BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140P01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 105,197,260 - 105,360,607
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666726, C230055K05Rik, LOC100041216
Upstream geneAff1, Klhl8, Hsd17b13, EG666629, Hsd17b11, Nudt9, Sparcl1, LOC100041136, Dspp, Dmp1, LOC100041145, Ibsp, Mepe, Spp1, Pkd2, BC005561, LOC100042165, LOC100041172, D930016D06Rik, 2310012P17Rik, LOC640963, LOC100041199
Downstream geneAbcg3, LOC626471, EG545790, 5830443L24Rik, BC057170, Gbp4, LOC675363, LOC626578, Mpa2l, EG634650, Lrrc8b, Lrrc8c, Lrrc8d, LOC100042335, D830014E11Rik, LOC100042349, Zfp326
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140P01.bB6Ng01-140P01.g
ACCDH939536DH939537
length1,0511,099
definitionDH939536|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140P01, 5' end.DH939537|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140P01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,359,561 - 105,360,607)(105,197,260 - 105,198,368)
sequence
gaattcaaatgtttgtttcccaggaagactacaaatgtatacatcaagtc
tacatctattgtaagtctacatctagtctatgtctatttattgtatatgt
gcatatttatagatagtatcagcataaacatatgggcacctttcagagcc
cagagctgcctgtgtcttatgagagaggattacaaatctatgaaatgcag
ttctcagtgactcaggagcattgggttgagggtgaaagacaattgaatgt
gtacatataaataaatgggaaaagagtctgtgattcctcccacttttttc
tcctgtgtaattgtgatgagtaatgggggaagaatatggataaataacag
tacttatgtcccctgggatatatggtggaatttcaaaaggagtacacaat
agattgtgatgttaaactgtgtcctggaggtctcttgaaattctgtgtaa
tagactggcctttgtgtggactgagatgacccaaaccacagctttcccta
aggctgttgctcctgttgcttgacagcctgtccacttcagtttctctgtt
ggcttttgctcaagggagttgttcacctcttaaatttcatatgcatctgc
aacaattacagtcttcacctaagaaattgaaactaagtcaacattgaaaa
acatttgtgagctttcattccctagtgtggtcttgagcatgagcagcaac
ttggggcggcttctgcaggggatcctcctccagcccctatcttgttccag
gaagttggcagccatccatggcttagtacccagcagcaaggagccttcca
ccaccttgaggctgtatgacttgcgcatacataaccattttttatttttt
tattttttatggtttttcaagacaggttttctctgtatagctctgactgc
cctggaactcactttgtagaccaggttggcctcaaactcagaaattccgc
ctgcctctgctttcctgagtgctgggaattaaaggcatgcacaacaatgc
ctagcttgtcatacataaaccaagcttggctttcatcttaaagcactttt
t
gaattcactgtctcctggctgaatgaagttcttgtcctcctctggtccca
ggtctaggcttcattgcttctgttcttgtacatgagtgtctacagaataa
gcaaaatgctgacaaaacgtttatctccttgaaacatctgtgtcattagg
aagccggggttttcttctacaggagtagcgatattcgatccatacttttc
ccctttgtagagggcagcattatagatatagaaatgaacaacattgttgt
gtctacacagttggattacagtgttgatctgagaacttgccaagcttatt
aagactatttccagtatgcttttgagtagatgttgcagctaacctcattt
gtattgtttttgaaattaactaaagtaccagattcaatacaattgatgga
ttggaatgatgtataacaaaattgtaatcatatcaggactactgtcaatt
aaataacaggaaatgtttaataatgtgttttaactgtgtgtttgtaaatg
gaagcaacagtaaatatcctgaattaactttgacattacctttgagtgtg
ttgtctcacactcgtatgatgtgttttaactatatgtttgtaaatggaag
caacagtaaatatcctgaattaactttgacattacctttgagtgtgttgt
cttagagatgtgctggtgaagaattcttggagacccagggtttccatctc
tcatcttgggcctccatgtctcatcatggggtttgtgagagaatcacctg
tctttagcttgtataatgattatcctcttaacaattaattatgtacaatt
gctacctcttcaaaaaaggattcattgttaaattaccatttttgatgttt
tcatattaaattctgatttgtttgaaatatcctgacagaaacagaaacaa
tcttcttttttctctttctttattttgtattttttttctttgtactctaa
atccagcaaaataacttgcactgacatgtacaatggtgggaattgtctaa
aatatttaagagtgtcattccaccagatatctggagcatttaattctctc
ccagaaactttcttggactatggagcatgaggggagggaattaaaggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_105359561_105360607
seq2: B6Ng01-140P01.b_48_1098 (reverse)

seq1  AAAAAGTGCTTTAAGGTG-AAGGCAAGCTTTGGTTATGTATGTACAAGCT  49
      ||||||||||||||| || ||| ||||||| | ||||||||| |||||||
seq2  AAAAAGTGCTTTAAGATGAAAGCCAAGCTTGGTTTATGTATG-ACAAGCT  49

seq1  GGGCATGGTGGTGCATGCCTTTAA-TCCCAGCACTCAGG-AGGCAGAGGC  97
       ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||
seq2  AGGCATTGTTGTGCATGCCTTTAATTCCCAGCACTCAGGAAAGCAGAGGC  99

seq1  AGGCGG-ATTTCTGAGTTTGAGGCCAACCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCA  146
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGGAATTTCTGAGTTTGAGGCCAACCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCA  149

seq1  GGGCAGTCAGAGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACCATAAAAAA  196
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGTCAGAGCTATACAGAGAAAACCTGTCTTGAAAAACCATAAAAAA  199

seq1  TAAAAAAATAAAAAATGGTTATGTATGCGCAAGTCATACAGCCTCAAGGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAATAAAAAATGGTTATGTATGCGCAAGTCATACAGCCTCAAGGT  249

seq1  GGTGGAAGGCTCCTTGCTGCTGGGTACTAAGCCATGGATGGCTGCCAACT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAAGGCTCCTTGCTGCTGGGTACTAAGCCATGGATGGCTGCCAACT  299

seq1  TCCTGGAACAAGATAGGGGCTGGAGGAGGATCCCCTGCAGAAGCCG-CCC  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCCTGGAACAAGATAGGGGCTGGAGGAGGATCCCCTGCAGAAGCCGCCCC  349

seq1  AAGTTGCTGCTCATGCTCAAGACCACACTAGGGAATGAAAGCTCACAAAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGCTGCTCATGCTCAAGACCACACTAGGGAATGAAAGCTCACAAAT  399

seq1  GTTTTTCAATGTTGACTTAGTTTCAATTTCTTAGGTGAAGACTGTAATTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCAATGTTGACTTAGTTTCAATTTCTTAGGTGAAGACTGTAATTG  449

seq1  TTGCAGATGCATATGAAATTTAAGAGGTGAACAACTCCCTTGAGCAAAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGATGCATATGAAATTTAAGAGGTGAACAACTCCCTTGAGCAAAAG  499

seq1  CCAACAGAGAAACTGAAGTGGACAGGCTGTCAAGCAACAGGAGCAACAGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGAGAAACTGAAGTGGACAGGCTGTCAAGCAACAGGAGCAACAGC  549

seq1  CTTAGGGAAAGCTGTGGTTTGGGTCATCTCAGTCCACACAAAGGCCAGTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGAAAGCTGTGGTTTGGGTCATCTCAGTCCACACAAAGGCCAGTC  599

seq1  TATTACACAGAATTTCAAGAGACCTCCAGGACACAGTTTAACATCACAAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACACAGAATTTCAAGAGACCTCCAGGACACAGTTTAACATCACAAT  649

seq1  CTATTGTGTACTCCTTTTGAAATTCCACCATATATCCCAGGGGACATAAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTGTACTCCTTTTGAAATTCCACCATATATCCCAGGGGACATAAG  699

seq1  TACTGTTATTTATCCATATTCTTCCCCCATTACTCATCACAATTACACAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTATTTATCCATATTCTTCCCCCATTACTCATCACAATTACACAG  749

seq1  GAGAAAAAAGTGGGAGGAATCACAGACTCTTTTCCCATTTATTTATATGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAAAGTGGGAGGAATCACAGACTCTTTTCCCATTTATTTATATGT  799

seq1  ACACATTCAATTGTCTTTCACCCTCAACCCAATGCTCCTGAGTCACTGAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTCAATTGTCTTTCACCCTCAACCCAATGCTCCTGAGTCACTGAG  849

seq1  AACTGCATTTCATAGATTTGTAATCCTCTCTCATAAGACACAGGCAGCTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCATTTCATAGATTTGTAATCCTCTCTCATAAGACACAGGCAGCTC  899

seq1  TGGGCTCTGAAAGGTGCCCATATGTTTATGCTGATACTATCTATAAATAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCTGAAAGGTGCCCATATGTTTATGCTGATACTATCTATAAATAT  949

seq1  GCACATATACAATAAATAGACATAGACTAGATGTAGACTTACAATAGATG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATATACAATAAATAGACATAGACTAGATGTAGACTTACAATAGATG  999

seq1  TAGACTTGATGTATACATTTGTAGTCTTCCTGGGAAACAAACATTTGAAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTTGATGTATACATTTGTAGTCTTCCTGGGAAACAAACATTTGAAT  1049

seq1  TC  1047
      ||
seq2  TC  1051

seq1: chr5_105197260_105198368
seq2: B6Ng01-140P01.g_67_1165

seq1  GAATTCACTGTCTCCTGGCTGAATGAAGTTCTTGTCCTCCTCTGGTCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTCTCCTGGCTGAATGAAGTTCTTGTCCTCCTCTGGTCCCA  50

seq1  GGTCTAGGCTTCATTGCTTCTGTTCTTGTACATGAGTGTCTACAGAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAGGCTTCATTGCTTCTGTTCTTGTACATGAGTGTCTACAGAATAA  100

seq1  GCAAAATGCTGACAAAACGTTTATCTCCTTGAAACATCTGTGTCATTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATGCTGACAAAACGTTTATCTCCTTGAAACATCTGTGTCATTAGG  150

seq1  AAGCCGGGGTTTTCTTCTACAGGAGTAGCGATATTCGATCCATACTTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCGGGGTTTTCTTCTACAGGAGTAGCGATATTCGATCCATACTTTTC  200

seq1  CCCTTTGTAGAGGGCAGCATTATAGATATAGAAATGAACAACATTGTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGTAGAGGGCAGCATTATAGATATAGAAATGAACAACATTGTTGT  250

seq1  GTCTACACAGTTGGATTACAGTGTTGATCTGAGAACTTGCCAAGCTTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACACAGTTGGATTACAGTGTTGATCTGAGAACTTGCCAAGCTTATT  300

seq1  AAGACTATTTCCAGTATGCTTTTGAGTAGATGTTGCAGCTAACCTCATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTATTTCCAGTATGCTTTTGAGTAGATGTTGCAGCTAACCTCATTT  350

seq1  GTATTGTTTTTGAAATTAACTAAAGTACCAGATTCAATACAATTGATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTTTTTGAAATTAACTAAAGTACCAGATTCAATACAATTGATGGA  400

seq1  TTGGAATGATGTATAACAAAATTGTAATCATATCAGGACTACTGTCAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATGATGTATAACAAAATTGTAATCATATCAGGACTACTGTCAATT  450

seq1  AAATAACAGGAAATGTTTAATAATGTGTTTTAACTGTGTGTTTGTAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACAGGAAATGTTTAATAATGTGTTTTAACTGTGTGTTTGTAAATG  500

seq1  GAAGCAACAGTAAATATCCTGAATTAACTTTGACATTACCTTTGAGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAACAGTAAATATCCTGAATTAACTTTGACATTACCTTTGAGTGTG  550

seq1  TTGTCTCACACTCGTATGATGTGTTTTAACTATATGTTTGTAAATGGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCACACTCGTATGATGTGTTTTAACTATATGTTTGTAAATGGAAG  600

seq1  CAACAGTAAATATCCTGAATTAACTTTGACATTACCTTTGAGTGTGTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTAAATATCCTGAATTAACTTTGACATTACCTTTGAGTGTGTTGT  650

seq1  CTTAGAGATGTGCTGGTGAAGAATTCTTGGAGACCCAGGGTTTCCATCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGATGTGCTGGTGAAGAATTCTTGGAGACCCAGGGTTTCCATCTC  700

seq1  TCATCTTGGGCCTCCATGTCTCATCATGGGGTTTGTGAGAGAATCACCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTGGGCCTCCATGTCTCATCATGGGGTTTGTGAGAGAATCACCTG  750

seq1  TCTTTAGCTTGTATAATGATTATCCTCTTAACAATTAATTATGTACAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGCTTGTATAATGATTATCCTCTTAACAATTAATTATGTACAATT  800

seq1  GCTACCTCTTCAAAAAAGGATTCATTGTTAAATTACCATTTTTGATGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTCTTCAAAAAAGGATTCATTGTTAAATTACCATTTTTGATGTTT  850

seq1  TCATATTTAAATTTCTGATTTGTTTGAAATATCCTGACAAGAAACAGAAA  900
      |||||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCATATT--AAATTCTGATTTGTTTGAAATATCCTGAC-AGAAACAGAAA  897

seq1  CAATCTTCTTTTTTCTCTTTCTTTATTTTGTATTTTTTTTCTTTGTACTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTCTTTTTTCTCTTTCTTTATTTTGTATTTTTTTTCTTTGTACTC  947

seq1  TAAATCCAGCAAATAAACTTGCAACTGACATGTACAATGGTGGGAATTGT  1000
      |||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCAGCAAAATAACTTGC-ACTGACATGTACAATGGTGGGAATTGT  996

seq1  CTAAAATTATTTAAAGAGTTGTCATTCCACAGTATATCT-GAGCATTTAT  1049
      |||||| ||||| ||||| |||||||||||   |||||| ||||||||| 
seq2  CTAAAA-TATTT-AAGAG-TGTCATTCCACCAGATATCTGGAGCATTTA-  1042

seq1  ATTCATACTCACAGAAACTTTCTTGGTACTAATGAGCATGGGGGGAGGGA  1099
      ||||   ||| ||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||
seq2  ATTC--TCTCCCAGAAACTTTCTTGG-ACTATGGAGCATGAGGGGAGGGA  1089

seq1  ATTAAAGGAG  1109
      ||||||||||
seq2  ATTAAAGGAG  1099