BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129E05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 130,429,891 - 130,602,589
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVkorc1l1, Gusb, Asl, Crcp, Tpst1
Upstream geneRimbp2, Stx2, Ran, LOC100040441, Gpr133, LOC100039355, Sfrs8, Mmp17, EG620248, Zfp11, 1700016K13Rik, Mrps17, Gbas, Psph, Cct6a, LOC100038887, Sumf2, Phkg1, Chchd2, 2410018M08Rik, 4930579G22Rik
Downstream geneKctd7, Rabgef1, 0610007L01Rik, EG625540, Sbds, Tyw1, A330070K13Rik, Caln1, Wbscr17
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129E05.bB6Ng01-129E05.g
ACCDH930896DH930897
length966898
definitionDH930896|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129E05, 5' end.DH930897|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129E05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,429,891 - 130,430,855)(130,601,694 - 130,602,589)
sequence
gaattcacatactgatggatctcttgtggttcgtgttgttactatatatt
gaggcagggttttgctttatatttatagctcagcatagccagcaacttgc
tgtacagcccaggatgatctcccctggccgttttaatggccctgctttgt
ttgttttagaaacttttatatatataaatattttgcttgcatgtatatat
atgtgaaccatatgcaaggccagagtaggggtcagattcccgcagagctg
gagttgctgatggtgtgaaccaatgtgtgggtgctgcgttcggaatctgc
gtcctccactagagaagccagtgctgtaaaccgctgagctgtctctccag
cttcccccatccccgccctgccccctgttttagtcttaactaagactttg
gcaccaaactttaggacagaagactggcatgagctcagctggtacatgta
gaaatggtattttttagactctaacttaaattattcaaactaagatatgt
gaggtgaaccatggaattttcaaacaagactagctcttccctggaggcct
gagcaaagcctgatttcactagatcctgtcacctaccctggggctgtaac
aggaggagcccatttgccttggctgactgctgacctgccttggccacctg
ccccaggcttgttctgcacaagcagtagccctggccctgggtgtctcctg
gagaagagtgggggtgggtggtattgaaccttcttccggctacttcagat
atggaagaaacagaacgtgagccagcccttgcttgctgacctttttaata
gttaatactgtctggttgcacagatttagtccttagaaggctgccgttct
ctcttctttgagaagcagagcagagcaaaaggtctgttattgtcttcctc
acaagataaccaagaaccaatagcgcatccattctaaagcaatgtttctg
gcgggatgctgcttgt
gaattcaaggccagcctaggctagctgacaccctgcgtcatcaaacaaac
aaataaatgaacaaacttccaaatggtcaggatgtgttggtgtatgcttt
taatctcagcaaccaagaaggagaagctctctgagtatggggtcagttct
gtctacacagcaagttacaggctggccagggatacgcagaggaccctatg
atattttcagtacccagatcagctagttcacaaccatctgtagttggagc
tctgaggatccaataccctcttccagaccctgcaggcacctgtattcaga
cgtgcaacatctccatacacacaacactagattaagtaaacctttacaac
aacaaacaagccaagctcttacatgagtctccgaatcttaactcggttgg
ttatgtgggacaacttgctcccagatgtgtattatgtttccttccacata
agaaaacatctgaagccaaagccatgtgtcacacacacataggagagagg
aagcagtcacaggagactgtgaggaccaaagtctatgatatgtgtataca
gataataggcccactattccttcaagtcttctctgagtcaagtcgggaag
acaaaaccttttaaatagcaaacacattaaccttaagaagttcactgggc
tggaccacaaggaccacacagggctggagagatgctcagtgaagagcatt
tgttccgcagaggaccaggcttttgtggctcacagccacccatgactaca
gtgtcaggaaagtacggaaactgcagcttcagtttcagcctcaccctctg
acttctttctggcaccaggcacacatgcattaaaggagatataaatgtga
gcaaagcatccacacattaaaaaaaaaaaagaagaaagaaagaaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_130429891_130430855
seq2: B6Ng01-129E05.b_44_1009

seq1  GAATTCACATACTGATGGATCTCTTGTGGTTCGTGTTGTTACTATATATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATACTGATGGATCTCTTGTGGTTCGTGTTGTTACTATATATT  50

seq1  GAGGCAGGGTTTTGCTTTATATTTATAGCTCAGCATAGCCAGCAACTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGGTTTTGCTTTATATTTATAGCTCAGCATAGCCAGCAACTTGC  100

seq1  TGTACAGCCCAGGATGATCTCCCCTGGCCGTTTTAATGGCCCTGCTTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGCCCAGGATGATCTCCCCTGGCCGTTTTAATGGCCCTGCTTTGT  150

seq1  TTGTTTTAGAAACTTTTATATATATAAATATTTTGCTTGCATGTATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTAGAAACTTTTATATATATAAATATTTTGCTTGCATGTATATAT  200

seq1  ATGTGAACCATATGCAAGGCCAGAGTAGGGGTCAGATTCCCGCAGAGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAACCATATGCAAGGCCAGAGTAGGGGTCAGATTCCCGCAGAGCTG  250

seq1  GAGTTGCTGATGGTGTGAACCAATGTGTGGGTGCTGCGTTCGGAATCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGCTGATGGTGTGAACCAATGTGTGGGTGCTGCGTTCGGAATCTGC  300

seq1  GTCCTCCACTAGAGAAGCCAGTGCTGTAAACCGCTGAGCTGTCTCTCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCACTAGAGAAGCCAGTGCTGTAAACCGCTGAGCTGTCTCTCCAG  350

seq1  CTTCCCCCATCCCCGCCCTGCCCCCTGTTTTAGTCTTAACTAAGACTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCCATCCCCGCCCTGCCCCCTGTTTTAGTCTTAACTAAGACTTTG  400

seq1  GCACCAAACTTTAGGACAGAAGACTGGCATGAGCTCAGCTGGTACATGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAAACTTTAGGACAGAAGACTGGCATGAGCTCAGCTGGTACATGTA  450

seq1  GAAATGGTATTTTTTAGACTCTAACTTAAATTATTCAAACTAAGATATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGTATTTTTTAGACTCTAACTTAAATTATTCAAACTAAGATATGT  500

seq1  GAGGTGAACCATGGAATTTTCAAACAAGACTAGCTCTTCCCTGGAGGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAACCATGGAATTTTCAAACAAGACTAGCTCTTCCCTGGAGGCCT  550

seq1  GAGCAAAGCCTGATTTCACTAGATCCTGTCACCTACCCTGGGGCTGTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAAGCCTGATTTCACTAGATCCTGTCACCTACCCTGGGGCTGTAAC  600

seq1  AGGAGGAGCCCATTTGCCTTGGCTGACTGCTGACCTGCCTTGGCCACCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAGCCCATTTGCCTTGGCTGACTGCTGACCTGCCTTGGCCACCTG  650

seq1  CCCCAGGCTTGTTCTGCACAAGCAGTAGCCCTGGCCCTGGGTGTCTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGCTTGTTCTGCACAAGCAGTAGCCCTGGCCCTGGGTGTCTCCTG  700

seq1  GAGAAGAGTGGGGGTGGGTGGTATTGAACCTTC-TCCGGCTACTTCAGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAGTGGGGGTGGGTGGTATTGAACCTTCTTCCGGCTACTTCAGAT  750

seq1  ATGGAAGAAACAGAACGTGAGCCAGCCCTTGCTTGCTGACC-TTTTAATA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGGAAGAAACAGAACGTGAGCCAGCCCTTGCTTGCTGACCTTTTTAATA  800

seq1  G-TGATACTGTCTGGTTGCACAGATTTAGTCCTTAGAAGGCTGCCG-TCT  846
      | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTTAATACTGTCTGGTTGCACAGATTTAGTCCTTAGAAGGCTGCCGTTCT  850

seq1  C-CCTCTTTGAGAGGCAGAGCAGAGCAGAAGAGCTGTTACTTGTC-TCCT  894
      | | ||||||||| ||||||||||||| |||  |||||| ||||| ||||
seq2  CTCTTCTTTGAGAAGCAGAGCAGAGCAAAAGGTCTGTTA-TTGTCTTCCT  899

seq1  CACAAGATAACCAAGAACTACATGCGCATCCATTCTCAGAAGCAGTTGTT  944
      |||||||||||||||||| |   |||||||||||||   ||||| |   |
seq2  CACAAGATAACCAAGAACCAATAGCGCATCCATTCT--AAAGCAAT--GT  945

seq1  TTCTGCTGGGATGCTGCTTGT  965
      |||||  ||||||||||||||
seq2  TTCTGGCGGGATGCTGCTTGT  966

seq1: chr5_130601694_130602589
seq2: B6Ng01-129E05.g_67_964 (reverse)

seq1  TCTTTTCTTTCTTTCTT-TTTTTTTTTTTTAATGTGTGGATGCTTTGCTC  49
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTTTCTTTCTTCTTTTTTTTTTTTAATGTGTGGATGCTTTGCTC  50

seq1  ACATTTATATCTCC-TTAATGCATGTGTGCCTGGTGCCAG-AAGAAGTCA  97
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACATTTATATCTCCTTTAATGCATGTGTGCCTGGTGCCAGAAAGAAGTCA  100

seq1  GAGGGTGAGGCTGAAACTGAAGCTGCAGTTTCCGTACTTCCCTGACACTG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGGGTGAGGCTGAAACTGAAGCTGCAGTTTCCGTACTTTCCTGACACTG  150

seq1  TAGTCATGGGTGGCTGTGAGCCACAAAAGCCTGGTCCTCTGCGGAACAAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATGGGTGGCTGTGAGCCACAAAAGCCTGGTCCTCTGCGGAACAAA  200

seq1  TGCTCTTCACCTGAGCATCTCTCCAGCCCTGTGTGGTCCTTGTGGTCCAG  247
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCA-CTGAGCATCTCTCCAGCCCTGTGTGGTCCTTGTGGTCCAG  249

seq1  CCCAGTGAACTTCTTAAGGTTAATGTGTTTGCTATTTAAAAGGTTTTGTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGAACTTCTTAAGGTTAATGTGTTTGCTATTTAAAAGGTTTTGTC  299

seq1  TTCCCGACTTGACTCAGAGAAGACTTGAAGGAATAGTGGGCCTATTATCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGACTTGACTCAGAGAAGACTTGAAGGAATAGTGGGCCTATTATCT  349

seq1  GTATACACATATCATAGACTTTGGTCCTCACAGTCTCCTGTGACTGCTTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACACATATCATAGACTTTGGTCCTCACAGTCTCCTGTGACTGCTTC  399

seq1  CTCTCTCCTATGTGTGTGTGACACATGGCTTTGGCTTCAGATGTTTTCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCTATGTGTGTGTGACACATGGCTTTGGCTTCAGATGTTTTCTT  449

seq1  ATGTGGAAGGAAACATAATACACATCTGGGAGCAAGTTGTCCCACATAAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAAGGAAACATAATACACATCTGGGAGCAAGTTGTCCCACATAAC  499

seq1  CAACCGAGTTAAGATTCGGAGACTCATGTAAGAGCTTGGCTTGTTTGTTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCGAGTTAAGATTCGGAGACTCATGTAAGAGCTTGGCTTGTTTGTTG  549

seq1  TTGTAAAGGTTTACTTAATCTAGTGTTGTGTGTATGGAGATGTTGCACGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAGGTTTACTTAATCTAGTGTTGTGTGTATGGAGATGTTGCACGT  599

seq1  CTGAATACAGGTGCCTGCAGGGTCTGGAAGAGGGTATTGGATCCTCAGAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATACAGGTGCCTGCAGGGTCTGGAAGAGGGTATTGGATCCTCAGAG  649

seq1  CTCCAACTACAGATGGTTGTGAACTAGCTGATCTGGGTACTGAAAATATC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACTACAGATGGTTGTGAACTAGCTGATCTGGGTACTGAAAATATC  699

seq1  ATAGGGTCCTCTGCGTATCCCTGGCCAGCCTGTAACTTGCTGTGTAGACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGTCCTCTGCGTATCCCTGGCCAGCCTGTAACTTGCTGTGTAGACA  749

seq1  GAACTGACCCCATACTCAGAGAGCTTCTCCTTCTTGGTTGCTGAGATTAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGACCCCATACTCAGAGAGCTTCTCCTTCTTGGTTGCTGAGATTAA  799

seq1  AAGCATACACCAACACATCCTGACCATTTGGAAGTTTGTTCATTTATTTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATACACCAACACATCCTGACCATTTGGAAGTTTGTTCATTTATTTG  849

seq1  TTTGTTTGATGACGCAGGGTGTCAGCTAGCCTAGGCTGGCCTTGAATTC  896
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGATGACGCAGGGTGTCAGCTAGCCTAGGCTGGCCTTGAATTC  898