BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-131A03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 52,622,488 - 52,741,112
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePpargc1a, Dhx15
Downstream geneSod3, Gm447, LOC100041805, Lgi2, LOC545750, D5Ertd135e, Pi4k2b, Zcchc4, Anapc4, Slc34a2, 2310045A20Rik, 1810013D10Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-131A03.bB6Ng01-131A03.g
ACCDH932176DH932177
length9381,092
definitionDH932176|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131A03, 5' end.DH932177|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131A03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,622,488 - 52,623,426)(52,740,016 - 52,741,112)
sequence
gaattctctgtcacctttgaggttccatgctaaaggtgtcacatgctgta
ctgcccgtgggacctgcagtgcattttcttaattagttattggtggggag
ggcccagcccattggaggtggggccacccctgggcaggtggttctagagt
gctataagaaagcagactgagcaggccatgaggagcaagctgtgttgttt
gtactccttaagagcttgtcttgtgtcaggagccatctaggataggctaa
agctgccaggtggggctcctgaaagatggcccaccatttttgaatggtct
tcaattgatgatctcaatggcaaggtcccaaagagacttgatctcaggat
tgtgtctttcaactgataagcctttcctgtcattattaaattaatataat
aatccctgggcgttagcccatcctattgatcaggtttcctgcagatcaac
ataaagatgaacttctatgaattaatgctgtttagatatatgatacatgt
gttctccaatatacatattcttagggtttcattactgtgaagagacacca
tgaccaaagcaactcttataaaagcaaccatttaattggggctggcttac
agtttcagaggtttagtccattattgtcatggtggaaagcatagcagtgt
gccggcagacaagagtgctggaggagctgagaggtctacatatggatcca
aaggcagccaggaggaggaggaggaaggtctcttctgtactgggtggagc
ctaagcataagacttaaaagtccacctaaacagtgatgaacttcctttca
acacctcctcctagtaagctgcacctactccgacaaggccacacctccta
atagtgccgcttcccttgggtcaaaactttcaagctattcaaacccacaa
acaagcatgagcacgcacatgtgtgggcaagcgtgtgt
gaattcattcatccttttccactggtctcataacaggaagcaattaaagt
gtttcaagtgactcaacagcccatgtgaaaaatgaaagagattaacaaat
catctctccctgcccatgagccctcgaaaccatctttggggtgcctgaga
gatgtgctgaggaaaccccaaactctcgacaaatggtaagaaagaggctc
cagtctgcaagctaacaagactaagttgtagactgttgtcaccaacggcc
tccttattttcagagctggtcccttgctgagaacagatataaaaatggtg
gacgggaacatgtgatcgtcagaacctcagataaacgaatcccagtgcat
ctcaaggagacactatgagagcctcgaaggtccttcatgccccatgaatt
ccattcactcttgggagtgaaatccccctggggacatccatctgctgact
cacaattccctgattccatccctgacctcaagctgtactacagagcaata
gtgattaaaaaaaacacaaacaaacaaacaaaaaaaaacaaaaacaaaaa
caaaaaaccacatggtattggtaaaaacataggcaggtaggtagatcaat
ggaatagaattgaagacccagaattaaacccagagttaaacacaggattc
catgttggatgcatagaggacacaacctccagtgtcagaagccacctgtc
agtcacgcagaagacagagccgagcactacctctttctttaagggatatt
gccattccctctgtgtggtccctgtgacactgtcccccaaccctgccacc
ctggtcaaagaggtgagtctttgaggcacagccagattccctcctcagtg
atacaaacagcttccaggacacttggcctagagttgtcagaaatgtgggg
ggatgcatgactaatcaaatagaagatctagagttttcgattttgtaaac
attaaaatcgctctttgtactgaagttagcatgagtttgcctttctaccc
tttgccactagcagaagcagctaccgaaaaggtttgggtcctgaaagaaa
aagcatcttattggaatgaacttgtagttggggataactcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_52622488_52623426
seq2: B6Ng01-131A03.b_45_982

seq1  GAATTCTCTGTCACCTTTGAGGTTCCATGCTAAAGGTGTCACATGCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTCACCTTTGAGGTTCCATGCTAAAGGTGTCACATGCTGTA  50

seq1  CTGCCCGTGGGACCTGCAGTGCATTTTCTTAATTAGTTATTGGTGGGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCGTGGGACCTGCAGTGCATTTTCTTAATTAGTTATTGGTGGGGAG  100

seq1  GGCCCAGCCCATTGGAGGTGGGGCCACCCCTGGGCAGGTGGTTCTAGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGCCCATTGGAGGTGGGGCCACCCCTGGGCAGGTGGTTCTAGAGT  150

seq1  GCTATAAGAAAGCAGACTGAGCAGGCCATGAGGAGCAAGCTGTGTTGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAAGAAAGCAGACTGAGCAGGCCATGAGGAGCAAGCTGTGTTGTTT  200

seq1  GTACTCCTTAAGAGCTTGTCTTGTGTCAGGAGCCATCTAGGATAGGCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCCTTAAGAGCTTGTCTTGTGTCAGGAGCCATCTAGGATAGGCTAA  250

seq1  AGCTGCCAGGTGGGGCTCCTGAAAGATGGCCCACCATTTTTGAATGGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCAGGTGGGGCTCCTGAAAGATGGCCCACCATTTTTGAATGGTCT  300

seq1  TCAATTGATGATCTCAATGGCAAGGTCCCAAAGAGACTTGATCTCAGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTGATGATCTCAATGGCAAGGTCCCAAAGAGACTTGATCTCAGGAT  350

seq1  TGTGTCTTTCAACTGATAAGCCTTTCCTGTCATTATTAAATTAATATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTTTCAACTGATAAGCCTTTCCTGTCATTATTAAATTAATATAAT  400

seq1  AATCCCTGGGCGTTAGCCCATCCTATTGATCAGGTTTCCTGCAGATCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCTGGGCGTTAGCCCATCCTATTGATCAGGTTTCCTGCAGATCAAC  450

seq1  ATAAAGATGAACTTCTATGAATTAATGCTGTTTAGATATATGATACATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGATGAACTTCTATGAATTAATGCTGTTTAGATATATGATACATGT  500

seq1  GTTCTCCAATATACATATTCTTAGGGTTTCATTACTGTGAAGAGACACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCAATATACATATTCTTAGGGTTTCATTACTGTGAAGAGACACCA  550

seq1  TGACCAAAGCAACTCTTATAAAAGCAACCATTTAATTGGGGCTGGCTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAAGCAACTCTTATAAAAGCAACCATTTAATTGGGGCTGGCTTAC  600

seq1  AGTTTCAGAGGTTTAGTCCATTATTGTCATGGTGGAAAGCATAGCAGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAGAGGTTTAGTCCATTATTGTCATGGTGGAAAGCATAGCAGTGT  650

seq1  GCCGGCAGACAAGAGTGCTGGAGGAGCTGAGAGGTCTACATATGGATCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGCAGACAAGAGTGCTGGAGGAGCTGAGAGGTCTACATATGGATCCA  700

seq1  AAGGCAGCCAGGAGGAGGAGGAGGAAGGTCTCTTCTGTACTGGGTGGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGCCAGGAGGAGGAGGAGGAAGGTCTCTTCTGTACTGGGTGGAGC  750

seq1  CTAAGCATAAGACTTAAAAGTCCACCTAAACAGTGATGAACTTCC-TTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTAAGCATAAGACTTAAAAGTCCACCTAAACAGTGATGAACTTCCTTTCA  800

seq1  ACACCTCCTCCTAGTAAGCTGCACCTACTCCGACAAGGCCACACCTCCTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTCCTCCTAGTAAGCTGCACCTACTCCGACAAGGCCACACCTCCTA  850

seq1  ATAGTGCCGCTTCCCTTGGGTCAAAACTTTCAAGCATATTCAAACCAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  ATAGTGCCGCTTCCCTTGGGTCAAAACTTTCAAGC-TATTCAAACCCACA  899

seq1  AACAAGCATGAAGCACGCACATGTGTGGGCAAGCGTGTGT  939
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCATG-AGCACGCACATGTGTGGGCAAGCGTGTGT  938

seq1: chr5_52740016_52741112
seq2: B6Ng01-131A03.g_69_1160 (reverse)

seq1  CTGAGTAATCCCCAACCTACAAGTTCATTTCCATATAGATGTCTCTTCTT  50
      |||||| |||||||| ||||||||||||| | ||| ||||| || ||  |
seq2  CTGAGTTATCCCCAA-CTACAAGTTCATTCCAATA-AGATG-CTTTTTCT  47

seq1  TTCAGGACCCAAACCTTTTCTGTTAGCTGACTCTGCTAAGTGGCAAGGGG  100
      |||||||||||||||||||| | ||||||  |||||| |||||||| |||
seq2  TTCAGGACCCAAACCTTTTC-GGTAGCTGCTTCTGCT-AGTGGCAAAGGG  95

seq1  TAGAAAGGCAAACTCATGCTAACTTCAGTACAAAGAGCGATTTTAATGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAGAAAGGCAAACTCATGCTAACTTCAGTACAAAGAGCGATTTTAAT-GT  144

seq1  TTACATAATCGAAAACTCTAGATCTTCTATTTGATTAGTCATGCAT-CCC  199
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTACAAAATCGAAAACTCTAGATCTTCTATTTGATTAGTCATGCATCCCC  194

seq1  CCACATTTCTGACAACTCTAGGCCAAGTGTCCTGGAAGCTGTTTGTATCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTTCTGACAACTCTAGGCCAAGTGTCCTGGAAGCTGTTTGTATCA  244

seq1  CTGAGGAGGGAATCTGGCTGTGCCTCAAAGACTCACCTCTTTGACCAGGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAGGGAATCTGGCTGTGCCTCAAAGACTCACCTCTTTGACCAGGG  294

seq1  TGGCAGGGTTGGGGGACAGTGTCACAGGGACCACACAGAGGGAATGGCAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGGTTGGGGGACAGTGTCACAGGGACCACACAGAGGGAATGGCAA  344

seq1  TATCCCTTAAAGAAAGAGGTAGTGCTCGGCTCTGTCTTCTGCGTGACTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCTTAAAGAAAGAGGTAGTGCTCGGCTCTGTCTTCTGCGTGACTGA  394

seq1  CAGGTGGCTTCTGACACTGGAGGTTGTGTCCTCTATGCATCCAACATGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGCTTCTGACACTGGAGGTTGTGTCCTCTATGCATCCAACATGGA  444

seq1  ATCCTGTGTTTAACTCTGGGTTTAATTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTGTTTAACTCTGGGTTTAATTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCAT  494

seq1  TGATCTACCTACCTGCCTATGTTTTTACCAATACCATGTGGTTTTTTGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTACCTACCTGCCTATGTTTTTACCAATACCATGTGGTTTTTTGTT  544

seq1  TTTGTTTTTGTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTGTTTTTTTTAATCACTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTGTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTGTTTTTTTTAATCACTA  594

seq1  TTGCTCTGTAGTACAGCTTGAGGTCAGGGATGGAATCAGGGAATTGTGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTGTAGTACAGCTTGAGGTCAGGGATGGAATCAGGGAATTGTGAG  644

seq1  TCAGCAGATGGATGTCCCCAGGGGGATTTCACTCCCAAGAGTGAATGGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGATGGATGTCCCCAGGGGGATTTCACTCCCAAGAGTGAATGGAA  694

seq1  TTCATGGGGCATGAAGGACCTTCGAGGCTCTCATAGTGTCTCCTTGAGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGGGCATGAAGGACCTTCGAGGCTCTCATAGTGTCTCCTTGAGAT  744

seq1  GCACTGGGATTCGTTTATCTGAGGTTCTGACGATCACATGTTCCCGTCCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGATTCGTTTATCTGAGGTTCTGACGATCACATGTTCCCGTCCA  794

seq1  CCATTTTTATATCTGTTCTCAGCAAGGGACCAGCTCTGAAAATAAGGAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTTATATCTGTTCTCAGCAAGGGACCAGCTCTGAAAATAAGGAGG  844

seq1  CCGTTGGTGACAACAGTCTACAACTTAGTCTTGTTAGCTTGCAGACTGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTGGTGACAACAGTCTACAACTTAGTCTTGTTAGCTTGCAGACTGGA  894

seq1  GCCTCTTTCTTACCATTTGTCGAGAGTTTGGGGTTTCCTCAGCACATCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTTCTTACCATTTGTCGAGAGTTTGGGGTTTCCTCAGCACATCTC  944

seq1  TCAGGCACCCCAAAGATGGTTTCGAGGGCTCATGGGCAGGGAGAGATGAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCACCCCAAAGATGGTTTCGAGGGCTCATGGGCAGGGAGAGATGAT  994

seq1  TTGTTAATCTCTTTCATTTTTCACATGGGCTGTTGAGTCACTTGAAACAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAATCTCTTTCATTTTTCACATGGGCTGTTGAGTCACTTGAAACAC  1044

seq1  TTTAATTGCTTCCTGTTATGAGACCAGTGGAAAAGGATGAATGAATTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTGCTTCCTGTTATGAGACCAGTGGAAAAGGATGAATGAATTC  1092