BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142F05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 53,896,974 - 54,080,883
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041911, Rbpj
Upstream geneLgi2, LOC545750, D5Ertd135e, Pi4k2b, Zcchc4, Anapc4, Slc34a2, 2310045A20Rik, 1810013D10Rik, LOC100041198
Downstream geneCckar, Tbc1d19, Stim2, EG666377
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142F05.bB6Ng01-142F05.g
ACCDH940550DH940551
length1,0621,042
definitionDH940550|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142F05, 5' end.DH940551|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,896,974 - 53,898,047)(54,079,834 - 54,080,883)
sequence
gaattctattgccagaccgagctcaggcgagagcctacggaagcatctgt
gataagcataaggatagattctattggtggaggaggggcttgttctagtc
atttccgagacaaagtttagggttagggcctaaacaatgctcaggatatt
gagggatttaggaaggctcacagaatagcaagaagatcatctggttaatt
ggccactttacactctggcattccagtcatcattcatttccttccgctga
agaaagcggccccagcaattgacaatcctagtttctccactgcttattcc
aagctgtgttccctacagctagggatgaagagctctaattcctcagcctg
taggggatattcacatttaaaccatcacagcaggtatgtgccaccaaacc
tagtttctgctgcactggtaaccaaagcaagggatttgagctcactagac
aagtatttgaccaactgagctacatccccaaccctggagttacttgcaat
ttacaaagtggttgatgagtcctttctgaaaagtgtggaatagaaccaac
tatgagaaaggatctcttcaagtgcttttgaagagaacatagctcttgca
aatgtccccagagcacaggtccgaactataaaggaacaacagattgacaa
gtgaggatactgtgcaaagattacagaagaggcttttagagatagaatta
ttgcaaatagaaatattggcaggagctagagccaccgtagcttgggagcc
atggtcatggctttaagtatattgaaaatccattaaagggggctggtgag
atggctcagtgggtaagagcacccgactgctcttccaaaggtctggagtt
caaatcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaacgagatctg
acgccctcttctggtgtgtctgaagacagctacagtgtacttacatataa
taaataaataaatattaaaaaaaaaaagaaaatccattaaagatcttttt
aacaggcattgttgagattagatttatttctggaaaatgactctggtaga
gcatcgtgagag
gaattcactaaggtacaagatgtcctgtcagggaagagctgacagtaaag
cacttgggaagcgttaatagccagggaggccagctctgtgacagaactct
aaagatatacctggagaagggaaggctgttcttgggtcagacagtatgac
atttagcattttgggcaggtcagtcaacagggtctgcaagagagagagtg
gggactgaggggcaagagactcgaagaatggaaacaagacaggctatctg
atcaagtatcaagtctcatttattgaaaggcaactatgagtatataagca
caagctggggagtgcagctagagacacttaaccacaggtccaggatgtgt
aggagaaaaacaagatgttatcagagtgtgtttagctgtggtgggcttct
tgcaaaaacatcatgctaggaaaacgagtctctcatcagggtgggaaagt
cccacctgtaagtaaatagcccaagatggctgcagagatgatagccgctt
tctgctaggagttggctcccaagaagatgtcacactaccaacctttgtat
aagtctgggtctgtcaacgtgagtagcacccaagcatcgtttcaagaatt
ctctgtggaagggagtggggggatcgcattcccaagcagcatacagcaga
acatagaaagagtttaataagatttcagaaactaaggctttagccaagag
tctcaagtgaggctcagagaaacttgttaccaactcccctggggtgatat
ttaggcaggtgaaccaccaactgggttttcagaatctctacaattgaact
tattatttgttaggggttgactcccctttccccaagacaatgatggcagg
atcacagacctcactattgcccctgcttgtgggccactggagaaatgact
gagacacaggctgtcaccaaccagagttgtcaagcacaggtagaaatcaa
ccttccgtctgagaacatcatggagcagtaacacgtttacatggcctggg
attacatggtgtgttatgtcacgtgaccatcctagcatatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_53896974_53898047
seq2: B6Ng01-142F05.b_46_1107

seq1  GAATTCTATTGCCAGACCGAGCTCAGGCGAGAGCCTACGGAAGCATCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTGCCAGACCGAGCTCAGGCGAGAGCCTACGGAAGCATCTGT  50

seq1  GATAAGCATAAGGATAGATTCTATTGGTGGAGGAGGGGCTTGTTCTAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGCATAAGGATAGATTCTATTGGTGGAGGAGGGGCTTGTTCTAGTC  100

seq1  ATTTCCGAGACAAAGTTTAGGGTTAGGGCCTAAACAATGCTCAGGATATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCGAGACAAAGTTTAGGGTTAGGGCCTAAACAATGCTCAGGATATT  150

seq1  GAGGGATTTAGGAAGGCTCACAGAATAGCAAGAAGATCATCTGGTTAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGATTTAGGAAGGCTCACAGAATAGCAAGAAGATCATCTGGTTAATT  200

seq1  GGCCACTTTACACTCTGGCATTCCAGTCATCATTCATTTCCTTCCGCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACTTTACACTCTGGCATTCCAGTCATCATTCATTTCCTTCCGCTGA  250

seq1  AGAAAGCGGCCCCAGCAATTGACAATCCTAGTTTCTCCACTGCTTATTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCGGCCCCAGCAATTGACAATCCTAGTTTCTCCACTGCTTATTCC  300

seq1  AAGCTGTGTTCCCTACAGCTAGGGATGAAGAGCTCTAATTCCTCAGCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTGTTCCCTACAGCTAGGGATGAAGAGCTCTAATTCCTCAGCCTG  350

seq1  TAGGGGATATTCACATTTAAACCATCACAGCAGGTATGTGCCACCAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGATATTCACATTTAAACCATCACAGCAGGTATGTGCCACCAAACC  400

seq1  TAGTTTCTGCTGCACTGGTAACCAAAGCAAGGGATTTGAGCTCACTAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCTGCTGCACTGGTAACCAAAGCAAGGGATTTGAGCTCACTAGAC  450

seq1  AAGTATTTGACCAACTGAGCTACATCCCCAACCCTGGAGTTACTTGCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTTGACCAACTGAGCTACATCCCCAACCCTGGAGTTACTTGCAAT  500

seq1  TTACAAAGTGGTTGATGAGTCCTTTCTGAAAAGTGTGGAATAGAACCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAGTGGTTGATGAGTCCTTTCTGAAAAGTGTGGAATAGAACCAAC  550

seq1  TATGAGAAAGGATCTCTTCAAGTGCTTTTGAAGAGAACATAGCTCTTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAAAGGATCTCTTCAAGTGCTTTTGAAGAGAACATAGCTCTTGCA  600

seq1  AATGTCCCCAGAGCACAGGTCCGAACTATAAAGGAACAACAGATTGACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCCCAGAGCACAGGTCCGAACTATAAAGGAACAACAGATTGACAA  650

seq1  GTGAGGATACTGTGCAAAGATTACAGAAGAGGCTTTTAGAGATAGAATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGATACTGTGCAAAGATTACAGAAGAGGCTTTTAGAGATAGAATTA  700

seq1  TTGCAAATAGAAATATTGGCAGGAGCTAGAGCCACCGTAGCTTGGGAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAATAGAAATATTGGCAGGAGCTAGAGCCACCGTAGCTTGGGAGCC  750

seq1  ATGGTCATGGCTTTAAGTATATTGAAAATCCATTAAAGGGGGCTGGTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCATGGCTTTAAGTATATTGAAAATCCATTAAAGGGGGCTGGTGAG  800

seq1  ATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTCTGGAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTCTGGAGTT  850

seq1  CAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACGAGATCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACGAGATCTG  900

seq1  ACGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAA  950

seq1  TAAATAAATAAATATTTAAAAAAAAAAAAAGAAAATCCATTAAAGGATCT  1000
      ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAAATAAATAAATATT---AAAAAAAAAAAGAAAATCCATTAAA-GATCT  996

seq1  TTTTAAACAGGGCATTGTTGAGATTAGATTTATTTCTGGAAAAATGACTC  1050
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTT-AACA-GGCATTGTTGAGATTAGATTTATTTCTGG-AAAATGACTC  1043

seq1  TGGGTAAGAAGCCATCCGTGAGAG  1074
      |||   ||    ||| ||||||||
seq2  TGGTAGAG----CAT-CGTGAGAG  1062

seq1: chr5_54079834_54080883
seq2: B6Ng01-142F05.g_67_1108 (reverse)

seq1  GCATATGCTAGGATGGTCACGTGACATTACACACCCATGTTATTCCCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||
seq2  GCATATGCTAGGATGGTCACGTGACATAACACA-CCATG-TAATCCCAGG  48

seq1  CCATGT-AACGTGTTTCCTGTTCCATGATGTTCTCAGAACAGAAAGGTTG  99
      |||||| |||||| || ||| |||||||||||||||||   | |||||||
seq2  CCATGTAAACGTG-TTACTGCTCCATGATGTTCTCAGA--CGGAAGGTTG  95

seq1  ATTTTCTTCCCTGTGCTTGACAACTCTTGGTTGGTGACAGCCTGTGTCTC  149
      ||||   | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATTT--CTACCTGTGCTTGACAACTC-TGGTTGGTGACAGCCTGTGTCTC  142

seq1  AGTCATTTCTCCAGTGGCCCACAAGCAGGGGCATTAGTGAGGTCTGTGAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTCTCCAGTGGCCCACAAGCAGGGGCAATAGTGAGGTCTGTGAT  192

seq1  CCTGCCATCCTTGTCTTGGGGAAAGGGGAGTCAAACCCCTAACAAATAAT  249
      ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCTGCCATCATTGTCTTGGGGAAAGGGGAGTC-AACCCCTAACAAATAAT  241

seq1  AAGTTCAATTGTAGAGATTCTGAAAACCCAGTTGGTGGTTCACCTGCCTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAATTGTAGAGATTCTGAAAACCCAGTTGGTGGTTCACCTGCCTA  291

seq1  AATATCACCCCAGGGGAGTTGGTAACAAGTTTCTCTGAGCCTCACTTGAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCACCCCAGGGGAGTTGGTAACAAGTTTCTCTGAGCCTCACTTGAG  341

seq1  ACTCTTGGCTAAAGCCTTAGTTTCTGAAATCTTATTAAACTCTTTCTATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGGCTAAAGCCTTAGTTTCTGAAATCTTATTAAACTCTTTCTATG  391

seq1  TTCTGCTGTATGCTGCTTGGGAATGCGATCCCCCCACTCCCTTCCACAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGTATGCTGCTTGGGAATGCGATCCCCCCACTCCCTTCCACAGA  441

seq1  GAATTCTTGAAACGATGCTTGGGTGCTACTCACGTTGACAGACCCAGACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAAACGATGCTTGGGTGCTACTCACGTTGACAGACCCAGACT  491

seq1  TATACAAAGGTTGGTAGTGTGACATCTTCTTGGGAGCCAACTCCTAGCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAAAGGTTGGTAGTGTGACATCTTCTTGGGAGCCAACTCCTAGCAG  541

seq1  AAAGCGGCTATCATCTCTGCAGCCATCTTGGGCTATTTACTTACAGGTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCGGCTATCATCTCTGCAGCCATCTTGGGCTATTTACTTACAGGTGG  591

seq1  GACTTTCCCACCCTGATGAGAGACTCGTTTTCCTAGCATGATGTTTTTGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTCCCACCCTGATGAGAGACTCGTTTTCCTAGCATGATGTTTTTGC  641

seq1  AAGAAGCCCACCACAGCTAAACACACTCTGATAACATCTTGTTTTTCTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCCCACCACAGCTAAACACACTCTGATAACATCTTGTTTTTCTCC  691

seq1  TACACATCCTGGACCTGTGGTTAAGTGTCTCTAGCTGCACTCCCCAGCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATCCTGGACCTGTGGTTAAGTGTCTCTAGCTGCACTCCCCAGCTT  741

seq1  GTGCTTATATACTCATAGTTGCCTTTCAATAAATGAGACTTGATACTTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTATATACTCATAGTTGCCTTTCAATAAATGAGACTTGATACTTGA  791

seq1  TCAGATAGCCTGTCTTGTTTCCATTCTTCGAGTCTCTTGCCCCTCAGTCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAGCCTGTCTTGTTTCCATTCTTCGAGTCTCTTGCCCCTCAGTCC  841

seq1  CCACTCTCTCTCTTGCAGACCCTGTTGACTGACCTGCCCAAAATGCTAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTCTCTCTTGCAGACCCTGTTGACTGACCTGCCCAAAATGCTAAA  891

seq1  TGTCATACTGTCTGACCCAAGAACAGCCTTCCCTTCTCCAGGTATATCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATACTGTCTGACCCAAGAACAGCCTTCCCTTCTCCAGGTATATCTT  941

seq1  TAGAGTTCTGTCACAGAGCTGGCCTCCCTGGCTATTAACGCTTCCCAAGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTCTGTCACAGAGCTGGCCTCCCTGGCTATTAACGCTTCCCAAGT  991

seq1  GCTTTACTGTCAGCTCTTCCCTGACAGGACATCTTGTACCTTAGTGAATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTACTGTCAGCTCTTCCCTGACAGGACATCTTGTACCTTAGTGAATT  1041

seq1  C  1050
      |
seq2  C  1042