BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139A24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 94,504,712 - 94,701,783
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG622744, LOC100041032
Upstream geneSept11, Ccni, LOC100040826, 2010109A12Rik, Ccng2, LOC632115, EG330129, LOC100040885, LOC666064, LOC100040909, C87414, LOC666075, LOC666077, LOC666081, EG665802, LOC100040408, LOC100040981, EG622719, LOC100041003, BC061212
Downstream geneLOC100041042, LOC624421, AA792892, LOC665521, LOC665551, LOC100041102, LOC665560, LOC100041115, LOC624507, LOC621203, LOC100041153, LOC665499, LOC624698, LOC100041179, LOC624655, LOC100041166, LOC665469, LOC622894, EG666121, LOC666125, EG666133, LOC100041296, LOC100041253, LOC100041264
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139A24.bB6Ng01-139A24.g
ACCDH938144DH938145
length1,110968
definitionDH938144|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139A24, 5' end.DH938145|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,700,657 - 94,701,783)(94,504,712 - 94,505,695)
sequence
gaattctatcctggagtctaaatttctctacttcaaactgcatgactgaa
gggaaaatcatgacatgcctattgtaagcactgcagatcggtctctgagt
ctcagacgaaccaggcagctatccaggctccaggtctctgaatattatct
atgtctccactgaagcctttataaaactctctgcctactcctccctgttg
cagccatgactccaaacacaaactggaattgaattagatctttaaacttc
accctttaaattgtattcataacatccatgacacggattgattcagagtt
cattgtgagtatatctccatattgccccgcccctcaaatatttcacttat
taattaacatcacatcacttaatttgtgatatttttccttcatttgctta
attattatgtagttttgagtttgatatgacaggtctgtgtcttgctctga
agctatgattttataaatctaagttctagcaatcctcctgcctcagcatc
ctttttcctgctagtattactgttttgaatcactgtacctaggtgaatgt
tgttcatatgattaaatcagtctgatttgcctcagaacagtgttcagtct
gttgctgataatagacataaaataattcatagatattactgtcacttgat
ttgagaaaaacaattttctaatagtcaggaatatgttctggagctcaagg
actgaattagatgcttttgcaataaacttcagtaatacctgcacaaaagt
tagaggacggggcaaggcttgattccattaaccttgtcccaggattctgg
gtgtgtattcagtttgtaaagagttatccagcatacaggaattcctctct
ccagcaccgcatgcagcaaacaatatggccatgcctagaacatcacaatt
caaaagttggaagcagaggatcaattcagcccatctcagcatattgttag
agaaggatagcctgagcattataattgggtccacttctaacagagccaac
acagtcagaacgtagtctgagagagatgctactcttagcagacagaaaca
gataatggtgcagaggatcagcagcacgcttgctcagatgaatcagggtg
tgggatcggt
gaattccaggacagcctggcctacacagaaaaaccctgactcaaaaaacc
aaaaaaaaaaaaaaaattccatttaacaagtttagtgtttcatttggaag
actttactttatagattggagacagcttctgggttccaaatgggagcttc
tctcaatactgtcatgtggtacaaatttgtgcatgccctgtgcccgctgc
ttcaagctctctaaattcatatgtgcatcagttcttctgtgttttagaag
gccttaaggtatcttcagtagaacgatggctactatgaacatagtcaagc
aagtatctttgtggcattgtgggtcctctttggctttctgtctgtgagtg
gtaaagctgggtctacaaggtagattgaatctcagttatttgagaaactg
ccagattgatcttacaagtggttgtgcaagtttgcactctcttcaacaat
agagatgtgttcctcttgttccataaccttcccacatgagctgtgaaatg
aggttgagagctctgattcaatcactgaaaaggttgcatgttacaaatac
gattaaaagggtggagtttaataatttactccaattccagtttgggattg
gtgggtgtggctacaaaagggagtggtgagcagagaggtatataaaggct
tcactggagccagagaacacattcagagaactgcagcctgaataaccgtc
ttgtttgaccagcactcagagaccagtctacagtgttcagaactaggagg
taatgatattccccttggtcatgcggtttgatgtagagacatttagactc
caagttaggacaaaacatgttaatttttcttcttagaggaatacattgaa
cacctgggattaatttcaatgaagtttagcttcatcacaaacgtatatgt
aacagtgatttcatattatggttgatttctatttgttaagctgtcctaca
atggccatgtggcatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_94700657_94701783
seq2: B6Ng01-139A24.b_43_1152 (reverse)

seq1  ACCGATCCCACA-CCTGATTTCATCTTGAGCAAGCGTGCTGGCCTGATCC  49
      |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||
seq2  ACCGATCCCACACCCTGA-TTCATC-TGAGCAAGCGTGCTG--CTGATCC  46

seq1  TTCCTGGCACATTATCTGTTTTCTGTCTGCTAAGAGTAGCATCTCTCTCA  99
      |  |||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T--CTGCACCATTATCTG-TTTCTGTCTGCTAAGAGTAGCATCTCTCTCA  93

seq1  GACCTACCGTTTTCTGACTGTGTTTGGCTCTGTTAAGAAGTGGACCCAAT  149
      || ||||    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GA-CTAC---GTTCTGACTGTG-TTGGCTCTGTT-AGAAGTGGACCCAAT  137

seq1  TATAATGCTCAGGCTATCCTTCTCTTAACAATATGGCTGAGGATGGGCTT  199
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| |
seq2  TATAATGCTCAGGCTATCCTTCTC-TAACAATAT-GCTGA-GATGGGC-T  183

seq1  GAATTGATCCTCTTGCTTCCAACTTTTGAATTGTGATGTTCTAGGCATGG  249
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGATCCTC-TGCTTCCAACTTTTGAATTGTGATGTTCTAGGCATGG  232

seq1  CCATATTGTTTGCTGCATGCGGTGCTGGAGAGAGGAATTCCTGTATGCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTGTTTGCTGCATGCGGTGCTGGAGAGAGGAATTCCTGTATGCTG  282

seq1  GATAACTCTTTACAAACTGAATACACACCCAGAATCCTGGGACAAGGTTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTCTTTACAAACTGAATACACACCCAGAATCCTGGGACAAGGTTA  332

seq1  ATGGAATCAAGCCTTGCCCCGTCCTCTAACTTTTGTGCAGGTATTACTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATCAAGCCTTGCCCCGTCCTCTAACTTTTGTGCAGGTATTACTGA  382

seq1  AGTTTATTGCAAAAGCATCTAATTCAGTCCTTGAGCTCCAGAACATATTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATTGCAAAAGCATCTAATTCAGTCCTTGAGCTCCAGAACATATTC  432

seq1  CTGACTATTAGAAAATTGTTTTTCTCAAATCAAGTGACAGTAATATCTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTATTAGAAAATTGTTTTTCTCAAATCAAGTGACAGTAATATCTAT  482

seq1  GAATTATTTTATGTCTATTATCAGCAACAGACTGAACACTGTTCTGAGGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATTTTATGTCTATTATCAGCAACAGACTGAACACTGTTCTGAGGC  532

seq1  AAATCAGACTGATTTAATCATATGAACAACATTCACCTAGGTACAGTGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGACTGATTTAATCATATGAACAACATTCACCTAGGTACAGTGAT  582

seq1  TCAAAACAGTAATACTAGCAGGAAAAAGGATGCTGAGGCAGGAGGATTGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACAGTAATACTAGCAGGAAAAAGGATGCTGAGGCAGGAGGATTGC  632

seq1  TAGAACTTAGATTTATAAAATCATAGCTTCAGAGCAAGACACAGACCTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTTAGATTTATAAAATCATAGCTTCAGAGCAAGACACAGACCTGT  682

seq1  CATATCAAACTCAAAACTACATAATAATTAAGCAAATGAAGGAAAAATAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCAAACTCAAAACTACATAATAATTAAGCAAATGAAGGAAAAATAT  732

seq1  CACAAATTAAGTGATGTGATGTTAATTAATAAGTGAAATATTTGAGGGGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATTAAGTGATGTGATGTTAATTAATAAGTGAAATATTTGAGGGGC  782

seq1  GGGGCAATATGGAGATATACTCACAATGAACTCTGAATCAATCCGTGTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAATATGGAGATATACTCACAATGAACTCTGAATCAATCCGTGTCA  832

seq1  TGGATGTTATGAATACAATTTAAAGGGTGAAGTTTAAAGATCTAATTCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTTATGAATACAATTTAAAGGGTGAAGTTTAAAGATCTAATTCAA  882

seq1  TTCCAGTTTGTGTTTGGAGTCATGGCTGTAACAGGGAGGAGTAGGCAGAG  949
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTTTGTGTTTGGAGTCATGGCTGCAACAGGGAGGAGTAGGCAGAG  932

seq1  AGTTTTATAAAGGCTTCAGTGGAGACATAGATAATATTCAGAGACCTGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTATAAAGGCTTCAGTGGAGACATAGATAATATTCAGAGACCTGGA  982

seq1  GCCTGGATAGCTGCCTGGTTCGTCTGAGACTCAGAGACCGATCTGCAGTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGATAGCTGCCTGGTTCGTCTGAGACTCAGAGACCGATCTGCAGTG  1032

seq1  CTTACAATAGGCATGTCATGATTTTCCCTTCAGTCATGCAGTTTGAAGTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAATAGGCATGTCATGATTTTCCCTTCAGTCATGCAGTTTGAAGTA  1082

seq1  GAGAAATTTAGACTCCAGGATAGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATTTAGACTCCAGGATAGAATTC  1110

seq1: chr5_94504712_94505695
seq2: B6Ng01-139A24.g_65_1032

seq1  GAATTCCAGGACAGCCTGGCCTACACAGAAAAACCCTGACTCAAAAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCTGGCCTACACAGAAAAACCCTGACTCAAAAAACC  50

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTCCATTTAACAAGTTTAGTGTTTCATTTG  100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ----AAAAAAAAAAAAAAAATTCCATTTAACAAGTTTAGTGTTTCATTTG  96

seq1  GAAGACTTTACTTTATAGATTGGAGACAGCTTCTGGGTTCCAAATGGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTTTACTTTATAGATTGGAGACAGCTTCTGGGTTCCAAATGGGAG  146

seq1  CTTCTCTCAATACTGTCAAGTGGTACAAATTTGTGCATGCCCTGTGCCCG  200
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTCAATACTGTCATGTGGTACAAATTTGTGCATGCCCTGTGCCCG  196

seq1  CTGCTTCAAGCTCTCTAAATTCATATGTGCATCAGTTCTTCTGTGTTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCAAGCTCTCTAAATTCATATGTGCATCAGTTCTTCTGTGTTTTA  246

seq1  GAAGGCCTTAAGGTATCTTCAGTAGAACGATGGCTACTATGAACATAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCCTTAAGGTATCTTCAGTAGAACGATGGCTACTATGAACATAGTC  296

seq1  AAGCAAGTATCTTTGTGGCATTGTGGGTCCTCTTTGGCTTTCTGTCTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGTATCTTTGTGGCATTGTGGGTCCTCTTTGGCTTTCTGTCTGTG  346

seq1  AGTGGTAAAGCTGGGTCTACAAGGTAGATTGAATCTCAGTTATTTGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAAAGCTGGGTCTACAAGGTAGATTGAATCTCAGTTATTTGAGAA  396

seq1  ACTGCCAGATTGATCTTACAAGTGGTTGTGCAAGTTTGCACTCTCTTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCAGATTGATCTTACAAGTGGTTGTGCAAGTTTGCACTCTCTTCAA  446

seq1  CAATAGAGATGTGTTCCTCTTGTTCCATAACCTTCCCACATGAGCTGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAGATGTGTTCCTCTTGTTCCATAACCTTCCCACATGAGCTGTGA  496

seq1  AATGAGGTTGAGAGCTCTGATTCAATCACTGAAAAGGTTGCATGTTACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGTTGAGAGCTCTGATTCAATCACTGAAAAGGTTGCATGTTACAA  546

seq1  ATACGATTAAAAGGGTGGAGTTTAATAATTTACTCCAATTCCAGTTTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGATTAAAAGGGTGGAGTTTAATAATTTACTCCAATTCCAGTTTGGG  596

seq1  ATTGGTGGGTGTGGCTACAAAAGGGAGTGGTGAGCAGAGAGGTATATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGGGTGTGGCTACAAAAGGGAGTGGTGAGCAGAGAGGTATATAAA  646

seq1  GGCTTCACTGGAGCCAGAGAACACATTCAGAGAACTGCAGCCTGAATAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCACTGGAGCCAGAGAACACATTCAGAGAACTGCAGCCTGAATAAC  696

seq1  CGTCTTGTTTGACCAGCACTCAGAGACCAGTCTACAGTGTTCAGAACTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTTGTTTGACCAGCACTCAGAGACCAGTCTACAGTGTTCAGAACTAG  746

seq1  GAGGTAATGATATTCCCCTTGGTCATGCGGTTTGATGTAGAGACATTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAATGATATTCCCCTTGGTCATGCGGTTTGATGTAGAGACATTTAG  796

seq1  ACTCCAAGTTAGGACAAAACATGTTAATTTTTTCTTCTTAGAGGAATACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAAGTTAGGACAAAACATGTTAA-TTTTTCTTCTTAGAGGAATACA  845

seq1  TTGAACACCTGGGATTTAATTTCAAATGAAGTTTTAGCTTCATCACAAAC  900
      |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTGAACACCTGGGA-TTAATTTC-AATGAAG-TTTAGCTTCATCACAAAC  892

seq1  GTATATGTTAACCAGGTGATTTCATTATTATGGTTGATTTTCTATTTTGT  950
      ||||||| ||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||||   
seq2  GTATATG-TAAC--AGTGATTTCA-TATTATGGTTGA-TTTCTATTT--G  935

seq1  TTAAGCTGTCCTACAAATGGCCATGTGGCATTGG  984
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TTAAGCTGTCCTAC-AATGGCCATGTGGCATGGG  968