BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146N02
Chromosome5 (Build37)
Map Location 54,175,976 - 54,298,711
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbc1d19
Upstream geneZcchc4, Anapc4, Slc34a2, 2310045A20Rik, 1810013D10Rik, LOC100041198, LOC100041911, Rbpj, Cckar
Downstream geneStim2, EG666377, LOC666380
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146N02.bB6Ng01-146N02.g
ACCDH943861DH943862
length1,1131,129
definitionDH943861|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146N02, 5' end.DH943862|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146N02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,297,602 - 54,298,711)(54,175,976 - 54,177,109)
sequence
gaattctactttacatatgttcagttttactatatatgtattcacttaaa
tgaaaaaataaagcattaattttctcctctaaagatattattccctttaa
aactttctctttagtaaactaaaggtaaaatggctacatgatgctggaca
agatgtcactctgaacagtgtcgccatcaagaggaaaatgactactgagt
tagatggccccatccattcacttataaacatttagcaagcctgtaatggg
gcaaggactgtttggctctagaagtgcaaagctaaaatgagaccattttt
ggcccttgaggagttaccatgtagcagagaacaaagacaagtaggacagt
ggtgtgacatgggctgacttagggtatgaggagcggtcttcctgatgatg
cgtcacctgaggtaggttctgaggtacaagttgtagttaggtaagaagag
aagagaaagcattctaagtgagggagttataggacaaagggccaaaggtc
aaagagcctagttagggatattaggtaggcaccgaagataggctttattc
ttgtaaggccacagttctgccttgactcaaggaatttagaagtcttacac
cattttgaacagggtgtggactgagcttctacacccaatagatctcaagc
ctcaaaggaaaatacctacagacgttagaatccttgctgttgcaaagaac
aaaggcaatcctttgacctacatacaaaagggtccagcagaaggctactg
gggtgcattccggggacccacaagaaccaagggcagcttttctgtctctc
cgttcactagataccggagctgggtcatagtctttctttcttacattcag
tttccctgaaaggttaaatcagagtctcctaaccaagtgtctttggcttt
cactgggtcatagattttgagttgatatcaaagtcattcattccatgggc
tagtaggatgggcacatgtgactgcttgaccaacccagagagcttggggt
taagagacaaactatgagtagaggctcagagcttgtgggaggattgagac
tattttgtgcttagaaaaaattgtatccaaaaggtttggaaccattcaag
gaaatacaaactc
gaattctcaccccttgcttaggagctcttggcaagtgacagctacttaga
gaaggagggtccttttcccttcagggtgtggccatgagtagtttgaaaac
agctggaagttaccctcggacttgcactttctgatgctttcatctttgcc
aaatgcttgcatctttcagaaatgggccgtgactcagctgactgttccag
aacagtcggtctccttccagtcagtactggcaatgtgaagtcatttccca
cttcctgcacctaatacctatttctgcaaagacacagagagaatctttgc
acttcctggaaagagagagatcttgagatggtgagagccgtggaccagat
gatgctcgagctagcacgatttcatgctgctcgggaaataaagcaatgtg
aacaaggaagaaaagagattgcaaatggatttctttttaagaaaatgtcc
aaagagtaagacaaggaggagcactaggtcccctaaggggattgaggact
gattagatttgttgtcagagtggatgctgaatcactggcaagtgggtggg
gtttgtctctttacccagcctccccggttgttagcaggatctctactatt
tcttagagtcttctgcagtttacagacagctttgcttgttggtgtcccct
tccctacatcctccccggctcccatgggctttcatcggatctgatctcag
gaatgcatttgcttaactcattcccagtaaacagcgtgagatccttcacg
gaagacagggtcaaatggaaaaaaacaatattattcaaacaaaggcaaaa
atttaccgacagtgttgaatgtgtgacctttccagaggcactcgtaattt
ctccagaaaatgaggtcctaagttaaacagatgaatctcaaattctgcag
tcagtcagcaggagagggtttctgagcatgggacttgaaaatgtcctttt
gtgatattcttccaaacagcttttgttgcttaggaggccactttggcttg
ctggcagggaacccttttcctctcttaggttgcatagctggcaggcatgc
acttcttaggtgctgaaatggataattaagggatatttcaaattatccaa
aattagatctcaggatgtcagcattgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_54297602_54298711
seq2: B6Ng01-146N02.b_43_1155 (reverse)

seq1  GAGTTTGTATTTCC-TGAGTTGTTCCAAACTTTTTGGAATACATTTTTTC  49
      |||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||| ||||| ||||| 
seq2  GAGTTTGTATTTCCTTGAATGGTTCCAAACCTTTTGG-ATACAATTTTTT  49

seq1  TTAAACAC-AAATAGTCTC-ATCCTTCCACAAAGGCTCTGAG-CTCTACT  96
       ||| ||| |||||||||| ||||| ||||||  |||||||| |||||||
seq2  CTAAGCACAAAATAGTCTCAATCCTCCCACAA--GCTCTGAGCCTCTACT  97

seq1  CATAGTTTGTCTCTTAACCCCAAGCTCTCTGGGTTGGTCAAGCAGTCACA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTTGTCTCTTAACCCCAAGCTCTCTGGGTTGGTCAAGCAGTCACA  147

seq1  TGTG-CCATCCTACTAG-CCATGGAATGAATGACTTTGATATCAACTCAA  194
      |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTGCCCATCCTACTAGCCCATGGAATGAATGACTTTGATATCAACTC-A  196

seq1  AAATCTATGA-CCAGTGAAAGCCAAAGACACTTGGTTAGGAGACTCTGAT  243
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTATGACCCAGTGAAAGCCAAAGACACTTGGTTAGGAGACTCTGAT  246

seq1  TTAACCTTTCAGGGAAACTGAATGTAAGAAAGAAAGACTATGACCCAGCT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTTTCAGGGAAACTGAATGTAAGAAAGAAAGACTATGACCCAGCT  296

seq1  CCGGTATCTAGTGAACGGAGAGACAGAAAAGCTGCCCTTGGTTCTTGTGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTATCTAGTGAACGGAGAGACAGAAAAGCTGCCCTTGGTTCTTGTGG  346

seq1  GTCCCCGGAATGCACCCCAGTAGCCTTCTGCTGGACCCTTTTGTATGTAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCGGAATGCACCCCAGTAGCCTTCTGCTGGACCCTTTTGTATGTAG  396

seq1  GTCAAAGGATTGCCTTTGTTCTTTGCAACAGCAAGGATTCTAACGTCTGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGGATTGCCTTTGTTCTTTGCAACAGCAAGGATTCTAACGTCTGT  446

seq1  AGGTATTTTCCTTTGAGGCTTGAGATCTATTGGGTGTAGAAGCTCAGTCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTTTCCTTTGAGGCTTGAGATCTATTGGGTGTAGAAGCTCAGTCC  496

seq1  ACACCCTGTTCAAAATGGTGTAAGACTTCTAAATTCCTTGAGTCAAGGCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCTGTTCAAAATGGTGTAAGACTTCTAAATTCCTTGAGTCAAGGCA  546

seq1  GAACTGTGGCCTTACAAGAATAAAGCCTATCTTCGGTGCCTACCTAATAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTGGCCTTACAAGAATAAAGCCTATCTTCGGTGCCTACCTAATAT  596

seq1  CCCTAACTAGGCTCTTTGACCTTTGGCCCTTTGTCCTATAACTCCCTCAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAACTAGGCTCTTTGACCTTTGGCCCTTTGTCCTATAACTCCCTCAC  646

seq1  TTAGAATGCTTTCTCTTCTCTTCTTACCTAACTACAACTTGTACCTCAGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATGCTTTCTCTTCTCTTCTTACCTAACTACAACTTGTACCTCAGA  696

seq1  ACCTACCTCAGGTGACGCATCATCAGGAAGACCGCTCCTCATACCCTAAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCTCAGGTGACGCATCATCAGGAAGACCGCTCCTCATACCCTAAG  746

seq1  TCAGCCCATGTCACACCACTGTCCTACTTGTCTTTGTTCTCTGCTACATG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCATGTCACACCACTGTCCTACTTGTCTTTGTTCTCTGCTACATG  796

seq1  GTAACTCCTCAAGGGCCAAAAATGGTCTCATTTTAGCTTTGCACTTCTAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCCTCAAGGGCCAAAAATGGTCTCATTTTAGCTTTGCACTTCTAG  846

seq1  AGCCAAACAGTCCTTGCCCCATTACAGGCTTGCTAAATGTTTATAAGTGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAACAGTCCTTGCCCCATTACAGGCTTGCTAAATGTTTATAAGTGA  896

seq1  ATGGATGGGGCCATCTAACTCAGTAGTCATTTTCCTCTTGATGGCGACAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGGGGCCATCTAACTCAGTAGTCATTTTCCTCTTGATGGCGACAC  946

seq1  TGTTCAGAGTGACATCTTGTCCAGCATCATGTAGCCATTTTACCTTTAGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAGAGTGACATCTTGTCCAGCATCATGTAGCCATTTTACCTTTAGT  996

seq1  TTACTAAAGAGAAAGTTTTAAAGGGAATAATATCTTTAGAGGAGAAAATT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAAAGAGAAAGTTTTAAAGGGAATAATATCTTTAGAGGAGAAAATT  1046

seq1  AATGCTTTATTTTTTCATTTAAGTGAATACATATATAGTAAAACTGAACA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTTATTTTTTCATTTAAGTGAATACATATATAGTAAAACTGAACA  1096

seq1  TATGTAAAGTAGAATTC  1110
      |||||||||||||||||
seq2  TATGTAAAGTAGAATTC  1113

seq1: chr5_54175976_54177109
seq2: B6Ng01-146N02.g_67_1195

seq1  GAATTCTCACCCCTTGCTTAGGAGCTCTTGGCAAGTGACAGCTACTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCCCTTGCTTAGGAGCTCTTGGCAAGTGACAGCTACTTAGA  50

seq1  GAAGGAGGGTCCTTTTCCCTTCAGGGTGTGGCCATGAGTAGTTTGAAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGGGTCCTTTTCCCTTCAGGGTGTGGCCATGAGTAGTTTGAAAAC  100

seq1  AGCTGGAAGTTACCCTCGGACTTGCACTTTCTGATGCTTTCATCTTTGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGAAGTTACCCTCGGACTTGCACTTTCTGATGCTTTCATCTTTGCC  150

seq1  AAATGCTTGCATCTTTCAGAAATGGGCCGTGACTCAGCTGACTGTTCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTGCATCTTTCAGAAATGGGCCGTGACTCAGCTGACTGTTCCAG  200

seq1  AACAGTCGGTCTCCTTCCAGTCAGTACTGGCAATGTGAAGTCATTTCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCGGTCTCCTTCCAGTCAGTACTGGCAATGTGAAGTCATTTCCCA  250

seq1  CTTCCTGCACCTAATACCTATTTCTGCAAAGACACAGAGAGAATCTTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGCACCTAATACCTATTTCTGCAAAGACACAGAGAGAATCTTTGC  300

seq1  ACTTCCTGGAAAGAGAGAGATCTTGAGATGGTGAGAGCCGTGGACCAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTGGAAAGAGAGAGATCTTGAGATGGTGAGAGCCGTGGACCAGAT  350

seq1  GATGCTCGAGCTAGCACGATTTCATGCTGCTCGGGAAATAAAGCAATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCGAGCTAGCACGATTTCATGCTGCTCGGGAAATAAAGCAATGTG  400

seq1  AACAAGGAAGAAAAGAGATTGCAAATGGATTTCTTTTTAAGAAAATGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGAAGAAAAGAGATTGCAAATGGATTTCTTTTTAAGAAAATGTCC  450

seq1  AAAGAGTAAGACAAGGAGGAGCACTAGGTCCCCTAAGGGGATTGAGGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTAAGACAAGGAGGAGCACTAGGTCCCCTAAGGGGATTGAGGACT  500

seq1  GATTAGATTTGTTGTCAGAGTGGATGCTGAATCACTGGCAAGTGGGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGATTTGTTGTCAGAGTGGATGCTGAATCACTGGCAAGTGGGTGGG  550

seq1  GTTTGTCTCTTTACCCAGCCTCCCCGGTTGTTAGCAGGATCTCTACTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCTCTTTACCCAGCCTCCCCGGTTGTTAGCAGGATCTCTACTATT  600

seq1  TCTTAGAGTCTTCTGCAGTTTACAGACAGCTTTGCTTGTTGGTGTCCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGAGTCTTCTGCAGTTTACAGACAGCTTTGCTTGTTGGTGTCCCCT  650

seq1  TCCCTACATCCTCCCCGGCTCCCATGGGCTTTCATCGGATCTGATCTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTACATCCTCCCCGGCTCCCATGGGCTTTCATCGGATCTGATCTCAG  700

seq1  GAATGCATTTGCTTAACTCATTCCCAGTAAACAGCGTGAGATCCTTCACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCATTTGCTTAACTCATTCCCAGTAAACAGCGTGAGATCCTTCACG  750

seq1  GAAGACAGGGTCAAATGGAAAAAAACAATATTATTCAAACAAAGGCAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGGGTCAAATGGAAAAAAACAATATTATTCAAACAAAGGCAAAA  800

seq1  A-TTACCGACAGTGTTGAATGTGTGACCTTTCCAGAGGCACTCGTAATTT  849
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACCGACAGTGTTGAATGTGTGACCTTTCCAGAGGCACTCGTAATTT  850

seq1  CTCCAGAAAATGAGGTCCTAAGTTAAACAGATGAATCTCAAATTCTGCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCCAGAAAATGAGGTCCTAAGTTAAACAGATGAATCTCAAATTCTGCA-  899

seq1  GTCAGTCAGCAGGAGAGGTTTTCTGAGCATGGGACTTGAAAATGTCCTTT  949
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTCAGCAGGAGAGGGTTTCTGAGCATGGGACTTGAAAATGTCCTTT  949

seq1  TGTGATATTC-TCCAAACAGCTTTTG-TGCTTAGGAGGCCACTTT-GCTT  996
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTGATATTCTTCCAAACAGCTTTTGTTGCTTAGGAGGCCACTTTGGCTT  999

seq1  GCTGGCAAGGTACCCCTTTCTCTCTC-TAGGTCTGCATAGCTGGCA-GCA  1044
      ||||||| || |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||
seq2  GCTGGCAGGGAACCCTTTTC-CTCTCTTAGGT-TGCATAGCTGGCAGGCA  1047

seq1  GGCACTTCTTAGGTTGGTTGAAATGAATTAATTAGTGTATATTTCAAAAT  1094
       |||||||||||||  | ||||||| | ||||||  | ||||||| ||||
seq2  TGCACTTCTTAGGT--GCTGAAATGGA-TAATTAAGGGATATTTC-AAAT  1093

seq1  TATCCAAAAATATAGATTCTCAGGATGTCAGCAATTGGGG  1134
      ||||||||| || |   ||||||||||||||| |||||||
seq2  TATCCAAAATTAGA---TCTCAGGATGTCAGC-ATTGGGG  1129