BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140L19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 77,571,837 - 77,734,054
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpink2, Rest, 2610024G14Rik
Upstream geneSrd5a2l, Tmem165, Apc-ps1, Clock, Ube2n-ps1, EG665055, Pdcl2, Pafah1b1-ps3, Nmu, LOC665065, EG639545, Exoc1, Cep135, LOC100039117, A730089K16Rik, LOC665107, LOC100039299, C530008M17Rik, A230062G08Rik, Ppat, LOC664998, Paics, Srp72, Arl9, 1700023E05Rik, Hod
Downstream genePolr2b, Igfbp7, Pea15b, LOC669227, LOC100039398
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140L19.bB6Ng01-140L19.g
ACCDH939381DH939382
length1,060836
definitionDH939381|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140L19, 5' end.DH939382|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140L19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,732,996 - 77,734,054)(77,571,837 - 77,572,674)
sequence
gaattccaggacagccagatctacacagagaaaccctgtctcaataaacc
aaaacaaaaaaaaaaaaaattcttgcctaacaagctaagatgtttgacac
tgattttctgactgtttttcaaaagaaagaggatcttcaagttctcggct
agttccagcagggtagggtagggtaagcactgtgcttttttgctttagtt
tgaagaagaggggcatttttgttgcttgagacagggtctttgaaaatact
acatagtccaggttagcctagaacttgtggcagtccccctgcctcagcct
cccagagctgggatttggagatatgggccatgtagcatttgctacttcca
tgcttcatccttaggccctgagatcacactgtccatatgtaaagctggga
gctactgcttgctacccagatccttgagcgtacatgtccatcctttgtga
gccagcaggattttggggtacatactaattttgacatttgggggatagtg
cagtcataggaaagttttatacacctctgaagttattttgccactgttta
aaactcagctgtgaaatgagtagaataaatgttaatttagagataatata
taaattttatatgtagcttagctaatgagcataatctggcttactctaaa
gtctgaacatttttcagtacataattttaaatcacaaaataaatcttgtc
attgctttacagattttaaatcttctaacagaaaaaagaaataaatactg
ttttgccgacacattctattatcccaagaacctttgtcctcaagccagga
atgggttttatttttgggtgggatagcccgaatagatttcctacaggtaa
gaaaaaatctatgctattgaaaatggacaagtattagaatgtacttttgg
aaagaaagcaacacataagacattggcataatattgatataactaagtct
tttgttgcttgttttgtatgtatgtaaaatttttatagtaaaaagagagg
aaagatactgtgttaaatttgtgaagttggtaccagagagctggcttcac
agttacaagc
gaattctcattcttgctgcagctttgtgcaggcttaaaattattgtagag
taaaaacgtaaagctgagctggagaggtggctcagcagttaaaaacattg
gctgttctgccgagggtcctggtccattcccagcacccacgtggcagctc
ccaactgtctgtaactccagttatgggtcatcccaagttctctttaccac
agcatctgaggccaccaggcatgaacagggtacacgtacatgcaggcaaa
agttcatatggataaaataaaaataagtaaatcactaagaaaaaaaattt
aagctaaaaaaaatagacttcgattcccagtggagaagaaagtagaaaca
gcaagtatcacatgggtcaggaaaactggggtcagcttggaagcctcaca
tccatgcttgctatttttagctgtgcagtgctggccgggacactcacttc
tctgagtcccacttccctgtgaatccatggtgccatctgggaggcaaacc
aggacactgctgatgttgccatgggtaatgagcggggatggcagtacaga
cagaaggggagccaatactgtccctgagcactggatccctaatggactaa
gctcagctctcagcatgtgattggtacctttaaaataaaagagtgtgtgc
acatgtgtgtgcacatatgtgtattagcgtgtgtgtatgagtgtatgtga
tgtgtgtgtgcacatgtacatgaatgtgtatatgagtgtgtgtgtacatg
tatgcaatatgtgtaaaagtgtgtgagagttgcacgtgtgtgtgcacata
tgtgtattagcgtgtatgtatgatgtatgtgattgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_77732996_77734054
seq2: B6Ng01-140L19.b_47_1106 (reverse)

seq1  GCTTGTAACTGTTGAGCCAGCTTCTCTGGTACCAACTTCACAGATTTTAA  50
      ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| | |||||
seq2  GCTTGTAACTGTGAAGCCAGC-TCTCTGGTACCAACTTCACA-AATTTAA  48

seq1  CACAGTATCTTT-CTCTCTTTTTACTAT-AAAATTTTACATACATACAAA  98
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTATCTTTCCTCTCTTTTTACTATAAAAATTTTACATACATACAAA  98

seq1  ACAAGCAACAAAAGACTTAGTTATATCAATATTATGCCAATGTCTTTATG  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACAAGCAACAAAAGACTTAGTTATATCAATATTATGCCAATGTC-TTATG  147

seq1  TGTTGCTTTCTTTCCTAAAGTACATTCTAATACTTGTCCATTTTTCAATA  198
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTTGCTTTCTTTCCAAAAGTACATTCTAATACTTGTCCA-TTTTCAATA  196

seq1  GCATAGA-TTTTTCTTACCTGTAGGAAATCTATTCGGGCTATCCCACCCA  247
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGATTTTTTCTTACCTGTAGGAAATCTATTCGGGCTATCCCACCCA  246

seq1  AAAATAAAA-CCATTCCTGGCTTGAGGACAAAGGTTCTTGGGATAATAGA  296
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAACCCATTCCTGGCTTGAGGACAAAGGTTCTTGGGATAATAGA  296

seq1  ATGTGTCGGCAAAACAGTATTTATTTC-TTTTTCTGTTAGAAGATTTAAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCGGCAAAACAGTATTTATTTCTTTTTTCTGTTAGAAGATTTAAA  346

seq1  ATCTGTAAAGCAATGACAAGATTTATTTTGTGATTTAAAATTATGTACTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAAAGCAATGACAAGATTTATTTTGTGATTTAAAATTATGTACTG  396

seq1  AAAAATGTTCAGACTTTAGAGTAAGCCAGATTATGCTCATTAGCTAAGCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTTCAGACTTTAGAGTAAGCCAGATTATGCTCATTAGCTAAGCT  446

seq1  ACATATAAAATTTATATATTATCTCTAAATTAACATTTATTCTACTCATT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAAAATTTATATATTATCTCTAAATTAACATTTATTCTACTCATT  496

seq1  TCACAGCTGAGTTTTAAACAGTGGCAAAATAACTTCAGAGGTGTATAAAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCTGAGTTTTAAACAGTGGCAAAATAACTTCAGAGGTGTATAAAA  546

seq1  CTTTCCTATGACTGCACTATCCCCCAAATGTCAAAATTAGTATGTACCCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTATGACTGCACTATCCCCCAAATGTCAAAATTAGTATGTACCCC  596

seq1  AAAATCCTGCTGGCTCACAAAGGATGGACATGTACGCTCAAGGATCTGGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCTGCTGGCTCACAAAGGATGGACATGTACGCTCAAGGATCTGGG  646

seq1  TAGCAAGCAGTAGCTCCCAGCTTTACATATGGACAGTGTGATCTCAGGGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGCAGTAGCTCCCAGCTTTACATATGGACAGTGTGATCTCAGGGC  696

seq1  CTAAGGATGAAGCATGGAAGTAGCAAATGCTACATGGCCCATATCTCCAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGATGAAGCATGGAAGTAGCAAATGCTACATGGCCCATATCTCCAA  746

seq1  ATCCCAGCTCTGGGAGGCTGAGGCAGGGGGACTGCCACAAGTTCTAGGCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCTCTGGGAGGCTGAGGCAGGGGGACTGCCACAAGTTCTAGGCT  796

seq1  AACCTGGACTATGTAGTATTTTCAAAGACCCTGTCTCAAGCAACAAAAAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGGACTATGTAGTATTTTCAAAGACCCTGTCTCAAGCAACAAAAAT  846

seq1  GCCCCTCTTCTTCAAACTAAAGCAAAAAAGCACAGTGCTTACCCTACCCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTCTTCTTCAAACTAAAGCAAAAAAGCACAGTGCTTACCCTACCCT  896

seq1  ACCCTGCTGGAACTAGCCGAGAACTTGAAGATCCTCTTTCTTTTGAAAAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGCTGGAACTAGCCGAGAACTTGAAGATCCTCTTTCTTTTGAAAAA  946

seq1  CAGTCAGAAAATCAGTGTCAAACATCTTAGCTTGTTAGGCAAGAATTTTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGAAAATCAGTGTCAAACATCTTAGCTTGTTAGGCAAGAATTTTT  996

seq1  TTTTTTTTTGTTTTGGTTTATTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGATCTGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTGTTTTGGTTTATTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGATCTGG  1046

seq1  CTGTCCTGGAATTC  1059
      ||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGGAATTC  1060

seq1: chr5_77571837_77572674
seq2: B6Ng01-140L19.g_69_904

seq1  GAATTCTCATTCTTGCTGCAGCTTTGTGCAGGCTTAAAATTATTGTAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTCTTGCTGCAGCTTTGTGCAGGCTTAAAATTATTGTAGAG  50

seq1  TAAAAACGTAAAGCTGAGCTGGAGAGGTGGCTCAGCAGTTAAAAACATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACGTAAAGCTGAGCTGGAGAGGTGGCTCAGCAGTTAAAAACATTG  100

seq1  GCTGTTCTGCCGAGGGTCCTGGTCCATTCCCAGCACCCACGTGGCAGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCTGCCGAGGGTCCTGGTCCATTCCCAGCACCCACGTGGCAGCTC  150

seq1  CCAACTGTCTGTAACTCCAGTTATGGGTCATCCCAAGTTCTCTTTACCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTGTCTGTAACTCCAGTTATGGGTCATCCCAAGTTCTCTTTACCAC  200

seq1  AGCATCTGAGGCCACCAGGCATGAACAGGGTACACGTACATGCAGGCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTGAGGCCACCAGGCATGAACAGGGTACACGTACATGCAGGCAAA  250

seq1  AGTTCATATGGATAAAATAAAAATAAGTAAATCACTAAGAAAAAAAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATATGGATAAAATAAAAATAAGTAAATCACTAAGAAAAAAAATTT  300

seq1  AAGCTAAAAAAAATAGACTTCGATTCCCAGTGGAGAAGAAAGTAGAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAAAAAAAATAGACTTCGATTCCCAGTGGAGAAGAAAGTAGAAACA  350

seq1  GCAAGTATCACATGGGTCAGGAAAACTGGGGTCAGCTTGGAAGCCTCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTATCACATGGGTCAGGAAAACTGGGGTCAGCTTGGAAGCCTCACA  400

seq1  TCCATGCTTGCTATTTTTAGCTGTGCAGTGCTGGCCGGGACACTCACTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCTTGCTATTTTTAGCTGTGCAGTGCTGGCCGGGACACTCACTTC  450

seq1  TCTGAGTCCCACTTCCCTGTGAATCCATGGTGCCATCTGGGAGGCAAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTCCCACTTCCCTGTGAATCCATGGTGCCATCTGGGAGGCAAACC  500

seq1  AGGACACTGCTGATGTTGCCATGGGTAATGAGCGGGGATGGCAGTACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACTGCTGATGTTGCCATGGGTAATGAGCGGGGATGGCAGTACAGA  550

seq1  CAGAAGGGGAGCCAATACTGTCCCTGAGCACTGGATCCCTAATGGACTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGGGAGCCAATACTGTCCCTGAGCACTGGATCCCTAATGGACTAA  600

seq1  GCTCAGCTCTCAGCATGTGATTGGTACCTTTAAAATAAAAGAGTGTGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCTCTCAGCATGTGATTGGTACCTTTAAAATAAAAGAGTGTGTGC  650

seq1  ACATGTGTGTGCACATATGTGTATTAGCGTGTGTGTATGAGTGTATGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGTGTGCACATATGTGTATTAGCGTGTGTGTATGAGTGTATGTGA  700

seq1  TGTGTGTGTGCACATGTACATGAATGTGTATATGAGTGTGTGTGTACATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGCACATGTACATGAATGTGTATATGAGTGTGTGTGTACATG  750

seq1  TATGCAATATGTGTAAAAGTGTGTGAGAGTATGCACGTGTGTGTGCACAT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TATGCAATATGTGTAAAAGTGTGTGAGAGT-TGCACGTGTGTGTGCACAT  799

seq1  ATGTGTATTAGCGTGTATGTATGAGTGTATGTGATTGT  838
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATGTGTATTAGCGTGTATGTATGA-TGTATGTGATTGT  836