BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121F05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 27,600,935 - 27,731,809
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpp6
Upstream gene4930584F24Rik, B930011P16Rik
Downstream geneSpeer4b, Paxip1, Htr5a, EG433862, LOC231069, Insig1, En2, Cnpy1, Prr8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121F05.bB6Ng01-121F05.g
ACCDH925037DH925038
length1,116983
definitionDH925037|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121F05, 5' end.DH925038|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,730,681 - 27,731,809)(27,600,935 - 27,601,927)
sequence
gaattcacaggaagttatagaggaaggtgatcagactgacagcttttctc
aaatacaaaggatacatggagagaacagcgcccataggtagacactgagg
gagcataggtatgtcaggtatgactgcatctgaccccagctgagtctggg
acaccaaggatctctgctccagagaataggtggggtcatgaagaggacaa
cagaagagaaagacagccaactctgtctgcataaacacatgctacaagga
catggtgcttgtatcacaggtctaccagatggcacaaagataagtttcaa
tgttcactttatgacttcatataacccctcttgtcatgtccatccggtca
ctaggcagtgagatacttaatacttattgccactgtggctggacgtagaa
gaagagtacaagcctctgtatgtctgtgagaggctgtctagtttgggtta
atcgaggtgggaagacctgctttaactggggatagtctgttatcctggac
tgaataaaaagagaaatagagttgagtgccagtgtgctgggtagtcttta
ttaactggacacaagatgtggtcatctggagtcttcaagtgagaaactgc
ctccattagattgccttgcaggaaagtctgtaggacattttctagatgaa
tgagtgatattggaggtgatgaacctgggcaggggtcctgagttatataa
agaagcaagctaggcaagccttgagaagcaagccagtgggttccattcct
ccatgattctgtctctgggaccctgcctgagttcctgccctgactccctc
actgatggactgtgatgtggatgtggaaggaaaataaaccctttcctccc
caagttgtttttggccatggtattttatagagcaatagaaacctatgatg
atcaatatttacttctctctgctttctgcttgcagatgcagtgtgaccct
ctgccttactctcctgccccagcaccttccctgtatggtgagctgtccct
tgaattatgagtcaaacccttctctcgagtggctggtgggggattttggg
actaacaacacagcagaaaccgttattgccttgacccatcttttctgtca
ctttttgtgcgatcat
gaattcagactgtcaggcttggtggcaaatacattatccactgagccgtc
tcaccagccattgttgaactttttgttttctatgttttcattttataagt
atggatgtgtatacacacacacacacacacacacacagagagagagagag
agagaaagagagagagagagagagagagagagagagagaaagccacctgc
atatctggtgctcacagaggtcagaagagggcattgagttacaggcagtt
gtgtgctggaaattgaactcggatcttctggaagagtaacaaggactcta
aacttctgactcaagtctctaaagcccatcccttgctgatctttttaatg
agaggaggtggcttcaagagggatttcagattaagactgacagattccag
cagggaaagagtggaaataaatgaaagagttagtgctaatggagtctggt
ttcaactccagctgtgtgataccaggtggaagctgtgctgtgaaaagagg
aagggagatgggactgagctgggttacactgcgacttccaggaggaagct
gatagggagcgaaggttcaccaatgtagaaccacaagagtggctttgctt
gcagtgccgggcttagagctgagcaaataacagggtggagtagccagtct
gcagcctttcagcttagctgtgctgtgctgagtgtcggaaaggtggagta
gtcagtctgcagcctttgactgtcacaggtgtagcgggaggccgggctga
gtactggcagctttagttgtgctgtgttgagtatcaggaaaggctgctga
aacttgccctgcttaggtgtgggtggtgctgctatgatccggcaccagtg
agaacagacaccatcaatattctgtgctcagaacgctcacagtggggctg
tgttagattgctgagttaaattctgaagaatagagatagtgcagtgagtt
atctaagactacagattctagtcagttattgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_27730681_27731809
seq2: B6Ng01-121F05.b_47_1162 (reverse)

seq1  ATGATCGCACAAAAAGTGACCAGGAAAGATGGGGTCAAAGCAATAAACGT  50
      ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||| |||| 
seq2  ATGATCGCACAAAAAGTGA-CAGAAAAGAT-GGGTCAAGGCAAT-AACG-  46

seq1  GTTTCTTGCTGTGTCTGTTAGTTCCAAAATCCCCCACCAAGGCAACTCGA  100
      ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||  || ||||||
seq2  GTTTC-TGCTGTGT-TGTTAGTCCCAAAATCCCCCACCA--GCCACTCGA  92

seq1  GGAAGGAAGGGTTTGGACTCATAATTCAAGGGACAGCTCACCATAACAGG  150
      |    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  G---AGAAGGGTTT-GACTCATAATTCAAGGGACAGCTCACCAT-ACAGG  137

seq1  GAAGGTGCTGGGGCAGGAGAGTAAGGCAGAGGGTCACACTGCATCTGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGCTGGGGCAGGAGAGTAAGGCAGAGGGTCACACTGCATCTGCAA  187

seq1  GCAGAAAGCAGAGAGAAGTAAATATTGATCATCATAGGTTTCTATTGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAAGCAGAGAGAAGTAAATATTGATCATCATAGGTTTCTATTGCTC  237

seq1  TATAAAATACCATGGCCAAAAACAACTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATACCATGGCCAAAAACAACTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTTTC  287

seq1  CTTCCACATCCACATCACAGTCCATCAGTGAGGGAGTCAGGGCAGGAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACATCCACATCACAGTCCATCAGTGAGGGAGTCAGGGCAGGAACT  337

seq1  CAGGCAGGGTCCCAGAGACAGAATCATGGAGGAATGGAACCCACTGGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGGGTCCCAGAGACAGAATCATGGAGGAATGGAACCCACTGGCTT  387

seq1  GCTTCTCAAGGCTTGCCTAGCTTGCTTCTTTATATAACTCAGGACCCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCAAGGCTTGCCTAGCTTGCTTCTTTATATAACTCAGGACCCCTG  437

seq1  CCCAGGTTCATCACCTCCAATATCACTCATTCATCTAGAAAATGTCCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTTCATCACCTCCAATATCACTCATTCATCTAGAAAATGTCCTAC  487

seq1  AGACTTTCCTGCAAGGCAATCTAATGGAGGCAGTTTCTCACTTGAAGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTCCTGCAAGGCAATCTAATGGAGGCAGTTTCTCACTTGAAGACT  537

seq1  CCAGATGACCACATCTTGTGTCCAGTTAATAAAGACTACCCAGCACACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGACCACATCTTGTGTCCAGTTAATAAAGACTACCCAGCACACTG  587

seq1  GCACTCAACTCTATTTCTCTTTTTATTCAGTCCAGGATAACAGACTATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAACTCTATTTCTCTTTTTATTCAGTCCAGGATAACAGACTATCC  637

seq1  CCAGTTAAAGCAGGTCTTCCCACCTCGATTAACCCAAACTAGACAGCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTAAAGCAGGTCTTCCCACCTCGATTAACCCAAACTAGACAGCCTC  687

seq1  TCACAGACATACAGAGGCTTGTACTCTTCTTCTACGTCCAGCCACAGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGACATACAGAGGCTTGTACTCTTCTTCTACGTCCAGCCACAGTGG  737

seq1  CAATAAGTATTAAGTATCTCACTGCCTAGTGACCGGATGGACATGACAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGTATTAAGTATCTCACTGCCTAGTGACCGGATGGACATGACAAG  787

seq1  AGGGGTTATATGAAGTCATAAAGTGAACATTGAAACTTATCTTTGTGCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTATATGAAGTCATAAAGTGAACATTGAAACTTATCTTTGTGCCA  837

seq1  TCTGGTAGACCTGTGATACAAGCACCATGTCCTTGTAGCATGTGTTTATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTAGACCTGTGATACAAGCACCATGTCCTTGTAGCATGTGTTTATG  887

seq1  CAGACAGAGTTGGCTGTCTTTCTCTTCTGTTGTCCTCTTCATGACCCCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGAGTTGGCTGTCTTTCTCTTCTGTTGTCCTCTTCATGACCCCAC  937

seq1  CTATTCTCTGGAGCAGAGATCCTTGGTGTCCCAGACTCAGCTGGGGTCAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTCTGGAGCAGAGATCCTTGGTGTCCCAGACTCAGCTGGGGTCAG  987

seq1  ATGCAGTCATACCTGACATACCTATGCTCCCTCAGTGTCTACCTATGGGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTCATACCTGACATACCTATGCTCCCTCAGTGTCTACCTATGGGC  1037

seq1  GCTGTTCTCTCCATGTATCCTTTGTATTTGAGAAAAGCTGTCAGTCTGAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCTCTCCATGTATCCTTTGTATTTGAGAAAAGCTGTCAGTCTGAT  1087

seq1  CACCTTCCTCTATAACTTCCTGTGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCCTCTATAACTTCCTGTGAATTC  1116

seq1: chr5_27600935_27601927
seq2: B6Ng01-121F05.g_67_1049

seq1  GAATTCAGACTGTCAGGCTTGGTGGCAAATACATTATCCACTGAGCCGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACTGTCAGGCTTGGTGGCAAATACATTATCCACTGAGCCGTC  50

seq1  TCACCAGCCATTGTTGAACTTTTTGTTTTCTATGTTTTCATTTTATAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGCCATTGTTGAACTTTTTGTTTTCTATGTTTTCATTTTATAAGT  100

seq1  ATGGATGTGTATACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGTGTATACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAG  150

seq1  AGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGCCACCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGCCACCTGC  200

seq1  ATATCTGGTGCTCACAGAGGTCAGAAGAGGGCATTGAGTTACAGGCAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGGTGCTCACAGAGGTCAGAAGAGGGCATTGAGTTACAGGCAGTT  250

seq1  GTGTGCTGGAAATTGAACTCGGATCTTCTGGAAGAGTAACAAGGACTCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTGGAAATTGAACTCGGATCTTCTGGAAGAGTAACAAGGACTCTA  300

seq1  AACTTCTGACTCAAGTCTCTAAAGCCCATCCCTTGCTGATCTTTTTAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTGACTCAAGTCTCTAAAGCCCATCCCTTGCTGATCTTTTTAATG  350

seq1  AGAGGAGGTGGCTTCAAGAGGGATTTCAGATTAAGACTGACAGATTCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGGTGGCTTCAAGAGGGATTTCAGATTAAGACTGACAGATTCCAG  400

seq1  CAGGGAAAGAGTGGAAATAAATGAAAGAGTTAGTGCTAATGGAGTCTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAAGAGTGGAAATAAATGAAAGAGTTAGTGCTAATGGAGTCTGGT  450

seq1  TTCAACTCCAGCTGTGTGATACCAGGTGGAAGCTGTGCTGTGAAAAGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTCCAGCTGTGTGATACCAGGTGGAAGCTGTGCTGTGAAAAGAGG  500

seq1  AAGGGAGATGGGACTGAGCTGGGTTACACTGCGACTTCCAGGAGGAAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGATGGGACTGAGCTGGGTTACACTGCGACTTCCAGGAGGAAGCT  550

seq1  GATAGGGAGCGAAGGTTCACCAATGTAGAACCACAAGAGTGGCTTTGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGGAGCGAAGGTTCACCAATGTAGAACCACAAGAGTGGCTTTGCTT  600

seq1  GCAGTGCCGGGCTTAGAGCTGAGCAAATAACAGGGTGGAGTAGCCAGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGCCGGGCTTAGAGCTGAGCAAATAACAGGGTGGAGTAGCCAGTCT  650

seq1  GCAGCCTTTCAGCTTAGCTGTGCTGTGCTGAGTGTCGGAAAGGTGGAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCTTTCAGCTTAGCTGTGCTGTGCTGAGTGTCGGAAAGGTGGAGTA  700

seq1  GTCAGTCTGCAGCCTTTGACTGTCACAGGTGTAGCGGGAGGCCGGGCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTCTGCAGCCTTTGACTGTCACAGGTGTAGCGGGAGGCCGGGCTGA  750

seq1  GTACTGGCAGC-TTAGTTGTGCTGTGTTGAGTATCAGGAAAGGCTGCTGA  799
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGCAGCTTTAGTTGTGCTGTGTTGAGTATCAGGAAAGGCTGCTGA  800

seq1  AACTTGCCCTGCTTAGGTGTGGGTGGTGCTGCTATGATCCGGCACCAGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCCCTGCTTAGGTGTGGGTGGTGCTGCTATGATCCGGCACCAGTG  850

seq1  AGAACAAGACACCATCAATATTCTGTGCTCAGGAACGTCTCACAGTGGGG  899
      ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  AGAAC-AGACACCATCAATATTCTGTGCTCA-GAACG-CTCACAGTGGGG  897

seq1  CTGTGGTTTAGATTGCCTGAGTTAAATTCTGAAGAATTAGAGATAGTGCA  949
      |||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTGTG--TTAGATTG-CTGAGTTAAATTCTGAAGAA-TAGAGATAGTGCA  943

seq1  GTGAGTATATCTAAGACTAACAGATTTCTAGTCAGTTTATTGTT  993
      |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||
seq2  GTGAGT-TATCTAAGACT-ACAGA-TTCTAGTCAG-TTATTGTT  983