BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-147A10
Chromosome5 (Build37)
Map Location 39,392,901 - 39,420,344
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneStx18, Nsg1, LOC100040397, Zfp509, Lyar, Tmem128, Otop1, Drd5, 4930487D11Rik, Slc2a9, Wdr1, 4930421P07Rik, 6820424L24Rik, Clnk
Downstream geneLOC384174, Hs3st1, EG665839
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-147A10.bB6Ng01-147A10.g
ACCDH944018DH944019
length8511,075
definitionDH944018|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147A10, 5' end.DH944019|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147A10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,392,901 - 39,393,751)(39,419,267 - 39,420,344)
sequence
gaattctctaagcctggtcttgcgagtgctatcctcaattgtggaagcag
ttggctgatactagatacagaattatttcactgtgagattcagagaaggg
ttaaggcatcagagtggtcactgcatatggccaggaccaggggctttaga
gtttctatctgatgagacttcttagaaatctgaaattggtcagtcgggag
gaaattcagtgggcagcagtggacattcaagagctggtagaatagtttcc
tctgggtctttgatggatgtggtggatttcttcaggatatagttaccagt
ctacacatgaattcaatttatgtctctgccccaagtgaatgaactgccca
tatcatttttttttccattttttattaggtatttagctcatttacatttc
caatgctataccaaaagtcccccatacccacccacccccactcccctaca
cacccactccccctttttggccctggctttcccctgtactggggcataca
aagtttacatgtccaatgggcctctctttccagtgatggccgattaggcc
atcttttgatacatatgcagctagagacaagagctccggggtactggtta
gttcataatgttgttccacctatagggttgcagatccctttagctccttg
ggttctttctctagctcctccattgggagccctttgatccatccattagc
tgactgtgagcatccacttctgtgtttgctaggccccggcatagtctcag
aagagatagctacatctgggtcctttcaataaaatcttgctagggtatgc
aatggtgtcagcgtttggatgctgattatggggtggattcctggatatgg
c
gaattcttctggggaccttgaagttcaagaagatggtttcctatctccaa
gccttcagggcctctggcctcttgccttttccagcagcccctggatcact
tggagtatttcctatcctcccctgtgtagagtttcatctttaacacatct
taattaaaaggcttagaggaagctgctgccatcttccaagccatacctga
aggatggttagtctttcattctttccccctctattttaattttttgtcag
gaaaacatgacatctgggagagaaagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagagagatttcattctttttttcgctttaatcttgtattt
gtaatttactttttttcccaaacagttaaaaaaccaaaacacactattac
catcatcctaacttgtgaacatattggtacattgactacacatcactaca
acataatcacaaaaattaaagcggtcagcactggagaatctagaaaacaa
aaagcgaacaatcaaaagccctggctcacgcttgctgccaggcctgttcc
catgctggcgtccactgaacaccctcctttctgatttgagcaaggctttt
aatgttttcctattttatttaaaacagtaaaggatctgaaaagagaaaaa
tggctgaaattaagattattaagattgcaaacaatgctgtgagctagtag
ctatcaaatcagattcccctagatcagtaagatggacatcctctgacaag
aattctgattcttgggcccaacctcccatcgtctggatcacaaactccac
cttctcagctgcctcttatgactacatctcctagggagctcaaggcatgc
tttaatctgagagcctgaaactctctaagagacctctaagtggtttgtgc
ttgtcccttcattctctctaagcacatcttgctgtaatgcaaacttgctc
atgtcaaggtcctgagtcatcttcatcatctcatcctccagtgccagatg
atcaggcctcacatagggagcaaggagatgcagtaggccagtgcatgtat
ggggaaatatagggtaatgctatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_39392901_39393751
seq2: B6Ng01-147A10.b_44_894

seq1  GAATTCTCTAAGCCTGGTCTTGCGAGTGCTATCCTCAATTGTGGAAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAAGCCTGGTCTTGCGAGTGCTATCCTCAATTGTGGAAGCAG  50

seq1  TTGGCTGATACTAGATACAGAATTATTTCACTGTGAGATTCAGAGAAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGATACTAGATACAGAATTATTTCACTGTGAGATTCAGAGAAGGG  100

seq1  TTAAGGCATCAGAGTGGTCACTGCATATGGCCAGGACCAGGGGCTTTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCATCAGAGTGGTCACTGCATATGGCCAGGACCAGGGGCTTTAGA  150

seq1  GTTTCTATCTGATGAGACTTCTTAGAAATCTGAAATTGGTCAGTCGGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTATCTGATGAGACTTCTTAGAAATCTGAAATTGGTCAGTCGGGAG  200

seq1  GAAATTCAGTGGGCAGCAGTGGACATTCAAGAGCTGGTAGAATAGTTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCAGTGGGCAGCAGTGGACATTCAAGAGCTGGTAGAATAGTTTCC  250

seq1  TCTGGGTCTTTGATGGATGTGGTGGATTTCTTCAGGATATAGTTACCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTCTTTGATGGATGTGGTGGATTTCTTCAGGATATAGTTACCAGT  300

seq1  CTACACATGAATTCAATTTATGTCTCTGCCCCAAGTGAATGAACTGCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACATGAATTCAATTTATGTCTCTGCCCCAAGTGAATGAACTGCCCA  350

seq1  TATCATTTTTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTTTTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTC  400

seq1  CAATGCTATACCAAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTATACCAAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACA  450

seq1  CACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCTTTCCCCTGTACTGGGGCATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCTTTCCCCTGTACTGGGGCATACA  500

seq1  AAGTTTACATGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGATTAGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTACATGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGATTAGGCC  550

seq1  ATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGACAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGACAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTA  600

seq1  GTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTG  650

seq1  GGTTCTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTTTGATCCATCCATTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTTTGATCCATCCATTAGC  700

seq1  TGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCAG  750

seq1  AAGAGATAGCTACATCTGGGTCCTTTCAATAAAATCTTGCTAGGGTATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATAGCTACATCTGGGTCCTTTCAATAAAATCTTGCTAGGGTATGC  800

seq1  AATGGTGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATGGGGTGGATCCCTGGATATGG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATGGTGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATGGGGTGGATTCCTGGATATGG  850

seq1  C  851
      |
seq2  C  851

seq1: chr5_39419267_39420344
seq2: B6Ng01-147A10.g_68_1142 (reverse)

seq1  ATATAGCATTACCCCTAT-TATCCCCATACATGCACTGGCCTACCTGCCT  49
      ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||| | 
seq2  ATATAGCATTA-CCCTATATTTCCCCATACATGCACTGGCCTA-CTG-CA  47

seq1  TCTCCCTGCTCCCCTTATGTGAGG-CTGATCATCTGGCACTGGA-GATGA  97
      ||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTCCTTGCTCCC--TATGTGAGGCCTGATCATCTGGCACTGGAGGATGA  95

seq1  GATGATGAAGATGACTCAGGACCTTGACATGAGCAAGTTTGCATTACAGC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGAAGATGACTCAGGACCTTGACATGAGCAAGTTTGCATTACAGC  145

seq1  AAGATGTGCTTAGAGAGAATGAAGGGGACAAGCACAAACCACTTAGAGGT  197
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTGCTTAGAGAGAATGAA-GGGACAAGCACAAACCACTTAGAGGT  194

seq1  CTCTTAGAGAGTTTCAGGCTCTCAGATTAAAGCATGCCTTGAGCTCCCTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGAGAGTTTCAGGCTCTCAGATTAAAGCATGCCTTGAGCTCCCTA  244

seq1  GGAGATGTAGTCATAAGAGGCAGCTGAGAAGGTGGAGTTTGTGATCCAGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGTAGTCATAAGAGGCAGCTGAGAAGGTGGAGTTTGTGATCCAGA  294

seq1  CGATGGGAGGTTGGGCCCAAGAATCAGAATTCTTGTCAGAGGATGTCCAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGGGAGGTTGGGCCCAAGAATCAGAATTCTTGTCAGAGGATGTCCAT  344

seq1  CTTACTGATCTAGGGGAATCTGATTTGATAGCTACTAGCTCACAGCATTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGATCTAGGGGAATCTGATTTGATAGCTACTAGCTCACAGCATTG  394

seq1  TTTGCAATCTTAATAATCTTAATTTCAGCCATTTTTCTCTTTTCAGATCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAATCTTAATAATCTTAATTTCAGCCATTTTTCTCTTTTCAGATCC  444

seq1  TTTACTGTTTTAAATAAAATAGGAAAACATTAAAAGCCTTGCTCAAATCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGTTTTAAATAAAATAGGAAAACATTAAAAGCCTTGCTCAAATCA  494

seq1  GAAAGGAGGGTGTTCAGTGGACGCCAGCATGGGAACAGGCCTGGCAGCAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAGGGTGTTCAGTGGACGCCAGCATGGGAACAGGCCTGGCAGCAA  544

seq1  GCGTGAGCCAGGGCTTTTGATTGTTCGCTTTTTGTTTTCTAGATTCTCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGAGCCAGGGCTTTTGATTGTTCGCTTTTTGTTTTCTAGATTCTCCA  594

seq1  GTGCTGACCGCTTTAATTTTTGTGATTATGTTGTAGTGATGTGTAGTCAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGACCGCTTTAATTTTTGTGATTATGTTGTAGTGATGTGTAGTCAA  644

seq1  TGTACCAATATGTTCACAAGTTAGGATGATGGTAATAGTGTGTTTTGGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCAATATGTTCACAAGTTAGGATGATGGTAATAGTGTGTTTTGGTT  694

seq1  TTTTAACTGTTTGGGAAAAAAAGTAAATTACAAATACAAGATTAAAGCGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACTGTTTGGGAAAAAAAGTAAATTACAAATACAAGATTAAAGCGA  744

seq1  AAAAAAGAATGAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGAATGAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  794

seq1  TCTCTCTTTCTCTCCCAGATGTCATGTTTTCCTGACAAAAAATTAAAATA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTTCTCTCCCAGATGTCATGTTTTCCTGACAAAAAATTAAAATA  844

seq1  GAGGGGGAAAGAATGAAAGACTAACCATCCTTCAGGTATGGCTTGGAAGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGGAAAGAATGAAAGACTAACCATCCTTCAGGTATGGCTTGGAAGA  894

seq1  TGGCAGCAGCTTCCTCTAAGCCTTTTAATTAAGATGTGTTAAAGATGAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGCAGCTTCCTCTAAGCCTTTTAATTAAGATGTGTTAAAGATGAAA  944

seq1  CTCTACACAGGGGAGGATAGGAAATACTCCAAGTGATCCAGGGGCTGCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACACAGGGGAGGATAGGAAATACTCCAAGTGATCCAGGGGCTGCTG  994

seq1  GAAAAGGCAAGAGGCCAGAGGCCCTGAAGGCTTGGAGATAGGAAACCATC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGCAAGAGGCCAGAGGCCCTGAAGGCTTGGAGATAGGAAACCATC  1044

seq1  TTCTTGAACTTCAAGGTCCCCAGAAGAATTC  1078
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGAACTTCAAGGTCCCCAGAAGAATTC  1075