BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-147H21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 37,413,741 - 37,559,023
singlet/doubletdoublet
Overlap geneJakmip1, EG330070
Upstream geneSorcs2, 2310020A21Rik, Grpel1, Ccdc96, Tbc1d14, D5Ertd579e, LOC100040278, LOC100040825, Cno, Mrfap1, Man2b2, Ppp2r2c, Wfs1
Downstream geneGm1043, LOC100040936, Crmp1, Evc, Evc2, LOC100040355, LOC100040988, Stk32b, Cytl1, Msx1, Stx18, Nsg1, LOC100040397
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-147H21.bB6Ng01-147H21.g
ACCDH944360DH944361
length8701,162
definitionDH944360|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147H21, 5' end.DH944361|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147H21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,558,154 - 37,559,023)(37,413,741 - 37,414,903)
sequence
gaattctcccttaagccctctctatttctcagtgcccctatcttctctat
agtgaacagcaaaccggtgctgacgcagtcctgcagagctgcaagcagag
gtcatttcccaacaatgaaagagttcccacagctgatgccagggctcact
ctatacccactgaggacagagagatgcagacagcacccagcaatgcccat
cacttcagcgcctcagctatcagatgacagaggacatggtgaccttgaca
gtctgacttttcatctctgtacataagcctctgtcagtggccctgcagac
caggtcatggccatctgtctgtcttctgatatagctgcttggtagcctaa
accactattggttatacttgtgtctgtaactccaagttcttgaagagctg
ggccacactcagatcacccccgagtctcagggcccagcactgagcctggg
gcactgcagaagcacagtgaatgctcccagggaagcctgcgaatgcacac
caccaaacaagtggcatcttgctacccatcatcttcccctgctcctttcc
ccagcatcttccttcttccaaactcctccctgtggcttcagaggacttag
ctttttaagcaacctgatctgaaagttctcatctatctgagcttgggcaa
actgagttcactcctctagactcagcctagggataggggtatcagcactc
ctctggctgctttacagtgtctacaagagcaagcactttgtggctaagga
gcaaccaacatggcttttcacaatgcctgccctccttgtaactaacagca
cagctcccagagtccatgagcagagagctatcttgaagcaggtaacgggt
gtgtatgtggtggggggggg
gaattctttacagaaatctttaacagggttttacaaagcaagaagtaact
tggttaactcagttaaccctgagaagaactcagaactgcaaacagatatt
atcaacctgtatctaaacatttgtgggacattggttaaggttgctttcaa
tgtattggctgcttcccgaaaacgatgaccacaacacacaagtaacacat
atacattgttctggggatggaagagtatgtaagataaaattaaagctatg
attggtttagcttgtagaagggatagtcagtttggttacattgttccctt
caagggaggttaatcttaacatctaagcacacaatagcagagcaggttaa
gtcttgagccatctcaaggcataacattaatttggatgcaaggtccagtg
aaagttcagtctcttttaaggcaaaagatagttttagaaaatgtgtcact
acagactgcacagtaagtttaaagccagcctggaatacgcaaggcactat
ttcaaaataacttacagggacagacaaccctttcctggtgacactgcagc
acacagtgacatgggttgatggtgggaactaggaaagcaagagggacatg
gtacagggtcctaggaacagctattaagaacaaacttcgccgggcagtgg
tggcgcatgcctttaatgccagcactcgggaggcagaggcaggcggattt
ctgaatttgaggccagcctggtctacaaagtgagttccaggacagccagg
gctataccctgtctcaaaacaaacaaaacaaacaaaacaaaacaaacaaa
accaaagaacaaaatctctacctagaagctgacagctgtctctaggaaga
cgttcccctgaaacagaaattctggcatgtatggaagagtgtttcctgtc
attgacctggctggcagcagtggagatgctggcgtcagaggaagtgctca
gtagtgcggagcacagcccatcgaagatgattaaagaccctacagcactg
gagggaatttcctatcgtgctgagggtggcaaagggagaccagaacaata
cggctaatgtctcagcattaaaggacttacctgcccttctgacatcatgt
ttccccagatctgacacacaaaccgaatctatgcaggtgtgtggaggtga
agcacctgcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_37558154_37559023
seq2: B6Ng01-147H21.b_45_914 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCACCACATACACACCCGTTACCTGCTTCAAGATAGCTCTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCACCACATACACACCCGTTACCTGCTTCAAGATAGCTCTCTG  50

seq1  CTCATGGACTCTGGGAGCTGTGCTGTTAGTTACAAGGAGGGCAGGCATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGACTCTGGGAGCTGTGCTGTTAGTTACAAGGAGGGCAGGCATTG  100

seq1  TGAAAAGCCATGTTGGTTGCTCCTTAGCCACAAAGTGCTTGCTCTTGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGCCATGTTGGTTGCTCCTTAGCCACAAAGTGCTTGCTCTTGTAG  150

seq1  ACACTGTAAAGCAGCCAGAGGAGTGCTGATACCCCTATCCCTAGGCTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTAAAGCAGCCAGAGGAGTGCTGATACCCCTATCCCTAGGCTGAG  200

seq1  TCTAGAGGAGTGAACTCAGTTTGCCCAAGCTCAGATAGATGAGAACTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAGGAGTGAACTCAGTTTGCCCAAGCTCAGATAGATGAGAACTTTC  250

seq1  AGATCAGGTTGCTTAAAAAGCTAAGTCCTCTGAAGCCACAGGGAGGAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGGTTGCTTAAAAAGCTAAGTCCTCTGAAGCCACAGGGAGGAGTT  300

seq1  TGGAAGAAGGAAGATGCTGGGGAAAGGAGCAGGGGAAGATGATGGGTAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAAGGAAGATGCTGGGGAAAGGAGCAGGGGAAGATGATGGGTAGC  350

seq1  AAGATGCCACTTGTTTGGTGGTGTGCATTCGCAGGCTTCCCTGGGAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCCACTTGTTTGGTGGTGTGCATTCGCAGGCTTCCCTGGGAGCAT  400

seq1  TCACTGTGCTTCTGCAGTGCCCCAGGCTCAGTGCTGGGCCCTGAGACTCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGCTTCTGCAGTGCCCCAGGCTCAGTGCTGGGCCCTGAGACTCG  450

seq1  GGGGTGATCTGAGTGTGGCCCAGCTCTTCAAGAACTTGGAGTTACAGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGATCTGAGTGTGGCCCAGCTCTTCAAGAACTTGGAGTTACAGACA  500

seq1  CAAGTATAACCAATAGTGGTTTAGGCTACCAAGCAGCTATATCAGAAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATAACCAATAGTGGTTTAGGCTACCAAGCAGCTATATCAGAAGAC  550

seq1  AGACAGATGGCCATGACCTGGTCTGCAGGGCCACTGACAGAGGCTTATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGATGGCCATGACCTGGTCTGCAGGGCCACTGACAGAGGCTTATGT  600

seq1  ACAGAGATGAAAAGTCAGACTGTCAAGGTCACCATGTCCTCTGTCATCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGATGAAAAGTCAGACTGTCAAGGTCACCATGTCCTCTGTCATCTG  650

seq1  ATAGCTGAGGCGCTGAAGTGATGGGCATTGCTGGGTGCTGTCTGCATCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTGAGGCGCTGAAGTGATGGGCATTGCTGGGTGCTGTCTGCATCTC  700

seq1  TCTGTCCTCAGTGGGTATAGAGTGAGCCCTGGCATCAGCTGTGGGAACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTCAGTGGGTATAGAGTGAGCCCTGGCATCAGCTGTGGGAACTC  750

seq1  TTTCATTGTTGGGAAATGACCTCTGCTTGCAGCTCTGCAGGACTGCGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTGTTGGGAAATGACCTCTGCTTGCAGCTCTGCAGGACTGCGTCA  800

seq1  GCACCGGTTTGCTGTTCACTATAGAGAAGATAGGGGCACTGAGAAATAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCGGTTTGCTGTTCACTATAGAGAAGATAGGGGCACTGAGAAATAGA  850

seq1  GAGGGCTTAAGGGAGAATTC  870
      ||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTTAAGGGAGAATTC  870

seq1: chr5_37413741_37414903
seq2: B6Ng01-147H21.g_79_1229

seq1  AGAAATCTTTAACAGGGTTTTACAAAGCAAGAAGTAACTTGGTTAACTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCTTTAACAGGGTTTTACAAAGCAAGAAGTAACTTGGTTAACTCA  50

seq1  GTTAACCCTGAGAAGAACTCAGAACTGCAAACAGATATTATCAACCTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACCCTGAGAAGAACTCAGAACTGCAAACAGATATTATCAACCTGTA  100

seq1  TCTAAACATTTGTGGGACATTGGTTAAGGTTGCTTTCAATGTATTGGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACATTTGTGGGACATTGGTTAAGGTTGCTTTCAATGTATTGGCTG  150

seq1  CTTCCCGAAAACGATGACCACAACACACAAGTAACACATATACATTGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCGAAAACGATGACCACAACACACAAGTAACACATATACATTGTTC  200

seq1  TGGGGATGGAAGAGTATGTAAGATAAAATTAAAGCTATGATTGGTTTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATGGAAGAGTATGTAAGATAAAATTAAAGCTATGATTGGTTTAGC  250

seq1  TTGTAGAAGGGATAGTCAGTTTGGTTACATTGTTCCCTTCAAGGGAGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAAGGGATAGTCAGTTTGGTTACATTGTTCCCTTCAAGGGAGGTT  300

seq1  AATCTTAACATCTAAGCACACAATAGCAGAGCAGGTTAAGTCTTGAGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTAACATCTAAGCACACAATAGCAGAGCAGGTTAAGTCTTGAGCCA  350

seq1  TCTCAAGGCATAACATTAATTTGGATGCAAGGTCCAGTGAAAGTTCAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGGCATAACATTAATTTGGATGCAAGGTCCAGTGAAAGTTCAGTC  400

seq1  TCTTTTAAGGCAAAAGATAGTTTTAGAAAATGTGTCACTACAGACTGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAAGGCAAAAGATAGTTTTAGAAAATGTGTCACTACAGACTGCAC  450

seq1  AGTAAGTTTAAAGCCAGCCTGGAATACGCAAGGCACTATTTCAAAATAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTTTAAAGCCAGCCTGGAATACGCAAGGCACTATTTCAAAATAAC  500

seq1  TTACAGGGACAGACAACCCTTTCCTGGTGACACTGCAGCACACAGTGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGGACAGACAACCCTTTCCTGGTGACACTGCAGCACACAGTGACA  550

seq1  TGGGTTGATGGTGGGAACTAGGAAAGCAAGAGGGACATGGTACAGGGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTGATGGTGGGAACTAGGAAAGCAAGAGGGACATGGTACAGGGTCC  600

seq1  TAGGAACAGCTATTAAGAACAAACTTCGCCGGGCAGTGGTGGCGCATGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAACAGCTATTAAGAACAAACTTCGCCGGGCAGTGGTGGCGCATGCC  650

seq1  TTTAATGCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAATTTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAATTTGAG  700

seq1  GCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACCCTG  750

seq1  TCTCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACCAAAGA  800
      ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTCAAAAC-AAACAAAAC-AAACAAAACAAAAC-AAACAAAACCAAAGA  797

seq1  ACAAAATCTCTACCTAGAAGCTGACAGCTGTCTCTAGGAAGACGTTCCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATCTCTACCTAGAAGCTGACAGCTGTCTCTAGGAAGACGTTCCCC  847

seq1  TGAAACAGAAATTCTGGCATGTATGGAAGAGTGTTTCCTGTCATTGACCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGAAACAGAAATTCTGGCATGTATGGAAGAGTGTTTCCTGTCATTGA-CC  896

seq1  TGGCTGGCAGCAGTGAAGATGCTGGCGTCCAAGAGGAAGTGCTCAGTAGT  950
      ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGCAGCAGTGGAGATGCTGGCGTC--AGAGGAAGTGCTCAGTAGT  944

seq1  GCGGAGCACAGCCCATCGGAAGATGAATTAGAGACCCTACAGCACTGGAG  1000
      ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  GCGGAGCACAGCCCATC-GAAGATG-ATTAAAGACCCTACAGCACTGGAG  992

seq1  GGAATTTCCTAAGGTGCTGATGTGTGTGCAGAGGGAGAACCAGAACAATA  1050
      |||||||||||  ||||||| | ||| ||| |||||| ||||||||||||
seq2  GGAATTTCCTATCGTGCTGA-GGGTG-GCAAAGGGAG-ACCAGAACAATA  1039

seq1  CGGCTAATGTCTCAGCATTAGAGGACTTACCTGGCCTATCTGACATTCAA  1100
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||| 
seq2  CGGCTAATGTCTCAGCATTAAAGGACTTACCTGCCCT-TCTGACA-TCAT  1087

seq1  GTTCCCCCAGTACTGACA-ACAAACCCAAAACTAGCCAGG-CTGTGGAGG  1148
      ||| ||||||  |||||| ||||| || || |||  ||||  ||||||||
seq2  GTTTCCCCAGATCTGACACACAAA-CCGAATCTATGCAGGTGTGTGGAGG  1136

seq1  TGAGTCACCTGCAGG  1163
      |||  ||||||||||
seq2  TGAAGCACCTGCAGG  1151