BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121O11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 23,583,871 - 23,686,603
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKlhl7, LOC100042211, Nupl2
Upstream geneLhfpl3, LOC100042101, LOC100042082, 4930580E04Rik, BC050254, Srpk2, Pus7, Rint1, 4933427G23Rik, Tomm7, LOC671410, Drctnnb1a, LOC627317
Downstream geneLOC434047, LOC100042244, Kcnh2, Nos3, Atg9b, Abcb8, Accn3, Cdk5, Slc4a2, Fastk, Tmub1, Centg3, Gbx1, Asb10, 4931409K22Rik, Abcf2, LOC100042348, Smarcd3, 1700022A21Rik, Nub1, 2810046M22Rik, Crygn, Rheb, Prkag2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121O11.bB6Ng01-121O11.g
ACCDH925468DH925469
length1,1771,140
definitionDH925468|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121O11, 5' end.DH925469|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121O11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,685,417 - 23,686,603)(23,583,871 - 23,585,024)
sequence
gaattcaacttgttaaaaacaacatattataatcagaaaaacatttttta
atcaatatacattgtatccatataaaaaaccttcaagaataaataaaatt
gcattctagaaaaccacacatgtcagtgtttataaaattacacccgaatt
tgttagtcactccaggtacaggtttaactgggtgtttagaaaagttaaac
tttaaaatccctcaaattactgaaagctatatatatatataaacgtattc
aagtcaatctcagaagccatagttagggaggagtatgggtcaggtagaat
ccgcctggcctgggtaagcccagcctgatctgcagcactataaaaacagg
gctttcaaagccattcagagctttctcttggaggtctcttgtcagagtat
gcccaggctacctcctcaatgcttcaactcaacttgcagtcacagtgcta
taaaacgcttcctactaaaacccattggactgacctactctgctgactga
tggatgcccttttcaaggaaccttccaccaatcccgactccttccctcca
agacatttgtctttcttctttttttctctatagactaggctatcttgagc
tcacagatatccacctctcctctacctaagtgccgtgattaaagttgcat
accactgcaccaagcctgaaaccattgaagctgagctttctttcctagaa
gtatcttagacaatttcatctagttcacatagagctacttctcaaccttc
ctaatgctgtgacactttaatacaatttcctcatgttgcagtgacctccc
caacataaaattattttagttgctacttcaaaactgtaattttgctactg
ttacataactgtaacataaatatctgacatatagatgtctcatatgtgac
ccctgtgaaaggtcatcaccctcagttgagcagagatgatgtgtttgaca
tatttcagtgactcctaatacacttataatcaccgcaaaccatttctatt
gcccttagagcttcctatgaccttcctgggcagaacagccctttctccac
ttctgtcccacacaattgatcatagctcaccactaagaacaggtgctgtc
cctttcatagtttctacgacagaattatacaggggtttggtttggtttgg
ttttcttgcttctttttactgggagta
gaattccaattcgtttccttactcctgtgtatgtttttgtataaacagaa
aggggaaaggtcagaacacagatgagacacagcgtgggaacaaggtacag
accataagcaaataatctctagtcctctgggtttgaactagatttttggt
tttatgtgatacataaaatattaattttaacttcccatttggcagtgaca
gagatgtctgtggtctctaaggacactggaatcgttattacagtccccag
ggctttctctaaagcaagaggcaaaattttcccactgtgagcttttcctt
ctgatggaaatcaggtatcactagattctaaaattgttttttgttttgtt
ttgttttgttttttccccttctccttagctgcagtttttgtagacacaag
attgcatcccgtgctacccagggaactaaaaaataaaaattaaatttaaa
ttaaaaacaaaaaaaaatgatgactagtactggatctttggatctgcagg
ttctgattagcatgaacacagagtcatctgagttagagggctcaggcatc
ctcccagttctcctgtaagacagacagagggcaccaaagagggattcctc
tcatggtggtcactggcctgagtgtagaacttacatgatctctaaaatcc
ctagactgtttctcaaacaggcgcaaatacctaagatagtgctctctttt
acatgtgcacagacacatgcatgtgaacgtacacacatatgcacagacag
taggtatgctataactattatgttataatcagacaatgcccagattatca
atacaaatatacttactattcatatgtactttatgagacttaggtaggca
ggcacagtgctaacttagcaactgggacgccatttgggcttgaggtacgc
agcaaacacactctctagcaaagcacttagcaacctgagagtggtactta
cagatccagcgcatgcacatcgctctcaaaacaaagcaatctggtcattc
tagaagctgcctagcaacttctggtatctcctcatttgtggcaaatgcat
cctggaacatatctaggaagaaggggcagtgttccatcagctgcactggt
tgggttcaacacacaaggcaaacatttctcttgagtgaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_23685417_23686603
seq2: B6Ng01-121O11.b_48_1224 (reverse)

seq1  TACT-CCAGTAAAAAGAAGCAAGGAAAAAACAAAACAAAACAAAAACCCT  49
      |||| ||||||||||||||||||   ||||| |||| |||| ||| ||||
seq2  TACTCCCAGTAAAAAGAAGCAAG---AAAACCAAACCAAACCAAACCCCT  47

seq1  GTATAATTCTGTCGTTATGAAACTATGGAAGGGACAGCACCTGTCTGTAG  99
      |||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||   |||
seq2  GTATAATTCTGTCGT--AGAAACTATGAAAGGGACAGCACCTGTTCTTAG  95

seq1  TGGTGAGCTAATGATCAATTGTGTGGGACCAGAAGTGGAGAAAGGGCTG-  148
      ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  TGGTGAGCT-ATGATCAATTGTGTGGGA-CAGAAGTGGAGAAAGGGCTGT  143

seq1  TCTGCCCAGGAAGGTCATAGGAAGCTCTTAAGGGCAATAGAAATTGGTTT  198
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  TCTGCCCAGGAAGGTCATAGGAAGCTC-TAAGGGCAATAGAAA-TGGTTT  191

seq1  GCGGTGATTATAAGTGTATTAGGAGTCACTGAAATATGTCAAAACACATC  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCGGTGATTATAAGTGTATTAGGAGTCACTGAAATATGTC-AAACACATC  240

seq1  ATCTCTGCTCAACCTGAGGGTGATGACCCTTTCACAGGGGTCACATATGA  298
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGCTCAA-CTGAGGGTGATGA-CCTTTCACAGGGGTCACATATGA  288

seq1  GACATCTATATGTCAGATATTTATGTTACAGTTATGTAACAGTAGCAAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCTATATGTCAGATATTTATGTTACAGTTATGTAACAGTAGCAAAA  338

seq1  TTACAGTTTTGAAGTAGCAACTAAAATAATTTTATGTTGGGGAGGTCACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTTTTGAAGTAGCAACTAAAATAATTTTATGTTGGGGAGGTCACT  388

seq1  GCAACATGAGGAAATTGTATTAAAGTGTCACAGCATTAGGAAGGTTGAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATGAGGAAATTGTATTAAAGTGTCACAGCATTAGGAAGGTTGAGA  438

seq1  AGTAGCTCTATGTGAACTAGATGAAATTGTCTAAGATACTTCTAGGAAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTCTATGTGAACTAGATGAAATTGTCTAAGATACTTCTAGGAAAG  488

seq1  AAAGCTCAGCTTCAATGGTTTCAGGCTTGGTGCAGTGGTATGCAACTTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCAGCTTCAATGGTTTCAGGCTTGGTGCAGTGGTATGCAACTTTA  538

seq1  ATCACGGCACTTAGGTAGAGGAGAGGTGGATATCTGTGAGCTCAAGATAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACGGCACTTAGGTAGAGGAGAGGTGGATATCTGTGAGCTCAAGATAG  588

seq1  CCTAGTCTATAGAGAAAAAAAGAAGAAAGACAAATGTCTTGGAGGGAAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTCTATAGAGAAAAAAAGAAGAAAGACAAATGTCTTGGAGGGAAGG  638

seq1  AGTCGGGATTGGTGGAAGGTTCCTTGAAAAGGGCATCCATCAGTCAGCAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGGGATTGGTGGAAGGTTCCTTGAAAAGGGCATCCATCAGTCAGCAG  688

seq1  AGTAGGTCAGTCCAATGGGTTTTAGTAGGAAGCGTTTTATAGCACTGTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTCAGTCCAATGGGTTTTAGTAGGAAGCGTTTTATAGCACTGTGA  738

seq1  CTGCAAGTTGAGTTGAAGCATTGAGGAGGTAGCCTGGGCATACTCTGACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGTTGAGTTGAAGCATTGAGGAGGTAGCCTGGGCATACTCTGACA  788

seq1  AGAGACCTCCAAGAGAAAGCTCTGAATGGCTTTGAAAGCCCTGTTTTTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCTCCAAGAGAAAGCTCTGAATGGCTTTGAAAGCCCTGTTTTTAT  838

seq1  AGTGCTGCAGATCAGGCTGGGCTTACCCAGGCCAGGCGGATTCTACCTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGCAGATCAGGCTGGGCTTACCCAGGCCAGGCGGATTCTACCTGA  888

seq1  CCCATACTCCTCCCTAACTATGGCTTCTGAGATTGACTTGAATACGTTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACTCCTCCCTAACTATGGCTTCTGAGATTGACTTGAATACGTTTA  938

seq1  TATATATATATAGCTTTCAGTAATTTGAGGGATTTTAAAGTTTAACTTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATAGCTTTCAGTAATTTGAGGGATTTTAAAGTTTAACTTTT  988

seq1  CTAAACACCCAGTTAAACCTGTACCTGGAGTGACTAACAAATTCGGGTGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACACCCAGTTAAACCTGTACCTGGAGTGACTAACAAATTCGGGTGT  1038

seq1  AATTTTATAAACACTGACATGTGTGGTTTTCTAGAATGCAATTTTATTTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATAAACACTGACATGTGTGGTTTTCTAGAATGCAATTTTATTTA  1088

seq1  TTCTTGAAGGTTTTTTATATGGATACAATGTATATTGATTAAAAAATGTT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGAAGGTTTTTTATATGGATACAATGTATATTGATTAAAAAATGTT  1138

seq1  TTTCTGATTATAATATGTTGTTTTTAACAAGTTGAATTC  1187
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGATTATAATATGTTGTTTTTAACAAGTTGAATTC  1177

seq1: chr5_23583871_23585024
seq2: B6Ng01-121O11.g_69_1208

seq1  GAATTCCAATTCGTTTCCTTACTCCTGTGTATGTTTTTGTATAAACAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATTCGTTTCCTTACTCCTGTGTATGTTTTTGTATAAACAGAA  50

seq1  AGGGGAAAGGTCAGAACACAGATGAGACACAGCGTGGGAACAAGGTACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAAGGTCAGAACACAGATGAGACACAGCGTGGGAACAAGGTACAG  100

seq1  ACCATAAGCAAATAATCTCTAGTCCTCTGGGTTTGAACTAGATTTTTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAAGCAAATAATCTCTAGTCCTCTGGGTTTGAACTAGATTTTTGGT  150

seq1  TTTATGTGATACATAAAATATTAATTTTAACTTCCCATTTGGCAGTGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTGATACATAAAATATTAATTTTAACTTCCCATTTGGCAGTGACA  200

seq1  GAGATGTCTGTGGTCTCTAAGGACACTGGAATCGTTATTACAGTCCCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTCTGTGGTCTCTAAGGACACTGGAATCGTTATTACAGTCCCCAG  250

seq1  GGCTTTCTCTAAAGCAAGAGGCAAAATTTTCCCACTGTGAGCTTTTCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCTCTAAAGCAAGAGGCAAAATTTTCCCACTGTGAGCTTTTCCTT  300

seq1  CTGATGGAAATCAGGTATCACTAGATTCTAAAATTGTTTTTTGTTTTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGAAATCAGGTATCACTAGATTCTAAAATTGTTTTTTGTTTTGTT  350

seq1  TTGTTTTGTTTTTTCCCCTTCTCCTTAGCTGCAGTTTTTGTAGACACAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGTTTTTTCCCCTTCTCCTTAGCTGCAGTTTTTGTAGACACAAG  400

seq1  ATTGCATCCCGTGCTACCCAGGGAACTAAAAAATAAAAATTAAATTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATCCCGTGCTACCCAGGGAACTAAAAAATAAAAATTAAATTTAAA  450

seq1  TTAAAAACAAAAAAAAATGATGACTAGTACTGGATCTTTGGATCTGCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAACAAAAAAAAATGATGACTAGTACTGGATCTTTGGATCTGCAGG  500

seq1  TTCTGATTAGCATGAACACAGAGTCATCTGAGTTAGAGGGCTCAGGCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATTAGCATGAACACAGAGTCATCTGAGTTAGAGGGCTCAGGCATC  550

seq1  CTCCCAGTTCTCCTGTAAGACAGACAGAGGGCACCAAAGAGGGATTCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGTTCTCCTGTAAGACAGACAGAGGGCACCAAAGAGGGATTCCTC  600

seq1  TCATGGTGGTCACTGGCCTGAGTGTAGAACTTACATGATCTCTAAAATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTGGTCACTGGCCTGAGTGTAGAACTTACATGATCTCTAAAATCC  650

seq1  CTAGACTGTTTCTCAAACAGGCGCAAATACCTAAGATAGTGCTCTCTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTGTTTCTCAAACAGGCGCAAATACCTAAGATAGTGCTCTCTTTT  700

seq1  ACATGTGCACAGACACATGCATGTGAACGTACACACATATGCACAGACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGCACAGACACATGCATGTGAACGTACACACATATGCACAGACAG  750

seq1  TAGGTATGCTATAACTATTATGTTATAATCAGACAATGCCCAGATTATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATGCTATAACTATTATGTTATAATCAGACAATGCCCAGATTATCA  800

seq1  ATACAAATATACTTACTATTCATATGTACTTTATGAGACTTAGGTAGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAATATACTTACTATTCATATGTACTTTATGAGACTTAGGTAGGCA  850

seq1  GGCACAGTGCTAACTTAGCAACTGGGACGCCATTT-GGCTTGAGGTACGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGCACAGTGCTAACTTAGCAACTGGGACGCCATTTGGGCTTGAGGTACGC  900

seq1  AGGCAAACACACCTCTCCTAGCAAAGCACTTAGCAACCTGAGAGTGGTAC  949
      | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GCAAACACA-CTCT-CTAGCAAAGCACTTAGCAACCTGAGAGTGGTAC  947

seq1  TTACAAGGATCCAGCCGCATGCACATCGCTCTCCAAACAAAGCAATCTGG  999
      |||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTACA--GATCCAG-CGCATGCACATCGCTCTCAAAACAAAGCAATCTGG  994

seq1  TCATTCCTAG-AGCTGCCTAGCAACCTCTTGGTATCTCCTCATTTGTGGC  1048
      ||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| 
seq2  TCATT-CTAGAAGCTGCCTAGCAACTTC-TGGTATCTCCTCATTTGTGG-  1041

seq1  CAAATGCATCCTGGAACATATCTAGGAAGGAGGGGCAGTGTGCCAATCCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||   ||
seq2  CAAATGCATCCTGGAACATATCTAGGAAGAAGGGGCAGTGTTCCA--TCA  1089

seq1  GCCTGCACTGGTTTGGGGTGCACACACACAAGGCAAACCATGTCCTCTGA  1148
      | |||||||||||  |||| || |||||||||||||| ||| ||   |||
seq2  G-CTGCACTGGTT--GGGTTCA-ACACACAAGGCAAA-CATTTCTCTTGA  1134

seq1  GTGAAC  1154
      ||||||
seq2  GTGAAC  1140