BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-137C05
Chromosome5 (Build37)7 (Build37)
Map Location 18,084,511 - 18,084,577132,254,078 - 132,255,163
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneSema3c, Cd36, Gnat3, Gnai1, LOC100041818, LOC668167
Downstream gene4921504A21Rik, Magi2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-137C05.bB6Ng01-137C05.g
ACCDH936731DH936732
length9901,092
definitionDH936731|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137C05, 5' end.DH936732|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137C05, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,084,511 - 18,084,577)(132,254,078 - 132,255,163)
sequence
gaattctcagttgaggaataccaaatggctgagaagcacctgaaaaatgt
tcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaagcaaccctgagatt
ccacccacaccagtcaaaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagcag
atgctggcgaggatgtggagaaataggaacactcctccattcctggtggg
attgcaagcttgtacaaccactctggaagtcagtctggcggttcctcaga
aaattggacatagtactactggaagatccagcactacctctcctgggcat
atacccagaagttccaactggtaataagaacacatgctccactttgttca
tagcagccttatttataatagccagaagctggaaaggacccagatgtcca
tcaacagaggaatggatagagaaaatgtggtacatttacacaatggagta
ctactcagctattaaaaaacaatgaatttatgaaattcttggacaagtgg
atgtatctggaggatatcattcttagtgaggtaacccaatcacaaaagaa
gacattagatatgcactcactgataagtggatattagcccagaaacttag
aatacccaagatacaatttgcaaaacacaagaaaatcaagaagagggaag
accaacctgtggatacttcattcctccttagaatagggaacaaaatacct
ctgaaaaggagttacagagataaagtttggagctatgttgggagccgccc
tcacatttgccattataagatggcgctgacagctgtgttctaagtggtaa
acataatctgcacacgtgcaggggcagttttcccgccatgtgttctgcct
ttctcgtgatgacaactgagccgatgggctgcagccaatcagggagtaat
acgtcctaggcggaggataattctccttaaaagggacggggtttgccatt
ctttttctggctttttctctctctggtcttgctttttctc
gaattccaggcaggctaccatgcctacctgccattcacatgggtactgga
actctcaactctggttctcaccgttggacaacaaacactttatccattga
gctttttccagtctcaaagatcagaagttatagtttgcagttatcattgc
actaaagaatttgtgtagacacactaacataagagctatgaccatagccg
ggcagtggtggcccatgcctttaatcctagcacttgggaggcagaggcag
tcgaatttctgagttcgaggccaggcctggtctacaaagtgagtttcacg
acagctcgacacagagaaaccctgtctcaaacaaacaaacaaacaaacaa
acaaacaaacaaaaaaagagctatgactacaaaacggagtctagttccca
gtttgttccccttcctggttggtactgacacagctccttggtagggagtt
ctaagcgccatcactggctgtggctggaatgtgaactaggtcattcagat
gggttagggtttatgaacaatgctgttattctggtcatgtaggcttgaga
gagctcagcataggatgaagcatctctggaagcctgagaacctgtgagga
gattcttggctagtcctagattctctctaatgtcaagactgcttcctgct
cgacttttgaaaagctggagggcagtctagggatgtagctcagtgtcaga
gcagcagaccaacatgagcaagactctcaattccattcttggaaaaatat
gtacataaatatacacatacttatacaaacatgcatatatacatatgccc
ggtatacttataacacataaaatgtacatatacacatacatgcatataca
gttataaattaatacatacatacctatgtacatatataaatataggcata
ccctatacaaacacacacacactttatacatatataactacatttacatg
cacataacacctgtttatacacttatatacttgtatgtatacatatgaat
aatacatatgcacacataattgtcagtacatacatgcaatataatgttat
aaatatgctatagatacttagtggatactattgcatacatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_18084511_18084577
seq2: B6Ng01-137C05.b_359_425 (reverse)

seq1  CTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCATGTGTC  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  CTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACAAAGTGGAGCATGTGTT  50

seq1  CTTCTTACCAGTTGGAA  67
      ||| |||||||||||||
seq2  CTTATTACCAGTTGGAA  67

seq1: chr7_132254078_132255163
seq2: B6Ng01-137C05.g_69_1160 (reverse)

seq1  ATATGTATACATT---------TAAGTATCTATAGCATATGTTATAACTA  41
      |||||||| || |         |||||||||||||||||| |||||||  
seq2  ATATGTATGCAATAGTATCCACTAAGTATCTATAGCATAT-TTATAACAT  49

seq1  TATATTTGCATGTATGTACTGTGCATTTATGTGTGCATATGTATTTATTC  91
      |||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||
seq2  TATA-TTGCATGTATGTACTG-ACAATTATGTGTGCATATGTA-TTATTC  96

seq1  ATATGTATACATACATGTATATATGTGTATAAACAGGTGTGTATGTGCAT  141
      ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATATGTATACATACAAGTATATAAGTGTATAAACAGGTGT-TATGTGCAT  145

seq1  GTAAATGTATGTATATATGTATATATGTGTGTGTGTGTTTGTATAGGGTA  191
      |||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGTAGTTATATATGTATA-AAGTGTGTGTGTGTTTGTATAGGGTA  194

seq1  TGCCTATATTTATATATGTACATAGGTATGTATGTATTAATTTATAACTG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATATTTATATATGTACATAGGTATGTATGTATTAATTTATAACTG  244

seq1  TATATGCATGTATGTGTATATGTACA-TTTATGTGTTATAAGTATACC-G  289
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  TATATGCATGTATGTGTATATGTACATTTTATGTGTTATAAGTATACCGG  294

seq1  GCATATGTATATATGCATGTTTGTATAAGTATGTGTATATTTATGTACAT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGTATATATGCATGTTTGTATAAGTATGTGTATATTTATGTACAT  344

seq1  ATTTTTCCAAGAATGGAATTGAGAGTCTTGCTCATGTTGGTCTGCTGCTC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCCAAGAATGGAATTGAGAGTCTTGCTCATGTTGGTCTGCTGCTC  394

seq1  TGACACTGAGCTACATCCCTAGACTGCCCTCCAGCTTTTC-AAAGTCGAG  438
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGACACTGAGCTACATCCCTAGACTGCCCTCCAGCTTTTCAAAAGTCGAG  444

seq1  CAGGAAGCAGTCTTGACATTAGAGAGAATCTAGGACTAGCCAAGAATCTC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGCAGTCTTGACATTAGAGAGAATCTAGGACTAGCCAAGAATCTC  494

seq1  CTCACAGGTTCTCAGGCTTCCAGAGATGCTTCATCCTATGCTGAGCTCTC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGGTTCTCAGGCTTCCAGAGATGCTTCATCCTATGCTGAGCTCTC  544

seq1  TCAAGCCTACATGACCAGAATAACAGCATTGTTCATAAACCCTAACCCAT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCTACATGACCAGAATAACAGCATTGTTCATAAACCCTAACCCAT  594

seq1  CTGAATGACCTAGTTCACATTCCAGCCACAGCCAGTGATGGCGCTTAGAA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGACCTAGTTCACATTCCAGCCACAGCCAGTGATGGCGCTTAGAA  644

seq1  CTCCCTACCAAGGAGCTGTGTCAGTACCAACCAGGAAGGGGAACAAACTG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTACCAAGGAGCTGTGTCAGTACCAACCAGGAAGGGGAACAAACTG  694

seq1  GGAACTAGACTCCGTTTTGTAGTCATAGCTCTTTTTTTGTTTGTTTGTTT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTAGACTCCGTTTTGTAGTCATAGCTCTTTTTTTGTTTGTTTGTTT  744

seq1  GTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTCGAGCTGTCG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTCGAGCTGTCG  794

seq1  TGAAACTCACTTTGTAGACCAGGCCTGGCCTCGAACTCAGAAATTCGACT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTCACTTTGTAGACCAGGCCTGGCCTCGAACTCAGAAATTCGACT  844

seq1  GCCTCTGCCTCCCAAGTGCTAGGATTAAAGGCATGGGCCACCACTGCCCG  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCCTCCCAAGTGCTAGGATTAAAGGCATGGGCCACCACTGCCCG  894

seq1  GCTATGGTCATAGCTCTTATGTTAGTGTGTCTACACAAATTCTTTAGTGC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGGTCATAGCTCTTATGTTAGTGTGTCTACACAAATTCTTTAGTGC  944

seq1  AATGATAACTGCAAACTATAACTTCTGATCTTTGAGACTGGAAAAAGCTC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAACTGCAAACTATAACTTCTGATCTTTGAGACTGGAAAAAGCTC  994

seq1  AATGGATAAAGTGTTTGTTGTCCAACGGTGAGAACCAGAGTTGAGAGTTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATAAAGTGTTTGTTGTCCAACGGTGAGAACCAGAGTTGAGAGTTC  1044

seq1  CAGTACCCATGTGAATGGCAGGTAGGCATGGTAGCCTGCCTGGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACCCATGTGAATGGCAGGTAGGCATGGTAGCCTGCCTGGAATTC  1092