BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-141C07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 97,286,892 - 97,401,178
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666266
Upstream geneLOC433921, Cxcl13, EG666231, Cnot6l, LOC100040559, Mrpl1, Fras1, Anxa3
Downstream geneLOC670358, Bmp2k, Paqr3, LOC100040598, EG433923, EG666293, C80008, Gk2, Antxr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-141C07.bB6Ng01-141C07.g
ACCDH939677DH939678
length9931,026
definitionDH939677|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141C07, 5' end.DH939678|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141C07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,400,170 - 97,401,178)(97,286,892 - 97,287,924)
sequence
gaattcaccctcaatctgcacttcccagcttccataactgtgagaaatga
atctcagcggtctataaatcatctggttcctagcatgctgttattgcagc
ttgagataagtaccaatccacataactagtgagtgtgtaacaccactctt
actgctatggaaagagtctatcagcctggtgacaaggacagtattaatga
cccccgtcaatccagtactgattggatcactcatagagaattatactcct
ctttggttgtcctttttaaagtttatagatctgagagacattcaggaaaa
agtcaccaaaattatacagattcaaagtcatgtcatatgatgcctgacta
cagacagacaacaaacagacaaacaaacaaactgtaattatttagctgga
gaagaacagatttgaaaagaagcaatgttttacatattctaatctatgat
gtacatcatgggtagattctataaatgcctggaagaccactcttaagctg
tcttcagaacaaagatttttttggagcctaaaaaataaggagagcttttt
cccatgacactttaggagtgacatgctggagtgtccaggcggtgacctcc
acacaagctaaattaaatggctttagtcaaaaggggaaagtacgcaaagc
aagagaatttgtgtctagtagtcaacaggatggacggtaggacaaggaca
agcccatttttagcctcagaagacgatgctttcagtggctgaagtgtcca
gagcactgctaattgaaaacatccagtgtggtggcagagcttgaaatccc
agctcttgggtagaggcaggaggatcagagatcagggcctctcacataaa
cggaagtggagaggcagatggggctgcataaacttcatgtcagaaacaat
aaatcacaaccaggggaataggaatcatgttattagtgaaacttctagaa
taagatctttttttgtgacctcattcactttatctaaaatatc
gaattctggaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacgggaaggtgctggaactgaaggagaagtaactaatgagc
cacatggcagaatttagatccgaataaatgggttaattaagttatacaag
ctagttgggaaatagcctgagctaaggcctgagctatcataaataataat
tgtctctgtgccattactgggtggctggtgggtctgaggcagtctgggca
atagctgcagtatgcttgaaaaggaaatgccagacttcaacccaagccag
ccaaacaattcatccaaaccacactgtgcacacaggaaaactggttgtct
gcacctccttccagtctctctgggtgcaactctaagagggtgaaaagagc
cacagtcccaagtggctttgctagccctagggttgcactaaagcaactgg
tgtggtttgctgacactgatcacctgggtggtggtggagagagagctgaa
gaggacattgaaatccttcctcctgcaggaatgagccccagtgaggagga
gaagaaagcagagaacaaagagtgaggcagtaggtgacaatgagcctcaa
ttagcaactactttcaaagaacaatggcacactggtctaggtggtctaca
gtgtctatctcagatggccttcacagatctgccatatggaaacacctact
tcttttgtgttgtgctatgttagaaagccaagtcctcataagagaaactg
agctcacccactgcaaatcctcctgaagcaggtgttcacagagctcttca
tgggaaacgttgacttcgtgctcacactccaagcaagctcctccagcttt
tcagttcttcatacttacttcatggtgaccatgggtgaagcttcatggta
ccatgggtgaagctatgttactatgtgctaggttatgaagatgaataaag
ccacacgttttctggtttcaagaattgctgttctgtgacaaaatgtttgt
gttcaaaggggtctgttaaaaaacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_97400170_97401178
seq2: B6Ng01-141C07.b_46_1038 (reverse)

seq1  GATATTTTTAGATAAAGTGAATGAGGTCAC-AAAAAAGATCTATATTCTT  49
      |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
seq2  GATA-TTTTAGATAAAGTGAATGAGGTCACAAAAAAAGATCT-TATTC-T  47

seq1  AGAGTTTCCACTAAATAAACAGGATTCCTATTCCCCTTGGTTTGTTGATT  99
      |||  || ||||||   |||| |||||||||||||| |||||   |||||
seq2  AGAAGTTTCACTAA--TAACATGATTCCTATTCCCC-TGGTT--GTGATT  92

seq1  TATTGTTTTCTTGACATGAAGTTTTATGTAGCCCCATCTGGCCTCTCACT  149
      ||||||||   |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||   
seq2  TATTGTTT--CTGACATGAAG-TTTATGCAGCCCCATCT-GCCTCTCCAC  138

seq1  TTCCGTGTATGTGAGGAGGCCCTTGATCTCCTGATCCTCCTGCCTCTACC  199
      |||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGTTTATGTGA-GAGGCCC-TGATCT-CTGATCCTCCTGCCTCTACC  185

seq1  CAAGAGCTGGGATTTCAAGCTCTTGCCACCACACTTGGATGTTTTCAATT  249
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAAGAGCTGGGATTTCAAGCTC-TGCCACCACAC-TGGATGTTTTCAATT  233

seq1  AGCAGTGCTCTGGACACTTCAGCCACTGAAAGCATCGTCTTCTGAGGCTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGCTCTGGACACTTCAGCCACTGAAAGCATCGTCTTCTGAGGCTA  283

seq1  AAAATGGGCTTGTCCTTGTCCTACCGTCCATCCTGTTGACTACTAGACAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGGCTTGTCCTTGTCCTACCGTCCATCCTGTTGACTACTAGACAC  333

seq1  AAATTCTCTTGCTTTGCGTACTTTCCCCTTTTGACTAAAGCCATTTAATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTCTTGCTTTGCGTACTTTCCCCTTTTGACTAAAGCCATTTAATT  383

seq1  TAGCTTGTGTGGAGGTCACCGCCTGGACACTCCAGCATGTCACTCCTAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTGTGTGGAGGTCACCGCCTGGACACTCCAGCATGTCACTCCTAAA  433

seq1  GTGTCATGGGAAAAAGCTCTCCTTATTTTTTAGGCTCCAAAAAAATCTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCATGGGAAAAAGCTCTCCTTATTTTTTAGGCTCCAAAAAAATCTTT  483

seq1  GTTCTGAAGACAGCTTAAGAGTGGTCTTCCAGGCATTTATAGAATCTACC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAAGACAGCTTAAGAGTGGTCTTCCAGGCATTTATAGAATCTACC  533

seq1  CATGATGTACATCATAGATTAGAATATGTAAAACATTGCTTCTTTTCAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGTACATCATAGATTAGAATATGTAAAACATTGCTTCTTTTCAAA  583

seq1  TCTGTTCTTCTCCAGCTAAATAATTACAGTTTGTTTGTTTGTCTGTTTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCTTCTCCAGCTAAATAATTACAGTTTGTTTGTTTGTCTGTTTGT  633

seq1  TGTCTGTCTGTAGTCAGGCATCATATGACATGACTTTGAATCTGTATAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCTGTAGTCAGGCATCATATGACATGACTTTGAATCTGTATAAT  683

seq1  TTTGGTGACTTTTTCCTGAATGTCTCTCAGATCTATAAACTTTAAAAAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGACTTTTTCCTGAATGTCTCTCAGATCTATAAACTTTAAAAAGG  733

seq1  ACAACCAAAGAGGAGTATAATTCTCTATGAGTGATCCAATCAGTACTGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCAAAGAGGAGTATAATTCTCTATGAGTGATCCAATCAGTACTGGA  783

seq1  TTGACGGGGGTCATTAATACTGTCCTTGTCACCAGGCTGATAGACTCTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACGGGGGTCATTAATACTGTCCTTGTCACCAGGCTGATAGACTCTTT  833

seq1  CCATAGCAGTAAGAGTGGTGTTACACACTCACTAGTTATGTGGATTGGTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGCAGTAAGAGTGGTGTTACACACTCACTAGTTATGTGGATTGGTA  883

seq1  CTTATCTCAAGCTGCAATAACAGCATGCTAGGAACCAGATGATTTATAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTCAAGCTGCAATAACAGCATGCTAGGAACCAGATGATTTATAGA  933

seq1  CCGCTGAGATTCATTTCTCACAGTTATGGAAGCTGGGAAGTGCAGATTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTGAGATTCATTTCTCACAGTTATGGAAGCTGGGAAGTGCAGATTGA  983

seq1  GGGTGAATTC  1009
      ||||||||||
seq2  GGGTGAATTC  993

seq1: chr5_97286892_97287924
seq2: B6Ng01-141C07.g_69_1094

seq1  GAATTCTGGAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  50

seq1  CACACACACACGGGAAGGTGCTGGAACTGAAGGAGAAGTAACTAATGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACGGGAAGGTGCTGGAACTGAAGGAGAAGTAACTAATGAGC  100

seq1  CACATGGCAGAATTTAGATCCGAATAAATGGGTTAATTAAGTTATACAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGCAGAATTTAGATCCGAATAAATGGGTTAATTAAGTTATACAAG  150

seq1  CTAGTTGGGAAATAGCCTGAGCTAAGGCCTGAGCTATCATAAATAATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTGGGAAATAGCCTGAGCTAAGGCCTGAGCTATCATAAATAATAAT  200

seq1  TGTCTCTGTGCCATTACTGGGTGGCTGGTGGGTCTGAGGCAGTCTGGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTGTGCCATTACTGGGTGGCTGGTGGGTCTGAGGCAGTCTGGGCA  250

seq1  ATAGCTGCAGTATGCTTGAAAAGGAAATGCCAGACTTCAACCCAAGCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTGCAGTATGCTTGAAAAGGAAATGCCAGACTTCAACCCAAGCCAG  300

seq1  CCAAACAATTCATCCAAACCACACTGTGCACACAGGAAAACTGGTTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAATTCATCCAAACCACACTGTGCACACAGGAAAACTGGTTGTCT  350

seq1  GCACCTCCTTCCAGTCTCTCTGGGTGCAACTCTAAGAGGGTGAAAAGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTCCTTCCAGTCTCTCTGGGTGCAACTCTAAGAGGGTGAAAAGAGC  400

seq1  CACAGTCCCAAGTGGCTTTGCTAGCCCTAGGGTTGCACTAAAGCAACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCCCAAGTGGCTTTGCTAGCCCTAGGGTTGCACTAAAGCAACTGG  450

seq1  TGTGGTTTGCTGACACTGATCACCTGGGTGGTGGTGGAGAGAGAGCTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTTGCTGACACTGATCACCTGGGTGGTGGTGGAGAGAGAGCTGAA  500

seq1  GAGGACATTGAAATCCTTCCTCCTGCAGGAATGAGCCCCAGTGAGGAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACATTGAAATCCTTCCTCCTGCAGGAATGAGCCCCAGTGAGGAGGA  550

seq1  GAAGAAAGCAGAGAACAAAGAGTGAGGCAGTAGGTGACAATGAGCCTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAGCAGAGAACAAAGAGTGAGGCAGTAGGTGACAATGAGCCTCAA  600

seq1  TTAGCAACTACTTTCAAAGAACAATGGCACACTGGTCTAGGTGGTCTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAACTACTTTCAAAGAACAATGGCACACTGGTCTAGGTGGTCTACA  650

seq1  GTGTCTACCTCAGATGGCCTTCACAGATCTGCCATATGGAAACACCTACT  700
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTATCTCAGATGGCCTTCACAGATCTGCCATATGGAAACACCTACT  700

seq1  TCTTTTGTGTTGTGCTATGTTAGAAAGCCAAGTCCTCATAAGAGAAACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGTGTTGTGCTATGTTAGAAAGCCAAGTCCTCATAAGAGAAACTG  750

seq1  AGCTCACCCACTGCAAATCCTCCTGAAGCAGGTGTTCACAGAGCTCTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACCCACTGCAAATCCTCCTGAAGCAGGTGTTCACAGAGCTCTTCA  800

seq1  TGGGAAACGTTGACTTCCGTGCTCACCACTCCAAGCAAGCTCCTCCAGCC  850
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGGAAACGTTGACTT-CGTGCTCA-CACTCCAAGCAAGCTCCTCCAGCT  848

seq1  TTTCAGTTCTTCAATACTTACTTCATGGTGACCATGGGTGAAGCTTCATG  900
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTTCTTC-ATACTTACTTCATGGTGACCATGGGTGAAGCTTCATG  897

seq1  GTAACCATGGGTGAAGCTATGTTACTATGTGCTAGGGTTATGAAGATGAA  950
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GT-ACCATGGGTGAAGCTATGTTACTATGTGCTA-GGTTATGAAGATGAA  945

seq1  TAAAGCCACACGTTTTCTGGTTTCAAGAAATTGCTGTTCTGTGTACAGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||
seq2  TAAAGCCACACGTTTTCTGGTTTCAAG-AATTGCTGTTCTGTG-ACAAAA  993

seq1  TG-TTGTGTTCAAAGGGGTCTGGTTAAAAAACAA  1033
      || |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTTTGTGTTCAAAGGGGTCT-GTTAAAAAACAA  1026