BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-147C18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 50,265,507 - 50,441,038
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666223, Gpr125
Upstream geneKcnip4, LOC100041668, LOC100041659, EG433885
Downstream geneEG637307, LOC100041015, LOC242987, EG624734
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-147C18.bB6Ng01-147C18.g
ACCDH944125DH944126
length1,054447
definitionDH944125|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147C18, 5' end.DH944126|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147C18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,265,507 - 50,266,567)(50,440,586 - 50,441,038)
sequence
gaattcaccttgttctctctgtgctactttaaaccccaagactgaaaagg
acaagcagtgataagtgtccctccatactcctgctactgccacaaattct
gagtgtcaaaggcagccaggggctttgctggctttcctggatggatgctc
cttgaaagaaacagcatgtcaagtggttcaatgcctcctgctttcagcta
cctcttctgtcatcttgaacaagtgctgctgccacctgagttcctgtgac
agaaacaaggacagggctatgcagaatttcctgaaccattgtcttcacat
caatactgctcctccactggctctgagagatggtagggcaacatcagccc
accttctctccctcccacctcctccctctctctcctgttcaaattgtact
gagttagttattctttaatgactgtaacatgggaaagaagtgggaggtta
agtcagaaaacatgtacatctgatggatttgactgcattttctttttctc
tgaaactctataggttcagaataccgacaggatagccaactgtgtctgtg
tatctgtagcactcagacctgccaaggtttttttcgtatcaatcattgca
ttcctggtatagctatcttagtactccccattttttcatggtatgtacat
gtcccaagacactatgacattcatctgatgcatatactaaccatctcctg
aactctgctttagcttctagagacacagtcataaaagaaatacagtcctt
tcccagtggggactttggattaatatgtataacagaacggtatagaaaga
tctatcacagtgctaggcttatagtgtcggggagcacagaggtggagccc
atgaggaattgagaaaggtttcctagagcagtaatccctcagctggaaat
gaatggagattgggggaagtagggatagtgctgatgctaaggtcctgttc
ccaattggcttttgatcatcagcaaagatgccaggggtcaattgctggtg
gaaggaagaggcaggacttctggatcccacatgatgaagggagagatgca
aggc
aagcagtttaaaaagtaggatccccgttgtgaagaacgcaagggaagagt
gggccaccaaaccccagttctgggcttggggcccacttctcggtgtgaca
gcacacacatatgcaggtggactgcagtttgcagcttgcaggcaggcaag
agaaggaaaatgaagaggtagagggtggcaggagacagggccttctccac
agggctcagctctgctcttgtacttgtttttcctcaggctccgaaagaga
aacagaaaagttaaatgactgttctgataaaagaacaacaacaaaaagat
aatttagttctcagtgtgttttaatataatttaacctatggaggggtcat
ttgtgtttggccaaacttctgaaaatttgaaatctacttatctatctatc
tatttatctatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_50265507_50266567
seq2: B6Ng01-147C18.b_46_1099

seq1  GAATTCACCTTGTTCTCTCTGTGCTACTTTAAACCCCAAGACTGAAAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTTGTTCTCTCTGTGCTACTTTAAACCCCAAGACTGAAAAGG  50

seq1  ACAAGCAGTGATAAGTGTCCCTCCATACTCCTGCTACTGCCACAAATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAGTGATAAGTGTCCCTCCATACTCCTGCTACTGCCACAAATTCT  100

seq1  GAGTGTCAAAGGCAGCCAGGGGCTTTGCTGGCTTTCCTGGATGGATGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCAAAGGCAGCCAGGGGCTTTGCTGGCTTTCCTGGATGGATGCTC  150

seq1  CTTGAAAGAAACAGCATGTCAAGTGGTTCAATGCCTCCTGCTTTCAGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAGAAACAGCATGTCAAGTGGTTCAATGCCTCCTGCTTTCAGCTA  200

seq1  CCTCTTCTGTCATCTTGAACAAGTGCTGCTGCCACCTGAGTTCCTGTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTGTCATCTTGAACAAGTGCTGCTGCCACCTGAGTTCCTGTGAC  250

seq1  AGAAACAAGGACAGGGCTATGCAGAATTTCCTGAACCATTGTCTTCACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAAGGACAGGGCTATGCAGAATTTCCTGAACCATTGTCTTCACAT  300

seq1  CAATACTGCTCCTCCACTGGCTCTGAGAGATGGTAGGGCAACATCAGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACTGCTCCTCCACTGGCTCTGAGAGATGGTAGGGCAACATCAGCCC  350

seq1  ACCTTCTCTCCCTCCCACCTCCTCCCTCTCTCTCCTGTTCAAATTGTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTCTCCCTCCCACCTCCTCCCTCTCTCTCCTGTTCAAATTGTACT  400

seq1  GAGTTAGTTATTCTTTAATGACTGTAACATGGGAAAGAAGTGGGAGGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAGTTATTCTTTAATGACTGTAACATGGGAAAGAAGTGGGAGGTTA  450

seq1  AGTCAGAAAACATGTACATCTGATGGATTTGACTGCATTTTCTTTTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGAAAACATGTACATCTGATGGATTTGACTGCATTTTCTTTTTCTC  500

seq1  TGAAACTCTATAGGTTCAGAATACCGACAGGATAGCCAACTGTGTCTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTCTATAGGTTCAGAATACCGACAGGATAGCCAACTGTGTCTGTG  550

seq1  TATCTGTAGCACTCAGACCTGCCAAGGTTTTTTTCGTATCAATCATTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTAGCACTCAGACCTGCCAAGGTTTTTTTCGTATCAATCATTGCA  600

seq1  TTCCTGGTATAGCTATCTTAGTACTCCCCATTTTTTCATGGTATGTACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGTATAGCTATCTTAGTACTCCCCATTTTTTCATGGTATGTACAT  650

seq1  GTCCCAAGACACTATGACATTCATCTGATGCATATACTAACCATCTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAAGACACTATGACATTCATCTGATGCATATACTAACCATCTCCTG  700

seq1  AACTCTGCTTTAGCTTCTAGAGACACAGTCATAAAAGAAATACAGTCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGCTTTAGCTTCTAGAGACACAGTCATAAAAGAAATACAGTCCTT  750

seq1  TCCCAGTGGGGACTTTGGATTAATATGTATAACAGAACGGTATAGAAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTGGGGACTTTGGATTAATATGTATAACAGAACGGTATAGAAAGA  800

seq1  TCTATCACAGTGCTAGGCTTATAGTGTCGGGGAGCACAGAGGTGGAGCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCACAGTGCTAGGCTTATAGTGTCGGGGAGCACAGAGGTGGAGCCC  850

seq1  ATGAGGAATTGAGAAAGGTTTCCTAGAGCAGTAATCCCTCAGCTGGAAAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATGAGGAATTGAGAAAGGTTTCCTAGAGCAGTAATCCCTCAGCTGG-AAA  899

seq1  TGAATGGAGATTGGGGGAAGTAGGGATAGTGCTGATGCTAAGGTCCTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGAGATTGGGGGAAGTAGGGATAGTGCTGATGCTAAGGTCCTGTT  949

seq1  CCCCAATTGGCTTTTGATCTATCAGCAAAGATGCCAGGGGTCAATTGCTG  1000
       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  -CCCAATTGGCTTTTGATC-ATCAGCAAAGATGCCAGGGGTCAATTGCT-  996

seq1  GGTGGAAGGAAAGAGGCAGGACTTCTGGATCCCCACAGGATGAAGTGAAG  1050
      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||
seq2  GGTGGAAGG-AAGAGGCAGGACTTCTGGAT-CCCACATGATGAAG-GGAG  1043

seq1  AGATGCAAGGC  1061
      |||||||||||
seq2  AGATGCAAGGC  1054

seq1: chr5_50440586_50441038
seq2: B6Ng01-147C18.g_66_518 (reverse)

seq1  ATACATACATACATACATACATACATACATACATACATAGATAAATAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACATACATACATACATACATACATACATACATAGATAAATAGAT  50

seq1  AGATAGATAAGTAGATTTCAAATTTTCAGAAGTTTGGCCAAACACAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAAGTAGATTTCAAATTTTCAGAAGTTTGGCCAAACACAAATG  100

seq1  ACCCCTCCATAGGTTAAATTATATTAAAACACACTGAGAACTAAATTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCCATAGGTTAAATTATATTAAAACACACTGAGAACTAAATTATC  150

seq1  TTTTTGTTGTTGTTCTTTTATCAGAACAGTCATTTAACTTTTCTGTTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTGTTGTTCTTTTATCAGAACAGTCATTTAACTTTTCTGTTTCT  200

seq1  CTTTCGGAGCCTGAGGAAAAACAAGTACAAGAGCAGAGCTGAGCCCTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCGGAGCCTGAGGAAAAACAAGTACAAGAGCAGAGCTGAGCCCTGTG  250

seq1  GAGAAGGCCCTGTCTCCTGCCACCCTCTACCTCTTCATTTTCCTTCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGCCCTGTCTCCTGCCACCCTCTACCTCTTCATTTTCCTTCTCTT  300

seq1  GCCTGCCTGCAAGCTGCAAACTGCAGTCCACCTGCATATGTGTGTGCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTGCAAGCTGCAAACTGCAGTCCACCTGCATATGTGTGTGCTGT  350

seq1  CACACCGAGAAGTGGGCCCCAAGCCCAGAACTGGGGTTTGGTGGCCCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCGAGAAGTGGGCCCCAAGCCCAGAACTGGGGTTTGGTGGCCCACT  400

seq1  CTTCCCTTGCGTTCTTCACAACGGGGATCCTACTTTTTAAACTGCTTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTTGCGTTCTTCACAACGGGGATCCTACTTTTTAAACTGCTTGAA  450

seq1  TTC  453
      |||
seq2  TTC  453