BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121B24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 121,322,218 - 121,485,348
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOas1h, Oas1g, Oas1a, Oas1d, Oas1i, Rph3a
Upstream geneTbx5, Rbm19, LOC100039609, Lhx5, Sdsl, Sds, 1300012G16Rik, Slc24a6, Tpcn1, Iqcd, 1110008J03Rik, Ddx54, LOC546886, Rasal1, Dtx1, Oas2, Oas3, Oas1e, Oas1c, Oas1b, Oas1f
Downstream geneLOC665299, Ptpn11, Rpl6, LOC100039686, EG545802, AU042671, Trafd1, C330023M02Rik, Erp29, Tmem116, Adam1b, Adam1a, Mapkapk5, Aldh2, 9330129D05Rik, Acad10, Brap, Atxn2, Sh2b3, A230106M15Rik, Cutl2, LOC100042693
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121B24.bB6Ng01-121B24.g
ACCDH924888DH924889
length954902
definitionDH924888|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121B24, 5' end.DH924889|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121B24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,484,395 - 121,485,348)(121,322,218 - 121,323,104)
sequence
gaattccttaggcaggttagagactcagctgtagcaacttcctgtgtgat
atggtacctgggaactctggaagggaaggaagcaaggacatgggaaggaa
gagaaaagctggtggtgcccatgtctgtaattctagcactcagggggaaa
gtgggcatggagaattgggggctaacctgggctacgcaggtcaaaacaaa
caaaaaataaaatacggacataaataaataaagaagggtggaacgtgatc
tgagagtggcaagtcagtaggccaggattagggtcggcaatggtgacggt
tacctcagtgccatgggtgaggtcatggggacctcagttgctgtgtggct
gtaaatctgcaggtgtatttacctgcaggctctgctccagggcaatcctc
atttgctgattacagagtggcagtcagtccctccaagagttggagtgtgg
agtcccctccatgccaagaccccgcctcccttagtatgctgctggctttc
ctgctgccccggggcagtcaaacccatccctgctgggcatgtaggagcac
acttgtcaggtggaaactcacaaggctcagtgagcaccaggtcaggactg
gccagtcacacaggctcagtgagcacccagagggagctggggtgatgggt
gtgacctcattctcctggggatttatttgcaaggcaggtgaagccctgct
cagagtcctgaaagatgctgatagtgtttgactgatcctgctagagaaag
aaaagaccattagggggctcaggctcttggactctgcacaaggagtttct
gggaactgatcttattcaacaatcagactcgtaaatgccaatgatccttt
gcatcattgttaacatgggggtagggagaaaggagagagagacccccccc
acacacacaattctatgaccaaccggagccagcagtagatgtatgtatgt
catt
gaattccccaagttgtcctgtgaccttcatgtgtgtcctgttacacaagt
ggacatgcacacacatgcacatgtgcgatcatatgaagaaacagatatat
agactcttagagctgaagctactggctgagggacactgagctagagagtg
ggatcccatggactctgaagccagtcaggtccatgaagaagtctgtcttc
cctgtctcattgtcatgaggccaatgggactcagtggggctgtgtcacag
ccacagagggacctgcacttggatctttcccctactggggcagcgtctgc
ctgatgctagggaacagatgtgacctcagggtggggatgaacgtgtgtgc
agtgatgtgtggaagacatcacagagggtcaagaaggaagggagagggga
catggagggaggcagctgtgggaacaatggcctgtagtgctgtcctgcag
cagagaggtggctaggccatgtctcccatttgggatattttctaatgaag
aagggactgcctgtcaggtcttatgtaccctcaatgggcaaagtcataaa
ggtgtcctgatggccatctttccaacccttgtgtgtgctggctccatttc
tcaggagatccatgtgtgatgtcatggtacccaccctcagggctgattta
catccccctcctggaagcaatgcaggttcctgacatgattgtatattttt
tcattgcagccagacaatagaagatttgtcttcctgtgagcactcagcat
ctggccaggagactccagagtcaggacatgtgcctcctctgcttgtagac
ttttgacttaagaggaccggatggtgctcatggatccgtcgaggggtatc
caatcggtggatcagactacaacgcttctgatcctgtctgcccaccatag
ga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_121484395_121485348
seq2: B6Ng01-121B24.b_44_997 (reverse)

seq1  AATGACATACATACATCTACTGCTGGGCTCCGGTTGGTCATAGAATTGTG  50
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACATACATACATCTACTGCT-GGCTCCGGTTGGTCATAGAATTGTG  49

seq1  TGTGTGGGGGGGGTCTCTCTCTCCTTTCTCCCTACCCCCATGTTAACAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGGGGGGGTCTCTCTCTCCTTTCTCCCTACCCCCATGTTAACAAT  99

seq1  GATGCAAAGGATCATTGGCATTTACGAGTCTGATTGTTGAATAAGATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAAAGGATCATTGGCATTTACGAGTCTGATTGTTGAATAAGATCAG  149

seq1  TTCCCAGAAACTCCTTGTGCAGAGTCCAAGAGCCTGAGCCCCCTAATGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGAAACTCCTTGTGCAGAGTCCAAGAGCCTGAGCCCCCTAATGGT  199

seq1  CTTTTCTTTCTCTAGCAGGATCAGTC-AACACTATCAGCATCTTTCAGGA  249
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTTCTCTAGCAGGATCAGTCAAACACTATCAGCATCTTTCAGGA  249

seq1  CTCTGAGCAGGGCTTCACCTGCCTTGCAAATAAATCCCCAGGAGAATGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGCAGGGCTTCACCTGCCTTGCAAATAAATCCCCAGGAGAATGAG  299

seq1  GTCACACCCATCACCCCAGCTCCCTCTGGGTGCTCACTGAGCCTGTGTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACACCCATCACCCCAGCTCCCTCTGGGTGCTCACTGAGCCTGTGTGA  349

seq1  CTGGCCAGTCCTGACCTGGTGCTCACTGAGCCTTGTGAGTTTCCACCTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCAGTCCTGACCTGGTGCTCACTGAGCCTTGTGAGTTTCCACCTGA  399

seq1  CAAGTGTGCTCCTACATGCCCAGCAGGGATGGGTTTGACTGCCCCGGGGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTGCTCCTACATGCCCAGCAGGGATGGGTTTGACTGCCCCGGGGC  449

seq1  AGCAGGAAAGCCAGCAGCATACTAAGGGAGGCGGGGTCTTGGCATGGAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAAAGCCAGCAGCATACTAAGGGAGGCGGGGTCTTGGCATGGAGG  499

seq1  GGACTCCACACTCCAACTCTTGGAGGGACTGACTGCCACTCTGTAATCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCCACACTCCAACTCTTGGAGGGACTGACTGCCACTCTGTAATCAG  549

seq1  CAAATGAGGATTGCCCTGGAGCAGAGCCTGCAGGTAAATACACCTGCAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAGGATTGCCCTGGAGCAGAGCCTGCAGGTAAATACACCTGCAGA  599

seq1  TTTACAGCCACACAGCAACTGAGGTCCCCATGACCTCACCCATGGCACTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGCCACACAGCAACTGAGGTCCCCATGACCTCACCCATGGCACTG  649

seq1  AGGTAACCGTCACCATTGCCGACCCTAATCCTGGCCTACTGACTTGCCAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACCGTCACCATTGCCGACCCTAATCCTGGCCTACTGACTTGCCAC  699

seq1  TCTCAGATCACGTTCCACCCTTCTTTATTTATTTATGTCCGTATTTTATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGATCACGTTCCACCCTTCTTTATTTATTTATGTCCGTATTTTATT  749

seq1  TTTTGTTTGTTTTGACCTGCGTAGCCCAGGTTAGCCCCCAATTCTCCATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTGTTTTGACCTGCGTAGCCCAGGTTAGCCCCCAATTCTCCATG  799

seq1  CCCACTTTCCCCCTGAGTGCTAGAATTACAGACATGGGCACCACCAGCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTTCCCCCTGAGTGCTAGAATTACAGACATGGGCACCACCAGCTT  849

seq1  TTCTCTTCCTTCCCATGTCCTTGCTTCCTTCCCTTCCAGAGTTCCCAGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTCCTTCCCATGTCCTTGCTTCCTTCCCTTCCAGAGTTCCCAGGT  899

seq1  ACCATATCACACAGGAAGTTGCTACAGCTGAGTCTCTAACCTGCCTAAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATATCACACAGGAAGTTGCTACAGCTGAGTCTCTAACCTGCCTAAGG  949

seq1  AATTC  954
      |||||
seq2  AATTC  954

seq1: chr5_121322218_121323104
seq2: B6Ng01-121B24.g_64_955

seq1  GAATTCCCCAAGTTGTCCTGTGACCTTCATGTGTGTCCTGTTACACAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCAAGTTGTCCTGTGACCTTCATGTGTGTCCTGTTACACAAGT  50

seq1  GGACATGCACACACATGCACATGTGCGATCATATGAAGAAACAGATATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGCACACACATGCACATGTGCGATCATATGAAGAAACAGATATAT  100

seq1  AGACTCTTAGAGCTGAAGCTACTGGCTGAGGGACACTGAGCTAGAGAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTTAGAGCTGAAGCTACTGGCTGAGGGACACTGAGCTAGAGAGTG  150

seq1  GGATCCCATGGACTCTGAAGCCAGTCAGGTCCATGAAGAAGTCTGTCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCCATGGACTCTGAAGCCAGTCAGGTCCATGAAGAAGTCTGTCTTC  200

seq1  CCTGTCTCATTGTCATGAGGCCAATGGGACTCAGTGGGGCTGTGTCACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCATTGTCATGAGGCCAATGGGACTCAGTGGGGCTGTGTCACAG  250

seq1  CCACAGAGGGACCTGCACTTGGATCTTTCCCCTACTGGGGCAGCGTCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAGGGACCTGCACTTGGATCTTTCCCCTACTGGGGCAGCGTCTGC  300

seq1  CTGATGCTAGGGAACAGATGTGACCTCAGGGTGGGGATGAACGTGTGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCTAGGGAACAGATGTGACCTCAGGGTGGGGATGAACGTGTGTGC  350

seq1  AGTGATGTGTGGAAGACATCACAGAGGGTCAAGAAGGAAGGGAGAGGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGTGTGGAAGACATCACAGAGGGTCAAGAAGGAAGGGAGAGGGGA  400

seq1  CATGGAGGGAGGCAGCTGTGGGAACAATGGCCTGTAGTGCTGTCCTGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGGGAGGCAGCTGTGGGAACAATGGCCTGTAGTGCTGTCCTGCAG  450

seq1  CAGAGAGGTGGCTAGGCCATGTCTCCCATTTGGCAGATTTTCTAATGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGTGGCTAGGCCATGTCTCCCATTTGGGATATTTTCTAATGAAG  500

seq1  AAGGGACTGCCTGTCAGGTCTTATGTACCCTCAATGGGCAAAGTCATAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGACTGCCTGTCAGGTCTTATGTACCCTCAATGGGCAAAGTCATAAA  550

seq1  GGTGTCCTGATGGCCATCTTTCCAACCCTTGTGTGTGCTGGCTCCATTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCTGATGGCCATCTTTCCAACCCTTGTGTGTGCTGGCTCCATTTC  600

seq1  TCAGGAGATCCATGTGTGATGTCATGGTACCCACCCTCAGGGCTGATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGATCCATGTGTGATGTCATGGTACCCACCCTCAGGGCTGATTTA  650

seq1  CATCCCCCTCCTGGAAGCAATGCAGGTTCCTGACATGATTGTATA-TTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CATCCCCCTCCTGGAAGCAATGCAGGTTCCTGACATGATTGTATATTTTT  700

seq1  TCATTGCAGCCAGACAAAAAAGGATTTGTCTTCCTGTGAGCACCCAAGCA  749
      ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| | ||||
seq2  TCATTGCAGCCAGACAATAGAAGATTTGTCTTCCTGTGAGCACTC-AGCA  749

seq1  TCTGCCAAGGAGACTCCAGAGTCAGGGTCATGTG-CTCCTCTGCTGTAAG  798
      |||| | ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||   ||
seq2  TCTGGCCAGGAGACTCCAGAGTCA-GGACATGTGCCTCCTCTGCTTGTAG  798

seq1  AC-TTTGACCTAGAGAGGACCGGATGGTGCTCATGGAGCCAGCGAGGGGT  847
      || |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||
seq2  ACTTTTGACTTA-AGAGGACCGGATGGTGCTCATGGATCCGTCGAGGGGT  847

seq1  ATCCAACCTGT-GATCAGACT-CCAGGCTTCTGATCC---CTGCC  887
      |||||| | || ||||||||| | | |||||||||||   |||||
seq2  ATCCAATCGGTGGATCAGACTACAACGCTTCTGATCCTGTCTGCC  892