BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122I05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 33,706,040 - 33,797,959
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMaea, 4933407H18Rik, LOC672284
Upstream geneLOC545743, Ppp1cb, LOC634553, LOC675983, Yes1, LOC100039775, Pisd, C330019G07Rik, LOC100040141, Depdc5, Ywhah, LOC100040169, Slc5a1, Spon2, Ctbp1
Downstream gene2410018C17Rik, Slbp, Tmem129, Tacc3, Fgfr3, Letm1, LOC100040332, Whsc1, Whsc2, Gm1673, LOC100040427, Nat8l, Poln, BC023882, Mxd4, Zfyve28, EG433874, A830049F12Rik, LOC100040061, Rnf4, BC037112
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122I05.bB6Ng01-122I05.g
ACCDH925917DH925918
length1,0751,063
definitionDH925917|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122I05, 5' end.DH925918|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122I05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,796,877 - 33,797,959)(33,706,040 - 33,707,105)
sequence
gaattcagtaacttctagtgacaatgcagttgtcattaagcaaattcatg
gatttacagataaaatggcccccaggaaccaaacgtgaaaacaaaatctt
tagaaagacagaaaacaggaaatacaagaaggtgagcgggtcacgggtca
gaaggcaagcagctgggccctgggcctcccactggggacacactggggac
aatgtgaatagagcatgaccagtgcaggccagcatacagcgtaggcatca
tttgccctgagaaactacatcccaaagagagatggggaaaagaaacaaca
gacaaaggggaccagcaatcacactcctggccagagcatgagatagaaat
tacagtcctgagcatgggagatggctcggcagtgaagagcactggttgct
ctgccagaggacccaggagcaatcccagtgccacgaggctcacagctgtc
tgcaactccagtttcaggggctctgatgccatctcctggcctctgggcac
tatgtacatatgctacacagaagcagatggaggcaaacagtcaaacacat
gagatacatgaatcttttttaggttaagaatgattgcatgcatgtgcatc
tgtgaggggcttcatgtacccaagtgcaggtgccctcagaagccatcaga
aaccctgaagctggagtacacggggtagggagctgcccaaactagggtct
tggacttgaagttggatcctctttaagagcagtgctcactcttaaccact
aagccatcaatccaggctccagaggatattttttagatgtctacaaaata
ataaatgttttaaagaacacagcatcaggagtggggaggtggtcccatag
ctacctgtttgtgtcatcatggggacctgaattcaggtcttcagcaccca
cataaaagctgggcacagtggcacacacttgtaatcccaggactggggaa
attgggtgggggtacagaaacagtagatcctaggatcttattggccacta
ctctagcccaaaggtgagttccagacacaggagagagctatctctaaaat
aaggtggagagcatgaggagacacc
gaattcctaaaagaaatgccagaattgacacataagtctggcctgctcgg
ttctgcccgcccacctgcccaccctcttgtgtgagtgatcttcctaagct
ttgttctcttcagggagcagtctacaagcttgccaaagttactgtaggtg
tttcatgtgggccagggataagcaaattgaggtgctgaatgagtgctgag
agaaggggtgagcactgctttggtgtcgagaggcaggtatacgggaatgc
taccagttgtccagaaacatctgtgatggtgcctagggacaggcctgccc
atcacaactgcctgtatgatcggaatgtgcacatgcacgtatgctctcct
ctcccatcagtcagggtagagagccacactgtatgtactaaggtcttaca
gatcagacactgatggatgggacgaggagcatctcagactcagtttcact
aagttgggaataccatataacagggcaccaagagatgatctctaatttag
cttagaactctagatttggcaggacactaaagaacaacctggccgggcag
tggtggcacacacctttaatcccagcactcaggaggcagaggcaggcgga
tttctgagttcgaggacagccagggctacacagagaaaccctgtctcaaa
acaaaacaaaacaaaacaaaacaaaaatctgcttttcctttaataccttt
gtttttaaacatcgcactggtgcccaccaactatagaaggaacagtgtta
ctctgtagcttacagggctctaatgtgcaggcttgtgtggctttaaagtg
aacagagagccacgagcacttctccacacatcagtggggccagactgggc
cctgtggagtcttgggataccctgtcttttccctgatcatttcaagcttg
ctacccaccactcaggacagttcctgctcgggttagactgtgctgtgctt
ccagcctgctttgcctcagcctcgtgcaaagggtacagtgcaaggattca
aagagtcgacattccccttcatcttggtatcccctgcagaggcaatgtgg
tacggttccattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_33796877_33797959
seq2: B6Ng01-122I05.b_49_1123 (reverse)

seq1  GGTGTCTTCCTCAATTGCTCTCCACCTTATTTTTGGAGATAGGCTCTCTC  50
      |||||| ||||||  |||||||||||||| |||| |||||| ||||||| 
seq2  GGTGTC-TCCTCA--TGCTCTCCACCTTA-TTTTAGAGATA-GCTCTCT-  44

seq1  CCTGTGTCTGGAACTCACCTTTGGGCTAGAGTAGTTGGCCAATAAGATCC  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTGTGTCTGGAACTCACCTTTGGGCTAGAGTAG-TGGCCAATAAGATCC  93

seq1  TAGGATCTACCTGTTTCTGTACCCCCACCCAATTTCCCCAGTCCTGGGAT  150
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATCTA-CTGTTTCTGTACCCCCACCCAATTTCCCCAGTCCTGGGAT  142

seq1  TACAAGTGTGTGCCACTGTGCCCAGCTTTTATGTGGGTGCTGAAGACCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTGTGTGCCACTGTGCCCAGCTTTTATGTGGGTGCTGAAGACCTG  192

seq1  AATTCAGGTCCCCATGATGACACAAACAGGTAGCTATGGGACCACCTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGGTCCCCATGATGACACAAACAGGTAGCTATGGGACCACCTCCC  242

seq1  CACTCCTGATGCTGTGTTCTTTAAAACATTTATTATTTTGTAGACATCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTGATGCTGTGTTCTTTAAAACATTTATTATTTTGTAGACATCTA  292

seq1  AAAAATATCCTCTGGAGCCTGGATTGATGGCTTAGTGGTTAAGAGTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATCCTCTGGAGCCTGGATTGATGGCTTAGTGGTTAAGAGTGAGC  342

seq1  ACTGCTCTTAAAGAGGATCCAACTTCAAGTCCAAGACCCTAGTTTGGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCTTAAAGAGGATCCAACTTCAAGTCCAAGACCCTAGTTTGGGCA  392

seq1  GCTCCCTACCCCGTGTACTCCAGCTTCAGGGTTTCTGATGGCTTCTGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTACCCCGTGTACTCCAGCTTCAGGGTTTCTGATGGCTTCTGAGG  442

seq1  GCACCTGCACTTGGGTACATGAAGCCCCTCACAGATGCACATGCATGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGCACTTGGGTACATGAAGCCCCTCACAGATGCACATGCATGCAA  492

seq1  TCATTCTTAACCTAAAAAAGATTCATGTATCTCATGTGTTTGACTGTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTTAACCTAAAAAAGATTCATGTATCTCATGTGTTTGACTGTTTG  542

seq1  CCTCCATCTGCTTCTGTGTAGCATATGTACATAGTGCCCAGAGGCCAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATCTGCTTCTGTGTAGCATATGTACATAGTGCCCAGAGGCCAGGA  592

seq1  GATGGCATCAGAGCCCCTGAAACTGGAGTTGCAGACAGCTGTGAGCCTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCATCAGAGCCCCTGAAACTGGAGTTGCAGACAGCTGTGAGCCTCG  642

seq1  TGGCACTGGGATTGCTCCTGGGTCCTCTGGCAGAGCAACCAGTGCTCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTGGGATTGCTCCTGGGTCCTCTGGCAGAGCAACCAGTGCTCTTC  692

seq1  ACTGCCGAGCCATCTCCCATGCTCAGGACTGTAATTTCTATCTCATGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCGAGCCATCTCCCATGCTCAGGACTGTAATTTCTATCTCATGCTC  742

seq1  TGGCCAGGAGTGTGATTGCTGGTCCCCTTTGTCTGTTGTTTCTTTTCCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAGGAGTGTGATTGCTGGTCCCCTTTGTCTGTTGTTTCTTTTCCCC  792

seq1  ATCTCTCTTTGGGATGTAGTTTCTCAGGGCAAATGATGCCTACGCTGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCTTTGGGATGTAGTTTCTCAGGGCAAATGATGCCTACGCTGTAT  842

seq1  GCTGGCCTGCACTGGTCATGCTCTATTCACATTGTCCCCAGTGTGTCCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTGCACTGGTCATGCTCTATTCACATTGTCCCCAGTGTGTCCCC  892

seq1  AGTGGGAGGCCCAGGGCCCAGCTGCTTGCCTTCTGACCCGTGACCCGCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAGGCCCAGGGCCCAGCTGCTTGCCTTCTGACCCGTGACCCGCTC  942

seq1  ACCTTCTTGTATTTCCTGTTTTCTGTCTTTCTAAAGATTTTGTTTTCACG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTTGTATTTCCTGTTTTCTGTCTTTCTAAAGATTTTGTTTTCACG  992

seq1  TTTGGTTCCTGGGGGCCATTTTATCTGTAAATCCATGAATTTGCTTAATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTCCTGGGGGCCATTTTATCTGTAAATCCATGAATTTGCTTAATG  1042

seq1  ACAACTGCATTGTCACTAGAAGTTACTGAATTC  1083
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGCATTGTCACTAGAAGTTACTGAATTC  1075

seq1: chr5_33706040_33707105
seq2: B6Ng01-122I05.g_68_1130

seq1  GAATTCCTAAAAGAAATGCCAGAATTGACACATAAGTCTGGCCTGCTCGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAAAGAAATGCCAGAATTGACACATAAGTCTGGCCTGCTCGG  50

seq1  TTCTGCCCGCCCACCTGCCCACCCTCTTGTGTGAGTGATCTTCCTAAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCCGCCCACCTGCCCACCCTCTTGTGTGAGTGATCTTCCTAAGCT  100

seq1  TTGTTCTCTTCAGGGAGCAGTCTACAAGCTTGCCAAAGTTACTGTAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCTTCAGGGAGCAGTCTACAAGCTTGCCAAAGTTACTGTAGGTG  150

seq1  TTTCATGTGGGCCAGGGATAAGCAAATTGAGGTGCTGAATGAGTGCTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGTGGGCCAGGGATAAGCAAATTGAGGTGCTGAATGAGTGCTGAG  200

seq1  AGAAGGGGTGAGCACTGCTTTGGTGTCGAGAGGCAGGTATACGGGAATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGGTGAGCACTGCTTTGGTGTCGAGAGGCAGGTATACGGGAATGC  250

seq1  TACCAGTTGTCCAGAAACATCTGTGATGGTGCCTAGGGACAGGCCTGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGTTGTCCAGAAACATCTGTGATGGTGCCTAGGGACAGGCCTGCCC  300

seq1  ATCACAACTGCCTGTATGATCGGAATGTGCACATGCACGTATGCTCTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAACTGCCTGTATGATCGGAATGTGCACATGCACGTATGCTCTCCT  350

seq1  CTCCCATCAGTCAGGGTAGAGAGCCACACTGTATGTACTAAGGTCTTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATCAGTCAGGGTAGAGAGCCACACTGTATGTACTAAGGTCTTACA  400

seq1  GATCAGACACTGATGGATGGGACGAGGAGCATCTCAGACTCAGTTTCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGACACTGATGGATGGGACGAGGAGCATCTCAGACTCAGTTTCACT  450

seq1  AAGTTGGGAATACCATATAACAGGGCACCAAGAGATGATCTCTAATTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGGAATACCATATAACAGGGCACCAAGAGATGATCTCTAATTTAG  500

seq1  CTTAGAACTCTAGATTTGGCAGGACACTAAAGAACAACCTGGCCGGGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAACTCTAGATTTGGCAGGACACTAAAGAACAACCTGGCCGGGCAG  550

seq1  TGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCGGA  600

seq1  TTTCTGAGTTCGAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAGTTCGAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAA  650

seq1  ACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAATCTGCTTTTCCTTTAATACCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAATCTGCTTTTCCTTTAATACCTTT  700

seq1  GTTTTTAAACATCGCACTGGTGCCCACCAACTATAGAAGGAACAGTGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAAACATCGCACTGGTGCCCACCAACTATAGAAGGAACAGTGTTA  750

seq1  CTCTGTAGCTTACAGGGCTCTAATGTGCAGGCTTGTGTGGCTTTAAAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAGCTTACAGGGCTCTAATGTGCAGGCTTGTGTGGCTTTAAAGTG  800

seq1  AACAGAGAGCCACGAGCACTTCTCCACACATCAGTGGGGCCAGACT-GGC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AACAGAGAGCCACGAGCACTTCTCCACACATCAGTGGGGCCAGACTGGGC  850

seq1  CCTGTGGAGTCTTGGGATACCCTGTCTTTT-CCTGATCATTTCAAGCTTG  898
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGAGTCTTGGGATACCCTGTCTTTTCCCTGATCATTTCAAGCTTG  900

seq1  CTACCCACCACTCAGGACAGTTCCTGCTCTGGGTTAGACTGTGCTGTGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCACCACTCAGGACAGTTCCTGCTC-GGGTTAGACTGTGCTGTGCT  949

seq1  TCCAGCCTGCTTTGCCTTCAGCCTCGGTGCAGAGGGTACAGTGCAGGGAT  998
      |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||
seq2  TCCAGCCTGCTTTGCC-TCAGCCTC-GTGCAAAGGGTACAGTGCAAGGAT  997

seq1  CAGAAGGAGTCGACATTCCCCTTCATCTTGGTATCCCCATGCAGA-GCAA  1047
         || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  -TCAAAGAGTCGACATTCCCCTTCATCTTGGTATCCCC-TGCAGAGGCAA  1045

seq1  TGTAGGTACGGTTACATTG  1066
      ||| ||||||||| |||||
seq2  TGT-GGTACGGTTCCATTG  1063