BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-150I17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 117,127,880 - 117,300,812
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1684
Upstream geneCcdc64, LOC665032, Cit, Prkab1, LOC545798, Ccdc60, 4930562A09Rik, Hspb8, 1500001A10Rik, LOC433943
Downstream geneLOC665073, Suds3, Taok3, Pebp1, LOC100042313, LOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-150I17.bB6Ng01-150I17.g
ACCDH946597DH946598
length1,051984
definitionDH946597|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150I17, 5' end.DH946598|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150I17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,127,880 - 117,128,939)(117,299,826 - 117,300,812)
sequence
gaattcctatctcacatgccccctcagtaccctccagagtaggtacttgt
gatcttgcccagtatcaagatctccataaacttgtatttaagaggtcttc
tccctttctaatgatactgtcttatgatgttggaaccactcttatttctt
catttattgaacgccccctattacacatccaagtttgctgccatagcgct
acgcttcacaagacattcatgtttccctgccttggagatgacattcgtgc
cttccctgtgaaccatctagaaaacacaagtctatgtttctactctctca
ccctttgcttcttctaagtgtgcatctcactcacaagtgttgaggtttgg
tcttggtatctattgtaatgctatgtgtgggcccccaagacctggagttt
gcatatagaccatgcaacccttaagttacatgtacataagttgcataaat
gacttatgtaactctgcccccagatcatttctgattggtaaatatgaatg
ctaacagccaatagctggatagaagatacatgggtggggattaggtttcc
ctgggcttggggttggagacgaaccatgaggagagaagaaaggaagaaag
agagagaagccaccatgggttaggtgagtcatgaaaacatggccctgagg
gctggccagttggagttaagagcagcccagatgaaacatagtaagtaata
actcggggttatcgctaggagagtagattctaacagcatagagggttgat
atctgcccagctcttgcgctgtttaaggcttattgtaaatataaagattg
tgtgtgttttttatccagcaactaattggtctgggggcagctggtgggta
gaaaggccaggttgggattaagaattttctatagcacacagggtttcatc
gtaaagctctgggacctccgaataccaagttagcagcagcttgtcagctt
tgttcccaactgccaatcatttaacgtgctgatggcacattgctcatttt
ctgtgctgtaataaaacaccaggacccaagcaccaccttaggagaagttt
a
gaattcacccttgcacaacattcctgaatctattctgtttttggtgtttt
ttttttttttttttttttaataaaaagacttatttattttatgtatgaga
tcactgttgctgtcttcagacataccagaagagggcatcagatcccatta
cagatggttgtgagccatcatgtggttgctgggacttgaacccaggtcct
ctggaagagcagccagtgctcataaccactgagccatctttccagcccct
aaatctattcttgaccattattcagcctaggctattccttgtgccccagc
tgggctccttataccacttcccgaatgcacagcttctctaccgtccatcc
attcatccaactacccaccatccatccatttacacttcatttcatgagat
cctgaacacagcgcaggactctcaagcaaacagttgagaaggggacccct
ggatgaatcaggcacaaactcattgactaacacccactcttacagtcccg
tccaggccagggtctttactggggtaaccagttcccattgtaaacggcat
agtggggtcaccactggttgcagaacgggcttgctccccacaggaatgcc
tgttcagcacacattccgggcagagagggtccttcctgcatgtgtctggg
gttcagtctgaaactccattttcatctctccagtggcctctctctcagct
tctacttcccagtgcatcttctttcataacatggcccccgtgttccagct
ttgccatgagttctggcagcctctcagatgcttccatggtgtttcacgtt
ggctggagatgtccaggtctctcatgagcaatgagcccaacctgtaccaa
gtggggtgttacagtggggtacatggtcagggcactttaccaggcagtga
gggacagggaggcatgccaggagtgactggtcattgtagcctgggatagg
actaagaagtagtgggggtatagaagggatggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_117127880_117128939
seq2: B6Ng01-150I17.b_44_1094

seq1  GAATTCCTATCTCACATGCCCCCTCAGTACCCTCCAGAGTAGGTACTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATCTCACATGCCCCCTCAGTACCCTCCAGAGTAGGTACTTGT  50

seq1  GATCTTGCCCAGTATCAAGATCTCCATAAACTTGTATTTAAGAGGTCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTGCCCAGTATCAAGATCTCCATAAACTTGTATTTAAGAGGTCTTC  100

seq1  TCCCTTTCTAATGATACTGTCTTATGATGTTGGAACCACTCTTATTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTCTAATGATACTGTCTTATGATGTTGGAACCACTCTTATTTCTT  150

seq1  CATTTATTGAACGCCCCCTATTACACATCCAAGTTTGCTGCCATAGCGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATTGAACGCCCCCTATTACACATCCAAGTTTGCTGCCATAGCGCT  200

seq1  ACGCTTCACAAGACATTCATGTTTCCCTGCCTTGGAGATGACATTCGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTTCACAAGACATTCATGTTTCCCTGCCTTGGAGATGACATTCGTGC  250

seq1  CTTCCCTGTGAACCATCTAGAAAACACAAGTCTATGTTTCTACTCTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTGTGAACCATCTAGAAAACACAAGTCTATGTTTCTACTCTCTCA  300

seq1  CCCTTTGCTTCTTCTAAGTGTGCATCTCACTCACAAGTGTTGAGGTTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGCTTCTTCTAAGTGTGCATCTCACTCACAAGTGTTGAGGTTTGG  350

seq1  TCTTGGTATCTATTGTAATGCTATGTGTGGGCCCCCAAGACCTGGAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTATCTATTGTAATGCTATGTGTGGGCCCCCAAGACCTGGAGTTT  400

seq1  GCATATAGACCATGCAACCCTTAAGTTACATGTACATAAGTTGCATAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAGACCATGCAACCCTTAAGTTACATGTACATAAGTTGCATAAAT  450

seq1  GACTTATGTAACTCTGCCCCCAGATCATTTCTGATTGGTAAATATGAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTATGTAACTCTGCCCCCAGATCATTTCTGATTGGTAAATATGAATG  500

seq1  CTAACAGCCAATAGCTGGATAGAAGATACATGGGTGGGGATTAGGTTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGCCAATAGCTGGATAGAAGATACATGGGTGGGGATTAGGTTTCC  550

seq1  CTGGGCTTGGGGTTGGAGACGAACCATGAGGAGAGAAGAAAGGAAGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTTGGGGTTGGAGACGAACCATGAGGAGAGAAGAAAGGAAGAAAG  600

seq1  AGAGAGAAGCCACCATGGGTTAGGTGAGTCATGAAAACATGGCCCTGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAGCCACCATGGGTTAGGTGAGTCATGAAAACATGGCCCTGAGG  650

seq1  GCTGGCCAGTTGGAGTTAAGAGCAGCCCAGATGAAACATAGTAAGTAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCAGTTGGAGTTAAGAGCAGCCCAGATGAAACATAGTAAGTAATA  700

seq1  ACTCGGGGTTATCGCTAGGAGAGTAGATTCTAACAGCATAGAGGGTTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGGGGTTATCGCTAGGAGAGTAGATTCTAACAGCATAGAGGGTTGAT  750

seq1  ATCTGCCCAGCTCTTGCGCTGTTTAAGGCTTATTGTAAATATAAAGATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCCAGCTCTTGCGCTGTTTAAGGCTTATTGTAAATATAAAGATTG  800

seq1  TGTGTGTTTTTTATCCAGCAACTAATTGGTCTGGGGGCAGCTGGTGGGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTTTTATCCAGCAACTAATTGGTCTGGGGGCAGCTGGTGGGTA  850

seq1  GAAAGGCCAGGTTGGGATTAAGAA-TTTCTATAGCACACAGGGTTTCATC  899
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCCAGGTTGGGATTAAGAATTTTCTATAGCACACAGGGTTTCATC  900

seq1  GTAAAGCCCTGGGAACCTCCGAATACCAAGTTTAGCAGCAGCTTGTCAGC  949
      ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGCTCTGGG-ACCTCCGAATACCAAG-TTAGCAGCAGCTTGTCAGC  948

seq1  TTTTGTTCCCACCTGCCAATCATTTAACGTGGCTGATGGCCACATTGGCT  999
       |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||
seq2  -TTTGTTCCCAACTGCCAATCATTTAACGT-GCTGATGG-CACATT-GCT  994

seq1  CATTTTCTGTTGCTGTAATAAAACACCAGGACCAAAAGCAACAACTTAAG  1049
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||  
seq2  CATTTTCTG-TGCTGTAATAAAACACCAGGACC-CAAGCACCACCTTA--  1040

seq1  GAAGAAGTTTA  1060
      | |||||||||
seq2  GGAGAAGTTTA  1051

seq1: chr5_117299826_117300812
seq2: B6Ng01-150I17.g_66_1049 (reverse)

seq1  TCCCATCCCTTCTATA-CCCCACTACTTCCTAGTCCTATCCCCAGGCTAC  49
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TCCCATCCCTTCTATACCCCCACTACTTCTTAGTCCTAT-CCCAGGCTAC  49

seq1  ATTGACCAGTCACCTCCTGGCCATGCCTTCCCTGTCCCTCACTGCCTGGT  99
      | |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACCAGTCA-CTCCTGG-CATGCC-TCCCTGTCCCTCACTGCCTGGT  96

seq1  AAAAGTGCCCTGACCATGTACCCCACTGT-ACACCCCACTTGGTACAGGT  148
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -AAAGTGCCCTGACCATGTACCCCACTGTAACACCCCACTTGGTACAGGT  145

seq1  TGGGCTCATTGCTCATGAGAGACCTGGACATCTCCAGCCAACGTGAAACA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCATTGCTCATGAGAGACCTGGACATCTCCAGCCAACGTGAAACA  195

seq1  CCATGGAAGCATCTGAGAGGCTGCCAGAACTCATGGCAAAGCTGGAACAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAAGCATCTGAGAGGCTGCCAGAACTCATGGCAAAGCTGGAACAC  245

seq1  GGGGGCCATGTTATGAAAGAAGATGCACTGGGAAGTAGAAGCTGAGAGAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCCATGTTATGAAAGAAGATGCACTGGGAAGTAGAAGCTGAGAGAG  295

seq1  AGGCCACTGGAGAGATGAAAATGGAGTTTCAGACTGAACCCCAGACACAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACTGGAGAGATGAAAATGGAGTTTCAGACTGAACCCCAGACACAT  345

seq1  GCAGGAAGGACCCTCTCTGCCCGGAATGTGTGCTGAACAGGCATTCCTGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAGGACCCTCTCTGCCCGGAATGTGTGCTGAACAGGCATTCCTGT  395

seq1  GGGGAGCAAGCCCGTTCTGCAACCAGTGGTGACCCCACTATGCCGTTTAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGCAAGCCCGTTCTGCAACCAGTGGTGACCCCACTATGCCGTTTAC  445

seq1  AATGGGAACTGGTTACCCCAGTAAAGACCCTGGCCTGGACGGGACTGTAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAACTGGTTACCCCAGTAAAGACCCTGGCCTGGACGGGACTGTAA  495

seq1  GAGTGGGTGTTAGTCAATGAGTTTGTGCCTGATTCATCCAGGGGTCCCCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGTGTTAGTCAATGAGTTTGTGCCTGATTCATCCAGGGGTCCCCT  545

seq1  TCTCAACTGTTTGCTTGAGAGTCCTGCGCTGTGTTCAGGATCTCATGAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACTGTTTGCTTGAGAGTCCTGCGCTGTGTTCAGGATCTCATGAAA  595

seq1  TGAAGTGTAAATGGATGGATGGTGGGTAGTTGGATGAATGGATGGACGGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGTAAATGGATGGATGGTGGGTAGTTGGATGAATGGATGGACGGT  645

seq1  AGAGAAGCTGTGCATTCGGGAAGTGGTATAAGGAGCCCAGCTGGGGCACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCTGTGCATTCGGGAAGTGGTATAAGGAGCCCAGCTGGGGCACA  695

seq1  AGGAATAGCCTAGGCTGAATAATGGTCAAGAATAGATTTAGGGGCTGGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATAGCCTAGGCTGAATAATGGTCAAGAATAGATTTAGGGGCTGGAA  745

seq1  AGATGGCTCAGTGGTTATGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGAGGACCTGGGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTCAGTGGTTATGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGAGGACCTGGGT  795

seq1  TCAAGTCCCAGCAACCACATGATGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCCCAGCAACCACATGATGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCT  845

seq1  GATGCCCTCTTCTGGTATGTCTGAAGACAGCAACAGTGATCTCATACATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCCTCTTCTGGTATGTCTGAAGACAGCAACAGTGATCTCATACATA  895

seq1  AAATAAATAAGTCTTTTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACCAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAGTCTTTTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACCAAA  945

seq1  AACAGAATAGATTCAGGAATGTTGTGCAAGGGTGAATTC  987
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATAGATTCAGGAATGTTGTGCAAGGGTGAATTC  984