BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-144J21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 107,203,353 - 107,378,601
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666922, Hfm1
Upstream geneLrrc8d, LOC100042335, D830014E11Rik, LOC100042349, Zfp326, LOC626723, LOC546882, LOC671295, 4930458A03Rik, Barhl2, EG666892, LOC100042389, Zfp644, LOC100042400
Downstream geneCdc7, Tgfbr3, LOC666518, Brdt, LOC666535, Abhd7, 4921521K07Rik, LOC72342, 1700028K03Rik, Glmn, AW060207, Gfi1, LOC100042473, Evi5, 1700013N18Rik, Rpl5, 2900024C23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-144J21.bB6Ng01-144J21.g
ACCDH942250DH942251
length1,121952
definitionDH942250|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144J21, 5' end.DH942251|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,377,484 - 107,378,601)(107,203,353 - 107,204,304)
sequence
gaattcttcaaaaaatgttgggaggagataaaggaagggctgtagtgaaa
gaagcagaatagtatacatagagcaacactcactgtgaccaagggacact
cactctcctaggctgagtgacactcactgtggctgttaccattgctgaac
tgtaaataggtcagtaagtgtggggtatgttggaagaagtaccaggagct
tgtacagaggattcacaggcctcaaacaaaaacgtttacagaggttatcc
agataaggctagcagccaaagtagtgtgaattaattacagaaaagcacag
actgtgacaaatcagagaaaaaccctgcagtccaaacaggcaactgcccg
tcattccagcccattgtgttgctgaggactcaggctcccaaaccaccaga
ttctttttgttgttttccaagagaagtctaaaactgcagattttcatgga
aaagtttccctaattattaaagaatcatgggaccagacagaacgtatctg
cttgcatatttgagtcaaatcattaggacccttttcttctcttctcttct
ctattctattttatttggacaccaagcctcttgaaaacacccagcaggcc
atcactggacatctggacatttgaatgtagagttgacatcttagacttat
gttctgcaaagattacagtgtgcttgtagaggataggtgggagagagatt
agaaaacggttacttgttacaagcttgtggtaggaaaccaaacatagcag
tgagggaagagattgtggcactgtttcatatcgcgcccgctcttgaccag
caagaacaacgcgaccaccagtccttctaacagcagtttattcagtcctg
attcttcttgtttatatctcccctgaaccctgggtctctcactcctttta
tactctctctcatcacgcaccgcagccacgccccctcgccagtcacgagg
cttcagctaatcagggcagcagggcaaatcttccaccaattggattcacc
tgtattctggtacaccttgcgcagcactcaagaatgtttgtgttctttat
atgagggaagtcaggtggcaagtcatatgacttagctgcaattccctggc
ggcttggaactgcgccacacc
gaattccggcgtatactgaaggccagcagagacatccagcctcatggacc
aactactggatccttggactttctgttggatggccattgttagactagct
ggatcactgcctgtaagtcactgtaataaatcccatatatgtgtgtgtat
gtacacttatatgcatataagtgggtatatatgtatatgggatttattac
aatatatgcatggaagcggtctggtctgtcctgactaggatatataactg
aaggattatgtttgaagattaaaacaatgtttttggctcagtgtgatagc
aaacgactttaatcccaactcctaaaagaaagaggcagatgggtcgaccg
ggtcaaagccagcctgttctaagtagcaaatcctaagccagccagggcca
catagtgagactcagtcttggaaaatccaacaacagtttaaaaaaaatgt
tatgaacaaagacctagtatactctctttcactgggtagacggtctctca
gctaatccactgaagaacagtgatttagcgtaacttactaaagactatgt
acttccattgccgggacagagtcagacatgttgttgttgttgttataatt
cagacatggcagtttggacggacacggcagagcagagtctcgggatgact
tttcatgggtaatgtcatcggctccttgacttcagacctccagcccggga
aggccagggtgtatttctaccatgctatcactctctttgtgtgtgtgtag
agtgaaactgaacaactgatagtttctgaaaagttattcctgagcactca
gtgtggctcatcgctgtgagtgctgcttagcaggaaggcagctctaactc
cccagccctgtgctgactcctttggtggtgtccagctgccttcccagcac
ctggtgacagaggtcatccttggctacctagcaggttcaggctagcttgt
gt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_107377484_107378601
seq2: B6Ng01-144J21.b_48_1167 (reverse)

seq1  GGTGTGGCGGCAGTCCCAAAGGCGCCAGGG-ACTGCAGCTAAGTCATATG  49
      |||||||| ||||| || ||| |||||||| | |||||||||||||||||
seq2  GGTGTGGC-GCAGTTCC-AAGCCGCCAGGGAATTGCAGCTAAGTCATATG  48

seq1  ACTTG-CACCTGACTT-CCTCATATAA--GACACAAACA-TCTTGAGTGC  94
      ||||| |||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||||||||
seq2  ACTTGCCACCTGACTTCCCTCATATAAAGAACACAAACATTCTTGAGTGC  98

seq1  TGCGC-AGGTGTACCAGGATACAGGTGAATCCAATTTGGTGG-AGATTTG  142
      ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  TGCGCAAGGTGTACCAGAATACAGGTGAATCCAA-TTGGTGGAAGATTTG  147

seq1  CCCCTGCTGCCCTGATTAGCTGAAGCCTCGTGACTGGCGAGGGGGCGTGG  192
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CCCTGCTGCCCTGATTAGCTGAAGCCTCGTGACTGGCGAGGGGGCGTGG  196

seq1  CCTGCGGTGCGTGGATGAGAGAGAGTATAAAAGGAGTGAGAGACCCAGGG  242
       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTGCGGTGCGT-GATGAGAGAGAGTATAAAAGGAGTGAGAGACCCAGGG  244

seq1  TTCAGGGGAGATATAAACAAGAAGAATCAGGACTGAATAAACTGCTGTTA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGGAGATATAAACAAGAAGAATCAGGACTGAATAAACTGCTGTTA  294

seq1  GAAGGACTGGTGGTCGCGTTGTTCTTGCTGGTCAAGAGCGGGCGCGATAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTGGTGGTCGCGTTGTTCTTGCTGGTCAAGAGCGGGCGCGATAT  344

seq1  GAAACAGTGCCACAATCTCTTCCCTCACTGCTATGTTTGGTTTCCTACCA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGTGCCACAATCTCTTCCCTCACTGCTATGTTTGGTTTCCTACCA  394

seq1  CAAGCTTGTAACAAGTAACCGTTTTCTAATCTCTCTCCCACCTATCCTCT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTGTAACAAGTAACCGTTTTCTAATCTCTCTCCCACCTATCCTCT  444

seq1  ACAAGCACACTGTAATCTTTGCAGAACATAAGTCTAAGATGTCAACTCTA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCACACTGTAATCTTTGCAGAACATAAGTCTAAGATGTCAACTCTA  494

seq1  CATTCAAATGTCCAGATGTCCAGTGATGGCCTGCTGGGTGTTTTCAAGAG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAAATGTCCAGATGTCCAGTGATGGCCTGCTGGGTGTTTTCAAGAG  544

seq1  GCTTGGTGTCCAAATAAAATAGAATAGAGAAGAGAAGAGAAGAAAAGGGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTGTCCAAATAAAATAGAATAGAGAAGAGAAGAGAAGAAAAGGGT  594

seq1  CCTAATGATTTGACTCAAATATGCAAGCAGATACGTTCTGTCTGGTCCCA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATGATTTGACTCAAATATGCAAGCAGATACGTTCTGTCTGGTCCCA  644

seq1  TGATTCTTTAATAATTAGGGAAACTTTTCCATGAAAATCTGCAGTTTTAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTTTAATAATTAGGGAAACTTTTCCATGAAAATCTGCAGTTTTAG  694

seq1  ACTTCTCTTGGAAAACAACAAAAAGAATCTGGTGGTTTGGGAGCCTGAGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCTTGGAAAACAACAAAAAGAATCTGGTGGTTTGGGAGCCTGAGT  744

seq1  CCTCAGCAACACAATGGGCTGGAATGACGGGCAGTTGCCTGTTTGGACTG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCAACACAATGGGCTGGAATGACGGGCAGTTGCCTGTTTGGACTG  794

seq1  CAGGGTTTTTCTCTGATTTGTCACAGTCTGTGCTTTTCTGTAATTAATTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTTTTCTCTGATTTGTCACAGTCTGTGCTTTTCTGTAATTAATTC  844

seq1  ACACTACTTTGGCTGCTAGCCTTATCTGGATAACCTCTGTAAACGTTTTT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACTTTGGCTGCTAGCCTTATCTGGATAACCTCTGTAAACGTTTTT  894

seq1  GTTTGAGGCCTGTGAATCCTCTGTACAAGCTCCTGGTACTTCTTCCAACA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGGCCTGTGAATCCTCTGTACAAGCTCCTGGTACTTCTTCCAACA  944

seq1  TACCCCACACTTACTGACCTATTTACAGTTCAGCAATGGTAACAGCCACA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCACACTTACTGACCTATTTACAGTTCAGCAATGGTAACAGCCACA  994

seq1  GTGAGTGTCACTCAGCCTAGGAGAGTGAGTGTCCCTTGGTCACAGTGAGT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGTCACTCAGCCTAGGAGAGTGAGTGTCCCTTGGTCACAGTGAGT  1044

seq1  GTTGCTCTATGTATACTATTCTGCTTCTTTCACTACAGCCCTTCCTTTAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTCTATGTATACTATTCTGCTTCTTTCACTACAGCCCTTCCTTTAT  1094

seq1  CTCCTCCCAACATTTTTTGAAGAATT  1118
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCCAACATTTTTTGAAGAATT  1120

seq1: chr5_107203353_107204304
seq2: B6Ng01-144J21.g_68_1019

seq1  GAATTCCGGCGTATACTGAAGGCCAGCAGAGACATCCAGCCTCATGGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGGCGTATACTGAAGGCCAGCAGAGACATCCAGCCTCATGGACC  50

seq1  AACTACTGGATCCTTGGACTTTCTGTTGGATGGCCATTGTTAGACTAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACTGGATCCTTGGACTTTCTGTTGGATGGCCATTGTTAGACTAGCT  100

seq1  GGATCACTGCCTGTAAGTCACTGTAATAAATCCCATATATGTGTGTGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCACTGCCTGTAAGTCACTGTAATAAATCCCATATATGTGTGTGTAT  150

seq1  GTACACTTATATGCATATAAGTGGGTATATATGTATATGGGATTTATTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACTTATATGCATATAAGTGGGTATATATGTATATGGGATTTATTAC  200

seq1  AATATATGCATTCAACCAGTCTGTTCTTTCCTGACTAAGATATATAACTA  250
      |||||||||||  || | ||||| ||| ||||||||| ||||||||||| 
seq2  AATATATGCATGGAAGCGGTCTGGTCTGTCCTGACTAGGATATATAACTG  250

seq1  AAGCATTATTTTTGAAGATTAAAACAATGTTTTTGGCTCAGTGTGATAGC  300
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTATGTTTGAAGATTAAAACAATGTTTTTGGCTCAGTGTGATAGC  300

seq1  AAACGACTTTAATCCCAACTCCTAAAAGAAAGAGGCAGATGGGTCGACCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGACTTTAATCCCAACTCCTAAAAGAAAGAGGCAGATGGGTCGACCG  350

seq1  GGTCAAAGCCAGCCTGTTCTAAGTAGCAAATCCTAAGCCAGCCAGGGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAAGCCAGCCTGTTCTAAGTAGCAAATCCTAAGCCAGCCAGGGCCA  400

seq1  CATAGTGAGACTCAGTCTTGGAAAATCCAACAACAGTTTAAAAAAAATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGAGACTCAGTCTTGGAAAATCCAACAACAGTTTAAAAAAAATGT  450

seq1  TATGAACAAAGACCTAGTATACTCTCTTTCACTGGGTAGACGGTCTCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACAAAGACCTAGTATACTCTCTTTCACTGGGTAGACGGTCTCTCA  500

seq1  GCTAATCCACTGAAGAACAGTGATTTAGCGTAACTTACTAAAGACTATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATCCACTGAAGAACAGTGATTTAGCGTAACTTACTAAAGACTATGT  550

seq1  ACTTCCATTGCCGGGACAGAGTCAGACATGTTGTTGTTGTTGTTATAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCATTGCCGGGACAGAGTCAGACATGTTGTTGTTGTTGTTATAATT  600

seq1  CAGACATGGCAGTTTGGACGGACACGGCAGAGCAGAGTCTCGGGATGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATGGCAGTTTGGACGGACACGGCAGAGCAGAGTCTCGGGATGACT  650

seq1  TTTCATGGGTAATGTCATCGGCTCCTTGACTTCAGACCTCCAGCCCGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGGGTAATGTCATCGGCTCCTTGACTTCAGACCTCCAGCCCGGGA  700

seq1  AGGCCAGGGTGTATTTCTACCATGCTATCACTCTCTTTGTGTGTGTGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGGGTGTATTTCTACCATGCTATCACTCTCTTTGTGTGTGTGTAG  750

seq1  AGTGAAACTGAACAACTGATAGTTTCTGAAAAGTTATTCCTGAGCACTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAACTGAACAACTGATAGTTTCTGAAAAGTTATTCCTGAGCACTCA  800

seq1  GTGTGGCTCATCGCTGTGAGTGCTGCTTAGCAGGAAGGCAGCTCTAACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCTCATCGCTGTGAGTGCTGCTTAGCAGGAAGGCAGCTCTAACTC  850

seq1  CCCAGCCCTGTGCTGACTCCTTTGGTGGTGTCCAGCTGCCTTCCCAGCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCCTGTGCTGACTCCTTTGGTGGTGTCCAGCTGCCTTCCCAGCAC  900

seq1  CTGGTGACAGAGGTCATCCTTGGCTACCTAGCAGGTTCAGGCTAGCTTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGACAGAGGTCATCCTTGGCTACCTAGCAGGTTCAGGCTAGCTTGT  950

seq1  GT  952
      ||
seq2  GT  952