BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140D18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 141,944,019 - 142,014,332
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG231836, Chst12, Grifin, Lfng, Ttyh3, Iqce, AA881470, 6530401C20Rik, Gna12, Card11, LOC623466
Downstream geneSdk1, LOC666727, Foxk1, C330006K01Rik, D930005D10Rik, Papolb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140D18.bB6Ng01-140D18.g
ACCDH939019DH939020
length1,018628
definitionDH939019|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140D18, 5' end.DH939020|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140D18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,013,311 - 142,014,332)(141,944,019 - 141,944,646)
sequence
gaattctgagcacttatatattgacaaaaatcactgagcaacataaagaa
cattaatttgtgttaaaaggaagtactttgtggagcaaagctcgaagcgc
cttcagggagccatcagcgcagcaaattgagcaggctctccatgcctcgc
tctgtgatgctgtgggacacggccgggccactgccatctgtgactgtgac
acaagttaatgattgcattgttatagattagcctatcgttagaaaacaag
aagtctccacagacaagacagaattagacatgttctggggagagcgacgg
attccatgggaaaccttgtcatctgccaagaggtggagagtggctgggaa
aaactgaaccatctattatgtgatacctagaagtcaggaggctgccccct
gaggagccaagcagccagggatggtggtgggaaacagaggtctctcatgc
cattctgtcaatgaggggactgctgctcctgacaggactgtaaggaagag
agggtcaaaaaagaatggtaccaaggagagagtggggtgggcatgggagg
gaaatggagtgagacagagactcctggaagcatgggtgagcttgtgctac
ctctcaggtagcatcaggtagacacagcaatcctaaccactcgtcaccag
gaatagcctctagcaagtctaaggtcaaagtcttcttccaaagctaactg
attttactggatggtgatggagagaagctttcccttcagtgaatgcaaag
caaaaaccaattcagaactgagggtaccactcagttcatgacggcagagg
atgaactgctggtgccacctccctaatctgaccagaaaggatgccagata
aggaaccatggacacatggtgtggcctagcccccagacatagcaaaccat
gcaatgcaactatgaaaacttctacccagccctacactcatctgcatggg
caaaggtaacttacagcctcatcagggctgagtggtcagaggcaatttat
ggagtcatgagtcattga
gaattcttctgtgaacttatctctaacaagctctcttgagacaagacttt
ctgtcctcatagaatgtgtgtttagtgggggttcaagagctatagagtag
ataatatgcacggcaagtgacctaacgttatgatgaatggagcccaacat
acaagggtgaaaagacacagtagaggaaggtggcttgcaacttagccatc
ttcatggaaacagggacctttgatttgagactagtgagactagtgagact
agtgaaaacaacactgcagttgtccaagaaaaggcatctgaggaccacac
agacccaaggagagcatttaacacatgctgtgcaaacccactagtcagct
tgtcaggagcagagagagagccgcagagacacaggaactttgtcaggatc
tgggcttcatggcaagattttaaaaaatttaaaaagccatcagaataaga
catgtaaaggtgaccagtgtggcgttgttgaagagtatggggagatggtg
agagcaaggggtctgggttggactgaaaatagggagcagtcactgccaga
agcaagaggtcagatggcctggtttagagatccagacccaggtctctgat
gcctgaccaggtgggggtgggtggggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_142013311_142014332
seq2: B6Ng01-140D18.b_42_1059 (reverse)

seq1  TCAATGACTTCATGACT-CATAAATTGCCTCTGGACCACTCAGCCCTGAT  49
      |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCAATGAC-TCATGACTCCATAAATTGCCTCT-GACCACTCAGCCCTGAT  48

seq1  GAGGCTGTAAGTTACCTTTTGCCCATGCAGATGAGTGTATGTGCTGGGTA  99
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||
seq2  GAGGCTGTAAGTTACC-TTTGCCCATGCAGATGAGTGTA-GGGCTGGGTA  96

seq1  GAAGTTTTCATAGTTGCATTGCATGGTTTGCTATGTCTGGGGGCTAGGCC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTTCATAGTTGCATTGCATGGTTTGCTATGTCTGGGGGCTAGGCC  146

seq1  ACCACCATGTGTCCATGGTTCCTTATCTGGCATCCTTTCTGGTCAGATTA  199
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CACCATGTGTCCATGGTTCCTTATCTGGCATCCTTTCTGGTCAGATTA  195

seq1  GGGAGGTGGCACCAGCAGTTCATCCTCTGCCGTCATGAACTGAGTGGTAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTGGCACCAGCAGTTCATCCTCTGCCGTCATGAACTGAGTGGTAC  245

seq1  CCTCAGTTCTGAATTGGTTTTTGCTTTGCATTCACTGAAGGGAAAGCTTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTTCTGAATTGGTTTTTGCTTTGCATTCACTGAAGGGAAAGCTTC  295

seq1  TCTCCATCACCATCCAGTAAAATCAGTTAGCTTTGGAAGAAGACTTTGAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCACCATCCAGTAAAATCAGTTAGCTTTGGAAGAAGACTTTGAC  345

seq1  CTTAGACTTGCTAGAGGCTATTCCTGGTGACGAGTGGTTAGGATTGCTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGACTTGCTAGAGGCTATTCCTGGTGACGAGTGGTTAGGATTGCTGT  395

seq1  GTCTACCTGATGCTACCTGAGAGGTAGCACAAGCTCACCCATGCTTCCAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACCTGATGCTACCTGAGAGGTAGCACAAGCTCACCCATGCTTCCAG  445

seq1  GAGTCTCTGTCTCACTCCATTTCCCTCCCATGCCCACCCCACTCTCTCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCTGTCTCACTCCATTTCCCTCCCATGCCCACCCCACTCTCTCCT  495

seq1  TGGTACCATTCTTTTTTGACCCTCTCTTCCTTACAGTCCTGTCAGGAGCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACCATTCTTTTTTGACCCTCTCTTCCTTACAGTCCTGTCAGGAGCA  545

seq1  GCAGTCCCCTCATTGACAGAATGGCATGAGAGACCTCTGTTTCCCACCAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCCCCTCATTGACAGAATGGCATGAGAGACCTCTGTTTCCCACCAC  595

seq1  CATCCCTGGCTGCTTGGCTCCTCAGGGGGCAGCCTCCTGACTTCTAGGTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTGGCTGCTTGGCTCCTCAGGGGGCAGCCTCCTGACTTCTAGGTA  645

seq1  TCACATAATAGATGGTTCAGTTTTTCCCAGCCACTCTCCACCTCTTGGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATAATAGATGGTTCAGTTTTTCCCAGCCACTCTCCACCTCTTGGCA  695

seq1  GATGACAAGGTTTCCCATGGAATCCGTCGCTCTCCCCAGAACATGTCTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACAAGGTTTCCCATGGAATCCGTCGCTCTCCCCAGAACATGTCTAA  745

seq1  TTCTGTCTTGTCTGTGGAGACTTCTTGTTTTCTAACGATAGGCTAATCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCTTGTCTGTGGAGACTTCTTGTTTTCTAACGATAGGCTAATCTA  795

seq1  TAACAATGCAATCATTAACTTGTGTCACAGTCACAGATGGCAGTGGCCCG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATGCAATCATTAACTTGTGTCACAGTCACAGATGGCAGTGGCCCG  845

seq1  GCCGTGTCCCACAGCATCACAGAGCGAGGCATGGAGAGCCTGCTCAATTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGTCCCACAGCATCACAGAGCGAGGCATGGAGAGCCTGCTCAATTT  895

seq1  GCTGCGCTGATGGCTCCCTGAAGGCGCTTCGAGCTTTGCTCCACAAAGTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCGCTGATGGCTCCCTGAAGGCGCTTCGAGCTTTGCTCCACAAAGTA  945

seq1  CTTCCTTTTAACACAAATTAATGTTCTTTATGTTGCTCAGTGATTTTTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTTAACACAAATTAATGTTCTTTATGTTGCTCAGTGATTTTTGT  995

seq1  CAATATATAAGTGCTCAGAATTC  1022
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATATAAGTGCTCAGAATTC  1018

seq1: chr5_141944019_141944646
seq2: B6Ng01-140D18.g_67_694

seq1  GAATTCTTCTGTGAACTTATCTCTAACAAGCTCTCTTGAGACAAGACTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGTGAACTTATCTCTAACAAGCTCTCTTGAGACAAGACTTT  50

seq1  CTGTCCTCATAGAATGTGTGTTTAGTGGGGGTTCAAGAGCTATAGAGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTCATAGAATGTGTGTTTAGTGGGGGTTCAAGAGCTATAGAGTAG  100

seq1  ATAATATGCACGGCAAGTGACCTAACGTTATGATGAATGGAGCCCAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATGCACGGCAAGTGACCTAACGTTATGATGAATGGAGCCCAACAT  150

seq1  ACAAGGGTGAAAAGACACAGTAGAGGAAGGTGGCTTGCAACTTAGCCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGTGAAAAGACACAGTAGAGGAAGGTGGCTTGCAACTTAGCCATC  200

seq1  TTCATGGAAACAGGGACCTTTGATTTGAGACTAGTGAGACTAGTGAGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGAAACAGGGACCTTTGATTTGAGACTAGTGAGACTAGTGAGACT  250

seq1  AGTGAAAACAACACTGCAGTTGTCCAAGAAAAGGCATCTGAGGACCACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAACAACACTGCAGTTGTCCAAGAAAAGGCATCTGAGGACCACAC  300

seq1  AGACCCAAGGAGAGCATTTAACACATGCTGTGCAAACCCACTAGTCAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCAAGGAGAGCATTTAACACATGCTGTGCAAACCCACTAGTCAGCT  350

seq1  TGTCAGGAGCAGAGAGAGAGCCGCAGAGACACAGGAACTTTGTCAGGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGAGCAGAGAGAGAGCCGCAGAGACACAGGAACTTTGTCAGGATC  400

seq1  TGGGCTTCATGGCAAGATTTTAAAAAATTTAAAAAGCCATCAGAATAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTTCATGGCAAGATTTTAAAAAATTTAAAAAGCCATCAGAATAAGA  450

seq1  CATGTAAAGGTGACCAGTGTGGCGTTGTTGAAGAGTATGGGGAGATGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAAGGTGACCAGTGTGGCGTTGTTGAAGAGTATGGGGAGATGGTG  500

seq1  AGAGCAAGGGGTCTGGGTTGGACTGAAAATAGGGAGCAGTCACTGCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAGGGGTCTGGGTTGGACTGAAAATAGGGAGCAGTCACTGCCAGA  550

seq1  AGCAAGAGGTCAGATGGCCTGGTTTAGAGATCCAGACCCAGGTCTCTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGGTCAGATGGCCTGGTTTAGAGATCCAGACCCAGGTCTCTGAT  600

seq1  GCCTGACCAGGTGGGGGTGGGTGGGGGA  628
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACCAGGTGGGGGTGGGTGGGGGA  628