi2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119D13.bB6Ng01-119D13.g
ACCDH923493DH923494
length1,2131,091
definitionDH923493|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119D13, 5' end.DH923494|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119D13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,989,284 - 17,990,507)(17,867,530 - 17,868,622)
sequence
gaattctctagtgagaatttatttccttagggaattttggactatctaca
atcttttcactgactcatacactgacagccttgatatttttagacagtgg
ctagaaatgcagacttgcaagccccatctttggagccatgatttgcattt
catctagaggttgcataagtacatagaattttaagctcttatccactata
tctttatatttatgcaattaacaattaaaacattattctttttaagatag
tacatattatagggattcccacaagctgaacaagagtgttggtatctgtt
ccatcatcctcccacagataatccatctaagaaaattttcaggccaagtc
tagtcacctcatgatcttagcaagctaaaaaacaaaccatccaaaacctt
caacataaagtcaacagaggaagctgatgacaaacagtctctcagcttta
agttcagctgcaaacccattttagaaaatgatgtgtaacaaaagcaactg
gtttgtagcttgtcatgacgtacaaataactgtgaagcaggcaattctga
aaaacattttcctttaatgactggggtgctgtgtgcaactgtagttactg
agagtaatttctagttatatttcggatcctctggtaaattcccaaagaga
agtgtaatttaccatatggtctgctggtacactggcagtcacaagccatc
ttcaggtacagttaatctgcagacagatgttctgtttgtccagacatgct
ggaaaaaccagtgattagctacattgaagaaatgagttaaatttattagc
cactacaaattctactgtagataatttcctgtggttcaagtgaatattta
tcccaacatgtatccagaaaactgattttaagtgcaaactcctattgaaa
tgtataccaatgactagcaatgaaatgccactaaaagcaggactttatgg
ggtttgttgtctgagatttgagccttttttccccagtgttattcatgctg
ttttgttaaatttacagaatattttgttaatgtcaccagaaagtcatcaa
ttcttccctctaagctggtgagtcggatagtgcagcagatgcacactcta
cctttcagaacttgtggcaggatcctgtcatctgtcatgatctatacgca
ggaagtcatcactgtccactgtgtacaggatgtacatgactgtgctcaga
aatgcctcctccc
gaattccagaattaatgaaatctaatgtgactgggccatttgcagccatc
agttgactgtccttcctccacggttcaggccagataagtgtggggccagc
caaaagggaaacaggactgaggcatggtgaagctgcacaccttgtatagg
aattgtcaaagacttatatgaattgccccttccctttgaaaagctcgtca
aggacatgaggaaataatcctcacttctgagaggatgttggaagaactct
ccagggaagctggtgggcagggaactgagcactggagccctgaactggtt
gccatagcaaagtatggtgatcacatgacttcaacagcaggcatttattt
ctcaagtctggaaatctaagattaaagggccaatggatccagctctctct
ccagtgagggttttcttgaggaaagaggaccagggatgagagaagagaat
tctttcttctcatactgatattggcccgccacgttcaggattccatctct
atgtacttcccaagggctctgccttccagaccagggtgttagggcttcag
ccgaagggtactgaggagacataagcattcagtccagactagggaatatt
ttgtttcatatgaatatctaactaaaagattaataggcaaagtgtgaaca
gaagatggccaatattttatgattgaaatgaagtttgctgtgatgactga
aatgaatggaatgaacttttaaaatgaaagtttaaaaagaactataaata
ttgaggtaaatagttggacttgttacagtgagtgctaagtgtgcgtacat
tcttctgagttaggtaatagagatataaaaggaaaaattttctgcattag
atgaaaacaaatgagttacttactatactaataagtgaatgacattggta
attcagatatgaagatggtaaccatcactcacactagtaatatacatatt
atgattttgcaaaatatgactcagcaacattatcaggagttggaacatca
ttacgaaatcatctactatagagtacggtgaagagtaaatcgaaattaca
gaggttaaaaccctacgtcttgaaccaccgtttccctcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_17989284_17990507
seq2: B6Ng01-119D13.b_47_1259 (reverse)

seq1  GGGAGG-GGCA-TTCTGAGCACAGTCATTGTCACCTATTCTGTACAGTGT  48
      |||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||  || |||||||  ||
seq2  GGGAGGAGGCATTTCTGAGCACAGTCA-TGT-AC--ATCCTGTACACAGT  46

seq1  -GACAGTGATGAACATTCCTGCGTATAGATCATGACAGATGAAACAGGAA  97
       |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |
seq2  GGACAGTGATGA--CTTCCTGCGTATAGATCATGACAGATG--ACAGG-A  91

seq1  TCCTGCCACAGTTTCTGAAGGGTTAAGAGTGTGCATCTGCTGCACTATCC  147
      ||||||||||  ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCACAAGTTCTGAAAGGT--AGAGTGTGCATCTGCTGCACTATCC  139

seq1  GACTCACCAGCTTAGAGGGAAGAATTGATGACTTTCTTGGTGACATTAAC  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GACTCACCAGCTTAGAGGGAAGAATTGATGACTTTC-TGGTGACATTAAC  188

seq1  AAAATATTCTGTAAAATTTAACAAAAACAGCATGAATAACACTGGGGAAA  247
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTCTGT-AAATTTAAC-AAAACAGCATGAATAACACTGGGGAAA  236

seq1  AAAGGCTCAAATCTCAGACAACAAACCCCATAAAGTCCTGCTTTTAGTGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTCAAATCTCAGACAACAAACCCCATAAAGTCCTGCTTTTAGTGG  286

seq1  CATTTCATTGCTAGTCATTGGTATACATTTCAATAGGAGTTTGCACTTAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATTGCTAGTCATTGGTATACATTTCAATAGGAGTTTGCACTTAA  336

seq1  AATCAGTTTTCTGGATACATGTTGGGATAAATATTCACTTGAACCACAGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTTTTCTGGATACATGTTGGGATAAATATTCACTTGAACCACAGG  386

seq1  AAATTATCTACAGTAGAATTTGTAGTGGCTAATAAATTTAACTCATTTCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATCTACAGTAGAATTTGTAGTGGCTAATAAATTTAACTCATTTCT  436

seq1  TCAATGTAGCTAATCACTGGTTTTTCCAGCATGTCTGGACAAACAGAACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTAGCTAATCACTGGTTTTTCCAGCATGTCTGGACAAACAGAACA  486

seq1  TCTGTCTGCAGATTAACTGTACCTGAAGATGGCTTGTGACTGCCAGTGTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGCAGATTAACTGTACCTGAAGATGGCTTGTGACTGCCAGTGTA  536

seq1  CCAGCAGACCATATGGTAAATTACACTTCTCTTTGGGAATTTACCAGAGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGACCATATGGTAAATTACACTTCTCTTTGGGAATTTACCAGAGG  586

seq1  ATCCGAAATATAACTAGAAATTACTCTCAGTAACTACAGTTGCACACAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGAAATATAACTAGAAATTACTCTCAGTAACTACAGTTGCACACAGC  636

seq1  ACCCCAGTCATTAAAGGAAAATGTTTTTCAGAATTGCCTGCTTCACAGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGTCATTAAAGGAAAATGTTTTTCAGAATTGCCTGCTTCACAGTT  686

seq1  ATTTGTACGTCATGACAAGCTACAAACCAGTTGCTTTTGTTACACATCAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTACGTCATGACAAGCTACAAACCAGTTGCTTTTGTTACACATCAT  736

seq1  TTTCTAAAATGGGTTTGCAGCTGAACTTAAAGCTGAGAGACTGTTTGTCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAAATGGGTTTGCAGCTGAACTTAAAGCTGAGAGACTGTTTGTCA  786

seq1  TCAGCTTCCTCTGTTGACTTTATGTTGAAGGTTTTGGATGGTTTGTTTTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTCCTCTGTTGACTTTATGTTGAAGGTTTTGGATGGTTTGTTTTT  836

seq1  TAGCTTGCTAAGATCATGAGGTGACTAGACTTGGCCTGAAAATTTTCTTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTGCTAAGATCATGAGGTGACTAGACTTGGCCTGAAAATTTTCTTA  886

seq1  GATGGATTATCTGTGGGAGGATGATGGAACAGATACCAACACTCTTGTTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATTATCTGTGGGAGGATGATGGAACAGATACCAACACTCTTGTTC  936

seq1  AGCTTGTGGGAATCCCTATAATATGTACTATCTTAAAAAGAATAATGTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTGGGAATCCCTATAATATGTACTATCTTAAAAAGAATAATGTTT  986

seq1  TAATTGTTAATTGCATAAATATAAAGATATAGTGGATAAGAGCTTAAAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTTAATTGCATAAATATAAAGATATAGTGGATAAGAGCTTAAAAT  1036

seq1  TCTATGTACTTATGCAACCTCTAGATGAAATGCAAATCATGGCTCCAAAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTACTTATGCAACCTCTAGATGAAATGCAAATCATGGCTCCAAAG  1086

seq1  ATGGGGCTTGCAAGTCTGCATTTCTAGCCACTGTCTAAAAATATCAAGGC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGCTTGCAAGTCTGCATTTCTAGCCACTGTCTAAAAATATCAAGGC  1136

seq1  TGTCAGTGTATGAGTCAGTGAAAAGATTGTAGATAGTCCAAAATTCCCTA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTGTATGAGTCAGTGAAAAGATTGTAGATAGTCCAAAATTCCCTA  1186

seq1  AGGAAATAAATTCTCACTAGAGAATTC  1224
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATAAATTCTCACTAGAGAATTC  1213

seq1: chr5_17867530_17868622
seq2: B6Ng01-119D13.g_69_1159

seq1  GAATTCCAGAATTAATGAAATCTAATGTGACTGGGCCATTTGCAGCCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAATTAATGAAATCTAATGTGACTGGGCCATTTGCAGCCATC  50

seq1  AGTTGACTGTCCTTCCTCCACGGTTCAGGCCAGATAAGTGTGGGGCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGACTGTCCTTCCTCCACGGTTCAGGCCAGATAAGTGTGGGGCCAGC  100

seq1  CAAAAGGGAAACAGGACTGAGGCATGGTGAAGCTGCACACCTTGTATAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGGAAACAGGACTGAGGCATGGTGAAGCTGCACACCTTGTATAGG  150

seq1  AATTGTCAAAGACTTATATGAATTGCCCCTTCCCTTTGAAAAGCTCGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCAAAGACTTATATGAATTGCCCCTTCCCTTTGAAAAGCTCGTCA  200

seq1  AGGACATGAGGAAATAATCCTCACTTCTGAGAGGATGTTGGAAGAACTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATGAGGAAATAATCCTCACTTCTGAGAGGATGTTGGAAGAACTCT  250

seq1  CCAGGGAAGCTGGTGGGCAGGGAACTGAGCACTGGAGCCCTGAACTGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAAGCTGGTGGGCAGGGAACTGAGCACTGGAGCCCTGAACTGGTT  300

seq1  GCCATAGCAAAGTATGGTGATCACATGACTTCAACAGCAGGCATTTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGCAAAGTATGGTGATCACATGACTTCAACAGCAGGCATTTATTT  350

seq1  CTCAAGTCTGGAAATCTAAGATTAAAGGGCCAATGGATCCAGCTCTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTCTGGAAATCTAAGATTAAAGGGCCAATGGATCCAGCTCTCTCT  400

seq1  CCAGTGAGGGTTTTCTTGAGGAAAGAGGACCAGGGATGAGAGAAGAGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGGGTTTTCTTGAGGAAAGAGGACCAGGGATGAGAGAAGAGAAT  450

seq1  TCTTTCTTCTCATACTGATATTGGCCCGCCACGTTCAGGATTCCATCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTCTCATACTGATATTGGCCCGCCACGTTCAGGATTCCATCTCT  500

seq1  ATGTACTTCCCAAGGGCTCTGCCTTCCAGACCAGGGTGTTAGGGCTTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACTTCCCAAGGGCTCTGCCTTCCAGACCAGGGTGTTAGGGCTTCAG  550

seq1  CCGAAGGGTACTGAGGAGACATAAGCATTCAGTCCAGACTAGGGAATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAGGGTACTGAGGAGACATAAGCATTCAGTCCAGACTAGGGAATATT  600

seq1  TTGTTTCATATGAATATCTAACTAAAAGATTAATAGGCAAAGTGTGAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCATATGAATATCTAACTAAAAGATTAATAGGCAAAGTGTGAACA  650

seq1  GAAGATGGCCAATATTTTATGATTGAAATGAAGTTTGCTGTGATGACTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGGCCAATATTTTATGATTGAAATGAAGTTTGCTGTGATGACTGA  700

seq1  AATGAATGGAATGAACTTTTAAAATGAAAGTTTAAAAAGAACTATAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGGAATGAACTTTTAAAATGAAAGTTTAAAAAGAACTATAAATA  750

seq1  TTGAGGTAAATAGTTGGACTTGTTACAGTGAGTGCTAAGTGTGCGTACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTAAATAGTTGGACTTGTTACAGTGAGTGCTAAGTGTGCGTACAT  800

seq1  TCTTCTGAGTTAGGTAATAGAGATATAAAAGGAAAAA-TCTCTGCATTAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
seq2  TCTTCTGAGTTAGGTAATAGAGATATAAAAGGAAAAATTTTCTGCATTAG  850

seq1  ATGAAAACAAATGAGTTACTTACTATACTAATAAGTGAATGACATTGGTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAACAAATGAGTTACTTACTATACTAATAAGTGAATGACATTGGTA  900

seq1  ATTCAGATATG-AGATGGTAACCATCACTCACACTAGTAATATACATAAT  948
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATTCAGATATGAAGATGGTAACCATCACTCACACTAGTAATATACAT-AT  949

seq1  TATGATTTTGCAAAATATGACTCAGCAACATTATCAAGGAGTTGGAACAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  TATGATTTTGCAAAATATGACTCAGCAACATTATC-AGGAGTTGGAAC-A  997

seq1  CCATTACGAAATCATCTACTATAGAGTACGTGAAAGAGTAAAATCGAAAT  1048
       |||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||
seq2  TCATTACGAAATCATCTACTATAGAGTACGGTGAAGAGT-AAATCGAAAT  1046

seq1  TACAGAGGTTAAAAACCTACGTC-TGAACACACGTTTCCCTTCAGA  1093
      |||||||||||||| |||||||| |||||   |||||||| |||||
seq2  TACAGAGGTTAAAACCCTACGTCTTGAACCACCGTTTCCC-TCAGA  1091