BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-147G13
Chromosome5 (Build37)
Map Location 142,192,511 - 142,358,783
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSdk1
Upstream geneAA881470, 6530401C20Rik, Gna12, Card11, LOC623466
Downstream geneLOC666727, Foxk1, C330006K01Rik, D930005D10Rik, Papolb, Mmd2, Wipi2, Slc29a4, Tnrc18, LOC100038954, LOC100041004, LOC100038972
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-147G13.bB6Ng01-147G13.g
ACCDH944301DH944302
length1,1441,065
definitionDH944301|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147G13, 5' end.DH944302|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147G13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,357,628 - 142,358,783)(142,192,511 - 142,193,454)
sequence
gaattcaaattgaaaggtgaggatcagcatcagataaggcaaaagctaaa
gggaaaataatcgaatggaaagaagatcaaagatagtccccagaatgaaa
cattaacggataaagagatagacaccaagagacggcagctcagagaaaat
gaggaaaaataaggtcctggggcagaggaaatggcttagtggataaagcg
cttgctccacaaacatcagggcatgagctcaatccctagaactcaaataa
aacagtgtggtgtgtgatgcaagtttgcaaggtcaatgctgatgagatgg
agacaggaggaggcctgggactggtgggccagccactctaccttaactta
tgagctccaggtccaatgacagaccctgtcccacaaagtaaggtgcacag
tgcctgaccacaatagccaaggctgacctctgactttcacatgcacgtgt
acatacatgtgcacctgcatatgagtgaacatgcatacacatacatgaca
aacaaggactaaacattttgaaataggacttttagaaacagatgaaacta
aaacaaactaagagcaataataaggaaagacatggctgtgagttcagaat
tagtgagttcggaattaccgaagcccagatacttccggttgagaaacagt
ggttcataaccaggagaaaataggctgccaggtgaaccacagacaaccaa
ggccagggggagtcttagatgcaactcttgagaaagactgcaaaagaata
actgaactgatatatttcttatcaggaagctaaagaggccagagaaaaac
agagtcacagttgtctggtggccaagaaaaaggaaactgcctacccagga
ccctgtgcacatccagagcattagtcaagaaacatgtggcatgaccttta
gaatatggaaagagctttcctgcagtgtacatgaaggcaatgtattcatg
tgcatttaaaggctacagaggccaaacttggatattgtctcaatttttcc
cacctattttttttgaggtaggtctctcactaaataagggacccactaat
tttgctagactggctgctagcaaactcttgatattcctgtctctgcattc
atccactggtaacgatttacaaatacatgctgtaaccccagctt
gaattcccagagcttactggccagccagcccagctgaaccggtgaacacc
aggttaaatgagagaccttgtctcaaaatgcaaggtagacagtgactgag
gaacagtttctaacagacttctgactttcacacacacacacacacacaca
cacacacacacgcatgcatgcatacacattcatacatacacatgcatgaa
cacatacacacagacatacatgcacacacacacatatacatactcacaca
aacagagacatacacacatacacacatgcacacacacagaaacagagata
cacacacacacacacacacacacacacacacacatatatatatatatata
tatacacacacacacacacacacacatacaggcatgtacatatagacaca
caccacacaaagatacacatacacacatgcatgtgcactcatacacacac
atacacacacacatatacacagagacagaaatacacacacacacacacac
acacacacacatatatatgtatctatatacacatacacacatatacagat
agacacacatgcatatgcacatatacacactcatacacaaacacagacag
acagacatatatacacacacacagacacacacatgacaacagtgaggaag
acactaatggggggcagtttttgtgaggaatatttcaaatgagaagatga
aatgaaaatcccctgccagaagagaaaggatttcctctgccttctatgag
tgacatttcaaaaacaaccttttggggaaatgtttccagcctccaccagt
acggttagactgacatccgaggtttgttttcatcttgttcggtctgaaat
tgatttcctctactgcctccatgagcttttattcactgctattaaggact
tcagactatgggatgaatttattaatcaatatttttatcttaatgcatgt
tgagacttcaaagacccctttcttttgattcaccccccacccctgtttaa
aagagtctcctgaacatcccatttggcagctttgctttgtacataattat
tattcttgtaagcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_142357628_142358783
seq2: B6Ng01-147G13.b_48_1191 (reverse)

seq1  AAGCTGGGGGTAACAGCATGTATTTGTAAATCGTTACCAGTGGGATGGAT  50
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  AAGCT-GGGGTTACAGCATGTATTTGTAAATCGTTACCAGT-GGATGAAT  48

seq1  GGCAGAGACAGGGATATTCCAGGAGCTTGCTAGCAGCCAGTCTAGCAAAA  100
       ||||||||||| ||||  || ||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  -GCAGAGACAGGAATAT--CAAGAGTTTGCTAGCAGCCAGTCTAGC-AAA  94

seq1  ATTAGTGGGTCCCCTAATTTAGTGAGAGACCCTTACCTCAAAAAAAATAA  150
      |||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| |
seq2  ATTAGTGGGT-CCCTTATTTAGTGAGAGACC--TACCTCAAAAAAAAT-A  140

seq1  GGTGGGAAAAAATTGAGACAAATATCCAAGTTTGGCCTCTGTAGCCTTTA  200
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGG-AAAAATTGAGAC-AATATCCAAGTTTGGCCTCTGTAGCCTTTA  188

seq1  AATGCACATGAATACATTGCCTTCATGTACACTGCAGGAAAGCTCTTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCACATGAATACATTGCCTTCATGTACACTGCAGGAAAGCTCTTTCC  238

seq1  ATATTCTAAAGGTCATGCCACATGTTTCTTGACTAATGCTCTGGATGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTAAAGGTCATGCCACATGTTTCTTGACTAATGCTCTGGATGTGC  288

seq1  ACAGGGTCCTGGGTAGGCAGTTTCCTTTTTCTTGGCCACCAGACAACTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTCCTGGGTAGGCAGTTTCCTTTTTCTTGGCCACCAGACAACTGT  338

seq1  GACTCTGTTTTTCTCTGGCCTCTTTAGCTTCCTGATAAGAAATATATCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGTTTTTCTCTGGCCTCTTTAGCTTCCTGATAAGAAATATATCAG  388

seq1  TTCAGTTATTCTTTTGCAGTCTTTCTCAAGAGTTGCATCTAAGACTCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTATTCTTTTGCAGTCTTTCTCAAGAGTTGCATCTAAGACTCCCC  438

seq1  CTGGCCTTGGTTGTCTGTGGTTCACCTGGCAGCCTATTTTCTCCTGGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTTGGTTGTCTGTGGTTCACCTGGCAGCCTATTTTCTCCTGGTTA  488

seq1  TGAACCACTGTTTCTCAACCGGAAGTATCTGGGCTTCGGTAATTCCGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCACTGTTTCTCAACCGGAAGTATCTGGGCTTCGGTAATTCCGAAC  538

seq1  TCACTAATTCTGAACTCACAGCCATGTCTTTCCTTATTATTGCTCTTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAATTCTGAACTCACAGCCATGTCTTTCCTTATTATTGCTCTTAGT  588

seq1  TTGTTTTAGTTTCATCTGTTTCTAAAAGTCCTATTTCAAAATGTTTAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTAGTTTCATCTGTTTCTAAAAGTCCTATTTCAAAATGTTTAGTC  638

seq1  CTTGTTTGTCATGTATGTGTATGCATGTTCACTCATATGCAGGTGCACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTGTCATGTATGTGTATGCATGTTCACTCATATGCAGGTGCACAT  688

seq1  GTATGTACACGTGCATGTGAAAGTCAGAGGTCAGCCTTGGCTATTGTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTACACGTGCATGTGAAAGTCAGAGGTCAGCCTTGGCTATTGTGGT  738

seq1  CAGGCACTGTGCACCTTACTTTGTGGGACAGGGTCTGTCATTGGACCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACTGTGCACCTTACTTTGTGGGACAGGGTCTGTCATTGGACCTGG  788

seq1  AGCTCATAAGTTAAGGTAGAGTGGCTGGCCCACCAGTCCCAGGCCTCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCATAAGTTAAGGTAGAGTGGCTGGCCCACCAGTCCCAGGCCTCCTC  838

seq1  CTGTCTCCATCTCATCAGCATTGACCTTGCAAACTTGCATCACACACCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCCATCTCATCAGCATTGACCTTGCAAACTTGCATCACACACCAC  888

seq1  ACTGTTTTATTTGAGTTCTAGGGATTGAGCTCATGCCCTGATGTTTGTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTTATTTGAGTTCTAGGGATTGAGCTCATGCCCTGATGTTTGTGG  938

seq1  AGCAAGCGCTTTATCCACTAAGCCATTTCCTCTGCCCCAGGACCTTATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCGCTTTATCCACTAAGCCATTTCCTCTGCCCCAGGACCTTATTT  988

seq1  TTCCTCATTTTCTCTGAGCTGCCGTCTCTTGGTGTCTATCTCTTTATCCG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCATTTTCTCTGAGCTGCCGTCTCTTGGTGTCTATCTCTTTATCCG  1038

seq1  TTAATGTTTCATTCTGGGGACTATCTTTGATCTTCTTTCCATTCGATTAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTTTCATTCTGGGGACTATCTTTGATCTTCTTTCCATTCGATTAT  1088

seq1  TTTCCCTTTAGCTTTTGCCTTATCTGATGCTGATCCTCACCTTTCAATTT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTTTAGCTTTTGCCTTATCTGATGCTGATCCTCACCTTTCAATTT  1138

seq1  GAATTC  1156
      ||||||
seq2  GAATTC  1144

seq1: chr5_142192511_142193454
seq2: B6Ng01-147G13.g_195_1136

seq1  ACTTTCACACACACACACACACACACACACACACACACGCATGCATGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCACACACACACACACACACACACACACACACACGCATGCATGCAT  50

seq1  ACACATTCATACATACACATGCATGAACACATACACACAGACATACATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTCATACATACACATGCATGAACACATACACACAGACATACATGC  100

seq1  ACACACACACATATACATACTCACACAAACAGAGACATACACACATACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACATATACATACTCACACAAACAGAGACATACACACATACAC  150

seq1  ACATGCACACACACAGAAACAGAGATACACACACACACACACACACACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACACACACAGAAACAGAGATACACACACACACACACACACACAC  200

seq1  ACACACACACATATATATATATATATATATACACACACACACACACACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACATATATATATATATATATATACACACACACACACACACAC  250

seq1  ACATACAGGCATGTACATATAGACACACACCACACAAAGATACACATACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGGCATGTACATATAGACACACACCACACAAAGATACACATACA  300

seq1  CACATGCATGTGCACTCATACACACACATACACACACACATATACACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCATGTGCACTCATACACACACATACACACACACATATACACAGA  350

seq1  GACAGAAATACACACACACACACACACACACACACACATATATATGTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAATACACACACACACACACACACACACACACATATATATGTATC  400

seq1  TATATACACATACACACATATACAGATAGACACACATGCATATGCACATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACACATACACACATATACAGATAGACACACATGCATATGCACATA  450

seq1  TACACACTCATACACAAACACAGACAGACAGACATATATACACACACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACTCATACACAAACACAGACAGACAGACATATATACACACACACA  500

seq1  GACACACACATGACAACAGTGAGGAAGACACTAAT-GGGGGCAGTTTTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GACACACACATGACAACAGTGAGGAAGACACTAATGGGGGGCAGTTTTTG  550

seq1  TGAGGAATATTTCAAATGAGAAGATGAAATG-AAGTCCCCTGCCAGAGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||
seq2  TGAGGAATATTTCAAATGAGAAGATGAAATGAAAATCCCCTGCCAGAAGA  600

seq1  GAAAGGATTTCCTCTGCCTTCTATGAGTGACATTTC-AAAACAACC-TTT  646
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  GAAAGGATTTCCTCTGCCTTCTATGAGTGACATTTCAAAAACAACCTTTT  650

seq1  GGGGAAATGTTTCCCAGCCTCCACCAGTACGGTTAGACTGACATCCGAGG  696
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAATGTTT-CCAGCCTCCACCAGTACGGTTAGACTGACATCCGAGG  699

seq1  TTTGTTTTCATCTTGTTCGGTCTGAAATTGA-TTCCTCTAACTGCCTTCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||
seq2  TTTGTTTTCATCTTGTTCGGTCTGAAATTGATTTCCTCT-ACTGCC-TCC  747

seq1  ATGAGCTTTTATTCACTGCTATTAAGGACTTCAGACTATGGGATGAATTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTTTTATTCACTGCTATTAAGGACTTCAGACTATGGGATGAATTT  797

seq1  ATTAAATCAATTATTTTTATCTTAATGCATGTTTAGGACTTCAAAGACCC  845
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
seq2  ATT-AATCAA-TATTTTTATCTTAATGCATGTTGA-GACTTCAAAGACCC  844

seq1  CTTTCTTTTGATTTCACCCCCACCCCTGTTT-AAAGAGTCTCCTGAACAT  894
      |||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTTGATTCACCCCCCACCCCTGTTTAAAAGAGTCTCCTGAACAT  894

seq1  CCCAGTTTGGGCAGCTTTGCTTTGATACATAATTATTATTC-TGTAAGCC  943
      ||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCA--TTTGGCAGCTTTGCTTTG-TACATAATTATTATTCTTGTAAGCC  941

seq1  A  944
      |
seq2  A  942