BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-150L06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 83,696,619 - 83,814,495
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSrd5a2l2
Upstream geneEG433912, LOC100039434
Downstream geneLOC100039608, LOC231368, Epha5, LOC100039489
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-150L06.bB6Ng01-150L06.g
ACCDH946715DH946716
length1,0231,159
definitionDH946715|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150L06, 5' end.DH946716|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150L06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,696,619 - 83,697,575)(83,813,336 - 83,814,495)
sequence
gaattcaggcagatggaaaggatcatgtcaccaagttcctattaaaagat
agttctattttaaataacttaaagaaggagttgccataaaaacaaaatac
atttgtcgatgttgtgtagtactatgtgttaggggcaaggaatagctgca
caaaccacatagactcaatctcagtcatgtatcgatagtttactgaacac
aattctaagactgattaatcagagatgtagcagggagtcaggatcaaatc
ccagtttttatctgggcaaacaaaaaggtgcatttgcattatatctacac
aaagcagagctgtctgacctttaagctagtagactggatctagagaccaa
taggttagagtttcttcaaagcccaccaggctccataaccaagcacaagt
tattttggtcagcataagaaacaataggttaacgttaggagatattaaat
aaagattgaggacctggggcacaagccccttccgctccacttgagactcg
agccccgggctaccttgccaggggaatcacccaacacccccaagggccca
cacaggactccccacgggatcctaagacctctggtgagtggaacagagtg
cctgccccaatccaatcgcacagaacctgagactgcagtacatagggaag
cagactacccgggcctgacctggggcacaagccccttccgctccactcga
gtcccgggctaccttgccaggggaattgcccgacaccgcaagggcccaca
caggactccccccgggatcctaagacctctggtgattggaacacaacttt
tgccaggagtccggttcgaacaccagatatctgggtaccttccctgcaag
aagagagcttgcctgcagagaatactctgcccactgaaactaaaggagag
tgctaccctcccaggtctgcttatagaggctaacagagtcacctgaagaa
caagcttttacagagacactatacagctagcttcagagataccagatggc
gaaagcaaacataagaatcctac
gaattcaaggccaatacctaaacatgataaaagcaatctacagcaaacca
gtagccaacatcaaagtaaatggagagaagctggaagcaatcccactaaa
atcagggactagacaaggctgcccactttctccctaccttttcaacatag
cagaggatatctttaccttgagctatccagagcgctgagcagtgagatga
aggtaagtgttgacagcatgaccaggtcagtggaggccagagaagaggaa
cagaggcaaaaatagcatcagttgaggtcagcacatactcagcaggagcc
aagggcatttctgaactggtactgtactccccttgataactcttagtcat
ccattgggagattatccatgatagttaatgtttgagttatctactggaat
gtttatgcactgatgccgttattcttagagttatccatcactggagagca
cataattcattttcagcaataatatgcataagtagtcattattctgatct
ggtcacacaaaatgacatagcatagtttggatccaatatacttataaaac
caaactggtaggttaaagagaaaggcacaaggaaactgtaaacagtaccg
tccataagcatatttaatggtgcccaattagacaaatatgggcccctgta
atttgcattttcttgctgtctttctaagttatcagatacattagatacaa
tgagtcagaatttaataataaatattccattctttacagcttaagctacc
aaaatgaagaaaatactatgaaaaatactataaatgctatgttttatttt
gaataaaatgacaggcgattagttatgaaacttatgaatgagaacattat
gattttaacgagcagagccttttagagtttattttacagatcatttaaca
tatgaataatataccttctgctgtattatctttagctgtttgggatgcta
ttgcttaaagttgtctttgtaccaaaaaaagtgacttttcttcttcctcc
ctatttcaatgaaaatcattagtactttatatgtttatccaaacatttct
tagctgcttttattgcttctaataaatattaagggtgtaatttaacaatg
tacacctttcacatataatggagaaatactgaaataaaacataatttggc
tttgttaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_83696619_83697575
seq2: B6Ng01-150L06.b_49_1006

seq1  GAATTCAGGCAGATGGAAAGGATCATGTCACCAAGTTCCTATTAAAAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCAGATGGAAAGGATCATGTCACCAAGTTCCTATTAAAAGAT  50

seq1  AGTTCTATTTTAAATAACTTAAAGAAGGAGTTGCCATAAAAACAAAATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTATTTTAAATAACTTAAAGAAGGAGTTGCCATAAAAACAAAATAC  100

seq1  ATTTGTCGATGTTGTGTAGTACTATGTGTTAGGGGCAAGGAATAGCTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCGATGTTGTGTAGTACTATGTGTTAGGGGCAAGGAATAGCTGCA  150

seq1  CAAACCACATAGACTCAATCTCAGTCATGTATCGATAGTTTACTGAACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCACATAGACTCAATCTCAGTCATGTATCGATAGTTTACTGAACAC  200

seq1  AATTCTAAGACTGATTAATCAGAGATGTAGCAGGGAGTCAGGATCAAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAAGACTGATTAATCAGAGATGTAGCAGGGAGTCAGGATCAAATC  250

seq1  CCAGTTTTTATCTGGGCAAACAAAAAGGTGCATTTGCATTATATCTACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTTTATCTGGGCAAACAAAAAGGTGCATTTGCATTATATCTACAC  300

seq1  AAAGCAGAGCTGTCTGACCTTTAAGCTAGTAGACTGGATCTAGAGACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGAGCTGTCTGACCTTTAAGCTAGTAGACTGGATCTAGAGACCAA  350

seq1  TAGGTTAGAGTTTCTTCAAAGCCCACCAGGCTCCATAACCAAGCACAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTAGAGTTTCTTCAAAGCCCACCAGGCTCCATAACCAAGCACAAGT  400

seq1  TATTTTGGTCAGCATAAGAAACAATAGGTTAACGTTAGGAGATATTAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGGTCAGCATAAGAAACAATAGGTTAACGTTAGGAGATATTAAAT  450

seq1  AAAGATTGAGGACCTGGGGCACAAGCCCCTTCCGCTCCACTTGAGACTCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTGAGGACCTGGGGCACAAGCCCCTTCCGCTCCACTTGAGACTCG  500

seq1  AGCCCCGGGCTACCTTGCCAGGGGAATCACCCAACACCCCCAAGGGCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCGGGCTACCTTGCCAGGGGAATCACCCAACACCCCCAAGGGCCCA  550

seq1  CACAGGACTCCCCACGGGATCCTAAGACCTCTGGTGAGTGGAACAGAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGACTCCCCACGGGATCCTAAGACCTCTGGTGAGTGGAACAGAGTG  600

seq1  CCTGCCCCAATCCAATCGCACAGAACCTGAGACTGCAGTACATAGGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCCAATCCAATCGCACAGAACCTGAGACTGCAGTACATAGGGAAG  650

seq1  CAGACTACCCGGGCCTGACCTGGGGCACAAGCCCCTTCCGCTCCACTCGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTACCCGGGCCTGACCTGGGGCACAAGCCCCTTCCGCTCCACTCGA  700

seq1  GTCCCGGGCTACCTTGCCAGGGGAATTGCCCGACACCGCAAGGGCCCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCGGGCTACCTTGCCAGGGGAATTGCCCGACACCGCAAGGGCCCACA  750

seq1  CAGGACTCCCCCCGGGATCCTAAGACCTCTGGTGATTGGAACACAACTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTCCCCCCGGGATCCTAAGACCTCTGGTGATTGGAACACAACTTT  800

seq1  TGCCAGGAGTCCGGTTCGAACACCAGATATCTGGGTACCTTCCCTGCAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGAGTCCGGTTCGAACACCAGATATCTGGGTACCTTCCCTGCAAG  850

seq1  AAGAGAGCTTGCCTGCAGAGAATACTCTGCCCACTGAAACT-AAGGAGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAGAGAGCTTGCCTGCAGAGAATACTCTGCCCACTGAAACTAAAGGAGAG  900

seq1  TGCTACCCTCCCAGGTCTGCTTATAGAGGCTAACAGAGTCACCTGAAGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCCTCCCAGGTCTGCTTATAGAGGCTAACAGAGTCACCTGAAGAA  950

seq1  CAAGCTTT  957
      ||||||||
seq2  CAAGCTTT  958

seq1: chr5_83813336_83814495
seq2: B6Ng01-150L06.g_66_1224 (reverse)

seq1  GTTAAC-AAGC--AAATATGTTTTATTTCAGTTATTCTCCATTATATGTG  47
      |||||| ||||  || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  GTTAACAAAGCCAAATTATGTTTTATTTCAGTATTTCTCCATTATATGTG  50

seq1  AAGGTGGTACATTGTTAAATATAACCACCC-TAATATTTATTAAGAAGCA  96
      || |  |||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||| |||||||
seq2  AAAGGTGTACATTGTTAAAT-TA--CACCCTTAATATTTATT-AGAAGCA  96

seq1  TAAAAAGCAGCTAAGAAATGTTTGGATAAACATATAAAGTACTAATGATT  146
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGCAGCTAAGAAATGTTTGGATAAACATATAAAGTACTAATGATT  146

seq1  TTCATTGAAAATAGGGAGGAAGAAGAAAAGTCACTTTTTTTGGTACAAAG  196
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTG-AAATAGGGAGGAAGAAGAAAAGTCACTTTTTTTGGTACAAAG  195

seq1  AACAACTTTAAGCAATAGCAT-CCAAACAGCTAAAGATAATACAGCAGAA  245
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ACAACTTTAAGCAATAGCATCCCAAACAGCTAAAGATAATACAGCAGAA  244

seq1  GGTATATTATTCATATGTTAAATGATCTGTAAAATAAACTCTAAAAGGCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATTATTCATATGTTAAATGATCTGTAAAATAAACTCTAAAAGGCT  294

seq1  CTGCTCGTTAAAATCATAATGTTCTCATTCATAAGTTTCATAACTAATCG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCGTTAAAATCATAATGTTCTCATTCATAAGTTTCATAACTAATCG  344

seq1  CCTGTCATTTTATTCAAAATAAAACATAGCATTTATAGTATTTTTCATAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCATTTTATTCAAAATAAAACATAGCATTTATAGTATTTTTCATAG  394

seq1  TATTTTCTTCATTTTGGTAGCTTAAGCTGTAAAGAATGGAATATTTATTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTTCATTTTGGTAGCTTAAGCTGTAAAGAATGGAATATTTATTA  444

seq1  TTAAATTCTGACTCATTGTATCTAATGTATCTGATAACTTAGAAAGACAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTCTGACTCATTGTATCTAATGTATCTGATAACTTAGAAAGACAG  494

seq1  CAAGAAAATGCAAATTACAGGGGCCCATATTTGTCTAATTGGGCACCATT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAATGCAAATTACAGGGGCCCATATTTGTCTAATTGGGCACCATT  544

seq1  AAATATGCTTATGGACGGTACTGTTTACAGTTTCCTTGTGCCTTTCTCTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGCTTATGGACGGTACTGTTTACAGTTTCCTTGTGCCTTTCTCTT  594

seq1  TAACCTACCAGTTTGGTTTTATAAGTATATTGGATCCAAACTATGCTATG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTACCAGTTTGGTTTTATAAGTATATTGGATCCAAACTATGCTATG  644

seq1  TCATTTTGTGTGACCAGATCAGAATAATGACTACTTATGCATATTATTGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTGTGTGACCAGATCAGAATAATGACTACTTATGCATATTATTGC  694

seq1  TGAAAATGAATTATGTGCTCTCCAGTGATGGATAACTCTAAGAATAACGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGAATTATGTGCTCTCCAGTGATGGATAACTCTAAGAATAACGG  744

seq1  CATCAGTGCATAAACATTCCAGTAGATAACTCAAACATTAACTATCATGG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTGCATAAACATTCCAGTAGATAACTCAAACATTAACTATCATGG  794

seq1  ATAATCTCCCAATGGATGACTAAGAGTTATCAAGGGGAGTACAGTACCAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTCCCAATGGATGACTAAGAGTTATCAAGGGGAGTACAGTACCAG  844

seq1  TTCAGAAATGCCCTTGGCTCCTGCTGAGTATGTGCTGACCTCAACTGATG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAATGCCCTTGGCTCCTGCTGAGTATGTGCTGACCTCAACTGATG  894

seq1  CTATTTTTGCCTCTGTTCCTCTTCTCTGGCCTCCACTGACCTGGTCATGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTTGCCTCTGTTCCTCTTCTCTGGCCTCCACTGACCTGGTCATGC  944

seq1  TGTCAACACTTACCTTCATCTCACTGCTCAGCGCTCTGGATAGCTCAAGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAACACTTACCTTCATCTCACTGCTCAGCGCTCTGGATAGCTCAAGG  994

seq1  TAAAGATATCCTCTGCTATGTTGAAAAGGTAGGGAGAAAGTGGGCAGCCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATATCCTCTGCTATGTTGAAAAGGTAGGGAGAAAGTGGGCAGCCT  1044

seq1  TGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCCAGCTTCTCTCCATTTAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCCAGCTTCTCTCCATTTAC  1094

seq1  TTTGATGTTGGCTACTGGTTTGCTGTAGATTGCTTTTATCATGTTTAGGT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGTTGGCTACTGGTTTGCTGTAGATTGCTTTTATCATGTTTAGGT  1144

seq1  ATTGGCCTTGAATTC  1160
      |||||||||||||||
seq2  ATTGGCCTTGAATTC  1159