BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121A15
Chromosome5 (Build37)
Map Location 93,505,691 - 93,645,979
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSept11, Ccni, LOC100040826, 2010109A12Rik
Upstream geneG3bp2, Vdp, LOC100040605, U90926, Ppef2, Asahl, Sdad1, Cxcl9, Cxcl10, Cxcl11, LOC100040228, Art3, Nup54, Scarb2, Gm1381, D5Ertd593e, 4932413O14Rik, Shroom3, LOC623798, Ankrd56
Downstream geneCcng2, LOC632115, EG330129, LOC100040885, LOC666064, LOC100040909, C87414, LOC666075, LOC666077, LOC666081, EG665802, LOC100040408, LOC100040981, EG622719, LOC100041003, BC061212, EG622744, LOC100041032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121A15.bB6Ng01-121A15.g
ACCDH924827DH924828
length1,175587
definitionDH924827|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121A15, 5' end.DH924828|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121A15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,505,691 - 93,506,570)(93,645,393 - 93,645,979)
sequence
gaattctttctcttccttcctgtaccccaccttctgcttcctgcctcagc
acaccggccataggctcttttattgacaggtgttgctatgtgatagtctc
tctacagaaaacagctggttgcatcactgttggtacatccatagtgaaga
gtaaagagagatacatgcatgcttgcttactgcttcttgattggtgcttg
tcttcatcagggtttctattcctgcacaaacatcatgaccaagaagcaag
ttggggaggaaaggatttattcggcttatacttccatactgctgttcatc
accaaaggaagtcaggactggaactcaagcaggtcagggagcaggagctg
atgcagaggccatggagggatgttctttactggcttgcttgccctggctt
gctcagcctgctctctcatagaaccaagactcccagcccagagatggtca
cacccacaagggaccttttccccttgatcactaattgagaaaatgcctta
cagttgtatctcatggaggcatttcctcaactgaagctcctttctctgtg
ataactccagctgtgtcaagttgacacaaaactagccagtacagtgcttg
tgcttggtccactttatagaactcaggaccccctgcctcagtaatgcttg
cactcagagtgggatgggtcttcccactttatttaacttaattaagacaa
tcccccatagaccaactcagtgtagataacttctcactgagactctttcc
aggagagtctaagttgtgtcacgttgataagtcagcatatagccaccaca
cgtggacaatcaagaattcaaatgttcatttaatggtaacacaactcaaa
gccatgatcaacaaccagagaaaggagacacggtatgagggtaggacttc
agagtcaaagagcactgtttcctgtcactctctaccactttcttattgat
ggcctgatggttcctatctgtgaaatgagcagatcatagctctctagcac
ttccagagggtatctagtgagcttcctcctgtatctgtatgttttttgta
tcaccttctttacgtctagagctgatgcagtagtacagatatttgtagaa
ggcaggaggtgtatttctaagcgagtcgttaaagaaccttgggattccac
cttgctcttttgccttcactttaga
gaattccaaaggaactgggatggaagtgctgtgccaggcagagcagcaac
acctggctgtggctttaaaagctcacttctaagagatatgcattttatca
gtaggtgatgaaatttgcttaaagtcctctcatatctctgcataactaat
gaagatggactcaagtctagctagactgcatagtcaatagaatgtgcaca
caagtgcacagtatgacacttctgaatcaagtgcttcttcattcactcct
taatgggctggagtgaggatgagctggaagagctgtggtggggcataacc
atgaagctaactccctcaggatggcagagcagcaaggtggaggaggagct
ccagtctctgttattgagccaccaccttctggaggtcttcgtatttgtga
gtctctttttgttcataagttattaagtcttaacacctaattaaccaggc
aggaaccatagagaaggttctctctacatatattttgaacctaacacaaa
tttatgagaagagcgcagaacagagacatgattagataggtagatagata
gatagatagatagatagatgatagatggatggatgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_93505691_93506570
seq2: B6Ng01-121A15.b_350_1221

seq1  AAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGGAGCAGGAGCTGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGGAGCAGGAGCTGATG  50

seq1  CAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTTGCTTGCCCTGGCTTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTTGCTTGCCCTGGCTTGCT  100

seq1  CAGCCTGCTCTCTCATAGAACCAAGACTCCCAGCCCAGAGATGGTCACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGCTCTCTCATAGAACCAAGACTCCCAGCCCAGAGATGGTCACAC  150

seq1  CCACAAGGGACCTTTTCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGGGACCTTTTCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAG  200

seq1  TTGTATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATA  250

seq1  ACTCCAGCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACAGTGCTTGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACAGTGCTTGTGC  300

seq1  TTGGTCCACTTTATAGAACTCAGGACCCCCTGCCTCAGTAATGCTTGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCCACTTTATAGAACTCAGGACCCCCTGCCTCAGTAATGCTTGCAC  350

seq1  TCAGAGTGGGATGGGTCTTCCCACTTTATTTAACTTAATTAAGACAATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTGGGATGGGTCTTCCCACTTTATTTAACTTAATTAAGACAATCC  400

seq1  CCCATAGACCAACTCAGTGTAGATAACTTCTCACTGAGACTCTTTCCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAGACCAACTCAGTGTAGATAACTTCTCACTGAGACTCTTTCCAGG  450

seq1  AGAGTCTAAGTTGTGTCAGGTTGATAAGTCAGCATATAGCCACCACACGT  500
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTAAGTTGTGTCACGTTGATAAGTCAGCATATAGCCACCACACGT  500

seq1  GGACAATCAAGAATTCAAATGTTCATTTAATGGTAACACAACTCAAAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATCAAGAATTCAAATGTTCATTTAATGGTAACACAACTCAAAGCC  550

seq1  ATGATCAACAACCAGAG-AAGGAGACACGGTATGAGGGTAGGACTTCAGA  599
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCAACAACCAGAGAAAGGAGACACGGTATGAGGGTAGGACTTCAGA  600

seq1  GTCAAAGAGCACTGTTTCCTGTCACTCTCTACCACTTTCTTATTGATGGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGAGCACTGTTTCCTGTCACTCTCTACCACTTTCTTATTGATGGC  650

seq1  CTGATGGTTCCTATCTGTGAAATGGAGCAGATCATAGCTCTCTAGGCAAC  699
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||
seq2  CTGATGGTTCCTATCTGTGAAAT-GAGCAGATCATAGCTCTCTAG--CAC  697

seq1  TTCCAAGAGGGTATCTAGTGAGCTTTCCTCCTGGTATCTGTATGTTTTTG  749
      |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| 
seq2  TTCC-AGAGGGTATCTAGTGAGC-TTCCTCCT-GTATCTGTATGTTTTTT  744

seq1  TAATCACCTTCTATACGGTCTAGAGCTGATGCAGTAAGTAACAGGATA-T  798
        |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||| |
seq2  GTATCACCTTCTTTAC-GTCTAGAGCTGATGCAGT-AGT-ACA-GATATT  790

seq1  TGTAGGAAGGCAGGAGGTG-ATTTCTAAAGCGAGTCCGTAAAAGACCTTG  847
      |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||  ||||  ||||||
seq2  TGTA-GAAGGCAGGAGGTGTATTTCT-AAGCGAGTCGTTAAAGAACCTTG  838

seq1  GGATTCCCACCTTGCTCTTT--GCTTCACCTTAGA  880
      ||||| ||||||||||||||   |||||| |||||
seq2  GGATT-CCACCTTGCTCTTTTGCCTTCACTTTAGA  872

seq1: chr5_93645393_93645979
seq2: B6Ng01-121A15.g_67_653 (reverse)

seq1  TCCATCCATCCATCTATCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCATCCATCTATCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACCT  50

seq1  ATCTAATCATGTCTCTGTTCTGCGCTCTTCTCATAAATTTGTGTTAGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAATCATGTCTCTGTTCTGCGCTCTTCTCATAAATTTGTGTTAGGTT  100

seq1  CAAAATATATGTAGAGAGAACCTTCTCTATGGTTCCTGCCTGGTTAATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATATGTAGAGAGAACCTTCTCTATGGTTCCTGCCTGGTTAATTA  150

seq1  GGTGTTAAGACTTAATAACTTATGAACAAAAAGAGACTCACAAATACGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTAAGACTTAATAACTTATGAACAAAAAGAGACTCACAAATACGAA  200

seq1  GACCTCCAGAAGGTGGTGGCTCAATAACAGAGACTGGAGCTCCTCCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCCAGAAGGTGGTGGCTCAATAACAGAGACTGGAGCTCCTCCTCCA  250

seq1  CCTTGCTGCTCTGCCATCCTGAGGGAGTTAGCTTCATGGTTATGCCCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTGCTCTGCCATCCTGAGGGAGTTAGCTTCATGGTTATGCCCCAC  300

seq1  CACAGCTCTTCCAGCTCATCCTCACTCCAGCCCATTAAGGAGTGAATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTCTTCCAGCTCATCCTCACTCCAGCCCATTAAGGAGTGAATGAA  350

seq1  GAAGCACTTGATTCAGAAGTGTCATACTGTGCACTTGTGTGCACATTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACTTGATTCAGAAGTGTCATACTGTGCACTTGTGTGCACATTCTA  400

seq1  TTGACTATGCAGTCTAGCTAGACTTGAGTCCATCTTCATTAGTTATGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTATGCAGTCTAGCTAGACTTGAGTCCATCTTCATTAGTTATGCAG  450

seq1  AGATATGAGAGGACTTTAAGCAAATTTCATCACCTACTGATAAAATGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGAGAGGACTTTAAGCAAATTTCATCACCTACTGATAAAATGCAT  500

seq1  ATCTCTTAGAAGTGAGCTTTTAAAGCCACAGCCAGGTGTTGCTGCTCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTAGAAGTGAGCTTTTAAAGCCACAGCCAGGTGTTGCTGCTCTGC  550

seq1  CTGGCACAGCACTTCCATCCCAGTTCCTTTGGAATTC  587
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCACAGCACTTCCATCCCAGTTCCTTTGGAATTC  587